# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.003 0.012 0.634 0.007 0.035 0.056 0.001 0.001 0.013 0.118 0.049 0.022 0.050 2 A 0.006 0.015 0.307 0.019 0.162 0.212 0.002 0.001 0.023 0.049 0.100 0.016 0.089 3 R 0.011 0.013 0.181 0.032 0.266 0.215 0.007 0.001 0.022 0.036 0.066 0.043 0.107 4 T 0.044 0.011 0.077 0.014 0.141 0.238 0.019 0.005 0.079 0.026 0.038 0.170 0.136 5 I 0.082 0.028 0.098 0.013 0.025 0.138 0.035 0.010 0.058 0.024 0.042 0.063 0.386 6 I 0.056 0.038 0.286 0.033 0.009 0.079 0.014 0.007 0.057 0.063 0.020 0.271 0.067 7 K 0.014 0.005 0.626 0.007 0.008 0.053 0.002 0.002 0.044 0.061 0.016 0.065 0.097 8 W 0.005 0.007 0.196 0.027 0.146 0.281 0.002 0.001 0.016 0.054 0.192 0.008 0.065 9 Q 0.008 0.006 0.156 0.036 0.203 0.221 0.003 0.001 0.015 0.084 0.175 0.073 0.017 10 D 0.024 0.023 0.155 0.005 0.244 0.184 0.004 0.002 0.023 0.069 0.063 0.022 0.183 11 L 0.019 0.083 0.384 0.010 0.063 0.081 0.005 0.005 0.038 0.074 0.044 0.068 0.125 12 E 0.020 0.019 0.410 0.026 0.037 0.051 0.003 0.002 0.021 0.092 0.088 0.171 0.060 13 V 0.012 0.007 0.084 0.040 0.051 0.022 0.001 0.001 0.016 0.094 0.605 0.011 0.057 14 G 0.011 0.002 0.148 0.103 0.011 0.006 0.001 0.001 0.011 0.153 0.521 0.017 0.015 15 Q 0.062 0.006 0.336 0.040 0.013 0.005 0.022 0.010 0.075 0.175 0.021 0.149 0.086 16 V 0.164 0.005 0.037 0.010 0.001 0.001 0.144 0.142 0.251 0.007 0.002 0.024 0.211 17 V 0.158 0.002 0.008 0.015 0.001 0.001 0.229 0.298 0.161 0.001 0.001 0.107 0.020 18 M 0.177 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.275 0.350 0.099 0.002 0.001 0.023 0.047 19 L 0.228 0.001 0.020 0.009 0.001 0.001 0.131 0.239 0.263 0.005 0.002 0.059 0.042 20 N 0.106 0.009 0.168 0.021 0.004 0.003 0.064 0.071 0.303 0.033 0.014 0.061 0.142 21 Y 0.020 0.022 0.520 0.022 0.008 0.004 0.009 0.010 0.094 0.180 0.022 0.049 0.042 22 N 0.001 0.004 0.833 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.089 0.009 0.014 0.026 23 P 0.001 0.003 0.140 0.002 0.092 0.022 0.001 0.001 0.003 0.093 0.631 0.002 0.011 24 D 0.001 0.021 0.082 0.003 0.080 0.025 0.001 0.001 0.002 0.219 0.558 0.007 0.003 25 N 0.001 0.027 0.485 0.001 0.070 0.011 0.001 0.001 0.002 0.320 0.030 0.013 0.041 26 P 0.001 0.012 0.456 0.004 0.065 0.052 0.001 0.001 0.002 0.079 0.278 0.005 0.046 27 K 0.001 0.021 0.203 0.012 0.212 0.061 0.001 0.001 0.004 0.108 0.332 0.028 0.017 28 E 0.008 0.013 0.208 0.011 0.088 0.037 0.001 0.001 0.004 0.243 0.295 0.030 0.061 29 R 0.014 0.013 0.222 0.016 0.026 0.012 0.001 0.001 0.005 0.216 0.368 0.053 0.053 30 G 0.029 0.017 0.315 0.017 0.012 0.014 0.002 0.001 0.006 0.158 0.262 0.088 0.079 31 F 0.211 0.017 0.220 0.010 0.008 0.014 0.011 0.003 0.015 0.038 0.035 0.130 0.289 32 W 0.485 0.008 0.050 0.012 0.003 0.009 0.014 0.002 0.007 0.010 0.008 0.173 0.217 33 Y 0.522 0.004 0.024 0.027 0.002 0.012 0.015 0.001 0.006 0.008 0.007 0.229 0.142 34 D 0.290 0.003 0.049 0.024 0.002 0.010 0.008 0.001 0.007 0.011 0.008 0.082 0.506 35 A 0.262 0.004 0.064 0.032 0.007 0.049 0.010 0.001 0.007 0.021 0.024 0.264 0.256 36 E 0.330 0.005 0.028 0.009 0.012 0.045 0.009 0.001 0.007 0.010 0.012 0.202 0.331 37 I 0.262 0.006 0.031 0.024 0.018 0.081 0.007 0.001 0.004 0.011 0.029 0.097 0.428 38 S 0.166 0.005 0.088 0.064 0.020 0.120 0.004 0.001 0.007 0.026 0.064 0.269 0.167 39 R 0.092 0.008 