# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.002 0.013 0.639 0.004 0.020 0.015 0.001 0.001 0.009 0.167 0.078 0.032 0.021 2 T 0.002 0.006 0.287 0.010 0.056 0.033 0.001 0.001 0.011 0.139 0.413 0.007 0.033 3 E 0.007 0.010 0.173 0.030 0.035 0.025 0.003 0.001 0.013 0.173 0.486 0.028 0.018 4 L 0.060 0.019 0.320 0.027 0.049 0.019 0.013 0.005 0.041 0.150 0.082 0.052 0.163 5 G 0.171 0.018 0.172 0.060 0.011 0.012 0.054 0.012 0.068 0.045 0.049 0.230 0.099 6 L 0.327 0.011 0.041 0.015 0.008 0.010 0.052 0.033 0.051 0.013 0.010 0.067 0.362 7 Y 0.387 0.011 0.039 0.043 0.002 0.005 0.046 0.018 0.025 0.009 0.004 0.325 0.085 8 K 0.262 0.007 0.054 0.014 0.003 0.005 0.030 0.007 0.025 0.009 0.006 0.149 0.430 9 V 0.132 0.010 0.160 0.039 0.011 0.013 0.013 0.005 0.031 0.044 0.044 0.149 0.350 10 N 0.032 0.007 0.398 0.126 0.017 0.016 0.006 0.001 0.021 0.137 0.102 0.073 0.063 11 E 0.032 0.008 0.186 0.018 0.091 0.042 0.007 0.001 0.022 0.208 0.173 0.115 0.098 12 Y 0.074 0.031 0.161 0.007 0.099 0.041 0.020 0.006 0.044 0.071 0.094 0.044 0.307 13 V 0.068 0.090 0.176 0.034 0.014 0.018 0.014 0.008 0.019 0.089 0.016 0.396 0.058 14 D 0.021 0.018 0.530 0.006 0.016 0.021 0.007 0.002 0.028 0.050 0.020 0.033 0.248 15 A 0.011 0.019 0.257 0.009 0.182 0.178 0.004 0.005 0.016 0.056 0.140 0.047 0.076 16 R 0.006 0.014 0.165 0.017 0.162 0.183 0.001 0.001 0.012 0.076 0.327 0.014 0.021 17 D 0.003 0.012 0.240 0.003 0.130 0.178 0.001 0.001 0.008 0.233 0.153 0.015 0.023 18 T 0.001 0.011 0.109 0.005 0.103 0.300 0.001 0.001 0.005 0.123 0.324 0.007 0.011 19 N 0.004 0.020 0.141 0.004 0.092 0.242 0.001 0.001 0.007 0.106 0.356 0.011 0.016 20 M 0.008 0.015 0.204 0.010 0.060 0.238 0.001 0.002 0.008 0.182 0.230 0.017 0.025 21 G 0.021 0.013 0.227 0.028 0.027 0.207 0.002 0.002 0.010 0.169 0.193 0.050 0.048 22 A 0.084 0.014 0.128 0.020 0.061 0.298 0.008 0.005 0.018 0.060 0.081 0.044 0.178 23 W 0.274 0.010 0.062 0.058 0.050 0.192 0.017 0.011 0.027 0.030 0.037 0.098 0.136 24 F 0.520 0.002 0.018 0.044 0.017 0.082 0.025 0.011 0.020 0.011 0.029 0.094 0.126 25 E 0.578 0.002 0.015 0.035 0.005 0.029 0.040 0.020 0.029 0.007 0.015 0.088 0.136 26 A 0.675 0.002 0.019 0.022 0.002 0.015 0.043 0.013 0.018 0.005 0.005 0.055 0.126 27 Q 0.533 0.001 0.019 0.022 0.001 0.008 0.024 0.007 0.018 0.005 0.004 0.283 0.075 28 V 0.351 0.001 0.027 0.005 0.004 0.027 0.032 0.011 0.033 0.005 0.011 0.015 0.480 29 V 0.359 0.004 0.036 0.151 0.004 0.033 0.038 0.018 0.029 0.022 0.013 0.264 0.029 30 R 0.226 0.005 0.069 0.012 0.018 0.061 0.048 0.013 0.053 0.021 0.021 0.089 0.363 31 V 0.118 0.011 0.166 0.014 0.028 0.126 0.041 0.019 0.061 0.038 0.075 0.086 0.217 32 T 0.069 0.024 0.224 0.078 0.050 0.093 0.012 0.006 0.058 0.080 0.087 0.121 0.098 33 R 0.013 0.011 0.248 0.004 0.108 0.136 0.004 0.002 0.037 0.105 0.170 0.065 0.096 34 K 0.005 0.034 0.289 0.005 0.070 0.072 0.002 0.002 0.021 0.175 0.239 0.015 0.071 35 A 0.001 0.021 0.532 0.003 0.033 0.028 0.001 0.001 0.006 0.251 0.073 0.042 0.009 36 P 0.001 0.010 0.236 0.001 0.122 0.057 0.001 0.001 0.003 0.138 0.419 0.002 0.012 37 S 0.001 0.012 0.208 0.002 0.097 0.028 0.001 0.001 0.001 0.170 0.476 0.004 0.002 38 R 0.001 0.011 0.268 0.001 0.101 0.026 0.001 0.001 0.002 0.302 0.281 0.004 0.004 39 D 0.001 0.015 0.402 0.001 0.030 0.014 0.001 0.001 0.003 0.311 0.215 0.002 0.004 40 E 0.001 0.025 0.436 0.002 0.036 0.015 0.001 0.001 0.004 0.365 0.099 0.012 0.005 