# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.206 0.142 0.111 0.023 0.356 0.011 0.010 0.040 0.026 0.045 0.030 2 T 0.030 0.105 0.058 0.028 0.062 0.049 0.079 0.287 0.237 0.046 0.020 3 E 0.076 0.060 0.048 0.038 0.088 0.028 0.055 0.124 0.084 0.293 0.105 4 L 0.124 0.224 0.072 0.015 0.224 0.018 0.023 0.093 0.061 0.084 0.061 5 G 0.071 0.254 0.117 0.035 0.185 0.034 0.037 0.123 0.048 0.050 0.048 6 L 0.236 0.121 0.019 0.004 0.352 0.007 0.019 0.111 0.047 0.052 0.033 7 Y 0.118 0.264 0.079 0.009 0.372 0.011 0.019 0.075 0.017 0.017 0.019 8 K 0.195 0.166 0.076 0.015 0.280 0.018 0.020 0.121 0.028 0.029 0.053 9 V 0.054 0.294 0.047 0.020 0.099 0.035 0.108 0.174 0.103 0.034 0.032 10 N 0.028 0.029 0.026 0.117 0.028 0.069 0.044 0.120 0.108 0.331 0.101 11 E 0.061 0.263 0.086 0.013 0.183 0.011 0.025 0.147 0.086 0.096 0.029 12 Y 0.224 0.090 0.021 0.005 0.289 0.008 0.049 0.123 0.063 0.076 0.050 13 V 0.093 0.340 0.090 0.021 0.241 0.027 0.029 0.054 0.030 0.043 0.032 14 D 0.162 0.236 0.067 0.010 0.354 0.009 0.013 0.056 0.028 0.021 0.045 15 A 0.085 0.032 0.011 0.003 0.084 0.008 0.044 0.405 0.230 0.064 0.035 16 R 0.043 0.138 0.045 0.025 0.113 0.049 0.122 0.244 0.089 0.104 0.027 17 D 0.225 0.075 0.041 0.011 0.252 0.010 0.014 0.129 0.057 0.130 0.055 18 T 0.023 0.074 0.045 0.015 0.049 0.024 0.052 0.423 0.239 0.040 0.017 19 N 0.069 0.035 0.030 0.025 0.063 0.029 0.110 0.280 0.102 0.201 0.055 20 M 0.054 0.254 0.078 0.021 0.105 0.023 0.037 0.198 0.084 0.105 0.041 21 G 0.050 0.043 0.043 0.125 0.048 0.083 0.054 0.226 0.083 0.148 0.096 22 A 0.105 0.224 0.063 0.007 0.236 0.008 0.014 0.226 0.053 0.046 0.018 23 W 0.281 0.042 0.003 0.002 0.312 0.005 0.018 0.230 0.039 0.024 0.043 24 F 0.248 0.070 0.010 0.003 0.263 0.014 0.048 0.186 0.091 0.013 0.056 25 E 0.172 0.057 0.006 0.008 0.214 0.032 0.055 0.316 0.030 0.032 0.077 26 A 0.303 0.097 0.012 0.003 0.394 0.006 0.021 0.101 0.033 0.008 0.023 27 Q 0.176 0.128 0.006 0.002 0.409 0.010 0.030 0.154 0.015 0.035 0.036 28 V 0.481 0.040 0.004 0.003 0.285 0.004 0.014 0.065 0.022 0.017 0.064 29 V 0.063 0.124 0.041 0.059 0.205 0.153 0.155 0.123 0.033 0.018 0.027 30 R 0.272 0.088 0.029 0.008 0.427 0.006 0.011 0.049 0.014 0.049 0.048 31 V 0.202 0.105 0.022 0.004 0.342 0.007 0.026 0.079 0.086 0.063 0.064 32 T 0.117 0.174 0.065 0.030 0.263 0.043 0.068 0.083 0.053 0.049 0.055 33 R 0.147 0.151 0.056 0.020 0.223 0.019 0.043 0.129 0.067 0.087 0.058 34 K 0.093 0.129 0.099 0.046 0.152 0.036 0.062 0.067 0.059 0.188 0.068 35 A 0.065 0.383 0.238 0.022 0.175 0.009 0.013 0.026 0.019 0.030 0.020 36 P 0.064 0.166 0.088 0.032 0.104 0.027 0.058 0.161 0.168 0.089 0.044 37 S 0.078 0.164 0.115 0.035 0.145 0.024 0.038 0.123 0.113 0.126 0.038 38 R 0.057 0.132 0.062 0.028 0.112 0.029 0.065 0.194 0.162 0.118 0.041 39 D 0.079 0.072 0.063 0.049 0.102 0.034 0.052 0.094 0.088 0.288 0.079 40 E 0.068 0.302 0.190 0.031 0.189 0.016 0.019 0.057 0.040 