# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.78416 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.198 0.173 0.178 0.153 0.124 0.081 0.042 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 2 A 0.057 0.034 0.041 0.078 0.131 0.156 0.175 0.152 0.088 0.042 0.029 0.009 0.005 0.002 3 R 0.115 0.157 0.159 0.192 0.159 0.097 0.057 0.032 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 4 T 0.338 0.186 0.129 0.115 0.087 0.074 0.031 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 5 I 0.043 0.063 0.078 0.159 0.195 0.185 0.124 0.076 0.045 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 6 I 0.096 0.063 0.073 0.126 0.193 0.166 0.114 0.091 0.043 0.017 0.012 0.005 0.003 0.001 7 K 0.341 0.246 0.203 0.087 0.050 0.041 0.015 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 W 0.117 0.088 0.127 0.196 0.194 0.123 0.076 0.040 0.025 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 9 Q 0.323 0.183 0.184 0.124 0.084 0.054 0.029 0.007 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.365 0.251 0.176 0.079 0.046 0.056 0.015 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.085 0.090 0.069 0.168 0.238 0.171 0.101 0.050 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 12 E 0.250 0.216 0.208 0.124 0.077 0.061 0.032 0.011 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 V 0.058 0.064 0.069 0.169 0.191 0.177 0.112 0.087 0.037 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 14 G 0.037 0.065 0.092 0.133 0.161 0.150 0.133 0.098 0.070 0.026 0.025 0.007 0.002 0.002 15 Q 0.017 0.027 0.046 0.077 0.128 0.135 0.134 0.131 0.126 0.085 0.046 0.027 0.012 0.009 16 V 0.003 0.005 0.006 0.014 0.032 0.058 0.105 0.140 0.182 0.168 0.136 0.085 0.043 0.023 17 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.015 0.034 0.058 0.121 0.172 0.232 0.176 0.113 0.065 18 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.019 0.044 0.118 0.175 0.201 0.213 0.140 0.073 19 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.028 0.059 0.113 0.183 0.225 0.188 0.112 0.069 20 N 0.001 0.003 0.005 0.011 0.019 0.040 0.069 0.105 0.174 0.186 0.147 0.119 0.067 0.054 21 Y 0.004 0.007 0.012 0.025 0.047 0.075 0.121 0.160 0.163 0.148 0.129 0.059 0.032 0.020 22 N 0.021 0.062 0.088 0.136 0.168 0.141 0.125 0.105 0.075 0.038 0.027 0.008 0.003 0.004 23 P 0.042 0.073 0.103 0.148 0.158 0.157 0.111 0.092 0.068 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 24 D 0.321 0.199 0.189 0.117 0.081 0.039 0.028 0.009 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.453 0.247 0.152 0.058 0.032 0.033 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 P 0.357 0.178 0.146 0.122 0.097 0.042 0.040 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.508 0.208 0.119 0.070 0.036 0.028 0.021 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.511 0.164 0.122 0.074 0.052 0.034 0.028 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.099 0.099 0.100 0.150 0.192 0.163 0.090 0.051 0.029 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 30 G 0.093 0.072 0.098 0.120 0.159 0.147 0.108 0.075 0.059 0.041 0.019 0.008 0.003 0.001 31 F 0.039 0.023 0.033 0.072 0.123 0.120 0.148 0.148 0.102 0.084 0.047 0.038 0.018 0.005 32 W 0.042 0.031 0.038 0.055 0.077 0.100 0.097 0.119 0.144 0.103 0.083 0.070 0.030 0.012 33 Y 0.029 0.019 0.025 0.043 0.078 0.092 0.141 0.150 0.122 0.127 0.096 0.049 0.021 0.011 34 D 0.022 0.034 0.044 0.079 0.118 0.127 0.148 0.142 0.113 0.068 0.062 0.021 0.010 0.010 35 A 0.036 0.027 0.030 0.053 0.088 0.117 0.128 0.129 0.128 0.112 0.078 0.041 0.027 0.008 36 E 0.083 0.123 0.147 0.161 0.140 0.135 0.086 0.059 0.039 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 37 I 0.040 0.036 0.047 0.092 0.142 0.159 0.147 0.137 0.092 0.050 0.033 0.016 0.008 0.003 38 S 0.128 0.145 0.155 0.185 0.157 0.108 0.060 0.032 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 