# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.036 0.333 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.178 0.077 0.265 2 A 0.105 0.369 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.053 0.061 0.325 3 R 0.083 0.219 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.103 0.087 0.062 0.413 4 T 0.087 0.260 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.171 0.066 0.065 0.325 5 I 0.037 0.083 0.007 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.042 0.110 0.579 6 I 0.019 0.037 0.019 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.290 0.050 0.123 0.446 7 K 0.307 0.200 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.060 0.064 0.274 8 W 0.376 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.091 0.067 0.306 9 Q 0.063 0.048 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.044 0.144 0.602 10 D 0.031 0.018 0.004 0.001 0.009 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.052 0.123 0.600 11 L 0.041 0.010 0.016 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.080 0.162 0.462 12 E 0.206 0.020 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.243 0.081 0.100 0.332 13 V 0.031 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.049 0.170 0.613 14 G 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.040 0.157 0.429 15 Q 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.055 0.064 0.166 16 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.755 0.055 0.034 0.130 17 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.907 0.023 0.010 0.038 18 M 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.823 0.053 0.016 0.076 19 L 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.797 0.021 0.022 0.136 20 N 0.020 0.007 0.001 0.001 0.017 0.041 0.055 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.492 0.085 0.077 0.189 21 Y 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.027 0.134 0.460 22 N 0.561 0.037 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.124 0.043 0.166 23 P 0.027 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.051 0.177 0.673 24 D 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.077 0.853 25 N 0.203 0.074 0.017 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.093 0.088 0.464 26 P 0.206 0.036 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.142 0.086 0.452 27 K 0.230 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.074 0.615 28 E 0.073 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 0.022 0.086 0.769 29 R 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.077 0.029 0.157 0.704 30 G 0.020 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.006 0.003 0.004 0.006 0.014 0.012 0.245 0.087 0.092 0.454 31 F 0.026 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.003 0.002 0.003 0.005 0.006 0.009 0.453 0.084 0.064 0.276 32 W 0.006 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.002 0.494 0.061 0.067 0.321 33 Y 0.020 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.002 0.532 0.051 0.048 0.229 34 D 0.064 0.099 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.211 0.279 0.071 0.262 35 A 0.027 0.166 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.128 0.076 0.372 36 E 0.091 0.240 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.078 0.072 0.275 37 I 0.046 0.102 0.010 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.091 0.085 0.488 38 S 0.140 0.148 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.084 0.075 0.378 39 R 0.086 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.143 0.093 0.565 40 K 0.047 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.108 0.110 0.579 41 R 0.110 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.260 0.083 0.453 42 E 0.034 0.106 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.074 0.112 0.608 43 T 0.069 0.183 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.031 0.089 0.589 44 R 0.027 0.192 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.057 0.113 0.536 45 T 0.112 0.525 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.073 0.056 0.203 46 A 0.239 0.378 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.062 0.051 0.229 47 R 0.068 0.187 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.163 0.066 0.113 0.388 48 E 0.012 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.227 0.094 0.330 49 L 0.023 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.524 0.105 0.080 0.202 50 Y 0.031 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.579 0.107 0.044 0.188 51 A 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.646 0.039 0.038 0.232 52 N 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.830 0.052 0.021 0.074 53 V 0.024 0.008 0.001 0.001 0.005 0.010 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.634 0.068 0.061 0.169 54 V 0.013 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.692 0.057 0.042 0.164 55 L 0.032 0.004 0.001 0.001 0.006 0.014 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.070 0.175 0.388 56 G 0.045 0.023 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.114 0.151 0.531 57 D 0.127 0.019 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.082 0.127 0.595 58 D 0.049 0.022 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.064 0.136 0.673 59 S 0.098 0.029 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.083 0.116 0.591 60 L 0.166 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 0.100 0.128 0.483 61 N 0.019 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.003 0.005 0.004 0.003 0.001 0.132 0.058 0.143 0.577 62 D 0.010 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.018 0.004 0.007 0.007 0.006 0.004 0.171 0.043 0.133 0.565 63 C 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.004 0.008 0.011 0.020 0.010 0.423 0.073 0.076 0.330 64 R 0.009 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.011 0.015 0.024 0.016 0.615 0.069 0.031 0.140 65 I 0.009 0.081 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.007 0.006 0.577 0.050 0.038 0.203 66 I 0.002 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.027 0.018 0.086 67 F 0.117 0.173 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.083 0.062 0.175 68 V 0.099 0.240 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.072 0.066 0.259 69 D 0.061 0.109 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.044 0.112 0.454 70 E 0.030 0.106 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.470 0.058 0.072 0.252 71 V 0.034 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.355 0.106 0.078 0.377 72 F 0.013 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.637 0.042 0.046 0.228 73 K 0.040 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.436 0.079 0.052 0.367 74 I 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.039 0.080 0.533 75 E 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.053 0.109 0.521 76 R 0.056 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.075 0.102 0.628 77 P 0.043 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.034 0.100 0.747