# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.021 0.006 0.001 0.016 0.016 0.028 0.073 0.001 0.001 0.004 0.832 2 T 0.025 0.006 0.001 0.012 0.010 0.019 0.021 0.001 0.001 0.004 0.901 3 E 0.117 0.009 0.003 0.031 0.021 0.036 0.222 0.002 0.001 0.011 0.547 4 L 0.234 0.014 0.026 0.045 0.038 0.045 0.133 0.002 0.001 0.018 0.446 5 G 0.075 0.016 0.006 0.182 0.136 0.197 0.084 0.001 0.001 0.009 0.294 6 L 0.014 0.008 0.008 0.058 0.054 0.084 0.054 0.001 0.001 0.002 0.718 7 Y 0.010 0.007 0.001 0.239 0.265 0.306 0.035 0.001 0.001 0.002 0.135 8 K 0.014 0.011 0.001 0.108 0.111 0.148 0.105 0.001 0.001 0.005 0.497 9 V 0.035 0.018 0.001 0.186 0.142 0.271 0.045 0.001 0.001 0.002 0.300 10 N 0.011 0.024 0.001 0.165 0.152 0.289 0.061 0.001 0.001 0.015 0.279 11 E 0.126 0.020 0.011 0.114 0.067 0.077 0.155 0.003 0.001 0.016 0.412 12 Y 0.118 0.035 0.005 0.096 0.033 0.080 0.187 0.002 0.001 0.007 0.436 13 V 0.055 0.031 0.015 0.174 0.134 0.245 0.076 0.002 0.001 0.016 0.252 14 D 0.023 0.038 0.003 0.069 0.116 0.150 0.085 0.003 0.001 0.005 0.508 15 A 0.053 0.064 0.024 0.135 0.071 0.167 0.066 0.001 0.001 0.004 0.414 16 R 0.018 0.041 0.001 0.043 0.036 0.057 0.593 0.004 0.001 0.005 0.202 17 D 0.204 0.061 0.005 0.030 0.028 0.046 0.184 0.006 0.001 0.029 0.408 18 T 0.134 0.230 0.004 0.034 0.018 0.030 0.084 0.005 0.001 0.006 0.456 19 N 0.063 0.063 0.006 0.012 0.009 0.015 0.393 0.007 0.001 0.011 0.420 20 M 0.226 0.102 0.019 0.034 0.012 0.023 0.178 0.008 0.001 0.018 0.381 21 G 0.126 0.094 0.015 0.026 0.046 0.087 0.138 0.009 0.001 0.012 0.448 22 A 0.087 0.064 0.060 0.040 0.098 0.135 0.121 0.002 0.001 0.010 0.382 23 W 0.026 0.085 0.005 0.036 0.109 0.200 0.070 0.002 0.001 0.004 0.463 24 F 0.024 0.092 0.003 0.033 0.309 0.344 0.023 0.001 0.001 0.002 0.168 25 E 0.010 0.173 0.001 0.027 0.227 0.325 0.036 0.002 0.001 0.001 0.198 26 A 0.029 0.073 0.001 0.021 0.351 0.396 0.011 0.001 0.001 0.001 0.117 27 Q 0.020 0.104 0.001 0.020 0.344 0.385 0.010 0.001 0.001 0.001 0.115 28 V 0.010 0.114 0.002 0.013 0.388 0.353 0.007 0.001 0.001 0.001 0.111 29 V 0.011 0.083 0.002 0.029 0.340 0.449 0.006 0.001 0.001 0.001 0.079 30 R 0.012 0.104 0.004 0.023 0.249 0.402 0.021 0.003 0.001 0.002 0.179 31 V 0.061 0.121 0.006 0.033 0.213 0.314 0.022 0.003 0.001 0.002 0.225 32 T 0.040 0.133 0.005 0.034 0.203 0.261 0.041 0.009 0.001 0.006 0.268 33 R 0.093 0.061 0.018 0.024 0.050 0.069 0.031 0.007 0.001 0.005 0.641 34 K 0.083 0.056 0.013 0.032 0.032 0.060 0.164 0.013 0.001 0.006 0.542 35 A 0.169 0.021 0.009 0.016 0.036 0.053 0.121 0.007 0.001 0.010 0.559 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 37 S 0.023 0.010 0.002 0.012 0.028 0.049 0.239 0.003 0.001 0.006 0.627 38 R 0.352 0.014 0.004 0.013 0.007 0.015 0.053 0.002 0.001 0.008 0.531 39 D 0.157 0.025 0.005 0.014 0.021 0.030 0.119 0.004 0.001 0.008 0.617 40 E 0.217 0.013 0.026 0.017 0.027 