0.105 0.014 0.042 0.157 0.002 0.001 0.008 0.057 0.072 0.099 0.344 40 K 0.034 0.008 0.203 0.018 0.035 0.188 0.002 0.001 0.007 0.056 0.134 0.087 0.228 41 R 0.018 0.010 0.240 0.021 0.072 0.184 0.002 0.001 0.006 0.073 0.138 0.120 0.115 42 E 0.014 0.014 0.234 0.010 0.066 0.170 0.002 0.001 0.008 0.093 0.179 0.059 0.151 43 T 0.008 0.016 0.379 0.007 0.034 0.161 0.001 0.001 0.007 0.112 0.119 0.065 0.090 44 R 0.008 0.026 0.332 0.011 0.039 0.221 0.001 0.001 0.007 0.128 0.093 0.059 0.073 45 T 0.008 0.012 0.410 0.009 0.037 0.213 0.001 0.001 0.006 0.078 0.071 0.054 0.102 46 A 0.008 0.007 0.140 0.029 0.076 0.472 0.001 0.001 0.006 0.033 0.137 0.016 0.075 47 R 0.023 0.006 0.125 0.028 0.071 0.441 0.002 0.001 0.008 0.047 0.084 0.102 0.063 48 E 0.050 0.010 0.077 0.018 0.051 0.371 0.007 0.001 0.015 0.022 0.031 0.043 0.304 49 L 0.141 0.013 0.057 0.032 0.023 0.224 0.022 0.006 0.025 0.016 0.024 0.270 0.147 50 Y 0.307 0.008 0.048 0.070 0.012 0.104 0.036 0.013 0.041 0.013 0.025 0.100 0.223 51 A 0.410 0.003 0.034 0.085 0.010 0.057 0.044 0.014 0.034 0.015 0.028 0.186 0.079 52 N 0.437 0.004 0.029 0.062 0.005 0.042 0.089 0.027 0.042 0.013 0.021 0.064 0.166 53 V 0.468 0.005 0.020 0.025 0.005 0.026 0.107 0.061 0.053 0.008 0.006 0.152 0.065 54 V 0.405 0.008 0.037 0.013 0.006 0.022 0.087 0.093 0.089 0.010 0.014 0.073 0.142 55 L 0.111 0.018 0.210 0.043 0.015 0.032 0.053 0.050 0.085 0.063 0.090 0.108 0.120 56 G 0.015 0.010 0.426 0.018 0.008 0.019 0.005 0.006 0.049 0.256 0.106 0.045 0.036 57 D 0.002 0.008 0.429 0.004 0.023 0.022 0.001 0.001 0.011 0.375 0.096 0.010 0.019 58 D 0.002 0.021 0.269 0.004 0.087 0.054 0.001 0.001 0.007 0.288 0.242 0.012 0.014 59 S 0.003 0.038 0.325 0.004 0.164 0.087 0.001 0.001 0.006 0.153 0.173 0.010 0.036 60 L 0.004 0.021 0.288 0.012 0.243 0.127 0.001 0.001 0.006 0.076 0.173 0.010 0.039 61 N 0.005 0.010 0.129 0.029 0.141 0.112 0.001 0.001 0.011 0.132 0.392 0.022 0.017 62 D 0.009 0.011 0.156 0.015 0.064 0.085 0.001 0.001 0.014 0.149 0.430 0.012 0.053 63 C 0.024 0.015 0.477 0.034 0.021 0.071 0.009 0.004 0.028 0.146 0.067 0.037 0.068 64 R 0.069 0.021 0.165 0.024 0.015 0.110 0.051 0.025 0.152 0.095 0.028 0.182 0.065 65 I 0.141 0.014 0.073 0.013 0.008 0.077 0.086 0.130 0.193 0.020 0.016 0.034 0.197 66 I 0.151 0.018 0.097 0.037 0.004 0.066 0.086 0.122 0.132 0.026 0.009 0.183 0.068 67 F 0.185 0.011 0.114 0.013 0.008 0.072 0.034 0.061 0.172 0.027 0.011 0.087 0.206 68 V 0.042 0.008 0.134 0.049 0.034 0.343 0.018 0.011 0.070 0.035 0.084 0.039 0.132 69 D 0.056 0.006 0.110 0.091 0.096 0.317 0.005 0.004 0.025 0.079 0.088 0.077 0.046 70 E 0.078 0.005 0.070 0.024 0.081 0.445 0.003 0.002 0.019 0.055 0.076 0.036 0.107 71 V 0.075 0.010 0.074 0.030 0.069 0.403 0.009 0.003 0.019 0.025 0.129 0.022 0.133 72 F 0.102 0.010 0.077 0.032 0.071 0.391 0.017 0.003 0.020 0.025 0.082 0.106 0.063 73 K 0.185 0.008 0.064 0.013 0.079 0.234 0.026 0.006 0.031 0.024 0.049 0.118 0.164 74 I 0.131 0.017 0.105 0.023 0.047 0.124 0.031 0.006 0.025 0.038 0.091 0.071 0.291 75 E 0.036 0.018 0.379 0.031 0.014 0.028 0.006 0.003 0.036 0.116 0.067 0.178 0.088 76 R 0.002 0.009 0.737 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.137 0.011 0.030 0.050 77 P 0.001 0.002 0.925 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.005 0.005 0.013