# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.169 0.014 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.149 0.080 0.535 2 T 0.070 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.026 0.159 0.692 3 E 0.035 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.110 0.030 0.074 0.713 4 L 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.006 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.228 0.040 0.106 0.562 5 G 0.019 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.015 0.011 0.003 0.006 0.006 0.006 0.007 0.592 0.105 0.037 0.148 6 L 0.007 0.010 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.003 0.002 0.007 0.002 0.018 0.009 0.010 0.006 0.404 0.070 0.054 0.379 7 Y 0.006 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.005 0.002 0.790 0.017 0.025 0.122 8 K 0.079 0.023 0.010 0.001 0.016 0.007 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.004 0.344 0.107 0.067 0.320 9 V 0.084 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.056 0.113 0.409 10 N 0.095 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.037 0.114 0.610 11 E 0.037 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.047 0.130 0.509 12 Y 0.016 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.051 0.133 0.589 13 V 0.026 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.236 0.075 0.108 0.474 14 D 0.146 0.067 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.008 0.007 0.003 0.002 0.102 0.257 0.084 0.302 15 A 0.043 0.049 0.008 0.003 0.008 0.031 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.051 0.139 0.109 0.492 16 R 0.017 0.052 0.012 0.002 0.031 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.156 0.061 0.108 0.542 17 D 0.244 0.032 0.092 0.001 0.048 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.169 0.048 0.313 18 T 0.340 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.020 0.064 0.539 19 N 0.107 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.033 0.037 0.765 20 M 0.032 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.087 0.099 0.568 21 G 0.025 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.060 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.129 0.059 0.406 22 A 0.015 0.134 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.059 0.094 0.006 0.015 0.005 0.003 0.003 0.312 0.067 0.047 0.190 23 W 0.016 0.151 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.003 0.065 0.053 0.016 0.008 0.322 0.108 0.048 0.185 24 F 0.016 0.144 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.065 0.046 0.010 0.432 0.101 0.034 0.115 25 E 0.014 0.124 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.007 0.631 0.053 0.028 0.115 26 A 0.007 0.049 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.043 0.026 0.118 27 Q 0.014 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.787 0.051 0.019 0.075 28 V 0.017 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.518 0.126 0.064 0.225 29 V 0.008 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.577 0.055 0.074 0.247 30 R 0.027 0.038 0.008 0.001 0.006 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.433 0.046 0.085 0.343 31 V 0.037 0.032 0.008 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.062 0.109 0.459 32 T 0.169 0.028 0.003 0.001 0.006 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.085 0.098 0.473 33 R 0.033 0.017 0.004 0.002 0.010 0.010 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.070 0.113 0.659 34 K 0.044 0.016 0.006 0.001 0.012 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.056 0.118 0.685 35 A 0.323 0.014 0.005 0.001 0.014 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.069 0.076 0.462 36 P 0.107 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.097 0.738 37 S 0.102 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.043 0.081 0.732 38 R 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.039 0.148 0.740 39 D 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.047 0.111 0.723 40 E 0.107 0.017 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.010 0.010 0.011 0.002 0.008 0.004 0.002 0.002 0.036 0.130 0.133 0.514 41 P 0.049 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.025 0.112 0.135 0.641 42 C 0.076 0.019 0.006 0.001 0.009 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.008 0.007 0.003 0.060 0.138 0.125 0.524 43 S 0.107 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.048 0.093 0.128 0.579 44 S 0.147 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.051 0.103 0.639 45 T 0.027 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.033 0.131 0.732 46 S 0.059 0.085 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.029 0.112 0.660 47 R 0.286 0.138 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.061 0.090 0.364 48 P 0.160 0.098 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.059 0.094 0.538 49 A 0.115 0.052 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.056 0.080 0.096 0.576 50 L 0.211 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.120 0.097 0.458 51 E 0.208 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.148 0.101 0.427 52 E 0.014 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.061 0.126 0.594 53 D 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.427 0.083 0.081 0.382 54 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.723 0.063 0.042 0.154 55 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.725 0.080 0.021 0.155 56 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.875 0.028 0.009 0.080 57 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.851 0.033 0.011 0.082 58 V 0.003 0.002 0.002 0.001 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.041 0.019 0.070 59 K 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.065 0.033 0.144 60 Y 0.351 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.049 0.072 0.364 61 D 0.007 0.003 0.001 0.001 0.011 0.029 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.036 0.126 0.643 62 D 0.008 0.003 0.002 0.001 0.025 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.020 0.111 0.744 63 Y 0.175 0.009 0.010 0.001 0.029 0.002 0.001 0.002 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.196 0.098 0.435 64 P 0.453 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 0.069 0.418 65 E 0.042 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.077 0.816 66 N 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.006 0.007 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.091 0.037 0.152 0.643 67 G 0.024 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.107 0.029 0.006 0.004 0.004 0.007 0.012 0.274 0.104 0.073 0.270 68 V 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.026 0.078 0.006 0.061 0.025 0.013 0.010 0.220 0.107 0.065 0.332 69 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.045 0.019 0.005 0.590 0.050 0.035 0.182 70 Q 0.006 0.004 0.003 0.001 0.011 0.004 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.024 0.006 0.496 0.031 0.048 0.338 71 M 0.022 0.005 0.005 0.001 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.530 0.032 0.059 0.325 72 N 0.282 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.073 0.070 0.371 73 S 0.210 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.057 0.079 0.553 74 R 0.015 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.020 0.151 0.684 75 D 0.036 0.056 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.051 0.101 0.574 76 V 0.040 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.071 0.022 0.180 0.602 77 R 0.148 0.060 0.011 0.001 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.013 0.003 0.002 0.191 0.113 0.082 0.342 78 A 0.123 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.063 0.094 0.614 79 R 0.061 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.035 0.092 0.688 80 A 0.050 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.030 0.114 0.684