# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.043 0.051 0.129 0.318 0.002 0.041 0.006 0.003 0.013 0.003 0.044 0.082 0.222 0.002 0.004 0.036 2 A 0.030 0.022 0.113 0.269 0.003 0.106 0.006 0.002 0.003 0.001 0.025 0.044 0.361 0.004 0.003 0.008 3 R 0.003 0.131 0.101 0.509 0.001 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.021 0.191 0.002 0.002 0.006 4 T 0.005 0.009 0.037 0.701 0.002 0.055 0.003 0.001 0.002 0.001 0.008 0.008 0.156 0.001 0.002 0.009 5 I 0.006 0.046 0.221 0.571 0.007 0.019 0.007 0.001 0.002 0.001 0.008 0.007 0.084 0.003 0.002 0.015 6 I 0.003 0.023 0.094 0.800 0.013 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.030 0.002 0.002 0.004 7 K 0.002 0.017 0.030 0.149 0.103 0.583 0.010 0.008 0.003 0.003 0.008 0.004 0.057 0.010 0.002 0.010 8 W 0.006 0.020 0.005 0.060 0.038 0.131 0.010 0.041 0.004 0.002 0.611 0.010 0.034 0.021 0.005 0.003 9 Q 0.004 0.332 0.014 0.048 0.001 0.008 0.002 0.057 0.015 0.007 0.026 0.384 0.031 0.002 0.062 0.009 10 D 0.028 0.027 0.109 0.113 0.017 0.012 0.038 0.001 0.066 0.003 0.007 0.015 0.053 0.011 0.007 0.492 11 L 0.076 0.005 0.846 0.028 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.006 0.008 12 E 0.001 0.005 0.081 0.020 0.637 0.060 0.114 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 0.004 0.055 0.001 0.004 13 V 0.012 0.037 0.008 0.201 0.004 0.042 0.001 0.559 0.003 0.001 0.080 0.003 0.005 0.001 0.041 0.002 14 G 0.003 0.072 0.009 0.066 0.001 0.024 0.001 0.005 0.513 0.181 0.013 0.099 0.004 0.001 0.001 0.009 15 Q 0.392 0.120 0.074 0.390 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 16 V 0.012 0.006 0.682 0.267 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.004 0.018 0.399 0.571 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 M 0.001 0.003 0.008 0.927 0.042 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.021 0.017 0.833 0.028 0.057 0.001 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 N 0.001 0.040 0.006 0.656 0.054 0.181 0.001 0.016 0.019 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 Y 0.024 0.338 0.027 0.530 0.003 0.021 0.001 0.017 0.008 0.003 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 22 N 0.006 0.007 0.007 0.019 0.009 0.911 0.001 0.001 0.004 0.012 0.005 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 23 P 0.006 0.024 0.004 0.016 0.006 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 0.896 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 24 D 0.001 0.623 0.009 0.049 0.001 0.002 0.001 0.004 0.012 0.001 0.003 0.282 0.002 0.001 0.006 0.006 25 N 0.047 0.009 0.493 0.067 0.004 0.065 0.050 0.002 0.009 0.007 0.006 0.012 0.130 0.003 0.019 0.077 26 P 0.055 0.027 0.307 0.037 0.009 0.132 0.010 0.010 0.001 0.001 0.223 0.014 0.135 0.006 0.004 0.029 27 K 0.018 0.201 0.029 0.116 0.015 0.104 0.010 0.020 0.013 0.002 0.114 0.256 0.063 0.013 0.011 0.014 28 E 0.007 0.028 0.072 0.049 0.118 0.051 0.244 0.011 0.006 0.004 0.048 0.040 0.052 0.235 0.015 0.020 29 R 0.016 0.117 0.198 0.093 0.001 0.015 0.008 0.202 0.007 0.003 0.014 0.021 0.056 0.002 0.222 0.025 30 G 0.026 0.027 0.191 0.284 0.002 0.015 0.006 0.002 0.168 0.026 0.012 0.012 0.028 0.001 0.002 0.198 31 F 0.492 0.010 0.225 0.208 0.002 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.017 0.001 0.001 0.004 32 W 0.004 0.044 0.265 0.489 0.025 0.125 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 0.005 0.016 0.002 0.001 0.004 33 Y 0.002 0.038 0.015 0.841 0.006 0.065 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 34 D 0.005 0.047 0.038 0.546 0.013 0.216 0.004 0.006 0.013 0.007 0.034 0.026 0.039 0.001 0.001 0.004 35 A 0.012 0.096 0.058 0.698 0.003 0.012 0.001 0.006 0.003 0.001 0.045 0.021 0.040 0.001 0.002 0.003 36 E 0.007 0.018 0.108 0.641 0.013 0.094 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.034 0.057 0.001 0.001 0.008 37 I 0.011 0.030 0.127 0.370 0.015 0.180 0.011 0.007 0.001 0.001 0.062 0.015 0.158 0.003 0.004 0.006 38 S 0.002 0.195 0.024 0.364 0.013 0.131 0.010 0.021 0.005 0.003 0.038 0.068 0.111 0.003 0.005 