# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.013 0.009 0.047 0.069 0.069 0.002 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.028 0.059 0.072 0.274 0.279 0.001 2 T 0.004 0.004 0.022 0.038 0.131 0.003 0.038 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.029 0.040 0.436 0.029 0.064 0.138 0.002 3 E 0.013 0.023 0.102 0.078 0.063 0.006 0.276 0.021 0.003 0.001 0.006 0.005 0.011 0.013 0.065 0.032 0.064 0.077 0.060 0.075 0.004 4 L 0.052 0.040 0.051 0.041 0.265 0.004 0.089 0.019 0.002 0.001 0.011 0.013 0.019 0.018 0.046 0.052 0.080 0.033 0.067 0.090 0.007 5 G 0.067 0.094 0.165 0.150 0.079 0.005 0.041 0.026 0.002 0.001 0.010 0.010 0.025 0.024 0.093 0.031 0.027 0.039 0.038 0.060 0.015 6 L 0.055 0.092 0.039 0.045 0.320 0.003 0.033 0.016 0.003 0.001 0.023 0.026 0.058 0.029 0.032 0.099 0.065 0.014 0.022 0.010 0.015 7 Y 0.097 0.146 0.192 0.093 0.039 0.003 0.023 0.023 0.005 0.001 0.021 0.022 0.059 0.052 0.155 0.010 0.008 0.006 0.010 0.019 0.016 8 K 0.118 0.085 0.023 0.041 0.443 0.003 0.016 0.022 0.002 0.001 0.012 0.018 0.025 0.032 0.017 0.050 0.018 0.017 0.026 0.019 0.010 9 V 0.057 0.089 0.066 0.138 0.086 0.003 0.019 0.019 0.005 0.004 0.012 0.011 0.028 0.052 0.231 0.037 0.068 0.018 0.028 0.023 0.007 10 N 0.081 0.066 0.085 0.067 0.119 0.007 0.148 0.016 0.003 0.006 0.011 0.011 0.017 0.021 0.130 0.033 0.052 0.023 0.045 0.054 0.004 11 E 0.043 0.059 0.068 0.087 0.113 0.008 0.156 0.012 0.003 0.002 0.010 0.008 0.017 0.025 0.069 0.060 0.089 0.065 0.039 0.058 0.009 12 Y 0.028 0.035 0.039 0.024 0.203 0.008 0.157 0.018 0.003 0.001 0.010 0.011 0.020 0.024 0.071 0.083 0.053 0.107 0.055 0.041 0.010 13 V 0.039 0.054 0.210 0.099 0.057 0.004 0.016 0.015 0.005 0.001 0.014 0.013 0.032 0.048 0.136 0.050 0.033 0.026 0.062 0.076 0.012 14 D 0.047 0.042 0.021 0.025 0.463 0.003 0.009 0.013 0.004 0.001 0.008 0.012 0.024 0.038 0.039 0.108 0.020 0.016 0.051 0.044 0.013 15 A 0.023 0.031 0.078 0.127 0.032 0.004 0.013 0.023 0.007 0.001 0.012 0.013 0.027 0.071 0.286 0.024 0.116 0.011 0.039 0.057 0.006 16 R 0.033 0.028 0.020 0.029 0.198 0.009 0.099 0.061 0.003 0.001 0.010 0.015 0.028 0.044 0.043 0.078 0.168 0.035 0.044 0.049 0.004 17 D 0.040 0.036 0.058 0.048 0.045 0.013 0.074 0.093 0.002 0.002 0.006 0.004 0.007 0.022 0.115 0.026 0.062 0.104 0.158 0.084 0.002 18 T 0.008 0.008 0.028 0.029 0.103 0.007 0.053 0.063 0.002 0.003 0.003 0.003 0.006 0.006 0.034 0.036 0.429 0.042 0.059 0.078 0.002 19 N 0.006 0.011 0.043 0.033 0.030 0.011 0.356 0.049 0.007 0.001 0.004 0.003 0.007 0.006 0.040 0.012 0.224 0.027 0.044 0.085 0.001 20 M 0.012 0.013 0.027 0.036 0.072 0.005 0.246 0.051 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.014 0.024 0.232 0.073 0.070 0.104 0.002 21 G 0.025 0.036 0.053 0.046 0.118 0.008 0.102 0.105 0.005 0.001 0.005 0.005 0.009 0.009 0.041 0.022 0.131 0.094 0.066 0.117 0.004 22 A 0.042 0.047 0.065 0.065 0.087 0.008 0.071 0.157 0.003 0.001 0.006 0.006 0.011 0.011 0.037 0.027 0.183 0.030 0.069 0.070 0.004 23 W 0.083 0.123 0.034 0.063 0.137 0.008 0.068 0.195 0.006 0.001 0.013 0.013 0.036 0.032 0.045 0.024 0.050 0.021 0.021 0.016 0.008 24 F 0.172 0.211 0.064 0.075 0.068 0.006 0.033 0.183 0.004 0.001 0.012 0.009 0.022 0.020 0.038 0.014 0.023 0.011 0.016 0.009 0.009 25 E 0.115 0.215 0.039 0.101 0.151 0.003 0.020 0.125 0.009 0.002 0.012 0.015 0.044 0.033 0.032 0.024 0.021 0.006 0.008 0.006 0.019 26 A 0.301 0.357 0.026 0.053 0.063 0.003 0.013 0.058 0.005 0.001 0.010 0.007 0.019 0.025 0.021 0.010 0.007 0.005 0.005 0.004 0.007 27 Q 0.210 0.263 0.036 0.095 0.119 0.004 0.014 0.086 0.004 0.002 0.007 0.008 0.026 0.025 0.042 0.015 0.008 0.008 0.006 0.006 0.015 28 V 0.162 0.342 0.033 0.096 0.142 0.003 0.012 