# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.031 0.059 0.120 0.145 0.043 0.247 0.069 0.013 0.009 0.004 0.035 0.065 0.115 0.023 0.008 0.013 2 T 0.016 0.064 0.092 0.068 0.013 0.102 0.014 0.049 0.005 0.003 0.330 0.033 0.157 0.004 0.037 0.015 3 E 0.015 0.177 0.028 0.087 0.065 0.035 0.063 0.015 0.028 0.020 0.058 0.211 0.048 0.112 0.008 0.031 4 L 0.089 0.050 0.193 0.182 0.002 0.015 0.014 0.057 0.014 0.002 0.024 0.030 0.088 0.001 0.215 0.021 5 G 0.018 0.035 0.372 0.139 0.004 0.054 0.010 0.002 0.031 0.035 0.010 0.016 0.075 0.001 0.002 0.199 6 L 0.324 0.021 0.138 0.345 0.014 0.037 0.007 0.005 0.002 0.001 0.042 0.015 0.039 0.005 0.003 0.003 7 Y 0.004 0.115 0.255 0.518 0.005 0.024 0.002 0.009 0.004 0.001 0.007 0.024 0.024 0.001 0.003 0.006 8 K 0.006 0.021 0.048 0.544 0.075 0.210 0.018 0.002 0.003 0.004 0.006 0.006 0.041 0.004 0.001 0.012 9 V 0.019 0.058 0.063 0.201 0.015 0.256 0.005 0.115 0.002 0.002 0.162 0.018 0.069 0.001 0.013 0.002 10 N 0.003 0.280 0.018 0.180 0.006 0.129 0.004 0.008 0.067 0.015 0.063 0.131 0.064 0.002 0.004 0.026 11 E 0.162 0.062 0.066 0.318 0.001 0.026 0.004 0.006 0.007 0.003 0.079 0.096 0.136 0.001 0.005 0.028 12 Y 0.018 0.050 0.570 0.132 0.004 0.062 0.010 0.001 0.003 0.001 0.008 0.035 0.073 0.005 0.002 0.025 13 V 0.017 0.056 0.316 0.430 0.003 0.027 0.007 0.006 0.001 0.001 0.022 0.010 0.085 0.002 0.008 0.009 14 D 0.001 0.010 0.016 0.062 0.004 0.803 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.016 0.072 0.001 0.001 0.004 15 A 0.005 0.033 0.009 0.034 0.005 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.818 0.005 0.061 0.002 0.001 0.006 16 R 0.003 0.156 0.028 0.057 0.002 0.016 0.002 0.009 0.003 0.001 0.008 0.647 0.047 0.004 0.011 0.005 17 D 0.004 0.007 0.061 0.020 0.009 0.179 0.051 0.002 0.005 0.002 0.023 0.013 0.564 0.014 0.011 0.035 18 T 0.016 0.040 0.031 0.009 0.004 0.020 0.007 0.016 0.001 0.001 0.469 0.025 0.318 0.004 0.018 0.021 19 N 0.009 0.056 0.014 0.012 0.018 0.030 0.057 0.006 0.007 0.007 0.035 0.440 0.093 0.194 0.010 0.011 20 M 0.018 0.026 0.130 0.023 0.001 0.009 0.008 0.032 0.005 0.001 0.036 0.021 0.269 0.001 0.391 0.028 21 G 0.014 0.027 0.232 0.070 0.001 0.010 0.006 0.001 0.029 0.020 0.009 0.033 0.168 0.001 0.001 0.378 22 A 0.372 0.007 0.138 0.118 0.002 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.021 0.242 0.002 0.001 0.003 23 W 0.002 0.246 0.247 0.306 0.002 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.032 0.109 0.001 0.001 0.004 24 F 0.002 0.024 0.013 0.840 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.090 0.001 0.001 0.003 25 E 0.005 0.022 0.272 0.617 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.061 0.001 0.001 0.004 26 A 0.004 0.003 0.090 0.782 0.012 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.053 