0.007 39 R 0.014 0.060 0.049 0.267 0.039 0.114 0.030 0.020 0.011 0.005 0.090 0.034 0.207 0.025 0.013 0.021 40 K 0.030 0.089 0.124 0.147 0.009 0.076 0.014 0.028 0.014 0.004 0.096 0.092 0.191 0.012 0.031 0.044 41 R 0.033 0.064 0.124 0.107 0.004 0.113 0.016 0.009 0.018 0.007 0.063 0.087 0.258 0.005 0.025 0.070 42 E 0.062 0.085 0.144 0.114 0.008 0.064 0.025 0.006 0.005 0.004 0.104 0.080 0.215 0.016 0.010 0.057 43 T 0.030 0.117 0.105 0.092 0.003 0.221 0.009 0.010 0.005 0.001 0.031 0.116 0.212 0.002 0.024 0.021 44 R 0.012 0.065 0.261 0.197 0.006 0.022 0.013 0.004 0.005 0.003 0.138 0.029 0.189 0.005 0.003 0.048 45 T 0.034 0.042 0.095 0.112 0.015 0.279 0.019 0.007 0.003 0.002 0.032 0.146 0.182 0.013 0.008 0.012 46 A 0.006 0.021 0.058 0.056 0.002 0.070 0.010 0.009 0.003 0.001 0.321 0.042 0.374 0.005 0.012 0.011 47 R 0.009 0.209 0.032 0.167 0.001 0.012 0.003 0.005 0.008 0.002 0.027 0.280 0.210 0.001 0.017 0.018 48 E 0.019 0.023 0.174 0.250 0.001 0.058 0.006 0.001 0.005 0.001 0.011 0.025 0.322 0.002 0.003 0.101 49 L 0.024 0.027 0.432 0.229 0.002 0.047 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 0.202 0.003 0.002 0.011 50 Y 0.003 0.127 0.121 0.646 0.003 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.052 0.004 0.001 0.006 51 A 0.004 0.015 0.055 0.856 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.001 0.002 0.005 52 N 0.004 0.022 0.128 0.784 0.004 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.005 53 V 0.007 0.015 0.039 0.880 0.005 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 54 V 0.002 0.048 0.035 0.585 0.214 0.069 0.012 0.006 0.002 0.002 0.005 0.004 0.007 0.006 0.001 0.002 55 L 0.005 0.076 0.045 0.573 0.034 0.064 0.006 0.143 0.002 0.001 0.017 0.004 0.008 0.001 0.016 0.004 56 G 0.005 0.040 0.031 0.179 0.117 0.301 0.026 0.032 0.038 0.139 0.034 0.019 0.013 0.009 0.003 0.013 57 D 0.116 0.120 0.024 0.097 0.018 0.174 0.006 0.092 0.014 0.009 0.243 0.035 0.025 0.003 0.019 0.005 58 D 0.024 0.208 0.065 0.141 0.005 0.040 0.005 0.015 0.044 0.022 0.163 0.214 0.030 0.002 0.007 0.016 59 S 0.124 0.057 0.122 0.069 0.032 0.179 0.024 0.005 0.012 0.007 0.051 0.197 0.083 0.008 0.007 0.023 60 L 0.014 0.028 0.070 0.024 0.051 0.146 0.054 0.016 0.003 0.001 0.255 0.081 0.205 0.029 0.011 0.012 61 N 0.006 0.208 0.029 0.044 0.016 0.031 0.045 0.116 0.015 0.006 0.084 0.161 0.114 0.033 0.075 0.018 62 D 0.025 0.095 0.092 0.127 0.003 0.013 0.026 0.029 0.158 0.009 0.021 0.033 0.088 0.017 0.064 0.200 63 C 0.161 0.013 0.581 0.081 0.001 0.011 0.012 0.005 0.019 0.004 0.007 0.013 0.037 0.003 0.011 0.042 64 R 0.094 0.020 0.546 0.292 0.001 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.002 0.013 65 I 0.018 0.006 0.109 0.709 0.013 0.109 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 0.003 66 I 0.002 0.055 0.064 0.797 0.026 0.028 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 67 F 0.001 0.007 0.006 0.482 0.047 0.382 0.002 0.008 0.002 0.004 0.031 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 68 V 0.003 0.027 0.012 0.120 0.014 0.222 0.004 0.018 0.005 0.002 0.371 0.103 0.092 0.002 0.002 0.001 69 D 0.003 0.096 0.009 0.125 0.002 0.038 0.002 0.010 0.009 0.004 0.098 0.395 0.198 0.001 0.006 0.003 70 E 0.013 0.033 0.069 0.167 0.002 0.036 0.004 0.001 0.010 0.001 0.043 0.103 0.457 0.002 0.003 0.059 71 V 0.026 0.017 0.305 0.116 0.002 0.030 0.011 0.001 0.002 0.001 0.016 0.043 0.394 0.008 0.005 0.023 72 F 0.004 0.090 0.224 0.250 0.001 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.363 0.001 0.016 0.016 73 K 0.004 0.025 0.081 0.548 0.003 0.062 0.004 0.001 0.003 0.001 0.005 0.003 0.184 0.002 0.001 0.074 74 I 0.038 0.016 0.082 0.303 0.016 0.213 0.015 0.005 0.001 0.001 0.053 0.013 0.219 0.014 0.004 0.006 75 E 0.001 0.406 0.109 0.350 0.003 0.016 0.004 0.013 0.002 0.001 0.006 0.021 0.051 0.001 0.008 0.009 76 R 0.009 0.015 0.040 0.441 0.090 0.119 0.067 0.005 0.007 0.008 0.015 0.010 0.122 0.028 0.005 0.021 77 P 0.036 0.079 0.235 0.141 0.028 0.114 0.016 0.105 0.003 0.002 0.078 0.018 0.088 0.010 0.032 0.014