# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.71788 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.128 0.112 0.140 0.149 0.162 0.118 0.084 0.057 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 2 A 0.045 0.027 0.042 0.076 0.119 0.159 0.184 0.153 0.094 0.058 0.024 0.011 0.005 0.002 3 R 0.077 0.122 0.141 0.186 0.174 0.116 0.082 0.051 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 4 T 0.177 0.138 0.138 0.146 0.132 0.101 0.063 0.045 0.028 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 5 I 0.039 0.036 0.057 0.129 0.187 0.165 0.160 0.113 0.067 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 6 I 0.036 0.031 0.060 0.098 0.142 0.193 0.158 0.128 0.072 0.042 0.022 0.010 0.006 0.001 7 K 0.231 0.188 0.158 0.167 0.122 0.057 0.037 0.018 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 8 W 0.092 0.079 0.102 0.166 0.166 0.149 0.102 0.059 0.043 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 9 Q 0.344 0.187 0.145 0.113 0.091 0.061 0.031 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 10 D 0.253 0.191 0.175 0.150 0.131 0.050 0.023 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.090 0.051 0.078 0.156 0.196 0.180 0.112 0.066 0.035 0.024 0.007 0.003 0.002 0.001 12 E 0.252 0.208 0.188 0.143 0.094 0.053 0.032 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.055 0.047 0.068 0.138 0.194 0.172 0.113 0.092 0.055 0.043 0.014 0.006 0.002 0.001 14 G 0.064 0.090 0.095 0.161 0.177 0.143 0.107 0.067 0.046 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 15 Q 0.033 0.048 0.073 0.111 0.131 0.127 0.133 0.092 0.090 0.074 0.049 0.020 0.010 0.008 16 V 0.007 0.008 0.016 0.030 0.056 0.096 0.133 0.137 0.164 0.132 0.121 0.055 0.027 0.019 17 V 0.003 0.002 0.004 0.009 0.018 0.036 0.048 0.076 0.113 0.154 0.236 0.145 0.097 0.060 18 M 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.015 0.035 0.073 0.122 0.152 0.194 0.230 0.103 0.056 19 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.008 0.019 0.041 0.149 0.158 0.180 0.214 0.121 0.075 0.023 20 N 0.004 0.007 0.011 0.020 0.036 0.060 0.093 0.175 0.165 0.137 0.152 0.080 0.034 0.026 21 Y 0.012 0.017 0.026 0.045 0.071 0.100 0.105 0.155 0.134 0.145 0.112 0.050 0.018 0.010 22 N 0.049 0.085 0.110 0.141 0.170 0.149 0.097 0.063 0.079 0.032 0.016 0.007 0.002 0.003 23 P 0.102 0.096 0.096 0.160 0.167 0.132 0.079 0.057 0.066 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 24 D 0.360 0.309 0.176 0.091 0.034 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.514 0.244 0.149 0.045 0.024 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 P 0.324 0.173 0.172 0.131 0.115 0.043 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.613 0.236 0.083 0.034 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.386 0.238 0.135 0.085 0.080 0.037 0.018 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 29 R 0.080 0.076 0.107 0.151 0.173 0.141 0.116 0.077 0.034 0.021 0.016 0.006 0.002 0.001 30 G 0.076 0.054 0.066 0.088 0.119 0.155 0.139 0.114 0.086 0.047 0.028 0.019 0.005 0.003 31 F 0.019 0.017 0.024 0.051 0.082 0.100 0.108 0.160 0.142 0.135 0.083 0.050 0.020 0.008 32 W 0.021 0.025 0.029 0.050 0.072 0.091 0.108 0.150 0.149 0.109 0.088 0.065 0.030 0.013 33 Y 0.018 0.012 0.022 0.039 0.051 0.083 0.106 0.091 0.133 0.155 0.138 0.089 0.034 0.029 34 D 0.019 0.021 0.038 0.061 0.119 0.121 0.131 0.122 0.136 0.089 0.071 0.037 0.017 0.018 35 A 0.046 0.017 0.021 0.033 0.044 0.080 0.087 0.087 0.095 0.136 0.149 0.099 0.081 0.027 36 E 0.077 0.093 0.110 0.191 0.173 0.096 0.120 0.062 0.039 0.018 0.012 0.005 0.002 0.002 37 I 0.023 0.017 0.028 0.061 0.097 0.169 0.159 0.136 0.118 0.097 0.063 0.021 0.009 0.002 38 S 0.143 0.120 0.145 0.191 0.164 0.108 0.065 0.034 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 39 R 0.399 0.193 