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.002 0.057 0.027 0.834 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.044 0.001 0.001 0.004 28 V 0.002 0.005 0.008 0.189 0.148 0.519 0.020 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.056 0.029 0.001 0.001 29 V 0.002 0.360 0.028 0.158 0.002 0.014 0.001 0.258 0.004 0.001 0.047 0.019 0.047 0.001 0.055 0.004 30 R 0.005 0.032 0.013 0.510 0.001 0.029 0.002 0.001 0.100 0.024 0.002 0.015 0.033 0.001 0.001 0.231 31 V 0.270 0.011 0.510 0.125 0.003 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.040 0.002 0.002 0.004 32 T 0.004 0.093 0.164 0.273 0.006 0.384 0.007 0.005 0.002 0.001 0.004 0.011 0.035 0.003 0.003 0.006 33 R 0.012 0.116 0.043 0.455 0.018 0.127 0.005 0.009 0.002 0.001 0.141 0.006 0.044 0.004 0.005 0.011 34 K 0.014 0.254 0.092 0.452 0.006 0.022 0.005 0.011 0.012 0.002 0.009 0.076 0.015 0.003 0.006 0.022 35 A 0.028 0.015 0.194 0.273 0.017 0.296 0.036 0.005 0.007 0.003 0.020 0.008 0.071 0.005 0.009 0.014 36 P 0.020 0.233 0.154 0.187 0.029 0.077 0.010 0.047 0.003 0.003 0.144 0.022 0.037 0.010 0.008 0.014 37 S 0.016 0.119 0.025 0.206 0.035 0.287 0.022 0.029 0.036 0.008 0.039 0.101 0.036 0.016 0.016 0.011 38 R 0.030 0.084 0.121 0.106 0.024 0.089 0.045 0.036 0.011 0.006 0.263 0.035 0.072 0.016 0.034 0.029 39 D 0.054 0.337 0.122 0.194 0.005 0.012 0.015 0.024 0.044 0.005 0.016 0.048 0.021 0.003 0.030 0.070 40 E 0.101 0.011 0.324 0.289 0.012 0.073 0.039 0.005 0.019 0.013 0.012 0.019 0.042 0.006 0.007 0.027 41 P 0.067 0.094 0.350 0.219 0.014 0.119 0.008 0.032 0.005 0.002 0.025 0.012 0.026 0.004 0.007 0.016 42 C 0.020 0.078 0.042 0.472 0.016 0.172 0.006 0.015 0.023 0.008 0.065 0.045 0.023 0.003 0.004 0.008 43 S 0.028 0.120 0.070 0.183 0.014 0.283 0.008 0.021 0.009 0.005 0.076 0.118 0.045 0.004 0.005 0.011 44 S 0.020 0.132 0.052 0.121 0.019 0.204 0.021 0.021 0.014 0.004 0.222 0.074 0.062 0.006 0.010 0.017 45 T 0.030 0.131 0.099 0.134 0.005 0.084 0.021 0.019 0.011 0.004 0.165 0.164 0.084 0.006 0.018 0.025 46 S 0.041 0.221 0.225 0.180 0.002 0.024 0.015 0.009 0.026 0.003 0.023 0.078 0.061 0.003 0.015 0.072 47 R 0.065 0.015 0.306 0.278 0.005 0.087 0.019 0.004 0.008 0.003 0.022 0.035 0.122 0.003 0.005 0.023 48 P 0.037 0.088 0.247 0.179 0.013 0.172 0.008 0.016 0.003 0.001 0.056 0.037 0.121 0.005 0.004 0.013 49 A 0.014 0.101 0.050 0.402 0.018 0.112 0.012 0.016 0.009 0.002 0.093 0.074 0.074 0.007 0.006 0.009 50 L 0.016 0.082 0.075 0.202 0.005 0.219 0.008 0.020 0.010 0.003 0.045 0.108 0.174 0.002 0.010 0.020 51 E 0.024 0.098 0.085 0.147 0.025 0.128 0.034 0.009 0.016 0.006 0.141 0.053 0.172 0.019 0.006 0.037 52 E 0.066 0.120 0.118 0.252 0.001 0.043 0.005 0.034 0.007 0.001 0.060 0.142 0.106 0.002 0.032 0.010 53 D 0.013 0.175 