# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.468 0.244 0.036 0.089 0.053 0.034 0.033 0.020 0.012 0.008 0.004 2 T 0.218 0.107 0.030 0.091 0.089 0.087 0.116 0.089 0.081 0.057 0.036 3 E 0.397 0.244 0.046 0.126 0.068 0.045 0.036 0.018 0.011 0.006 0.003 4 L 0.022 0.022 0.016 0.051 0.065 0.092 0.131 0.144 0.189 0.138 0.129 5 G 0.106 0.124 0.049 0.159 0.155 0.101 0.117 0.083 0.054 0.031 0.021 6 L 0.013 0.013 0.017 0.054 0.069 0.082 0.126 0.136 0.179 0.168 0.143 7 Y 0.017 0.018 0.027 0.052 0.072 0.103 0.145 0.134 0.166 0.159 0.107 8 K 0.025 0.067 0.065 0.191 0.176 0.119 0.138 0.090 0.066 0.040 0.021 9 V 0.019 0.023 0.026 0.054 0.069 0.083 0.160 0.153 0.165 0.142 0.105 10 N 0.106 0.103 0.080 0.169 0.127 0.109 0.121 0.068 0.058 0.040 0.018 11 E 0.079 0.083 0.080 0.148 0.106 0.122 0.158 0.093 0.071 0.043 0.018 12 Y 0.034 0.046 0.045 0.109 0.111 0.134 0.165 0.122 0.106 0.080 0.048 13 V 0.013 0.014 0.016 0.022 0.030 0.058 0.122 0.133 0.224 0.213 0.155 14 D 0.025 0.052 0.062 0.156 0.162 0.116 0.140 0.110 0.083 0.059 0.035 15 A 0.005 0.004 0.010 0.014 0.024 0.046 0.095 0.138 0.221 0.254 0.189 16 R 0.068 0.078 0.075 0.185 0.164 0.118 0.127 0.079 0.058 0.031 0.017 17 D 0.014 0.026 0.031 0.053 0.065 0.079 0.166 0.165 0.160 0.137 0.104 18 T 0.034 0.047 0.045 0.110 0.123 0.132 0.164 0.112 0.107 0.074 0.052 19 N 0.374 0.169 0.083 0.119 0.062 0.051 0.065 0.030 0.025 0.015 0.008 20 M 0.027 0.025 0.030 0.077 0.087 0.110 0.180 0.152 0.140 0.097 0.074 21 G 0.053 0.076 0.052 0.101 0.098 0.105 0.155 0.110 0.113 0.081 0.054 22 A 0.009 0.012 0.021 0.039 0.054 0.072 0.143 0.161 0.193 0.152 0.145 23 W 0.016 0.020 0.036 0.063 0.096 0.097 0.156 0.166 0.151 0.113 0.087 24 F 0.005 0.010 0.019 0.032 0.046 0.043 0.107 0.157 0.210 0.196 0.176 25 E 0.005 0.007 0.018 0.040 0.076 0.077 0.149 0.180 0.184 0.147 0.119 26 A 0.016 0.010 0.029 0.040 0.060 0.075 0.160 0.170 0.181 0.162 0.097 27 Q 0.014 0.053 0.098 0.194 0.207 0.119 0.146 0.088 0.047 0.022 0.012 28 V 0.006 0.007 0.018 0.022 0.036 0.037 0.104 0.146 0.216 0.225 0.184 29 V 0.026 0.027 0.058 0.104 0.118 0.158 0.231 0.109 0.091 0.055 0.024 30 R 0.068 0.186 0.338 0.259 0.086 0.030 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 31 V 0.005 0.003 0.008 0.009 0.020 0.048 0.104 0.113 0.207 0.238 0.245 32 T 0.063 0.133 0.090 0.172 0.142 0.100 0.120 0.072 0.053 0.038 0.016 33 R 0.080 0.098 0.180 0.188 0.131 0.113 0.105 0.051 0.031 0.018 0.007 34 K 0.226 0.185 0.133 0.171 0.097 0.073 0.060 0.029 0.014 0.008 0.004 35 A 0.156 0.127 0.051 0.114 0.087 0.099 0.151 0.096 0.063 0.040 0.017 36 P 0.407 0.180 0.064 0.129 0.080 0.046 0.041 0.027 0.013 0.008 0.004 37 S 0.227 0.172 0.080 0.133 0.094 0.084 0.082 0.054 0.036 0.026 0.013 38 R 0.146 0.138 0.056 0.142 0.120 0.105 0.116 0.080 0.048 0.032 0.016 39 D 0.253 0.165 0.061 0.142 0.103 0.080 0.080 0.056 0.031 0.019 0.009 40 E 0.197 0.133 0.075 0.170 0.126 0.099 0.086 0.056 0.031 0.017 