0.118 0.118 0.083 0.035 0.023 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 40 K 0.333 0.178 0.140 0.139 0.105 0.054 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.520 0.186 0.150 0.071 0.040 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.586 0.142 0.123 0.068 0.049 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.566 0.144 0.103 0.083 0.069 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.355 0.159 0.118 0.171 0.119 0.037 0.019 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.495 0.220 0.125 0.080 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.192 0.116 0.133 0.180 0.190 0.098 0.042 0.025 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.164 0.121 0.114 0.183 0.159 0.116 0.067 0.038 0.017 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 48 E 0.110 0.111 0.113 0.160 0.184 0.124 0.080 0.046 0.038 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 49 L 0.012 0.009 0.019 0.045 0.074 0.132 0.140 0.194 0.135 0.112 0.072 0.031 0.021 0.006 50 Y 0.015 0.019 0.031 0.078 0.125 0.135 0.135 0.129 0.120 0.084 0.050 0.049 0.018 0.013 51 A 0.007 0.003 0.006 0.012 0.017 0.038 0.069 0.114 0.155 0.216 0.172 0.120 0.052 0.019 52 N 0.011 0.018 0.029 0.058 0.103 0.105 0.124 0.163 0.143 0.099 0.071 0.039 0.020 0.017 53 V 0.009 0.007 0.011 0.020 0.030 0.062 0.072 0.094 0.123 0.165 0.174 0.119 0.069 0.045 54 V 0.017 0.018 0.032 0.077 0.126 0.125 0.165 0.151 0.134 0.080 0.034 0.025 0.009 0.008 55 L 0.018 0.021 0.028 0.060 0.079 0.138 0.132 0.156 0.137 0.094 0.083 0.032 0.017 0.005 56 G 0.081 0.100 0.104 0.166 0.165 0.159 0.098 0.052 0.043 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 57 D 0.199 0.206 0.176 0.153 0.126 0.056 0.037 0.019 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 58 D 0.282 0.241 0.193 0.124 0.075 0.041 0.022 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 59 S 0.323 0.208 0.173 0.099 0.080 0.058 0.030 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 60 L 0.079 0.063 0.081 0.142 0.238 0.158 0.104 0.065 0.035 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 61 N 0.370 0.200 0.139 0.110 0.067 0.045 0.034 0.018 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 62 D 0.182 0.118 0.137 0.115 0.154 0.100 0.071 0.048 0.037 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 63 C 0.063 0.026 0.036 0.059 0.089 0.128 0.131 0.153 0.103 0.090 0.057 0.037 0.022 0.005 64 R 0.072 0.067 0.085 0.149 0.183 0.138 0.114 0.067 0.052 0.033 0.019 0.014 0.004 0.004 65 I 0.049 0.025 0.033 0.059 0.082 0.119 0.122 0.118 0.140 0.117 0.073 0.041 0.016 0.007 66 I 0.070 0.064 0.089 0.139 0.161 0.145 0.113 0.089 0.068 0.030 0.017 0.009 0.004 0.002 67 F 0.047 0.046 0.055 0.105 0.137 0.153 0.126 0.124 0.094 0.057 0.035 0.014 0.006 0.003 68 V 0.050 0.052 0.070 0.130 0.184 0.187 0.125 0.070 0.066 0.036 0.018 0.008 0.002 0.001 69 D 0.256 0.208 0.182 0.130 0.089 0.050 0.037 0.022 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 70 E 0.187 0.157 0.164 0.158 0.134 0.086 0.052 0.028 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 71 V 0.063 0.048 0.054 0.104 0.177 0.155 0.125 0.108 0.098 0.042 0.017 0.005 0.003 0.001 72 F 0.089 0.063 0.085 0.156 0.154 0.145 0.128 0.071 0.045 0.031 0.019 0.008 0.004 0.001 73 K 0.431 0.166 0.146 0.084 0.065 0.042 0.030 0.015 0.011 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 74 I 0.095 0.039 0.055 0.091 0.143 0.149 0.117 0.098 0.077 0.070 0.035 0.017 0.011 0.002 75 E 0.186 0.129 0.120 0.161 0.146 0.101 0.078 0.039 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 76 R 0.222 0.121 0.130 0.142 0.144 0.093 0.057 0.034 0.027 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 77 P 0.259 0.103 0.112 0.122 0.121 0.107 0.075 0.044 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001