# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.026 0.171 0.025 0.076 0.094 0.104 0.086 0.420 2 A 0.066 0.138 0.033 0.053 0.090 0.085 0.065 0.471 3 R 0.023 0.182 0.077 0.179 0.109 0.062 0.142 0.228 4 T 0.059 0.181 0.090 0.097 0.180 0.049 0.092 0.252 5 I 0.051 0.054 0.083 0.128 0.176 0.063 0.071 0.375 6 I 0.029 0.038 0.207 0.133 0.188 0.059 0.075 0.270 7 K 0.233 0.085 0.035 0.051 0.078 0.065 0.053 0.399 8 W 0.399 0.044 0.017 0.022 0.028 0.064 0.069 0.357 9 Q 0.054 0.024 0.027 0.039 0.059 0.092 0.042 0.662 10 D 0.027 0.007 0.027 0.024 0.065 0.114 0.052 0.684 11 L 0.052 0.008 0.052 0.100 0.088 0.126 0.064 0.510 12 E 0.259 0.014 0.049 0.035 0.099 0.092 0.071 0.381 13 V 0.017 0.005 0.044 0.032 0.059 0.162 0.032 0.649 14 G 0.004 0.005 0.068 0.068 0.173 0.148 0.049 0.485 15 Q 0.001 0.004 0.161 0.240 0.335 0.057 0.048 0.155 16 V 0.002 0.004 0.278 0.263 0.269 0.033 0.045 0.107 17 V 0.002 0.003 0.332 0.320 0.165 0.035 0.041 0.102 18 M 0.006 0.003 0.314 0.131 0.324 0.030 0.051 0.140 19 L 0.014 0.002 0.293 0.187 0.212 0.054 0.032 0.206 20 N 0.009 0.003 0.135 0.082 0.170 0.135 0.051 0.416 21 Y 0.014 0.005 0.133 0.033 0.061 0.096 0.035 0.624 22 N 0.522 0.033 0.019 0.011 0.019 0.055 0.152 0.191 23 P 0.043 0.009 0.010 0.008 0.008 0.135 0.038 0.749 24 D 0.019 0.010 0.014 0.008 0.021 0.098 0.027 0.804 25 N 0.077 0.021 0.022 0.028 0.050 0.118 0.150 0.533 26 P 0.068 0.006 0.023 0.027 0.025 0.142 0.092 0.617 27 K 0.249 0.010 0.013 0.020 0.039 0.092 0.095 0.482 28 E 0.059 0.004 0.017 0.014 0.046 0.122 0.037 0.700 29 R 0.003 0.003 0.024 0.048 0.082 0.157 0.023 0.660 30 G 0.003 0.007 0.063 0.113 0.263 0.112 0.066 0.372 31 F 0.008 0.010 0.140 0.258 0.299 0.059 0.054 0.173 32 W 0.010 0.011 0.164 0.174 0.271 0.080 0.047 0.243 33 Y 0.011 0.017 0.152 0.142 0.235 0.074 0.058 0.311 34 D 0.029 0.034 0.079 0.150 0.198 0.068 0.230 0.212 35 A 0.016 0.066 0.123 0.188 0.214 0.055 0.179 0.158 36 E 0.038 0.105 0.060 0.157 0.186 0.058 0.138 0.258 37 I 0.045 0.072 0.059 0.190 0.196 0.074 0.115 0.248 38 S 0.074 0.091 0.045 0.111 0.169 0.085 0.075 0.349 39 R 0.074 0.034 0.018 0.051 0.072 0.117 0.129 0.506 40 K 0.087 0.080 0.018 0.047 0.055 0.112 0.109 0.492 41 R 0.066 0.051 0.013 0.023 0.038 0.107 0.135 0.566 42 E 0.017 0.112 0.021 0.048 0.035 0.122 0.083 0.562 43 T 0.088 0.196 0.014 0.029 0.036 0.086 0.079 0.473 44 R 0.067 0.249 0.023 0.061 0.035 0.075 0.087 0.401 45 T 0.119 0.338 0.019 0.021 0.041 0.053 0.061 0.348 46 A 0.107 0.239 0.027 0.034 0.049 0.068 0.155 0.321 47 R 0.029 0.207 0.057 0.083 0.107 0.063 0.164 0.289 48 E 0.026 0.089 0.105 0.086 0.242 0.061 0.146 0.247 49 L 0.016 0.100 0.209 0.187 0.231 0.044 0.069 0.144 50 Y 0.030 0.050 0.175 0.110 0.287 0.059 0.075 0.214 51 A 0.009 0.040 0.253 0.203 0.207 0.050 0.080 0.158 52 N 0.008 0.023 0.272 0.137 0.242 0.045 0.096 0.176 53 V 0.012 0.016 0.285 0.206 0.188 0.051 0.064 0.178 54 V 0.030 0.017 0.224 0.124 0.219 0.074 0.062 0.251 55 L 0.036 0.012 0.192 0.072 0.108 0.106 0.063 0.411 56 G 0.111 0.051 0.056 0.036 0.050 0.115 0.072 0.510 57 D 0.167 0.030 0.013 0.012 0.014 0.107 0.055 0.602 58 D 0.059 0.027 0.019 0.026 0.027 0.111 0.082 0.648 59 S 0.105 0.026 0.015 0.011 0.020 0.103 0.043 0.676 60 L 0.287 0.026 0.012 0.018 0.021 0.087 0.052 0.497 61 N 0.066 0.043 0.018 0.018 0.037 0.108 0.044 0.666 62 D 0.027 0.032 0.032 0.025 0.065 0.143 0.067 0.609 63 C 0.005 0.032 0.047 0.076 0.105 0.130 0.076 0.528 64 R 0.007 0.081 0.190 0.174 0.226 0.059 0.081 0.183 65 I 0.009 0.068 0.119 0.181 0.148 0.064 0.082 0.329 66 I 0.006 0.123 0.331 0.207 0.133 0.030 0.071 0.099 67 F 0.205 0.327 0.102 0.040 0.089 0.026 0.097 0.114 68 V 0.141 0.327 0.058 0.083 0.058 0.048 0.131 0.153 69 D 0.088 0.202 0.053 0.055 0.115 0.069 0.106 0.312 70 E 0.065 0.132 0.052 0.088 0.261 0.057 0.098 0.246 71 V 0.035 0.060 0.071 0.137 0.262 0.079 0.076 0.280 72 F 0.015 0.019 0.075 0.215 0.351 0.054 0.066 0.206 73 K 0.013 0.006 0.053 0.173 0.290 0.074 0.044 0.346 74 I 0.009 0.004 0.068 0.195 0.272 0.071 0.042 0.338 75 E 0.027 0.004 0.091 0.095 0.164 0.084 0.041 0.494 76 R 0.081 0.008 0.037 0.059 0.062 0.105 0.063 0.585 77 P 0.024 0.003 0.013 0.017 0.023 0.099 0.022 0.797