39 R 0.387 0.170 0.193 0.103 0.062 0.043 0.022 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 K 0.312 0.168 0.164 0.131 0.107 0.056 0.037 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.466 0.201 0.144 0.081 0.049 0.032 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.461 0.187 0.124 0.094 0.063 0.039 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 T 0.460 0.192 0.118 0.086 0.067 0.037 0.025 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.329 0.183 0.157 0.129 0.096 0.059 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.453 0.197 0.137 0.085 0.053 0.038 0.020 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.130 0.121 0.132 0.189 0.174 0.120 0.071 0.030 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 47 R 0.130 0.143 0.162 0.170 0.147 0.110 0.064 0.033 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 48 E 0.090 0.111 0.101 0.142 0.164 0.155 0.090 0.056 0.047 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 49 L 0.012 0.011 0.015 0.033 0.064 0.107 0.163 0.169 0.129 0.112 0.094 0.053 0.031 0.007 50 Y 0.012 0.017 0.029 0.053 0.097 0.116 0.127 0.164 0.133 0.091 0.073 0.046 0.022 0.020 51 A 0.005 0.004 0.005 0.011 0.019 0.035 0.058 0.084 0.157 0.220 0.148 0.154 0.076 0.025 52 N 0.009 0.015 0.020 0.045 0.080 0.101 0.142 0.154 0.135 0.104 0.100 0.047 0.021 0.028 53 V 0.005 0.005 0.008 0.011 0.023 0.041 0.078 0.100 0.156 0.188 0.214 0.096 0.053 0.023 54 V 0.013 0.024 0.028 0.068 0.110 0.139 0.164 0.175 0.106 0.075 0.048 0.022 0.015 0.012 55 L 0.014 0.020 0.024 0.054 0.091 0.121 0.144 0.143 0.152 0.103 0.059 0.044 0.023 0.008 56 G 0.044 0.085 0.108 0.165 0.176 0.159 0.107 0.081 0.046 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 57 D 0.256 0.187 0.210 0.127 0.078 0.065 0.039 0.016 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.493 0.169 0.129 0.088 0.054 0.029 0.025 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 S 0.199 0.173 0.183 0.159 0.123 0.087 0.040 0.017 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.107 0.096 0.081 0.148 0.190 0.143 0.113 0.065 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 61 N 0.395 0.199 0.197 0.084 0.046 0.033 0.020 0.008 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 62 D 0.235 0.203 0.167 0.148 0.104 0.071 0.033 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 63 C 0.033 0.033 0.039 0.087 0.129 0.180 0.167 0.129 0.091 0.052 0.028 0.019 0.010 0.002 64 R 0.049 0.062 0.084 0.167 0.201 0.175 0.116 0.083 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 65 I 0.086 0.038 0.040 0.075 0.108 0.115 0.144 0.129 0.092 0.073 0.049 0.031 0.015 0.004 66 I 0.104 0.098 0.100 0.122 0.151 0.139 0.097 0.080 0.050 0.026 0.017 0.009 0.004 0.002 67 F 0.042 0.031 0.042 0.062 0.103 0.126 0.163 0.152 0.108 0.073 0.056 0.024 0.012 0.006 68 V 0.035 0.045 0.046 0.098 0.154 0.174 0.160 0.124 0.085 0.038 0.025 0.008 0.004 0.003 69 D 0.177 0.153 0.178 0.152 0.120 0.093 0.053 0.030 0.025 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 70 E 0.127 0.122 0.123 0.176 0.166 0.132 0.068 0.043 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 71 V 0.034 0.033 0.045 0.087 0.139 0.176 0.164 0.147 0.085 0.043 0.023 0.012 0.008 0.002 72 F 0.085 0.059 0.054 0.095 0.147 0.153 0.165 0.116 0.057 0.031 0.022 0.010 0.005 0.002 73 K 0.259 0.175 0.176 0.126 0.089 0.076 0.040 0.025 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 74 I 0.100 0.051 0.065 0.103 0.149 0.140 0.133 0.100 0.065 0.039 0.029 0.015 0.009 0.003 75 E 0.143 0.092 0.122 0.154 0.158 0.130 0.085 0.053 0.033 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 76 R 0.321 0.142 0.127 0.120 0.107 0.074 0.050 0.028 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 77 P 0.256 0.126 0.091 0.126 0.143 0.100 0.068 0.042 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001