# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.048 0.047 0.027 0.026 0.041 0.057 0.007 0.748 2 A 0.038 0.055 0.043 0.043 0.086 0.027 0.006 0.704 3 R 0.048 0.103 0.101 0.136 0.194 0.063 0.009 0.346 4 T 0.088 0.100 0.097 0.132 0.177 0.063 0.009 0.333 5 I 0.050 0.118 0.149 0.102 0.172 0.022 0.007 0.379 6 I 0.033 0.088 0.203 0.228 0.250 0.054 0.005 0.139 7 K 0.031 0.059 0.083 0.118 0.159 0.083 0.007 0.461 8 W 0.037 0.081 0.109 0.104 0.205 0.050 0.011 0.402 9 Q 0.042 0.049 0.045 0.063 0.088 0.254 0.017 0.442 10 D 0.143 0.030 0.022 0.025 0.034 0.128 0.027 0.592 11 L 0.206 0.083 0.089 0.078 0.102 0.053 0.026 0.363 12 E 0.068 0.048 0.049 0.101 0.079 0.336 0.010 0.308 13 V 0.040 0.027 0.036 0.043 0.076 0.035 0.006 0.738 14 G 0.069 0.037 0.135 0.114 0.242 0.066 0.015 0.321 15 Q 0.096 0.012 0.138 0.190 0.139 0.145 0.008 0.272 16 V 0.021 0.008 0.201 0.133 0.230 0.020 0.004 0.383 17 V 0.008 0.004 0.324 0.270 0.311 0.025 0.001 0.057 18 M 0.003 0.002 0.361 0.194 0.269 0.011 0.001 0.161 19 L 0.003 0.002 0.464 0.141 0.288 0.020 0.001 0.081 20 N 0.006 0.002 0.190 0.163 0.299 0.032 0.002 0.306 21 Y 0.017 0.003 0.195 0.115 0.241 0.151 0.005 0.274 22 N 0.034 0.003 0.056 0.082 0.094 0.334 0.012 0.386 23 P 0.012 0.001 0.006 0.004 0.009 0.023 0.003 0.942 24 D 0.025 0.003 0.008 0.007 0.014 0.607 0.010 0.327 25 N 0.363 0.004 0.003 0.006 0.009 0.323 0.027 0.264 26 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 27 K 0.013 0.011 0.012 0.018 0.035 0.343 0.003 0.563 28 E 0.300 0.024 0.013 0.016 0.019 0.303 0.011 0.313 29 R 0.273 0.214 0.051 0.030 0.069 0.054 0.032 0.277 30 G 0.202 0.078 0.143 0.037 0.085 0.049 0.040 0.366 31 F 0.098 0.035 0.323 0.148 0.095 0.070 0.006 0.224 32 W 0.012 0.022 0.105 0.170 0.243 0.030 0.005 0.413 33 Y 0.019 0.018 0.100 0.262 0.393 0.050 0.003 0.155 34 D 0.015 0.027 0.093 0.174 0.246 0.089 0.004 0.353 35 A 0.025 0.030 0.062 0.295 0.337 0.055 0.005 0.190 36 E 0.024 0.052 0.033 0.183 0.251 0.228 0.005 0.223 37 I 0.044 0.113 0.028 0.193 0.359 0.047 0.007 0.209 38 S 0.022 0.252 0.056 0.147 0.354 0.034 0.006 0.128 39 R 0.049 0.152 0.030 0.085 0.193 0.041 0.013 0.436 40 K 0.073 0.138 0.024 0.067 0.142 0.060 0.016 0.482 41 R 0.078 0.121 0.018 0.042 0.064 0.113 0.021 0.543 42 E 0.117 0.146 0.026 0.031 0.049 0.109 0.025 0.497 43 T 0.112 0.199 0.037 0.028 0.039 0.107 0.018 0.459 44 R 0.095 0.173 0.038 0.036 0.049 0.060 0.011 0.538 45 T 0.066 0.171 0.016 0.019 0.033 0.248 0.010 0.438 46 A 0.094 0.340 0.019 0.023 0.044 0.090 0.014 0.377 47 R 0.063 0.412 0.024 0.025 0.039 0.088 0.012 0.337 48 E 0.075 0.279 0.019 0.016 0.019 0.215 0.014 0.362 49 L 0.113 0.565 0.059 0.052 0.061 0.019 0.014 0.117 50 Y 0.034 0.553 0.105 0.063 0.092 0.024 0.009 0.121 51 A 0.035 0.259 0.137 0.186 0.210 0.019 0.008 0.146 52 N 0.033 0.212 0.281 0.100 0.205 0.017 0.013 0.138 53 V 0.052 0.092 0.283 0.179 0.188 0.020 0.011 0.175 54 V 0.015 0.066 0.420 0.154 0.186 0.031 0.007 0.121 55 L 0.021 0.031 0.422 0.141 0.179 0.048 0.008 0.151 56 G 0.027 0.018 0.217 0.109 0.204 0.087 0.012 0.326 57 D 0.027 0.007 0.083 0.042 0.055 0.100 0.009 0.677 58 D 0.035 0.004 0.038 0.044 0.058 0.112 0.012 0.696 59 S 0.175 0.006 0.019 0.023 0.035 0.285 0.021 0.436 60 L 0.111 0.029 0.060 0.096 0.113 0.133 0.014 0.443 61 N 0.039 0.013 0.019 0.033 0.045 0.381 0.007 0.464 62 D 0.061 0.011 0.016 0.014 0.019 0.420 0.009 0.450 63 C 0.292 0.037 0.104 0.075 0.108 0.084 0.035 0.266 64 R 0.042 0.032 0.127 0.185 0.144 0.234 0.007 0.229 65 I 0.017 0.021 0.121 0.177 0.251 0.037 0.003 0.372 66 I 0.015 0.022 0.209 0.254 0.377 0.033 0.002 0.089 67 F 0.008 0.018 0.078 0.144 0.259 0.049 0.002 0.441 68 V 0.009 0.037 0.083 0.198 0.472 0.037 0.002 0.162 69 D 0.015 0.042 0.032 0.086 0.172 0.072 0.004 0.578 70 E 0.080 0.089 0.026 0.065 0.108 0.240 0.020 0.373 71 V 0.245 0.238 0.047 0.048 0.112 0.042 0.032 0.238 72 F 0.033 0.182 0.071 0.290 0.294 0.025 0.007 0.097 73 K 0.047 0.131 0.072 0.174 0.231 0.031 0.010 0.304 74 I 0.048 0.100 0.103 0.228 0.281 0.009 0.006 0.225 75 E 0.015 0.094 0.105 0.181 0.345 0.032 0.009 0.219 76 R 0.028 0.019 0.064 0.088 0.148 0.043 0.005 0.606 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994