0.009 41 P 0.162 0.100 0.050 0.127 0.110 0.091 0.119 0.094 0.070 0.048 0.031 42 C 0.029 0.027 0.018 0.054 0.073 0.113 0.170 0.145 0.158 0.125 0.088 43 S 0.169 0.164 0.090 0.179 0.138 0.077 0.079 0.050 0.028 0.016 0.009 44 S 0.200 0.125 0.064 0.163 0.122 0.088 0.096 0.064 0.039 0.024 0.014 45 T 0.249 0.111 0.040 0.120 0.106 0.076 0.103 0.080 0.054 0.036 0.025 46 S 0.244 0.195 0.054 0.156 0.107 0.065 0.072 0.051 0.028 0.018 0.009 47 R 0.116 0.112 0.049 0.139 0.136 0.128 0.127 0.082 0.055 0.035 0.020 48 P 0.429 0.143 0.057 0.116 0.084 0.047 0.055 0.034 0.019 0.010 0.006 49 A 0.210 0.136 0.064 0.150 0.114 0.087 0.102 0.059 0.039 0.027 0.013 50 L 0.041 0.122 0.044 0.108 0.107 0.126 0.154 0.101 0.090 0.071 0.037 51 E 0.233 0.216 0.070 0.173 0.124 0.066 0.055 0.033 0.016 0.010 0.004 52 E 0.375 0.139 0.085 0.150 0.082 0.060 0.056 0.030 0.014 0.007 0.003 53 D 0.131 0.145 0.092 0.242 0.149 0.084 0.077 0.042 0.021 0.012 0.005 54 V 0.004 0.006 0.007 0.015 0.027 0.072 0.148 0.138 0.225 0.218 0.142 55 I 0.019 0.049 0.099 0.189 0.202 0.163 0.113 0.072 0.046 0.034 0.015 56 Y 0.007 0.010 0.044 0.037 0.047 0.139 0.227 0.152 0.163 0.131 0.043 57 H 0.017 0.045 0.067 0.210 0.196 0.135 0.149 0.090 0.051 0.026 0.015 58 V 0.005 0.002 0.005 0.005 0.010 0.022 0.070 0.114 0.220 0.283 0.266 59 K 0.042 0.132 0.148 0.331 0.205 0.066 0.039 0.019 0.009 0.005 0.002 60 Y 0.007 0.011 0.014 0.022 0.036 0.068 0.162 0.169 0.190 0.190 0.133 61 D 0.172 0.158 0.099 0.203 0.153 0.083 0.065 0.033 0.019 0.010 0.006 62 D 0.497 0.173 0.083 0.113 0.049 0.028 0.030 0.014 0.007 0.004 0.002 63 Y 0.032 0.044 0.022 0.057 0.062 0.127 0.156 0.110 0.152 0.146 0.092 64 P 0.185 0.235 0.041 0.123 0.101 0.075 0.104 0.063 0.039 0.023 0.011 65 E 0.390 0.180 0.095 0.149 0.071 0.047 0.032 0.018 0.010 0.005 0.003 66 N 0.265 0.136 0.076 0.150 0.112 0.085 0.082 0.048 0.025 0.014 0.008 67 G 0.099 0.106 0.030 0.135 0.122 0.111 0.156 0.114 0.069 0.040 0.019 68 V 0.018 0.017 0.015 0.041 0.060 0.089 0.127 0.141 0.184 0.179 0.129 69 V 0.039 0.050 0.081 0.133 0.134 0.147 0.169 0.107 0.072 0.048 0.020 70 Q 0.034 0.090 0.120 0.275 0.187 0.106 0.093 0.048 0.026 0.014 0.007 71 M 0.008 0.005 0.006 0.009 0.017 0.034 0.086 0.114 0.208 0.243 0.271 72 N 0.115 0.259 0.088 0.244 0.148 0.054 0.044 0.024 0.013 0.007 0.003 73 S 0.137 0.126 0.072 0.112 0.095 0.097 0.133 0.082 0.067 0.050 0.030 74 R 0.448 0.250 0.066 0.118 0.055 0.027 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 75 D 0.638 0.199 0.029 0.072 0.027 0.013 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 76 V 0.126 0.066 0.029 0.060 0.065 0.074 0.114 0.116 0.136 0.111 0.103 77 R 0.095 0.145 0.076 0.206 0.175 0.108 0.091 0.057 0.028 0.013 0.007 78 A 0.130 0.141 0.144 0.144 0.108 0.096 0.101 0.066 0.038 0.021 0.011 79 R 0.130 0.134 0.103 0.185 0.155 0.082 0.099 0.065 0.027 0.012 0.007 80 A 0.449 0.112 0.054 0.104 0.069 0.043 0.068 0.050 0.028 0.015 0.007