# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.005 0.005 0.090 0.068 0.057 0.002 0.033 0.012 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.032 0.014 0.072 0.036 0.281 0.277 0.001 2 T 0.003 0.004 0.023 0.026 0.115 0.007 0.049 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.034 0.401 0.062 0.063 0.166 0.001 3 E 0.005 0.009 0.049 0.055 0.055 0.014 0.324 0.020 0.004 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.035 0.024 0.151 0.080 0.060 0.096 0.002 4 L 0.012 0.025 0.041 0.036 0.229 0.003 0.116 0.015 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.006 0.026 0.076 0.060 0.073 0.092 0.167 0.003 5 G 0.032 0.051 0.243 0.164 0.095 0.003 0.030 0.023 0.001 0.001 0.008 0.007 0.019 0.010 0.081 0.018 0.041 0.052 0.041 0.072 0.010 6 L 0.072 0.077 0.021 0.026 0.479 0.001 0.013 0.017 0.001 0.001 0.019 0.013 0.025 0.013 0.020 0.103 0.022 0.018 0.035 0.010 0.014 7 Y 0.129 0.103 0.256 0.173 0.033 0.002 0.008 0.025 0.001 0.001 0.010 0.013 0.061 0.019 0.117 0.004 0.010 0.004 0.015 0.011 0.007 8 K 0.073 0.073 0.023 0.053 0.437 0.002 0.012 0.035 0.003 0.001 0.018 0.014 0.026 0.017 0.027 0.067 0.030 0.019 0.030 0.022 0.019 9 V 0.073 0.055 0.083 0.074 0.113 0.002 0.024 0.037 0.005 0.001 0.008 0.009 0.028 0.016 0.286 0.013 0.114 0.008 0.021 0.023 0.007 10 N 0.059 0.077 0.055 0.059 0.190 0.007 0.171 0.093 0.005 0.001 0.008 0.008 0.016 0.018 0.040 0.034 0.051 0.037 0.028 0.038 0.006 11 E 0.088 0.076 0.143 0.156 0.099 0.018 0.060 0.067 0.004 0.001 0.004 0.006 0.015 0.015 0.063 0.014 0.071 0.030 0.024 0.040 0.005 12 Y 0.074 0.074 0.040 0.065 0.227 0.006 0.074 0.057 0.005 0.002 0.011 0.015 0.035 0.033 0.041 0.037 0.070 0.035 0.063 0.026 0.010 13 V 0.046 0.048 0.135 0.174 0.055 0.004 0.033 0.045 0.003 0.001 0.008 0.011 0.026 0.037 0.127 0.019 0.046 0.024 0.060 0.091 0.007 14 D 0.014 0.020 0.022 0.054 0.271 0.005 0.023 0.068 0.007 0.001 0.008 0.008 0.012 0.023 0.025 0.086 0.052 0.048 0.106 0.139 0.006 15 A 0.007 0.007 0.080 0.028 0.059 0.005 0.028 0.101 0.007 0.001 0.004 0.002 0.004 0.007 0.119 0.023 0.390 0.033 0.045 0.048 0.002 16 R 0.008 0.011 0.028 0.033 0.072 0.028 0.242 0.187 0.008 0.003 0.001 0.002 0.005 0.009 0.034 0.021 0.203 0.032 0.030 0.040 0.001 17 D 0.009 0.013 0.035 0.048 0.076 0.015 0.224 0.114 0.008 0.007 0.002 0.003 0.004 0.009 0.050 0.035 0.109 0.060 0.093 0.087 0.002 18 T 0.009 0.010 0.056 0.053 0.068 0.010 0.073 0.078 0.008 0.005 0.002 0.002 0.004 0.005 0.048 0.019 0.353 0.070 0.043 0.085 0.001 19 N 0.011 0.015 0.039 0.056 0.098 0.013 0.170 0.065 0.012 0.010 0.002 0.003 0.004 0.006 0.026 0.033 0.196 0.062 0.056 0.124 0.001 20 M 0.012 0.024 0.043 0.062 0.141 0.006 0.141 0.050 0.005 0.003 0.003 0.002 0.005 0.004 0.028 0.026 0.184 0.060 0.056 0.145 0.001 21 G 0.035 0.066 0.103 0.076 0.136 0.008 0.094 0.099 0.004 0.001 0.005 0.003 0.008 0.005 0.035 0.020 0.121 0.085 0.035 0.058 0.004 22 A 0.111 0.186 0.075 0.101 0.166 0.004 0.033 0.080 0.003 0.001 0.008 0.010 0.023 0.009 0.019 0.025 0.052 0.018 0.043 0.023 0.009 23 W 0.223 0.266 0.077 0.070 0.155 0.002 0.012 0.060 0.002 0.001 0.007 0.009 0.024 0.006 0.023 0.007 0.025 0.007 0.013 0.006 0.006 24 F 0.245 0.336 0.071 0.102 0.055 0.003 0.010 0.062 0.002 0.001 0.006 0.009 0.022 0.006 0.025 0.006 0.018 0.004 0.004 0.005 0.008 25 E 0.253 0.384 0.027 0.093 0.073 0.001 0.009 0.031 0.003 0.001 0.008 0.013 0.036 0.009 0.017 0.004 0.014 0.003 0.004 0.005 0.013 26 A 0.259 0.464 0.026 0.037 0.087 0.001 0.013 0.020 0.002 0.001 0.008 0.009 0.026 0.008 0.014 0.006 0.005 0.003 0.003 0.004 0.007 27 Q 0.353 0.321 0.088 0.116 0.028 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.006 0.007 0.021 0.007 0.013 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 