# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.072 0.095 0.044 0.018 0.088 0.021 0.052 0.312 0.129 0.126 0.043 2 A 0.119 0.103 0.024 0.011 0.190 0.014 0.021 0.280 0.129 0.073 0.037 3 R 0.093 0.089 0.020 0.016 0.183 0.031 0.058 0.337 0.120 0.030 0.021 4 T 0.134 0.099 0.032 0.012 0.240 0.016 0.087 0.234 0.060 0.052 0.035 5 I 0.310 0.079 0.010 0.004 0.345 0.004 0.015 0.089 0.030 0.058 0.056 6 I 0.095 0.280 0.057 0.010 0.365 0.022 0.031 0.066 0.023 0.015 0.036 7 K 0.241 0.186 0.051 0.004 0.322 0.005 0.011 0.059 0.018 0.024 0.080 8 W 0.113 0.073 0.011 0.005 0.154 0.009 0.011 0.241 0.294 0.059 0.031 9 Q 0.020 0.071 0.034 0.018 0.050 0.048 0.150 0.397 0.173 0.028 0.010 10 D 0.154 0.036 0.012 0.005 0.181 0.008 0.032 0.174 0.065 0.255 0.078 11 L 0.133 0.239 0.021 0.006 0.431 0.007 0.022 0.083 0.025 0.015 0.018 12 E 0.302 0.057 0.039 0.033 0.234 0.037 0.044 0.106 0.039 0.034 0.074 13 V 0.072 0.280 0.114 0.103 0.139 0.070 0.085 0.051 0.036 0.026 0.025 14 G 0.039 0.015 0.030 0.169 0.020 0.098 0.046 0.023 0.022 0.356 0.182 15 Q 0.089 0.379 0.034 0.008 0.353 0.014 0.021 0.016 0.011 0.036 0.038 16 V 0.237 0.077 0.001 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 17 V 0.201 0.079 0.005 0.001 0.697 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 18 M 0.350 0.054 0.011 0.001 0.538 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.037 19 L 0.271 0.093 0.019 0.019 0.344 0.051 0.044 0.026 0.017 0.033 0.085 20 N 0.241 0.140 0.042 0.011 0.402 0.009 0.012 0.011 0.007 0.028 0.097 21 Y 0.100 0.239 0.060 0.024 0.274 0.038 0.034 0.031 0.031 0.099 0.070 22 N 0.167 0.178 0.133 0.009 0.457 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.034 23 P 0.006 0.014 0.004 0.002 0.008 0.005 0.015 0.279 0.638 0.025 0.004 24 D 0.014 0.084 0.032 0.011 0.023 0.030 0.152 0.274 0.184 0.180 0.017 25 N 0.078 0.258 0.035 0.014 0.238 0.008 0.010 0.109 0.059 0.144 0.047 26 P 0.113 0.111 0.078 0.033 0.170 0.021 0.039 0.231 0.114 0.050 0.039 27 K 0.059 0.072 0.040 0.017 0.086 0.030 0.078 0.338 0.177 0.070 0.032 28 E 0.081 0.083 0.050 0.041 0.117 0.063 0.082 0.177 0.092 0.161 0.053 29 R 0.093 0.220 0.099 0.082 0.133 0.045 0.053 0.087 0.057 0.085 0.044 30 G 0.066 0.061 0.093 0.149 0.067 0.051 0.031 0.073 0.065 0.233 0.112 31 F 0.104 0.238 0.057 0.013 0.322 0.015 0.035 0.090 0.050 0.042 0.034 32 W 0.347 0.099 0.019 0.006 0.308 0.011 0.019 0.046 0.022 0.046 0.075 33 Y 0.082 0.356 0.089 0.019 0.290 0.028 0.028 0.040 0.017 0.015 0.036 34 D 0.305 0.090 0.022 0.008 0.431 0.006 0.005 0.039 0.017 0.026 0.051 35 A 0.150 0.152 0.011 0.004 0.494 0.009 0.018 0.085 0.050 0.011 0.015 36 E 0.289 0.092 0.035 0.006 0.351 0.008 0.045 0.085 0.019 0.018 0.052 37 I 0.274 0.100 0.021 0.012 0.250 0.012 0.019 0.099 0.044 0.070 0.098 38 S 0.081 0.176 0.065 0.051 0.182 0.064 0.073 0.149 