# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.001 0.016 0.787 0.003 0.007 0.008 0.001 0.001 0.007 0.119 0.014 0.020 0.018 2 T 0.001 0.013 0.371 0.009 0.072 0.060 0.001 0.001 0.007 0.154 0.278 0.007 0.026 3 E 0.002 0.017 0.232 0.008 0.103 0.067 0.001 0.001 0.009 0.158 0.356 0.028 0.018 4 L 0.010 0.016 0.363 0.016 0.117 0.093 0.003 0.002 0.017 0.152 0.093 0.018 0.100 5 G 0.024 0.019 0.273 0.028 0.032 0.062 0.005 0.003 0.024 0.209 0.070 0.206 0.045 6 L 0.067 0.019 0.167 0.011 0.041 0.127 0.016 0.005 0.028 0.037 0.050 0.025 0.407 7 Y 0.105 0.020 0.182 0.050 0.047 0.113 0.023 0.009 0.034 0.041 0.048 0.246 0.083 8 K 0.100 0.019 0.173 0.032 0.044 0.133 0.025 0.006 0.039 0.045 0.047 0.125 0.213 9 V 0.046 0.018 0.311 0.036 0.047 0.110 0.013 0.007 0.059 0.060 0.076 0.063 0.155 10 N 0.032 0.006 0.335 0.149 0.051 0.060 0.008 0.005 0.028 0.112 0.087 0.065 0.061 11 E 0.039 0.009 0.175 0.019 0.066 0.099 0.012 0.006 0.080 0.153 0.150 0.105 0.088 12 Y 0.059 0.030 0.166 0.012 0.048 0.079 0.024 0.020 0.122 0.081 0.103 0.030 0.228 13 V 0.055 0.040 0.279 0.012 0.018 0.050 0.023 0.028 0.164 0.079 0.017 0.175 0.059 14 D 0.006 0.019 0.577 0.006 0.007 0.029 0.003 0.007 0.080 0.106 0.013 0.025 0.121 15 A 0.007 0.015 0.156 0.008 0.089 0.437 0.003 0.006 0.023 0.082 0.142 0.009 0.023 16 R 0.005 0.012 0.106 0.011 0.167 0.274 0.002 0.004 0.014 0.073 0.309 0.014 0.009 17 D 0.005 0.010 0.212 0.002 0.194 0.222 0.002 0.003 0.008 0.121 0.161 0.008 0.053 18 T 0.006 0.011 0.183 0.006 0.114 0.135 0.001 0.002 0.004 0.165 0.334 0.022 0.018 19 N 0.018 0.012 0.184 0.012 0.126 0.097 0.001 0.001 0.003 0.179 0.303 0.020 0.046 20 M 0.015 0.005 0.079 0.020 0.092 0.093 0.001 0.001 0.002 0.162 0.470 0.016 0.043 21 G 0.040 0.005 0.116 0.020 0.019 0.054 0.002 0.001 0.002 0.215 0.411 0.051 0.063 22 A 0.216 0.004 0.120 0.006 0.004 0.020 0.005 0.001 0.003 0.035 0.018 0.252 0.315 23 W 0.547 0.002 0.019 0.010 0.002 0.009 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.115 0.278 24 F 0.679 0.001 0.005 0.025 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.203 0.057 25 E 0.675 0.001 0.006 0.037 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.215 26 A 0.752 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.111 27 Q 0.680 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.190 0.099 28 V 0.629 0.001 0.005 0.004 0.001 0.003 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.084 0.258 29 V 0.430 0.002 0.020 0.181 0.005 0.014 0.016 0.001 0.009 0.006 0.007 0.217 0.092 30 R 0.244 0.006 0.039 0.016 0.010 0.028 0.011 0.002 0.018 0.020 0.036 0.187 0.382 31 V 0.132 0.011 0.114 0.013 0.014 0.021 0.007 0.002 0.017 0.026 0.027 0.119 0.498 32 T 0.070 0.010 0.189 0.020 0.016 0.014 0.005 0.002 0.020 0.045 0.031 0.439 0.140 33 R 0.021 0.035 0.319 0.006 0.033 0.033 0.003 0.002 0.024 0.124 0.113 0.070 0.218 34 K 0.010 0.063 0.470 0.011 0.037 0.029 0.002 0.002 0.014 0.149 0.099 0.047 0.066 35 A 0.003 0.023 0.653 0.003 0.013 0.009 0.001 0.001 0.008 0.177 0.036 0.038 0.036 36 P 0.001 0.024 0.529 0.003 0.041 0.016 0.001 0.001 0.004 0.159 0.178 0.007 0.038 37 S 0.001 0.018 0.357 0.003 0.054 0.015 0.001 0.001 0.002 0.163 0.373 0.009 0.005 38 R 0.001 0.018 0.411 0.002 0.070 0.018 0.001 0.001 0.003 0.198 0.263 0.007 0.010 39 D 0.001 0.029 0.428 0.002 0.038 0.011 0.001 0.001 0.002 0.262 0.209 0.006 0.012 40 E 0.001 0.030 0.551 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.003 0.299 