# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.069 0.084 0.064 0.145 0.161 0.111 0.145 0.100 0.063 0.035 0.024 2 A 0.104 0.063 0.057 0.078 0.080 0.071 0.148 0.132 0.119 0.092 0.056 3 R 0.055 0.073 0.136 0.216 0.178 0.130 0.101 0.050 0.033 0.019 0.009 4 T 0.079 0.107 0.190 0.200 0.148 0.098 0.092 0.047 0.022 0.011 0.005 5 I 0.026 0.033 0.064 0.120 0.136 0.117 0.177 0.139 0.092 0.062 0.035 6 I 0.013 0.010 0.023 0.023 0.037 0.072 0.167 0.155 0.200 0.191 0.108 7 K 0.037 0.199 0.309 0.282 0.106 0.035 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 8 W 0.024 0.017 0.045 0.061 0.099 0.165 0.229 0.140 0.104 0.079 0.037 9 Q 0.389 0.192 0.124 0.141 0.066 0.035 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 10 D 0.062 0.122 0.096 0.215 0.152 0.115 0.127 0.059 0.030 0.014 0.008 11 L 0.009 0.005 0.011 0.009 0.018 0.033 0.082 0.104 0.193 0.220 0.316 12 E 0.174 0.345 0.172 0.191 0.074 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 13 V 0.051 0.047 0.071 0.112 0.127 0.119 0.168 0.119 0.086 0.058 0.041 14 G 0.212 0.132 0.056 0.129 0.103 0.085 0.106 0.068 0.053 0.036 0.020 15 Q 0.048 0.072 0.061 0.172 0.131 0.140 0.156 0.092 0.071 0.040 0.018 16 V 0.017 0.030 0.052 0.088 0.100 0.145 0.179 0.140 0.112 0.090 0.049 17 V 0.002 0.005 0.010 0.020 0.031 0.055 0.138 0.166 0.231 0.201 0.140 18 M 0.003 0.004 0.012 0.021 0.033 0.042 0.100 0.165 0.216 0.226 0.177 19 L 0.004 0.006 0.019 0.030 0.038 0.056 0.111 0.139 0.213 0.225 0.159 20 N 0.006 0.008 0.017 0.043 0.068 0.089 0.171 0.183 0.178 0.139 0.099 21 Y 0.008 0.007 0.013 0.021 0.032 0.049 0.117 0.172 0.215 0.206 0.160 22 N 0.034 0.107 0.077 0.171 0.147 0.108 0.137 0.091 0.064 0.040 0.027 23 P 0.161 0.084 0.043 0.102 0.108 0.102 0.150 0.089 0.077 0.050 0.034 24 D 0.590 0.168 0.043 0.081 0.042 0.026 0.024 0.012 0.007 0.004 0.002 25 N 0.238 0.265 0.058 0.162 0.094 0.062 0.057 0.028 0.019 0.011 0.006 26 P 0.124 0.133 0.030 0.073 0.072 0.073 0.111 0.098 0.102 0.094 0.090 27 K 0.335 0.238 0.070 0.159 0.092 0.045 0.029 0.015 0.009 0.005 0.003 28 E 0.314 0.206 0.107 0.157 0.073 0.054 0.041 0.022 0.014 0.009 0.004 29 R 0.038 0.055 0.031 0.132 0.130 0.164 0.173 0.110 0.086 0.053 0.027 30 G 0.157 0.112 0.051 0.108 0.087 0.088 0.123 0.103 0.085 0.057 0.030 31 F 0.020 0.027 0.042 0.092 0.098 0.143 0.193 0.137 0.122 0.084 0.045 32 W 0.026 0.028 0.050 0.084 0.093 0.105 0.156 0.143 0.129 0.111 0.075 33 Y 0.008 0.012 0.018 0.038 0.064 0.091 0.184 0.199 0.176 0.133 0.076 34 D 0.016 0.030 0.051 0.098 0.120 0.105 0.171 0.153 0.122 0.086 0.049 35 A 0.022 0.012 0.028 0.048 0.065 0.103 0.214 0.171 0.162 0.111 0.064 36 E 0.114 0.142 0.153 0.258 0.150 0.072 0.064 0.024 0.013 0.005 0.003 37 I 0.007 0.006 0.016 0.015 0.029 0.036 0.120 0.163 0.208 0.203 0.197 38 S 0.035 0.058 0.102 0.183 0.173 0.128 0.143 0.076 0.052 0.036 0.015 39 R 0.063 0.154 0.341 0.197 