0.039 0.004 0.004 0.010 0.006 0.017 0.020 0.030 0.035 0.011 0.013 0.011 0.005 0.007 29 V 0.117 0.184 0.105 0.104 0.120 0.004 0.026 0.058 0.007 0.005 0.007 0.007 0.026 0.016 0.121 0.017 0.020 0.011 0.014 0.018 0.014 30 R 0.111 0.162 0.050 0.131 0.201 0.007 0.038 0.071 0.009 0.003 0.009 0.006 0.020 0.017 0.030 0.029 0.025 0.030 0.020 0.025 0.007 31 V 0.058 0.067 0.069 0.136 0.242 0.004 0.040 0.036 0.005 0.011 0.003 0.003 0.011 0.010 0.087 0.028 0.067 0.059 0.033 0.025 0.003 32 T 0.035 0.056 0.125 0.131 0.131 0.006 0.074 0.030 0.005 0.005 0.004 0.003 0.008 0.006 0.090 0.018 0.051 0.054 0.059 0.108 0.002 33 R 0.021 0.016 0.061 0.092 0.173 0.004 0.064 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 0.025 0.139 0.128 0.083 0.136 0.001 34 K 0.010 0.015 0.058 0.050 0.194 0.005 0.099 0.013 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.043 0.014 0.156 0.135 0.062 0.129 0.001 35 A 0.002 0.002 0.040 0.050 0.039 0.002 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.098 0.039 0.242 0.419 0.001 36 P 0.002 0.002 0.018 0.028 0.146 0.003 0.033 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.016 0.279 0.128 0.097 0.211 0.001 37 S 0.002 0.002 0.039 0.040 0.046 0.009 0.142 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.175 0.063 0.163 0.254 0.001 38 R 0.001 0.001 0.023 0.036 0.039 0.004 0.110 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.305 0.088 0.124 0.228 0.001 39 D 0.002 0.002 0.038 0.022 0.073 0.004 0.186 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.023 0.170 0.152 0.107 0.186 0.001 40 E 0.001 0.001 0.046 0.039 0.029 0.002 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.094 0.047 0.233 0.447 0.001 41 P 0.001 0.002 0.019 0.021 0.113 0.003 0.041 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.031 0.274 0.092 0.104 0.261 0.001 42 C 0.003 0.003 0.059 0.032 0.045 0.009 0.130 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.059 0.023 0.180 0.067 0.149 0.198 0.001 43 S 0.001 0.002 0.032 0.034 0.055 0.004 0.086 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 0.027 0.201 0.071 0.168 0.252 0.001 44 S 0.002 0.002 0.038 0.022 0.062 0.006 0.132 0.028 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.027 0.026 0.273 0.072 0.103 0.196 0.001 45 T 0.001 0.001 0.041 0.030 0.035 0.008 0.215 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.012 0.262 0.072 0.079 0.182 0.001 46 S 0.002 0.003 0.030 0.016 0.100 0.006 0.190 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.017 0.027 0.130 0.143 0.121 0.187 0.001 47 R 0.002 0.001 0.061 0.034 0.035 0.002 0.025 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.017 0.133 0.046 0.208 0.387 0.001 48 P 0.002 0.003 0.027 0.022 0.106 0.008 0.077 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.016 0.308 0.071 0.088 0.199 0.001 49 A 0.003 0.003 0.048 0.037 0.045 0.016 0.198 0.070 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.031 0.014 0.225 0.054 0.110 0.135 0.001 50 L 0.004 0.004 0.051 0.047 0.081 0.005 0.121 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.015 0.149 0.062 0.165 0.213 0.001 51 E 0.006 0.006 0.061 0.069 0.102 0.003 0.088 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.021 0.328 0.044 0.089 0.115 0.001 52 E 0.014 0.018 0.087 0.087 0.116 0.007 0.252 0.054 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.029 0.016 0.165 0.037 0.032 0.072 0.002 53 D 0.051 0.081 0.072 0.075 0.216 0.007 0.205 0.047 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.006 0.033 0.016 0.033 0.060 0.035 0.038 0.006 54 V 0.085 0.139 0.114 0.128 0.198 0.002 0.026 0.036 0.001 0.001 0.009 0.007 0.016 0.015 0.048 0.060 0.019 0.020 0.031 0.026 0.018 55 I 0.133 0.228 0.090 0.100 