0.061 0.028 41 P 0.104 0.160 0.083 0.026 0.182 0.021 0.040 0.136 0.100 0.094 0.053 42 C 0.101 0.200 0.102 0.025 0.187 0.022 0.033 0.115 0.077 0.096 0.041 43 S 0.066 0.165 0.094 0.037 0.128 0.032 0.044 0.177 0.113 0.101 0.043 44 S 0.088 0.110 0.068 0.026 0.142 0.022 0.038 0.198 0.138 0.126 0.044 45 T 0.049 0.129 0.065 0.024 0.106 0.026 0.055 0.242 0.161 0.110 0.033 46 S 0.080 0.108 0.065 0.027 0.123 0.026 0.046 0.130 0.090 0.235 0.069 47 R 0.081 0.323 0.153 0.018 0.205 0.013 0.016 0.062 0.042 0.058 0.029 48 P 0.081 0.200 0.102 0.026 0.152 0.023 0.038 0.151 0.110 0.072 0.045 49 A 0.095 0.209 0.100 0.018 0.176 0.018 0.036 0.144 0.079 0.088 0.037 50 L 0.080 0.184 0.074 0.015 0.155 0.018 0.038 0.171 0.118 0.103 0.043 51 E 0.131 0.061 0.029 0.018 0.142 0.018 0.034 0.249 0.163 0.101 0.054 52 E 0.053 0.128 0.068 0.027 0.123 0.050 0.078 0.245 0.148 0.058 0.021 53 D 0.204 0.101 0.024 0.008 0.253 0.012 0.035 0.089 0.035 0.162 0.078 54 V 0.266 0.129 0.009 0.001 0.526 0.002 0.011 0.010 0.012 0.005 0.028 55 I 0.303 0.054 0.005 0.005 0.523 0.025 0.032 0.011 0.005 0.008 0.032 56 Y 0.181 0.153 0.014 0.003 0.617 0.004 0.004 0.004 0.002 0.004 0.013 57 H 0.348 0.021 0.002 0.001 0.607 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 58 V 0.168 0.209 0.035 0.004 0.542 0.004 0.003 0.004 0.002 0.004 0.025 59 K 0.286 0.123 0.023 0.007 0.386 0.009 0.011 0.015 0.009 0.028 0.104 60 Y 0.159 0.167 0.056 0.027 0.254 0.022 0.016 0.071 0.059 0.088 0.080 61 D 0.077 0.114 0.054 0.037 0.141 0.042 0.091 0.186 0.108 0.103 0.048 62 D 0.079 0.146 0.081 0.030 0.145 0.024 0.045 0.132 0.079 0.193 0.046 63 Y 0.134 0.241 0.109 0.011 0.287 0.011 0.019 0.068 0.030 0.062 0.029 64 P 0.073 0.166 0.249 0.028 0.099 0.024 0.033 0.167 0.103 0.028 0.031 65 E 0.033 0.058 0.049 0.062 0.037 0.087 0.159 0.307 0.132 0.056 0.019 66 N 0.019 0.323 0.133 0.126 0.042 0.072 0.085 0.049 0.027 0.099 0.023 67 G 0.032 0.064 0.062 0.081 0.042 0.022 0.010 0.022 0.028 0.399 0.237 68 V 0.219 0.212 0.022 0.003 0.477 0.003 0.007 0.012 0.010 0.014 0.020 69 V 0.166 0.187 0.022 0.005 0.577 0.008 0.008 0.008 0.004 0.005 0.011 70 Q 0.334 0.059 0.009 0.002 0.538 0.003 0.004 0.004 0.003 0.008 0.036 71 M 0.177 0.262 0.071 0.013 0.372 0.019 0.014 0.010 0.006 0.014 0.042 72 N 0.109 0.325 0.169 0.032 0.205 0.018 0.020 0.016 0.013 0.032 0.061 73 S 0.161 0.140 0.049 0.018 0.182 0.013 0.021 0.097 0.147 0.098 0.074 74 R 0.019 0.092 0.050 0.058 0.053 0.104 0.138 0.182 0.205 0.080 0.018 75 D 0.130 0.164 0.068 0.012 0.264 0.009 0.032 0.073 0.047 0.149 0.052 76 V 0.230 0.149 0.022 0.003 0.413 0.007 0.018 0.039 0.038 0.043 0.037 77 R 0.099 0.337 0.104 0.014 0.350 0.015 0.014 0.020 0.010 0.011 0.024 78 A 0.226 0.156 0.034 0.007 0.312 0.011 0.025 0.092 0.060 0.028 0.050 79 R 0.082 0.133 0.074 0.028 0.148 0.036 0.076 0.143 0.108 0.109 0.063 80 A 0.115 0.213 0.071 0.017 0.210 0.019 0.038 0.112 0.070 0.086 0.050