0.070 0.017 0.007 41 P 0.002 0.064 0.627 0.002 0.026 0.016 0.001 0.001 0.005 0.137 0.081 0.007 0.032 42 C 0.002 0.054 0.556 0.004 0.044 0.022 0.001 0.001 0.005 0.155 0.120 0.021 0.016 43 S 0.002 0.033 0.505 0.004 0.068 0.036 0.001 0.001 0.005 0.152 0.158 0.013 0.024 44 S 0.002 0.028 0.337 0.004 0.089 0.051 0.001 0.001 0.003 0.151 0.308 0.010 0.017 45 T 0.001 0.020 0.297 0.003 0.073 0.042 0.001 0.001 0.003 0.190 0.340 0.018 0.011 46 S 0.002 0.025 0.381 0.003 0.042 0.027 0.001 0.001 0.003 0.284 0.199 0.008 0.025 47 R 0.002 0.024 0.554 0.002 0.021 0.024 0.001 0.001 0.004 0.262 0.069 0.026 0.012 48 P 0.002 0.039 0.555 0.003 0.039 0.050 0.001 0.001 0.005 0.135 0.121 0.010 0.039 49 A 0.003 0.051 0.516 0.004 0.049 0.063 0.001 0.001 0.008 0.149 0.091 0.037 0.028 50 L 0.003 0.027 0.553 0.006 0.054 0.059 0.001 0.001 0.005 0.133 0.074 0.018 0.068 51 E 0.005 0.014 0.280 0.016 0.137 0.168 0.001 0.001 0.004 0.124 0.196 0.026 0.027 52 E 0.007 0.008 0.108 0.030 0.161 0.130 0.001 0.001 0.003 0.120 0.372 0.024 0.036 53 D 0.040 0.010 0.208 0.027 0.081 0.094 0.003 0.002 0.008 0.142 0.183 0.051 0.150 54 V 0.172 0.007 0.176 0.024 0.014 0.043 0.016 0.005 0.031 0.053 0.020 0.198 0.240 55 I 0.397 0.004 0.058 0.032 0.005 0.019 0.056 0.015 0.029 0.011 0.009 0.119 0.246 56 Y 0.554 0.002 0.019 0.033 0.004 0.012 0.050 0.014 0.028 0.005 0.004 0.187 0.087 57 H 0.646 0.002 0.014 0.029 0.002 0.007 0.051 0.011 0.027 0.004 0.003 0.066 0.137 58 V 0.547 0.003 0.024 0.011 0.002 0.004 0.051 0.010 0.037 0.003 0.002 0.146 0.161 59 K 0.354 0.007 0.095 0.025 0.004 0.006 0.030 0.006 0.049 0.010 0.007 0.145 0.261 60 Y 0.173 0.008 0.193 0.016 0.030 0.020 0.009 0.004 0.030 0.046 0.050 0.166 0.256 61 D 0.028 0.008 0.147 0.018 0.059 0.020 0.003 0.001 0.013 0.143 0.373 0.104 0.082 62 D 0.009 0.027 0.202 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.004 0.325 0.287 0.047 0.059 63 Y 0.004 0.058 0.532 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.004 0.249 0.051 0.033 0.049 64 P 0.002 0.036 0.603 0.004 0.050 0.005 0.001 0.001 0.002 0.121 0.113 0.015 0.047 65 E 0.001 0.006 0.058 0.010 0.091 0.005 0.001 0.001 0.001 0.095 0.718 0.008 0.008 66 N 0.001 0.004 0.039 0.019 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.150 0.727 0.003 0.007 67 G 0.009 0.014 0.226 0.016 0.017 0.005 0.001 0.001 0.003 0.424 0.160 0.099 0.026 68 V 0.075 0.022 0.313 0.006 0.006 0.005 0.010 0.002 0.009 0.029 0.010 0.049 0.464 69 V 0.141 0.013 0.055 0.007 0.003 0.005 0.031 0.004 0.029 0.011 0.004 0.603 0.094 70 Q 0.216 0.027 0.090 0.030 0.006 0.006 0.036 0.005 0.034 0.009 0.008 0.091 0.441 71 M 0.111 0.021 0.182 0.037 0.005 0.004 0.019 0.003 0.049 0.020 0.005 0.431 0.114 72 N 0.022 0.012 0.442 0.027 0.005 0.004 0.007 0.001 0.027 0.066 0.018 0.043 0.327 73 S 0.019 0.013 0.386 0.018 0.091 0.039 0.004 0.001 0.013 0.133 0.136 0.058 0.090 74 R 0.010 0.009 0.186 0.024 0.215 0.065 0.002 0.001 0.011 0.106 0.279 0.050 0.041 75 D 0.007 0.023 0.278 0.005 0.198 0.079 0.002 0.002 0.023 0.125 0.166 0.045 0.046 76 V 0.006 0.042 0.536 0.006 0.070 0.069 0.003 0.003 0.043 0.093 0.041 0.012 0.077 77 R 0.008 0.031 0.572 0.010 0.026 0.049 0.002 0.001 0.031 0.096 0.023 0.121 0.029 78 A 0.007 0.038 0.359 0.007 0.073 0.108 0.003 0.002 0.029 0.085 0.107 0.012 0.171 79 R 0.005 0.031 0.383 0.018 0.090 0.127 0.002 0.002 0.019 0.115 0.138 0.049 0.020 80 A 0.004 0.017 0.483 0.005 0.073 0.119 0.002 0.001 0.020 0.123 0.074 0.019 0.060