0.095 0.065 0.049 0.017 0.011 0.006 0.002 40 K 0.074 0.120 0.182 0.205 0.155 0.113 0.085 0.037 0.016 0.009 0.004 41 R 0.315 0.203 0.119 0.130 0.074 0.050 0.054 0.029 0.014 0.008 0.003 42 E 0.254 0.120 0.118 0.147 0.108 0.085 0.092 0.042 0.020 0.010 0.004 43 T 0.160 0.209 0.247 0.154 0.083 0.054 0.050 0.022 0.011 0.007 0.003 44 R 0.095 0.095 0.152 0.155 0.140 0.123 0.128 0.058 0.030 0.018 0.008 45 T 0.219 0.281 0.203 0.165 0.067 0.030 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 46 A 0.061 0.048 0.084 0.148 0.145 0.146 0.159 0.104 0.056 0.036 0.012 47 R 0.063 0.088 0.167 0.179 0.134 0.130 0.126 0.063 0.028 0.016 0.005 48 E 0.019 0.066 0.234 0.272 0.177 0.114 0.066 0.029 0.013 0.007 0.003 49 L 0.003 0.003 0.015 0.008 0.017 0.059 0.151 0.155 0.214 0.224 0.151 50 Y 0.016 0.048 0.091 0.215 0.201 0.132 0.135 0.076 0.047 0.027 0.012 51 A 0.004 0.003 0.020 0.014 0.022 0.049 0.146 0.162 0.236 0.220 0.123 52 N 0.032 0.106 0.133 0.306 0.200 0.094 0.065 0.029 0.019 0.009 0.007 53 V 0.004 0.002 0.006 0.007 0.013 0.021 0.067 0.127 0.205 0.235 0.313 54 V 0.028 0.036 0.040 0.116 0.155 0.152 0.158 0.120 0.086 0.062 0.047 55 L 0.006 0.010 0.015 0.021 0.031 0.046 0.115 0.152 0.214 0.197 0.194 56 G 0.081 0.092 0.055 0.130 0.135 0.101 0.138 0.096 0.077 0.053 0.043 57 D 0.349 0.187 0.055 0.139 0.082 0.058 0.064 0.028 0.022 0.011 0.006 58 D 0.541 0.145 0.039 0.105 0.064 0.036 0.031 0.018 0.010 0.006 0.004 59 S 0.211 0.279 0.039 0.153 0.105 0.067 0.069 0.039 0.020 0.011 0.007 60 L 0.046 0.050 0.021 0.054 0.074 0.089 0.140 0.136 0.141 0.128 0.120 61 N 0.310 0.225 0.107 0.162 0.094 0.047 0.031 0.013 0.006 0.003 0.002 62 D 0.242 0.165 0.114 0.239 0.111 0.051 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 63 C 0.013 0.012 0.010 0.020 0.030 0.069 0.145 0.136 0.224 0.217 0.123 64 R 0.077 0.195 0.101 0.314 0.165 0.069 0.040 0.020 0.011 0.005 0.003 65 I 0.022 0.014 0.058 0.051 0.065 0.111 0.173 0.162 0.139 0.133 0.072 66 I 0.030 0.069 0.095 0.191 0.175 0.164 0.134 0.069 0.041 0.021 0.011 67 F 0.011 0.028 0.033 0.042 0.053 0.060 0.151 0.185 0.176 0.156 0.105 68 V 0.025 0.031 0.059 0.120 0.156 0.160 0.183 0.108 0.080 0.048 0.029 69 D 0.483 0.132 0.157 0.119 0.048 0.024 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 70 E 0.030 0.047 0.064 0.159 0.175 0.163 0.197 0.091 0.043 0.020 0.011 71 V 0.013 0.014 0.027 0.029 0.040 0.045 0.111 0.142 0.203 0.209 0.166 72 F 0.017 0.019 0.069 0.089 0.106 0.172 0.232 0.124 0.088 0.062 0.022 73 K 0.016 0.119 0.446 0.251 0.098 0.039 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 74 I 0.018 0.008 0.021 0.027 0.052 0.057 0.161 0.221 0.165 0.142 0.129 75 E 0.100 0.116 0.103 0.157 0.119 0.112 0.127 0.073 0.049 0.031 0.012 76 R 0.136 0.231 0.236 0.200 0.094 0.045 0.031 0.013 0.007 0.004 0.002 77 P 0.342 0.112 0.077 0.106 0.098 0.068 0.086 0.055 0.028 0.017 0.012