0.027 0.169 0.001 0.001 0.011 0.492 41 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 42 C 0.027 0.009 0.002 0.028 0.054 0.125 0.144 0.001 0.001 0.007 0.603 43 S 0.108 0.022 0.002 0.025 0.039 0.049 0.130 0.002 0.001 0.008 0.614 44 S 0.170 0.031 0.005 0.018 0.033 0.037 0.099 0.002 0.001 0.007 0.597 45 T 0.092 0.029 0.005 0.018 0.016 0.023 0.247 0.002 0.001 0.009 0.559 46 S 0.187 0.020 0.010 0.020 0.017 0.028 0.249 0.005 0.001 0.026 0.438 47 R 0.215 0.034 0.018 0.025 0.033 0.042 0.177 0.002 0.001 0.011 0.443 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 49 A 0.022 0.012 0.002 0.024 0.059 0.133 0.143 0.001 0.001 0.007 0.597 50 L 0.133 0.037 0.002 0.021 0.031 0.077 0.103 0.002 0.001 0.006 0.588 51 E 0.138 0.065 0.002 0.020 0.044 0.078 0.100 0.004 0.001 0.004 0.544 52 E 0.167 0.058 0.006 0.022 0.060 0.080 0.081 0.003 0.001 0.010 0.513 53 D 0.158 0.043 0.004 0.031 0.073 0.097 0.083 0.005 0.001 0.012 0.493 54 V 0.122 0.024 0.010 0.058 0.221 0.305 0.039 0.002 0.001 0.004 0.215 55 I 0.011 0.015 0.005 0.091 0.309 0.439 0.021 0.001 0.001 0.004 0.105 56 Y 0.005 0.006 0.002 0.056 0.410 0.434 0.009 0.001 0.001 0.001 0.077 57 H 0.006 0.005 0.001 0.115 0.230 0.533 0.008 0.001 0.001 0.001 0.101 58 V 0.007 0.004 0.001 0.066 0.379 0.422 0.010 0.001 0.001 0.001 0.112 59 K 0.004 0.004 0.001 0.080 0.281 0.450 0.026 0.001 0.001 0.002 0.152 60 Y 0.009 0.004 0.001 0.063 0.184 0.361 0.023 0.001 0.001 0.001 0.353 61 D 0.011 0.007 0.001 0.053 0.125 0.267 0.090 0.001 0.001 0.004 0.442 62 D 0.048 0.003 0.004 0.016 0.028 0.062 0.162 0.002 0.001 0.016 0.658 63 Y 0.181 0.015 0.006 0.024 0.054 0.080 0.237 0.002 0.001 0.010 0.391 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 65 E 0.008 0.007 0.001 0.010 0.014 0.042 0.136 0.001 0.001 0.004 0.778 66 N 0.266 0.015 0.002 0.016 0.022 0.031 0.085 0.004 0.001 0.016 0.542 67 G 0.740 0.010 0.004 0.013 0.015 0.024 0.027 0.002 0.001 0.007 0.159 68 V 0.091 0.025 0.108 0.073 0.084 0.107 0.114 0.001 0.001 0.008 0.388 69 V 0.007 0.006 0.003 0.093 0.457 0.275 0.033 0.001 0.001 0.003 0.124 70 Q 0.026 0.008 0.001 0.088 0.134 0.236 0.034 0.001 0.001 0.002 0.470 71 M 0.042 0.006 0.001 0.194 0.237 0.330 0.023 0.001 0.001 0.001 0.167 72 N 0.009 0.006 0.001 0.077 0.227 0.334 0.103 0.001 0.001 0.008 0.233 73 S 0.014 0.006 0.007 0.072 0.064 0.123 0.034 0.001 0.001 0.005 0.674 74 R 0.010 0.005 0.001 0.040 0.032 0.058 0.461 0.001 0.001 0.004 0.388 75 D 0.095 0.004 0.002 0.019 0.012 0.032 0.374 0.001 0.001 0.042 0.418 76 V 0.251 0.068 0.006 0.049 0.040 0.074 0.105 0.002 0.001 0.009 0.395 77 R 0.058 0.087 0.013 0.053 0.053 0.079 0.205 0.002 0.001 0.008 0.441 78 A 0.023 0.043 0.004 0.033 0.013 0.022 0.026 0.001 0.001 0.002 0.833 79 R 0.065 0.136 0.003 0.049 0.043 0.110 0.140 0.005 0.001 0.006 0.442 80 A 0.163 0.207 0.010 0.034 0.027 0.049 0.087 0.007 0.001 0.006 0.409