0.265 0.305 0.002 0.027 0.009 0.001 0.024 0.003 0.006 0.016 0.041 0.001 0.002 0.109 54 V 0.080 0.018 0.249 0.567 0.002 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.025 0.001 0.002 0.005 55 I 0.004 0.136 0.342 0.488 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 56 Y 0.002 0.007 0.013 0.972 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 H 0.002 0.007 0.119 0.866 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.001 0.002 0.031 0.911 0.022 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.001 0.074 0.008 0.800 0.009 0.097 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Y 0.001 0.020 0.001 0.248 0.023 0.636 0.001 0.006 0.005 0.004 0.048 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.007 0.323 0.014 0.160 0.014 0.084 0.002 0.024 0.005 0.002 0.253 0.100 0.009 0.001 0.001 0.002 62 D 0.010 0.311 0.048 0.328 0.008 0.035 0.009 0.019 0.027 0.006 0.038 0.110 0.021 0.002 0.010 0.018 63 Y 0.028 0.031 0.333 0.164 0.025 0.127 0.053 0.008 0.014 0.007 0.025 0.032 0.100 0.005 0.013 0.035 64 P 0.027 0.042 0.061 0.032 0.099 0.249 0.049 0.029 0.003 0.004 0.191 0.027 0.137 0.028 0.010 0.013 65 E 0.007 0.089 0.012 0.033 0.157 0.017 0.063 0.078 0.005 0.005 0.141 0.070 0.016 0.277 0.025 0.004 66 N 0.009 0.047 0.049 0.046 0.001 0.010 0.003 0.154 0.072 0.005 0.007 0.034 0.023 0.001 0.511 0.029 67 G 0.043 0.012 0.133 0.043 0.001 0.004 0.003 0.001 0.061 0.034 0.003 0.002 0.018 0.001 0.001 0.641 68 V 0.682 0.006 0.158 0.059 0.002 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 69 V 0.002 0.434 0.226 0.303 0.001 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 70 Q 0.003 0.013 0.030 0.900 0.007 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 71 M 0.011 0.020 0.394 0.509 0.017 0.017 0.003 0.011 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 72 N 0.001 0.025 0.009 0.190 0.015 0.720 0.001 0.012 0.004 0.004 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 73 S 0.007 0.044 0.004 0.039 0.057 0.181 0.004 0.009 0.004 0.003 0.621 0.009 0.010 0.004 0.001 0.002 74 R 0.008 0.259 0.016 0.055 0.002 0.020 0.002 0.053 0.006 0.002 0.111 0.423 0.014 0.001 0.025 0.003 75 D 0.022 0.199 0.162 0.141 0.002 0.032 0.017 0.002 0.075 0.007 0.009 0.050 0.057 0.002 0.007 0.215 76 V 0.146 0.016 0.505 0.207 0.001 0.012 0.009 0.002 0.002 0.001 0.014 0.006 0.057 0.001 0.005 0.016 77 R 0.018 0.044 0.418 0.277 0.010 0.145 0.010 0.003 0.002 0.002 0.005 0.017 0.040 0.003 0.001 0.007 78 A 0.011 0.033 0.065 0.530 0.047 0.103 0.005 0.016 0.002 0.002 0.109 0.010 0.057 0.005 0.003 0.003 79 R 0.004 0.152 0.035 0.446 0.035 0.112 0.009 0.020 0.014 0.004 0.018 0.086 0.043 0.006 0.004 0.011 80 A 0.032 0.038 0.058 0.257 0.040 0.123 0.049 0.029 0.013 0.010 0.156 0.024 0.125 0.010 0.018 0.018