# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.49968 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.721 0.201 0.049 0.020 0.007 0.001 0.001 2 T 0.646 0.215 0.083 0.041 0.012 0.003 0.001 3 E 0.456 0.284 0.167 0.073 0.015 0.004 0.001 4 L 0.235 0.214 0.244 0.203 0.077 0.025 0.002 5 G 0.230 0.253 0.187 0.155 0.117 0.052 0.005 6 L 0.072 0.093 0.126 0.179 0.225 0.245 0.059 7 Y 0.061 0.078 0.118 0.207 0.254 0.222 0.059 8 K 0.099 0.205 0.267 0.227 0.126 0.062 0.014 9 V 0.045 0.067 0.103 0.188 0.265 0.262 0.071 10 N 0.116 0.217 0.217 0.203 0.149 0.081 0.018 11 E 0.074 0.161 0.170 0.226 0.201 0.138 0.030 12 Y 0.044 0.088 0.149 0.233 0.246 0.190 0.050 13 V 0.049 0.053 0.070 0.136 0.246 0.339 0.107 14 D 0.095 0.171 0.189 0.204 0.162 0.126 0.052 15 A 0.059 0.050 0.065 0.123 0.205 0.328 0.170 16 R 0.118 0.176 0.200 0.218 0.155 0.101 0.031 17 D 0.128 0.145 0.154 0.183 0.183 0.156 0.050 18 T 0.149 0.141 0.153 0.210 0.173 0.127 0.047 19 N 0.246 0.259 0.178 0.136 0.093 0.065 0.023 20 M 0.066 0.081 0.112 0.172 0.224 0.240 0.106 21 G 0.101 0.113 0.119 0.153 0.194 0.202 0.118 22 A 0.018 0.022 0.031 0.061 0.127 0.371 0.370 23 W 0.020 0.026 0.054 0.101 0.166 0.276 0.358 24 F 0.005 0.008 0.011 0.024 0.079 0.339 0.535 25 E 0.013 0.031 0.060 0.114 0.181 0.298 0.303 26 A 0.008 0.018 0.036 0.090 0.185 0.390 0.272 27 Q 0.022 0.083 0.149 0.217 0.265 0.199 0.065 28 V 0.010 0.028 0.047 0.109 0.264 0.429 0.114 29 V 0.023 0.089 0.184 0.257 0.307 0.129 0.011 30 R 0.085 0.296 0.289 0.208 0.089 0.031 0.002 31 V 0.024 0.046 0.117 0.272 0.389 0.145 0.006 32 T 0.109 0.219 0.277 0.237 0.129 0.027 0.001 33 R 0.276 0.324 0.244 0.119 0.033 0.005 0.001 34 K 0.524 0.318 0.106 0.042 0.009 0.001 0.001 35 A 0.545 0.264 0.119 0.057 0.014 0.002 0.001 36 P 0.662 0.237 0.071 0.025 0.005 0.001 0.001 37 S 0.670 0.232 0.071 0.023 0.004 0.001 0.001 38 R 0.586 0.247 0.113 0.044 0.009 0.001 0.001 39 D 0.668 0.234 0.067 0.024 0.006 0.001 0.001 40 E 0.519 0.284 0.122 0.057 0.016 0.003 0.001 41 P 0.413 0.281 0.157 0.098 0.042 0.010 0.001 42 C 0.255 0.228 0.240 0.176 0.077 0.022 0.001 43 S 0.365 0.254 0.194 0.123 0.049 0.015 0.001 44 S 0.416 0.229 0.171 0.112 0.054 0.017 0.001 45 T 0.482 0.232 0.139 0.092 0.042 0.013 0.001 46 S 0.559 0.237 0.103 0.059 0.029 0.011 0.001 47 R 0.376 0.237 0.182 0.126 0.055 0.021 0.002 48 P 0.415 0.271 0.162 0.093 0.043 0.016 0.001 49 A 0.259 0.233 0.221 0.173 0.081 0.030 0.002 50 L 0.214 0.195 0.234 0.202 0.107 0.044 0.003 51 E 0.305 0.258 0.198 0.135 0.070 0.031 0.003 52 E 0.347 0.287 0.168 0.114 0.059 0.022 0.002 53 D 0.123 0.275 0.261 0.193 0.100 0.042 0.006 54 V 0.010 0.032 0.068 0.175 0.338 0.332 0.046 55 I 0.012 0.067 0.175 0.308 0.243 0.174 0.020 56 Y 0.007 0.028 0.051 0.121 0.310 0.425 0.057 57 H 0.014 0.080 0.219 0.334 0.235 0.107 0.011 58 V 0.008 0.020 0.048 0.134 0.309 0.422 0.059 59 K 0.070 0.284 0.295 0.209 0.111 0.030 0.002 60 Y 0.037 0.082 0.162 0.321 0.279 0.113 0.006 61 D 0.297 0.400 0.186 0.079 0.033 0.006 0.001 62 D 0.377 0.362 0.161 0.078 0.018 0.004 0.001 63 Y 0.148 0.137 0.249 0.262 0.170 0.032 0.002 64 P 0.441 0.314 0.136 0.073 0.028 0.007 0.001 65 E 0.469 0.299 0.133 0.067 0.025 0.007 0.001 66 N 0.450 0.319 0.145 0.065 0.016 0.004 0.001 67 G 0.166 0.216 0.217 0.210 0.136 0.049 0.005 68 V 0.105 0.109 0.151 0.211 0.245 0.155 0.024 69 V 0.076 0.153 0.217 0.251 0.202 0.093 0.008 70 Q 0.151 0.310 0.269 0.167 0.075 0.026 0.002 71 M 0.052 0.068 0.139 0.293 0.281 0.152 0.016 72 N 0.263 0.333 0.192 0.121 0.068 0.021 0.001 73 S 0.232 0.241 0.222 0.196 0.077 0.030 0.003 74 R 0.506 0.289 0.123 0.057 0.019 0.005 0.001 75 D 0.297 0.320 0.203 0.126 0.038 0.015 0.002 76 V 0.139 0.076 0.118 0.212 0.278 0.153 0.024 77 R 0.231 0.252 0.218 0.160 0.089 0.045 0.005 78 A 0.363 0.227 0.139 0.119 0.091 0.053 0.009 79 R 0.334 0.217 0.176 0.144 0.077 0.043 0.009 80 A 0.455 0.183 0.113 0.108 0.080 0.050 0.012