0.165 0.001 0.010 0.017 0.002 0.001 0.013 0.012 0.034 0.025 0.089 0.027 0.008 0.004 0.006 0.004 0.030 56 Y 0.256 0.356 0.057 0.093 0.061 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.016 0.012 0.040 0.028 0.026 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 57 H 0.246 0.334 0.023 0.079 0.130 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.013 0.034 0.036 0.025 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.039 58 V 0.194 0.341 0.061 0.070 0.082 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.023 0.052 0.049 0.046 0.024 0.001 0.003 0.003 0.004 0.020 59 K 0.259 0.251 0.036 0.050 0.195 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.009 0.015 0.051 0.038 0.027 0.025 0.002 0.008 0.007 0.007 0.016 60 Y 0.232 0.168 0.049 0.048 0.299 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.026 0.017 0.072 0.016 0.014 0.007 0.008 0.015 0.004 61 D 0.048 0.042 0.195 0.211 0.077 0.003 0.040 0.005 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.179 0.006 0.094 0.011 0.024 0.046 0.001 62 D 0.007 0.014 0.015 0.016 0.142 0.003 0.449 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.017 0.009 0.233 0.042 0.013 0.025 0.001 63 Y 0.011 0.004 0.111 0.063 0.018 0.001 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.022 0.144 0.289 0.266 0.001 64 P 0.002 0.001 0.008 0.013 0.232 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.542 0.019 0.025 0.135 0.001 65 E 0.010 0.014 0.062 0.056 0.068 0.005 0.548 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.004 0.073 0.049 0.030 0.047 0.001 66 N 0.019 0.018 0.056 0.083 0.181 0.003 0.153 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.025 0.018 0.087 0.047 0.109 0.174 0.002 67 G 0.037 0.057 0.181 0.120 0.148 0.002 0.052 0.014 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.007 0.050 0.031 0.039 0.056 0.051 0.117 0.012 68 V 0.063 0.084 0.071 0.045 0.301 0.002 0.030 0.020 0.002 0.001 0.023 0.022 0.055 0.025 0.043 0.084 0.043 0.021 0.031 0.018 0.017 69 V 0.089 0.145 0.197 0.126 0.066 0.003 0.013 0.023 0.002 0.001 0.022 0.018 0.070 0.034 0.138 0.012 0.007 0.003 0.008 0.006 0.017 70 Q 0.106 0.118 0.037 0.065 0.273 0.003 0.027 0.014 0.005 0.001 0.035 0.038 0.068 0.069 0.035 0.051 0.012 0.012 0.013 0.006 0.013 71 M 0.089 0.069 0.109 0.110 0.073 0.003 0.023 0.008 0.005 0.001 0.019 0.023 0.046 0.117 0.188 0.033 0.013 0.016 0.020 0.027 0.006 72 N 0.042 0.048 0.042 0.050 0.260 0.003 0.028 0.007 0.002 0.001 0.005 0.007 0.013 0.018 0.059 0.089 0.029 0.049 0.073 0.171 0.004 73 S 0.016 0.020 0.040 0.045 0.106 0.002 0.026 0.009 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.008 0.112 0.066 0.261 0.051 0.099 0.120 0.002 74 R 0.009 0.009 0.081 0.043 0.069 0.012 0.171 0.031 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.102 0.018 0.230 0.031 0.043 0.126 0.001 75 D 0.007 0.009 0.027 0.030 0.101 0.018 0.346 0.036 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.026 0.019 0.068 0.105 0.109 0.087 0.001 76 V 0.007 0.008 0.048 0.046 0.112 0.006 0.050 0.035 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.007 0.049 0.054 0.138 0.124 0.141 0.158 0.002 77 R 0.008 0.008 0.085 0.072 0.057 0.004 0.024 0.045 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.051 0.024 0.121 0.024 0.159 0.303 0.002 78 A 0.008 0.010 0.025 0.050 0.131 0.007 0.050 0.085 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.021 0.047 0.329 0.032 0.073 0.116 0.002 79 R 0.012 0.017 0.038 0.043 0.068 0.019 0.210 0.182 0.004 0.002 0.004 0.003 0.008 0.011 0.071 0.015 0.125 0.064 0.055 0.047 0.001 80 A 0.013 0.012 0.064 0.066 0.069 0.011 0.118 0.141 0.005 0.002 0.004 0.003 0.007 0.009 0.035 0.031 0.147 0.053 0.114 0.095 0.001