# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.117 0.026 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.078 0.046 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.027 0.033 0.160 0.397 2 T 0.072 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.094 0.744 3 E 0.029 0.025 0.004 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.013 0.281 0.594 4 L 0.353 0.014 0.060 0.009 0.004 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.089 0.098 0.308 5 G 0.116 0.035 0.008 0.006 0.006 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.256 0.017 0.178 0.349 6 L 0.050 0.012 0.035 0.002 0.057 0.011 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.264 0.010 0.125 0.392 7 Y 0.020 0.017 0.003 0.005 0.014 0.076 0.031 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.006 0.002 0.001 0.570 0.005 0.036 0.166 8 K 0.018 0.022 0.003 0.001 0.006 0.012 0.028 0.006 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.634 0.005 0.065 0.179 9 V 0.018 0.045 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.470 0.004 0.044 0.337 10 N 0.020 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.586 0.009 0.073 0.254 11 E 0.081 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.023 0.157 0.454 12 Y 0.101 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.174 0.028 0.139 0.510 13 V 0.030 0.015 0.015 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.726 0.005 0.056 0.123 14 D 0.014 0.027 0.003 0.001 0.019 0.026 0.010 0.001 0.005 0.004 0.011 0.002 0.004 0.005 0.004 0.005 0.182 0.006 0.236 0.435 15 A 0.014 0.010 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.007 0.008 0.009 0.008 0.510 0.007 0.042 0.362 16 R 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.102 0.003 0.596 0.251 17 D 0.433 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.015 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.039 0.049 0.130 0.273 18 T 0.247 0.188 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.011 0.094 0.341 19 N 0.026 0.076 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.330 0.429 20 M 0.151 0.091 0.020 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.054 0.105 0.513 21 G 0.157 0.080 0.024 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.039 0.173 0.428 22 A 0.204 0.034 0.074 0.005 0.009 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.020 0.143 0.200 23 W 0.046 0.102 0.005 0.002 0.015 0.034 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.005 0.059 0.415 24 F 0.038 0.061 0.011 0.001 0.016 0.024 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.661 0.006 0.028 0.129 25 E 0.021 0.071 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.003 0.056 0.151 26 A 0.016 0.055 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.803 0.003 0.019 0.095 27 Q 0.015 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.003 0.019 0.071 28 V 0.012 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.771 0.005 0.018 0.123 29 V 0.019 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.733 0.006 0.030 0.121 30 R 0.025 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.008 0.004 0.005 0.006 0.443 0.012 0.050 0.376 31 V 0.047 0.045 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.414 0.010 0.051 0.413 32 T 0.036 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.004 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.291 0.011 0.163 0.413 33 R 0.107 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.004 0.136 0.025 0.087 0.560 34 K 0.059 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.064 0.020 0.137 0.658 35 A 0.129 0.018 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.020 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.036 0.024 0.119 0.610 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 S 0.025 0.005 0.003 0.001 0.008 0.004 0.007 0.001 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 0.242 0.637 38 R 0.341 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.014 0.047 0.547 39 D 0.162 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.020 0.188 0.550 40 E 0.199 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.031 0.015 0.156 0.557 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 42 C 0.021 0.004 0.005 0.001 0.023 0.008 0.015 0.002 0.003 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.095 0.006 0.186 0.613 43 S 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.005 0.151 0.625 44 S 0.059 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.005 0.136 0.715 45 T 0.115 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.060 0.014 0.220 0.567 46 S 0.192 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.021 0.337 0.380 47 R 0.237 0.029 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.055 0.015 0.168 0.456 48 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.989 49 A 0.052 0.021 0.004 0.001 0.011 0.013 0.010 0.002 0.009 0.006 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.094 0.010 0.182 0.573 50 L 0.266 0.039 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.012 0.083 0.496 51 E 0.146 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.012 0.066 0.629 52 E 0.174 0.024 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.017 0.086 0.576 53 D 0.115 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.009 0.190 0.452 54 V 0.072 0.006 0.010 0.002 0.005 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.670 0.007 0.063 0.155 55 I 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.001 0.030 0.086 56 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.936 0.001 0.010 0.038 57 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.919 0.001 0.010 0.054 58 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 0.012 0.010 0.835 0.001 0.023 0.089 59 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.831 0.001 0.031 0.120 60 Y 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.003 0.009 0.005 0.007 0.010 0.011 0.012 0.521 0.002 0.054 0.313 61 D 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.046 0.195 0.012 0.287 0.003 0.091 0.342 62 D 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.015 0.008 0.001 0.001 0.074 0.015 0.177 0.665 63 Y 0.190 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.095 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.021 0.028 0.170 0.385 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 65 E 0.010 0.002 0.002 0.001 0.023 0.005 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.237 0.650 66 N 0.265 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.028 0.028 0.643 67 G 0.518 0.010 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.030 0.097 0.276 68 V 0.094 0.004 0.059 0.004 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.006 0.186 0.387 69 V 0.006 0.002 0.001 0.002 0.018 0.095 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.736 0.001 0.022 0.091 70 Q 0.010 0.008 0.003 0.001 0.025 0.044 0.053 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.015 0.007 0.011 0.246 0.003 0.075 0.465 71 M 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.003 0.001 0.009 0.005 0.003 0.003 0.847 0.002 0.019 0.083 72 N 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.024 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.292 0.003 0.199 0.419 73 S 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.381 0.005 0.058 0.507 74 R 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.007 0.319 0.431 75 D 0.249 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.037 0.191 0.453 76 V 0.299 0.081 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.025 0.087 0.351 77 R 0.038 0.061 0.008 0.003 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.007 0.146 0.294 78 A 0.011 0.025 0.007 0.001 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.003 0.042 0.839 79 R 0.058 0.072 0.004 0.001 0.003 0.012 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.003 0.003 0.344 0.015 0.074 0.378 80 A 0.096 0.099 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.157 0.014 0.087 0.522