# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.029 0.134 0.007 0.031 0.046 0.053 0.097 0.005 0.002 0.154 0.442 2 A 0.052 0.194 0.007 0.044 0.068 0.084 0.085 0.006 0.002 0.075 0.382 3 R 0.026 0.129 0.008 0.058 0.094 0.119 0.060 0.006 0.002 0.083 0.416 4 T 0.027 0.107 0.005 0.066 0.081 0.190 0.089 0.006 0.002 0.080 0.349 5 I 0.026 0.100 0.009 0.092 0.100 0.117 0.099 0.005 0.003 0.090 0.358 6 I 0.036 0.100 0.024 0.098 0.099 0.095 0.109 0.010 0.007 0.075 0.346 7 K 0.159 0.187 0.015 0.040 0.036 0.058 0.083 0.025 0.006 0.051 0.340 8 W 0.304 0.094 0.011 0.040 0.031 0.040 0.058 0.023 0.005 0.059 0.335 9 Q 0.076 0.058 0.008 0.074 0.047 0.064 0.112 0.007 0.003 0.058 0.492 10 D 0.024 0.032 0.017 0.071 0.038 0.085 0.137 0.006 0.004 0.069 0.518 11 L 0.043 0.013 0.019 0.062 0.108 0.112 0.119 0.009 0.004 0.070 0.442 12 E 0.134 0.014 0.006 0.052 0.053 0.085 0.141 0.010 0.002 0.068 0.434 13 V 0.020 0.007 0.001 0.066 0.068 0.058 0.089 0.001 0.001 0.041 0.647 14 G 0.003 0.005 0.001 0.130 0.092 0.144 0.160 0.001 0.001 0.056 0.408 15 Q 0.001 0.005 0.001 0.306 0.125 0.311 0.063 0.001 0.001 0.064 0.125 16 V 0.001 0.001 0.001 0.226 0.240 0.292 0.038 0.001 0.001 0.127 0.074 17 V 0.001 0.001 0.001 0.476 0.193 0.223 0.009 0.001 0.001 0.081 0.016 18 M 0.001 0.001 0.001 0.524 0.154 0.181 0.007 0.001 0.001 0.100 0.031 19 L 0.004 0.001 0.001 0.603 0.130 0.112 0.011 0.001 0.001 0.087 0.052 20 N 0.003 0.001 0.001 0.360 0.089 0.171 0.091 0.001 0.001 0.069 0.214 21 Y 0.016 0.007 0.002 0.083 0.051 0.065 0.126 0.003 0.001 0.058 0.588 22 N 0.544 0.010 0.001 0.030 0.025 0.026 0.043 0.010 0.001 0.109 0.199 23 P 0.038 0.006 0.001 0.025 0.011 0.012 0.145 0.001 0.001 0.031 0.729 24 D 0.015 0.014 0.001 0.015 0.005 0.008 0.169 0.001 0.001 0.028 0.744 25 N 0.143 0.051 0.003 0.007 0.010 0.013 0.109 0.009 0.001 0.081 0.573 26 P 0.292 0.038 0.010 0.009 0.011 0.011 0.146 0.006 0.002 0.118 0.357 27 K 0.164 0.024 0.004 0.013 0.011 0.023 0.077 0.005 0.001 0.056 0.622 28 E 0.091 0.012 0.002 0.016 0.021 0.020 0.133 0.004 0.001 0.061 0.638 29 R 0.012 0.018 0.002 0.049 0.044 0.066 0.223 0.001 0.001 0.050 0.535 30 G 0.009 0.043 0.002 0.070 0.119 0.200 0.139 0.003 0.001 0.049 0.366 31 F 0.015 0.049 0.001 0.083 0.309 0.370 0.034 0.004 0.001 0.031 0.102 32 W 0.012 0.076 0.002 0.078 0.241 0.280 0.040 0.003 0.001 0.047 0.222 33 Y 0.011 0.176 0.003 0.111 0.260 0.213 0.028 0.003 0.001 0.044 0.151 34 D 0.025 0.037 0.001 0.064 0.132 0.270 0.041 0.005 0.001 0.301 0.124 35 A 0.014 0.100 0.007 0.074 0.270 0.155 0.050 0.002 0.002 0.141 0.188 36 E 0.028 0.080 0.007 0.081 0.174 0.252 0.059 0.004 0.002 0.092 0.222 37 I 0.067 0.101 0.009 0.035 0.095 0.169 0.056 0.008 0.003 0.074 0.383 38 S 0.110 0.076 0.003 0.029 0.071 0.104 0.070 0.007 0.002 0.060 0.468 39 R 0.062 0.040 