0.010 28 V 0.333 0.259 0.017 0.026 0.216 0.001 0.007 0.011 0.002 0.001 0.011 0.018 0.028 0.013 0.008 0.010 0.009 0.004 0.009 0.003 0.015 29 V 0.167 0.223 0.140 0.162 0.031 0.004 0.011 0.017 0.002 0.001 0.005 0.010 0.032 0.020 0.130 0.004 0.012 0.003 0.006 0.016 0.007 30 R 0.092 0.112 0.021 0.099 0.406 0.002 0.017 0.014 0.003 0.001 0.014 0.012 0.022 0.016 0.028 0.027 0.029 0.018 0.025 0.025 0.018 31 V 0.062 0.065 0.113 0.117 0.174 0.002 0.018 0.013 0.003 0.001 0.009 0.010 0.022 0.011 0.171 0.022 0.054 0.023 0.045 0.059 0.006 32 T 0.031 0.036 0.084 0.123 0.215 0.004 0.040 0.014 0.003 0.001 0.006 0.006 0.010 0.008 0.048 0.035 0.048 0.039 0.079 0.164 0.004 33 R 0.014 0.010 0.076 0.088 0.197 0.007 0.032 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.061 0.037 0.150 0.054 0.107 0.142 0.002 34 K 0.006 0.006 0.048 0.053 0.143 0.006 0.104 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.064 0.025 0.105 0.071 0.138 0.207 0.001 35 A 0.002 0.002 0.046 0.055 0.045 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.014 0.052 0.045 0.302 0.384 0.001 36 P 0.001 0.001 0.013 0.021 0.098 0.004 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.245 0.083 0.102 0.357 0.001 37 S 0.001 0.001 0.027 0.028 0.031 0.018 0.166 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.165 0.091 0.134 0.279 0.001 38 R 0.001 0.001 0.026 0.025 0.037 0.009 0.097 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.275 0.076 0.170 0.243 0.001 39 D 0.001 0.002 0.023 0.024 0.075 0.008 0.198 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.096 0.122 0.171 0.232 0.001 40 E 0.001 0.002 0.071 0.045 0.035 0.002 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.065 0.043 0.225 0.447 0.001 41 P 0.001 0.002 0.021 0.027 0.158 0.004 0.022 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.034 0.149 0.060 0.158 0.320 0.001 42 C 0.002 0.003 0.058 0.065 0.048 0.008 0.073 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.029 0.125 0.065 0.160 0.275 0.001 43 S 0.002 0.002 0.029 0.035 0.076 0.007 0.062 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.028 0.135 0.061 0.185 0.310 0.001 44 S 0.001 0.002 0.024 0.029 0.045 0.009 0.132 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.216 0.087 0.174 0.188 0.001 45 T 0.002 0.002 0.026 0.031 0.040 0.014 0.209 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.018 0.200 0.083 0.133 0.192 0.001 46 S 0.002 0.002 0.024 0.021 0.062 0.005 0.133 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.096 0.143 0.239 0.219 0.001 47 R 0.001 0.002 0.060 0.034 0.034 0.002 0.021 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.012 0.104 0.056 0.209 0.426 0.001 48 P 0.001 0.003 0.022 0.024 0.131 0.006 0.054 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.027 0.156 0.078 0.144 0.295 0.001 49 A 0.002 0.003 0.079 0.061 0.053 0.007 0.083 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.017 0.161 0.076 0.125 0.222 0.001 50 L 0.004 0.004 0.050 0.054 0.113 0.007 0.072 0.062 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.019 0.099 0.056 0.170 0.263 0.001 51 E 0.003 0.003 0.050 0.037 0.069 0.004 0.097 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.421 0.059 0.064 0.092 0.001 52 E 0.008 0.016 0.044 0.057 0.120 0.011 0.376 0.069 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.013 0.090 0.049 0.042 0.076 0.001 53 D 0.047 0.070 0.105 0.094 0.242 0.005 0.119 0.044 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.004 0.024 0.023 0.054 0.056 0.049 0.044 0.003 54 V 0.164 0.199 0.113 0.160 0.128 0.002 0.020 0.023 0.002 0.001 0.006 0.010 0.034 0.012 0.029 0.014 0.024 0.012 0.026 0.015 0.007 55 I 0.289 0.268 0.062 0.058 0.154 