0.071 0.049 0.040 39 R 0.132 0.110 0.056 0.027 0.151 0.028 0.050 0.179 0.092 0.109 0.066 40 K 0.085 0.213 0.060 0.019 0.222 0.024 0.049 0.150 0.080 0.059 0.040 41 R 0.149 0.141 0.049 0.021 0.226 0.023 0.042 0.149 0.076 0.068 0.056 42 E 0.112 0.148 0.055 0.023 0.164 0.031 0.063 0.152 0.086 0.102 0.064 43 T 0.134 0.204 0.062 0.016 0.280 0.014 0.022 0.119 0.046 0.051 0.053 44 R 0.081 0.121 0.051 0.026 0.120 0.040 0.058 0.276 0.116 0.073 0.038 45 T 0.102 0.182 0.090 0.013 0.191 0.014 0.032 0.207 0.071 0.050 0.047 46 A 0.089 0.050 0.013 0.007 0.097 0.010 0.013 0.378 0.246 0.066 0.030 47 R 0.026 0.060 0.026 0.019 0.063 0.034 0.078 0.485 0.170 0.028 0.011 48 E 0.186 0.034 0.013 0.010 0.142 0.011 0.065 0.282 0.075 0.130 0.053 49 L 0.210 0.170 0.013 0.007 0.432 0.007 0.026 0.085 0.017 0.015 0.018 50 Y 0.355 0.055 0.016 0.016 0.309 0.025 0.033 0.078 0.024 0.027 0.061 51 A 0.186 0.137 0.027 0.015 0.451 0.019 0.028 0.063 0.027 0.014 0.033 52 N 0.276 0.076 0.011 0.005 0.506 0.006 0.016 0.034 0.015 0.017 0.037 53 V 0.195 0.163 0.018 0.002 0.552 0.002 0.010 0.014 0.006 0.005 0.035 54 V 0.339 0.092 0.019 0.002 0.404 0.004 0.010 0.009 0.005 0.010 0.106 55 L 0.090 0.113 0.057 0.119 0.117 0.122 0.071 0.052 0.045 0.140 0.074 56 G 0.015 0.060 0.152 0.558 0.027 0.061 0.021 0.019 0.024 0.049 0.016 57 D 0.043 0.096 0.060 0.085 0.081 0.065 0.113 0.175 0.143 0.114 0.025 58 D 0.043 0.083 0.072 0.062 0.072 0.045 0.047 0.110 0.135 0.272 0.060 59 S 0.141 0.108 0.047 0.019 0.203 0.015 0.031 0.110 0.114 0.139 0.073 60 L 0.143 0.099 0.055 0.026 0.151 0.033 0.035 0.182 0.136 0.097 0.043 61 N 0.038 0.062 0.065 0.083 0.049 0.106 0.143 0.266 0.101 0.065 0.023 62 D 0.197 0.046 0.025 0.016 0.140 0.018 0.037 0.103 0.064 0.249 0.104 63 C 0.158 0.252 0.016 0.007 0.452 0.010 0.009 0.035 0.016 0.018 0.027 64 R 0.125 0.174 0.033 0.006 0.553 0.012 0.017 0.034 0.011 0.007 0.028 65 I 0.488 0.039 0.002 0.002 0.407 0.001 0.003 0.012 0.004 0.010 0.032 66 I 0.126 0.224 0.013 0.002 0.580 0.005 0.014 0.016 0.003 0.003 0.014 67 F 0.285 0.170 0.043 0.002 0.352 0.002 0.004 0.018 0.005 0.010 0.109 68 V 0.172 0.149 0.015 0.015 0.251 0.019 0.012 0.173 0.102 0.035 0.057 69 D 0.037 0.050 0.040 0.034 0.070 0.073 0.097 0.370 0.180 0.031 0.017 70 E 0.095 0.073 0.024 0.009 0.167 0.012 0.077 0.290 0.117 0.106 0.031 71 V 0.295 0.081 0.010 0.008 0.293 0.007 0.043 0.134 0.041 0.051 0.038 72 F 0.134 0.222 0.029 0.008 0.460 0.013 0.020 0.050 0.023 0.009 0.031 73 K 0.270 0.091 0.028 0.014 0.258 0.021 0.048 0.101 0.043 0.055 0.071 74 I 0.167 0.175 0.036 0.015 0.339 0.016 0.037 0.076 0.047 0.049 0.043 75 E 0.147 0.206 0.064 0.021 0.264 0.023 0.054 0.065 0.047 0.056 0.052 76 R 0.098 0.295 0.205 0.014 0.237 0.008 0.014 0.025 0.018 0.023 0.064 77 P 0.096 0.332 0.112 0.018 0.205 0.016 0.029 0.064 0.050 0.034 0.044