0.002 0.019 0.045 0.072 0.087 0.004 0.001 0.095 0.573 40 K 0.032 0.029 0.002 0.019 0.043 0.045 0.092 0.003 0.001 0.074 0.660 41 R 0.036 0.017 0.002 0.017 0.035 0.051 0.099 0.003 0.001 0.111 0.628 42 E 0.026 0.041 0.003 0.016 0.039 0.045 0.107 0.003 0.001 0.056 0.664 43 T 0.052 0.126 0.002 0.018 0.041 0.052 0.090 0.003 0.001 0.062 0.553 44 R 0.059 0.161 0.006 0.020 0.041 0.060 0.083 0.005 0.002 0.097 0.465 45 T 0.058 0.265 0.008 0.018 0.029 0.047 0.085 0.005 0.002 0.083 0.400 46 A 0.067 0.218 0.011 0.020 0.034 0.052 0.078 0.006 0.003 0.118 0.395 47 R 0.031 0.135 0.009 0.043 0.081 0.108 0.106 0.004 0.002 0.149 0.332 48 E 0.011 0.117 0.009 0.063 0.089 0.184 0.089 0.003 0.002 0.108 0.326 49 L 0.013 0.128 0.008 0.090 0.239 0.279 0.053 0.004 0.001 0.059 0.127 50 Y 0.012 0.040 0.002 0.101 0.184 0.421 0.036 0.003 0.001 0.090 0.110 51 A 0.004 0.035 0.003 0.207 0.293 0.263 0.036 0.001 0.001 0.056 0.103 52 N 0.003 0.006 0.003 0.216 0.224 0.397 0.034 0.001 0.001 0.047 0.067 53 V 0.012 0.006 0.003 0.170 0.236 0.319 0.048 0.003 0.001 0.047 0.156 54 V 0.029 0.003 0.002 0.259 0.164 0.212 0.054 0.004 0.001 0.046 0.226 55 L 0.026 0.004 0.003 0.172 0.094 0.096 0.081 0.003 0.001 0.047 0.474 56 G 0.079 0.010 0.002 0.072 0.032 0.052 0.097 0.009 0.001 0.023 0.622 57 D 0.161 0.018 0.001 0.035 0.016 0.023 0.115 0.006 0.001 0.045 0.581 58 D 0.047 0.011 0.004 0.025 0.026 0.029 0.153 0.003 0.001 0.055 0.646 59 S 0.202 0.025 0.006 0.014 0.018 0.035 0.141 0.009 0.002 0.048 0.500 60 L 0.343 0.013 0.003 0.009 0.014 0.023 0.059 0.007 0.001 0.028 0.500 61 N 0.061 0.012 0.001 0.022 0.043 0.046 0.135 0.001 0.001 0.026 0.652 62 D 0.004 0.011 0.001 0.028 0.049 0.160 0.096 0.001 0.001 0.029 0.623 63 C 0.002 0.014 0.001 0.062 0.271 0.183 0.118 0.001 0.001 0.054 0.295 64 R 0.004 0.018 0.001 0.125 0.246 0.421 0.040 0.001 0.001 0.039 0.106 65 I 0.005 0.041 0.001 0.138 0.234 0.249 0.051 0.001 0.001 0.059 0.220 66 I 0.007 0.086 0.004 0.258 0.244 0.220 0.026 0.002 0.001 0.047 0.106 67 F 0.039 0.393 0.007 0.111 0.084 0.131 0.028 0.007 0.003 0.057 0.139 68 V 0.103 0.383 0.009 0.048 0.054 0.071 0.036 0.013 0.004 0.086 0.192 69 D 0.049 0.231 0.010 0.047 0.074 0.092 0.068 0.007 0.003 0.111 0.309 70 E 0.039 0.189 0.009 0.060 0.084 0.201 0.058 0.008 0.003 0.074 0.275 71 V 0.034 0.061 0.009 0.049 0.171 0.222 0.059 0.009 0.002 0.051 0.333 72 F 0.029 0.016 0.003 0.043 0.195 0.342 0.052 0.006 0.001 0.039 0.274 73 K 0.028 0.008 0.001 0.043 0.151 0.192 0.064 0.003 0.001 0.048 0.461 74 I 0.015 0.004 0.002 0.045 0.169 0.148 0.087 0.001 0.001 0.037 0.491 75 E 0.023 0.003 0.001 0.028 0.057 0.095 0.126 0.002 0.001 0.039 0.625 76 R 0.054 0.005 0.001 0.023 0.040 0.061 0.095 0.002 0.001 0.034 0.684 77 P 0.047 0.007 0.001 0.017 0.028 0.034 0.131 0.002 0.001 0.025 0.708