# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.077 0.022 0.005 0.027 0.038 0.038 0.165 0.002 0.001 0.004 0.622 2 A 0.047 0.020 0.005 0.028 0.037 0.056 0.039 0.001 0.001 0.002 0.766 3 R 0.034 0.037 0.004 0.110 0.089 0.153 0.139 0.001 0.001 0.003 0.429 4 T 0.052 0.049 0.003 0.101 0.164 0.164 0.118 0.002 0.001 0.003 0.344 5 I 0.044 0.075 0.006 0.122 0.098 0.206 0.041 0.002 0.001 0.002 0.405 6 I 0.025 0.070 0.008 0.234 0.175 0.262 0.057 0.003 0.001 0.002 0.165 7 K 0.021 0.047 0.003 0.079 0.112 0.178 0.069 0.003 0.001 0.002 0.487 8 W 0.036 0.069 0.007 0.078 0.108 0.306 0.036 0.003 0.001 0.003 0.355 9 Q 0.051 0.056 0.004 0.043 0.066 0.163 0.110 0.003 0.001 0.006 0.499 10 D 0.140 0.029 0.004 0.014 0.013 0.030 0.115 0.004 0.001 0.007 0.644 11 L 0.551 0.070 0.025 0.036 0.035 0.060 0.042 0.008 0.001 0.006 0.167 12 E 0.081 0.071 0.013 0.043 0.075 0.075 0.189 0.010 0.001 0.004 0.439 13 V 0.069 0.056 0.032 0.063 0.075 0.089 0.079 0.006 0.001 0.008 0.522 14 G 0.057 0.012 0.011 0.123 0.141 0.286 0.084 0.002 0.001 0.019 0.267 15 Q 0.096 0.004 0.006 0.172 0.134 0.114 0.202 0.001 0.001 0.008 0.263 16 V 0.017 0.004 0.002 0.252 0.137 0.193 0.069 0.001 0.001 0.001 0.325 17 V 0.003 0.001 0.001 0.451 0.179 0.282 0.024 0.001 0.001 0.001 0.059 18 M 0.002 0.002 0.001 0.274 0.244 0.339 0.019 0.001 0.001 0.001 0.119 19 L 0.002 0.002 0.001 0.314 0.254 0.280 0.022 0.001 0.001 0.001 0.124 20 N 0.002 0.002 0.001 0.257 0.208 0.348 0.036 0.001 0.001 0.002 0.143 21 Y 0.005 0.003 0.002 0.101 0.162 0.262 0.119 0.001 0.001 0.005 0.339 22 N 0.005 0.001 0.002 0.073 0.163 0.159 0.267 0.001 0.001 0.010 0.318 23 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.982 24 D 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.015 0.519 0.001 0.001 0.006 0.434 25 N 0.230 0.003 0.002 0.007 0.017 0.008 0.170 0.001 0.001 0.057 0.504 26 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 27 K 0.007 0.004 0.002 0.014 0.028 0.083 0.411 0.001 0.001 0.006 0.446 28 E 0.389 0.013 0.001 0.010 0.022 0.023 0.109 0.001 0.001 0.025 0.407 29 R 0.175 0.213 0.009 0.035 0.072 0.052 0.091 0.003 0.001 0.013 0.337 30 G 0.136 0.041 0.013 0.043 0.122 0.187 0.096 0.005 0.001 0.009 0.347 31 F 0.097 0.051 0.042 0.130 0.159 0.152 0.084 0.004 0.001 0.005 0.276 32 W 0.008 0.007 0.002 0.089 0.284 0.386 0.019 0.001 0.001 0.001 0.203 33 Y 0.004 0.004 0.001 0.077 0.394 0.335 0.032 0.001 0.001 0.001 0.150 34 D 0.014 0.013 0.004 0.098 0.235 0.356 0.043 0.001 0.001 0.005 0.232 35 A 0.013 0.017 0.003 0.101 0.184 0.358 0.094 0.001 0.001 0.006 0.224 36 E 0.012 0.011 0.001 0.065 0.090 0.178 0.402 0.001 0.001 0.005 0.235 37 I 0.046 0.043 0.004 0.077 0.161 0.234 0.155 0.001 0.001 0.010 0.269 38 S 0.023 0.103 0.006 0.042 0.234 0.279 0.105 0.002 0.001 0.005 0.200 39 R 0.024 