# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.081 0.018 0.023 0.033 0.042 0.090 0.009 0.705 2 T 0.018 0.007 0.010 0.013 0.017 0.027 0.003 0.904 3 E 0.052 0.014 0.027 0.023 0.039 0.238 0.011 0.598 4 L 0.329 0.020 0.056 0.036 0.046 0.091 0.027 0.395 5 G 0.143 0.029 0.173 0.106 0.127 0.133 0.012 0.277 6 L 0.022 0.016 0.161 0.162 0.178 0.112 0.004 0.345 7 Y 0.007 0.010 0.185 0.238 0.403 0.022 0.002 0.133 8 K 0.017 0.031 0.080 0.135 0.200 0.093 0.004 0.441 9 V 0.017 0.037 0.194 0.137 0.336 0.065 0.004 0.211 10 N 0.013 0.095 0.145 0.143 0.249 0.075 0.009 0.271 11 E 0.113 0.060 0.061 0.056 0.078 0.134 0.050 0.449 12 Y 0.266 0.036 0.103 0.044 0.074 0.098 0.057 0.321 13 V 0.100 0.039 0.270 0.106 0.093 0.157 0.017 0.218 14 D 0.021 0.017 0.093 0.053 0.090 0.261 0.008 0.458 15 A 0.038 0.013 0.128 0.043 0.165 0.060 0.006 0.546 16 R 0.016 0.008 0.120 0.056 0.078 0.418 0.007 0.297 17 D 0.136 0.008 0.059 0.049 0.051 0.217 0.030 0.450 18 T 0.100 0.065 0.090 0.048 0.060 0.155 0.010 0.471 19 N 0.036 0.026 0.051 0.036 0.062 0.359 0.012 0.419 20 M 0.179 0.022 0.050 0.042 0.077 0.150 0.036 0.443 21 G 0.104 0.026 0.064 0.127 0.166 0.133 0.020 0.360 22 A 0.042 0.012 0.049 0.304 0.249 0.126 0.008 0.209 23 W 0.015 0.019 0.067 0.257 0.372 0.040 0.003 0.228 24 F 0.004 0.009 0.029 0.370 0.529 0.007 0.001 0.051 25 E 0.006 0.016 0.044 0.303 0.528 0.019 0.002 0.082 26 A 0.004 0.012 0.035 0.379 0.513 0.004 0.002 0.050 27 Q 0.006 0.006 0.032 0.426 0.491 0.005 0.002 0.031 28 V 0.006 0.009 0.034 0.342 0.446 0.012 0.003 0.148 29 V 0.001 0.003 0.039 0.363 0.573 0.003 0.001 0.017 30 R 0.009 0.014 0.028 0.163 0.369 0.035 0.004 0.378 31 V 0.014 0.008 0.103 0.166 0.523 0.032 0.004 0.149 32 T 0.010 0.013 0.083 0.193 0.376 0.071 0.004 0.250 33 R 0.018 0.013 0.033 0.073 0.172 0.045 0.006 0.641 34 K 0.028 0.013 0.038 0.049 0.101 0.190 0.012 0.568 35 A 0.098 0.013 0.029 0.039 0.061 0.109 0.011 0.640 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 37 S 0.024 0.007 0.010 0.024 0.043 0.309 0.007 0.576 38 R 0.349 0.012 0.016 0.013 0.026 0.062 0.021 0.502 39 D 0.129 0.023 0.014 0.018 0.028 0.229 0.022 0.537 40 E 0.399 0.010 0.026 0.032 0.032 0.144 0.018 0.339 41 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 42 C 0.032 0.006 0.036 0.057 0.159 0.126 0.005 0.578 43 S 0.114 0.017 0.029 0.053 0.072 0.173 0.012 0.529 44 S 0.116 0.025 0.028 0.036 0.070 0.092 0.011 0.622 45 T 0.078 0.018 0.022 0.022 0.033 0.303 0.014 0.510 46 S 0.249 0.011 0.013 0.009 0.013 0.238 0.058 0.409 47 R 0.317 0.028 0.028 0.025 0.033 0.236 0.016 0.316 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.990 49 A 0.021 0.013 0.011 0.021 0.063 0.219 0.004 0.648 50 L 0.212 0.040 0.018 0.031 0.057 0.111 0.014 0.518 51 E 0.114 0.079 0.019 0.048 0.071 0.079 0.011 0.579 52 E 0.095 0.050 0.033 0.047 0.052 0.103 0.014 0.607 53 D 0.204 0.048 0.041 0.068 0.079 0.089 0.027 0.444 54 V 0.106 0.027 0.123 0.189 0.198 0.058 0.014 0.285 55 I 0.011 0.006 0.195 0.305 0.316 0.027 0.003 0.138 56 Y 0.004 0.002 0.165 0.362 0.341 0.014 0.002 0.109 57 H 0.004 0.002 0.150 0.283 0.409 0.015 0.002 0.136 58 V 0.003 0.001 0.191 0.296 0.374 0.015 0.001 0.120 59 K 0.002 0.001 0.147 0.237 0.391 0.039 0.002 0.182 60 Y 0.008 0.003 0.103 0.152 0.358 0.061 0.003 0.311 61 D 0.006 0.005 0.043 0.065 0.138 0.284 0.004 0.455 62 D 0.055 0.004 0.013 0.019 0.044 0.201 0.026 0.636 63 Y 0.245 0.023 0.026 0.032 0.050 0.233 0.012 0.378 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.990 65 E 0.011 0.012 0.004 0.012 0.029 0.116 0.002 0.813 66 N 0.304 0.063 0.013 0.021 0.074 0.063 0.020 0.441 67 G 0.550 0.028 0.042 0.046 0.059 0.072 0.023 0.181 68 V 0.057 0.021 0.178 0.204 0.157 0.071 0.008 0.305 69 V 0.005 0.004 0.122 0.448 0.345 0.014 0.002 0.059 70 Q 0.007 0.011 0.084 0.156 0.278 0.033 0.003 0.426 71 M 0.009 0.008 0.343 0.175 0.299 0.031 0.002 0.133 72 N 0.005 0.009 0.081 0.212 0.218 0.169 0.005 0.300 73 S 0.029 0.011 0.122 0.066 0.219 0.058 0.012 0.483 74 R 0.017 0.009 0.027 0.021 0.031 0.368 0.011 0.515 75 D 0.174 0.007 0.032 0.014 0.023 0.370 0.049 0.332 76 V 0.185 0.097 0.073 0.029 0.056 0.127 0.014 0.418 77 R 0.049 0.066 0.090 0.074 0.134 0.205 0.005 0.377 78 A 0.008 0.018 0.008 0.008 0.016 0.041 0.002 0.900 79 R 0.072 0.092 0.041 0.039 0.154 0.084 0.010 0.509 80 A 0.203 0.155 0.028 0.034 0.060 0.093 0.020 0.407