41 P 0.001 0.033 0.512 0.002 0.068 0.022 0.001 0.001 0.009 0.178 0.150 0.005 0.019 42 C 0.001 0.066 0.486 0.004 0.075 0.023 0.001 0.001 0.009 0.184 0.115 0.021 0.014 43 S 0.001 0.028 0.495 0.003 0.081 0.024 0.001 0.001 0.008 0.192 0.145 0.008 0.014 44 S 0.001 0.016 0.391 0.003 0.114 0.034 0.001 0.001 0.005 0.233 0.182 0.009 0.011 45 T 0.001 0.014 0.330 0.003 0.102 0.033 0.001 0.001 0.005 0.232 0.259 0.014 0.008 46 S 0.001 0.022 0.404 0.002 0.052 0.020 0.001 0.001 0.004 0.280 0.187 0.006 0.021 47 R 0.001 0.022 0.584 0.002 0.028 0.014 0.001 0.001 0.004 0.251 0.040 0.044 0.010 48 P 0.001 0.041 0.598 0.001 0.060 0.038 0.001 0.001 0.009 0.103 0.079 0.008 0.060 49 A 0.002 0.051 0.516 0.004 0.060 0.057 0.001 0.001 0.007 0.147 0.070 0.055 0.029 50 L 0.002 0.018 0.440 0.005 0.125 0.100 0.001 0.001 0.008 0.102 0.117 0.024 0.058 51 E 0.003 0.009 0.236 0.009 0.150 0.192 0.001 0.001 0.008 0.099 0.227 0.021 0.045 52 E 0.008 0.012 0.149 0.033 0.100 0.192 0.001 0.001 0.008 0.163 0.253 0.044 0.037 53 D 0.062 0.014 0.210 0.024 0.073 0.088 0.006 0.002 0.017 0.111 0.129 0.085 0.179 54 V 0.216 0.012 0.141 0.039 0.033 0.041 0.018 0.005 0.039 0.039 0.044 0.137 0.238 55 I 0.459 0.005 0.046 0.049 0.009 0.011 0.029 0.008 0.038 0.016 0.012 0.122 0.197 56 Y 0.606 0.001 0.013 0.032 0.001 0.003 0.051 0.008 0.017 0.005 0.004 0.170 0.089 57 H 0.645 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.056 0.010 0.020 0.002 0.002 0.100 0.145 58 V 0.607 0.002 0.009 0.009 0.001 0.001 0.054 0.009 0.016 0.002 0.001 0.122 0.170 59 K 0.296 0.004 0.053 0.017 0.001 0.002 0.026 0.006 0.029 0.007 0.003 0.374 0.184 60 Y 0.097 0.005 0.118 0.017 0.013 0.007 0.013 0.003 0.036 0.024 0.021 0.066 0.580 61 D 0.034 0.010 0.247 0.031 0.032 0.013 0.007 0.001 0.052 0.113 0.163 0.226 0.070 62 D 0.022 0.055 0.228 0.007 0.040 0.009 0.003 0.001 0.013 0.246 0.149 0.032 0.196 63 Y 0.002 0.023 0.573 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.267 0.025 0.080 0.015 64 P 0.001 0.012 0.368 0.003 0.076 0.021 0.001 0.001 0.002 0.095 0.369 0.004 0.049 65 E 0.001 0.003 0.038 0.014 0.081 0.043 0.001 0.001 0.001 0.093 0.712 0.009 0.004 66 N 0.007 0.006 0.079 0.023 0.077 0.022 0.001 0.001 0.003 0.197 0.541 0.017 0.026 67 G 0.041 0.016 0.304 0.032 0.027 0.027 0.006 0.001 0.017 0.126 0.217 0.110 0.075 68 V 0.152 0.032 0.152 0.016 0.017 0.024 0.015 0.007 0.041 0.025 0.016 0.059 0.444 69 V 0.333 0.010 0.025 0.037 0.004 0.006 0.035 0.007 0.022 0.011 0.004 0.406 0.101 70 Q 0.408 0.005 0.026 0.015 0.003 0.006 0.039 0.008 0.031 0.005 0.005 0.097 0.352 71 M 0.270 0.017 0.091 0.017 0.002 0.005 0.032 0.008 0.019 0.017 0.006 0.312 0.205 72 N 0.042 0.010 0.543 0.018 0.004 0.007 0.008 0.001 0.027 0.044 0.015 0.108 0.173 73 S 0.015 0.007 0.374 0.013 0.088 0.062 0.002 0.001 0.008 0.107 0.119 0.031 0.173 74 R 0.006 0.006 0.158 0.033 0.202 0.079 0.001 0.001 0.006 0.168 0.277 0.039 0.026 75 D 0.005 0.012 0.260 0.003 0.182 0.066 0.002 0.001 0.016 0.182 0.194 0.035 0.042 76 V 0.009 0.035 0.395 0.006 0.056 0.083 0.004 0.003 0.023 0.174 0.067 0.023 0.123 77 R 0.008 0.029 0.491 0.007 0.025 0.040 0.003 0.001 0.020 0.079 0.016 0.252 0.029 78 A 0.005 0.017 0.311 0.002 0.087 0.192 0.003 0.001 0.031 0.035 0.141 0.005 0.170 79 R 0.004 0.017 0.478 0.021 0.042 0.119 0.002 0.001 0.017 0.118 0.094 0.072 0.013 80 A 0.002 0.009 0.325 0.002 0.189 0.258 0.001 0.001 0.015 0.067 0.089 0.007 0.036