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.013 0.019 0.035 0.014 0.015 0.010 0.007 0.004 0.010 0.005 0.011 56 Y 0.247 0.355 0.053 0.143 0.040 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.014 0.062 0.020 0.029 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 57 H 0.228 0.351 0.017 0.042 0.133 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.036 0.022 0.060 0.017 0.016 0.010 0.002 0.002 0.006 0.002 0.051 58 V 0.276 0.265 0.114 0.087 0.046 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.026 0.055 0.013 0.042 0.006 0.003 0.002 0.007 0.005 0.022 59 K 0.109 0.211 0.032 0.084 0.366 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.010 0.022 0.008 0.027 0.035 0.010 0.010 0.016 0.028 0.010 60 Y 0.056 0.059 0.134 0.130 0.145 0.002 0.013 0.005 0.003 0.001 0.010 0.006 0.011 0.006 0.211 0.017 0.069 0.016 0.032 0.067 0.006 61 D 0.029 0.031 0.087 0.101 0.152 0.019 0.084 0.016 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.006 0.050 0.019 0.182 0.031 0.062 0.112 0.004 62 D 0.016 0.014 0.037 0.040 0.191 0.006 0.278 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.022 0.126 0.098 0.056 0.082 0.002 63 Y 0.007 0.005 0.077 0.062 0.049 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.026 0.007 0.057 0.039 0.343 0.299 0.001 64 P 0.001 0.001 0.024 0.015 0.055 0.003 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.599 0.044 0.045 0.160 0.001 65 E 0.001 0.003 0.012 0.033 0.029 0.022 0.323 0.017 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.282 0.033 0.043 0.135 0.001 66 N 0.001 0.003 0.007 0.007 0.051 0.003 0.677 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.067 0.039 0.025 0.083 0.001 67 G 0.016 0.037 0.138 0.072 0.075 0.003 0.140 0.018 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.005 0.032 0.030 0.067 0.249 0.042 0.049 0.006 68 V 0.073 0.082 0.067 0.027 0.384 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.015 0.013 0.026 0.011 0.027 0.127 0.029 0.015 0.047 0.017 0.013 69 V 0.094 0.098 0.225 0.116 0.063 0.002 0.007 0.013 0.001 0.001 0.009 0.012 0.045 0.017 0.233 0.007 0.014 0.005 0.016 0.013 0.009 70 Q 0.080 0.097 0.019 0.066 0.384 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.026 0.022 0.039 0.024 0.056 0.076 0.022 0.012 0.022 0.011 0.017 71 M 0.066 0.060 0.159 0.153 0.047 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.019 0.016 0.059 0.026 0.252 0.014 0.027 0.010 0.023 0.035 0.007 72 N 0.023 0.033 0.032 0.058 0.343 0.002 0.031 0.016 0.002 0.001 0.009 0.007 0.010 0.012 0.034 0.094 0.038 0.044 0.058 0.147 0.005 73 S 0.016 0.015 0.119 0.060 0.109 0.002 0.042 0.017 0.006 0.001 0.004 0.002 0.004 0.003 0.118 0.017 0.247 0.060 0.064 0.091 0.003 74 R 0.011 0.012 0.068 0.050 0.074 0.031 0.248 0.070 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.031 0.014 0.174 0.043 0.049 0.107 0.001 75 D 0.008 0.009 0.051 0.053 0.085 0.020 0.233 0.066 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.026 0.023 0.089 0.084 0.125 0.112 0.002 76 V 0.009 0.016 0.031 0.049 0.179 0.004 0.076 0.035 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.006 0.045 0.047 0.120 0.104 0.139 0.118 0.002 77 R 0.012 0.012 0.140 0.121 0.043 0.004 0.032 0.066 0.004 0.001 0.005 0.005 0.007 0.009 0.061 0.015 0.088 0.027 0.167 0.178 0.003 78 A 0.006 0.009 0.015 0.024 0.278 0.012 0.047 0.089 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.026 0.071 0.233 0.045 0.052 0.076 0.001 79 R 0.009 0.013 0.075 0.066 0.045 0.017 0.200 0.152 0.005 0.003 0.002 0.002 0.006 0.007 0.120 0.018 0.115 0.038 0.042 0.063 0.002 80 A 0.015 0.018 0.040 0.073 0.131 0.006 0.079 0.088 0.005 0.001 0.005 0.005 0.008 0.009 0.040 0.043 0.115 0.053 0.118 0.144 0.003