0.097 0.005 0.025 0.124 0.176 0.074 0.003 0.001 0.004 0.468 40 K 0.068 0.091 0.004 0.021 0.129 0.249 0.053 0.004 0.001 0.004 0.377 41 R 0.088 0.054 0.006 0.016 0.089 0.151 0.102 0.005 0.001 0.005 0.484 42 E 0.094 0.069 0.010 0.011 0.045 0.065 0.111 0.005 0.001 0.005 0.587 43 T 0.073 0.050 0.017 0.015 0.045 0.086 0.101 0.005 0.001 0.007 0.600 44 R 0.149 0.076 0.019 0.015 0.042 0.062 0.092 0.004 0.001 0.009 0.533 45 T 0.044 0.061 0.006 0.010 0.021 0.028 0.256 0.002 0.001 0.006 0.567 46 A 0.124 0.072 0.010 0.012 0.035 0.064 0.103 0.002 0.001 0.010 0.567 47 R 0.089 0.176 0.012 0.014 0.059 0.108 0.182 0.003 0.001 0.013 0.344 48 E 0.143 0.123 0.008 0.023 0.055 0.069 0.165 0.004 0.001 0.005 0.405 49 L 0.129 0.254 0.017 0.040 0.145 0.164 0.039 0.006 0.001 0.002 0.205 50 Y 0.025 0.136 0.008 0.087 0.263 0.328 0.036 0.004 0.001 0.001 0.111 51 A 0.010 0.045 0.004 0.096 0.334 0.407 0.016 0.002 0.001 0.001 0.084 52 N 0.012 0.025 0.003 0.119 0.313 0.399 0.018 0.002 0.001 0.001 0.109 53 V 0.014 0.019 0.003 0.184 0.232 0.376 0.017 0.001 0.001 0.001 0.153 54 V 0.008 0.010 0.003 0.220 0.201 0.404 0.025 0.001 0.001 0.001 0.126 55 L 0.010 0.012 0.006 0.244 0.136 0.323 0.059 0.002 0.001 0.003 0.204 56 G 0.037 0.009 0.006 0.142 0.083 0.183 0.112 0.002 0.001 0.007 0.419 57 D 0.025 0.001 0.001 0.035 0.009 0.021 0.064 0.001 0.001 0.002 0.841 58 D 0.041 0.001 0.001 0.015 0.006 0.012 0.088 0.001 0.001 0.003 0.833 59 S 0.077 0.002 0.002 0.013 0.006 0.009 0.294 0.001 0.001 0.006 0.591 60 L 0.231 0.018 0.006 0.022 0.023 0.042 0.118 0.001 0.001 0.009 0.530 61 N 0.066 0.029 0.006 0.026 0.058 0.106 0.230 0.002 0.001 0.009 0.468 62 D 0.135 0.018 0.005 0.032 0.030 0.040 0.123 0.002 0.001 0.009 0.608 63 C 0.174 0.040 0.018 0.079 0.085 0.121 0.072 0.002 0.001 0.008 0.400 64 R 0.039 0.030 0.005 0.172 0.211 0.210 0.160 0.001 0.001 0.004 0.167 65 I 0.018 0.031 0.006 0.235 0.139 0.250 0.050 0.001 0.001 0.003 0.267 66 I 0.011 0.036 0.003 0.383 0.180 0.248 0.045 0.001 0.001 0.001 0.090 67 F 0.008 0.042 0.002 0.214 0.110 0.165 0.079 0.001 0.001 0.001 0.378 68 V 0.007 0.043 0.002 0.218 0.106 0.352 0.030 0.001 0.001 0.002 0.238 69 D 0.018 0.044 0.002 0.128 0.041 0.183 0.093 0.001 0.001 0.005 0.485 70 E 0.140 0.091 0.003 0.060 0.017 0.025 0.228 0.002 0.001 0.005 0.429 71 V 0.298 0.337 0.012 0.018 0.017 0.030 0.040 0.006 0.001 0.003 0.239 72 F 0.076 0.425 0.016 0.042 0.093 0.137 0.027 0.012 0.001 0.001 0.172 73 K 0.066 0.278 0.010 0.033 0.072 0.088 0.030 0.023 0.001 0.002 0.399 74 I 0.124 0.209 0.030 0.068 0.098 0.138 0.018 0.028 0.001 0.003 0.284 75 E 0.071 0.108 0.046 0.068 0.102 0.144 0.056 0.020 0.001 0.004 0.381 76 R 0.026 0.016 0.014 0.034 0.106 0.096 0.054 0.003 0.001 0.002 0.650 77 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982