# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.277 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.099 0.086 0.477 2 T 0.064 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.047 0.138 0.690 3 E 0.046 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.063 0.103 0.601 4 L 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.010 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.116 0.027 0.157 0.646 5 G 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.006 0.002 0.002 0.003 0.006 0.004 0.771 0.026 0.028 0.119 6 L 0.010 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.010 0.002 0.021 0.011 0.017 0.009 0.300 0.076 0.063 0.455 7 Y 0.006 0.013 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.010 0.005 0.600 0.031 0.040 0.229 8 K 0.059 0.026 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.363 0.114 0.055 0.348 9 V 0.163 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.084 0.072 0.385 10 N 0.069 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.037 0.087 0.601 11 E 0.017 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.564 0.025 0.070 0.293 12 Y 0.008 0.018 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.041 0.116 0.635 13 V 0.035 0.054 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.047 0.086 0.404 14 D 0.264 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.434 0.037 0.162 15 A 0.075 0.055 0.010 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.058 0.311 0.112 0.355 16 R 0.066 0.029 0.005 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.048 0.148 0.601 17 D 0.082 0.052 0.005 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.096 0.120 0.552 18 T 0.042 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.057 0.189 0.589 19 N 0.137 0.272 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.101 0.112 0.327 20 M 0.027 0.289 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.056 0.160 0.391 21 G 0.030 0.373 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.107 0.081 0.232 22 A 0.041 0.267 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.002 0.005 0.004 0.004 0.002 0.298 0.127 0.060 0.168 23 W 0.016 0.092 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.596 0.104 0.047 0.119 24 F 0.020 0.041 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.619 0.122 0.034 0.133 25 E 0.033 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.652 0.074 0.042 0.142 26 A 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.035 0.060 0.301 27 Q 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.030 0.024 0.084 28 V 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.074 0.088 0.410 29 V 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.777 0.031 0.039 0.139 30 R 0.037 0.012 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.072 0.073 0.433 31 V 0.026 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.066 0.082 0.519 32 T 0.186 0.016 0.004 0.001 0.003 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.109 0.072 0.458 33 R 0.015 0.004 0.002 0.001 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.026 0.089 0.786 34 K 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.025 0.110 0.804 35 A 0.139 0.008 0.004 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.086 0.078 0.636 36 P 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.027 0.092 0.798 37 S 0.084 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.039 0.103 0.749 38 R 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.025 0.134 0.758 39 D 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.112 0.822 40 E 0.042 0.009 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.006 0.008 0.016 0.002 0.007 0.005 0.011 0.003 0.073 0.111 0.161 0.535 41 P 0.042 0.008 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.037 0.082 0.146 0.655 42 C 0.062 0.012 0.003 0.001 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.043 0.124 0.130 0.593 43 S 0.095 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.053 0.123 0.666 44 S 0.111 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.046 0.120 0.673 45 T 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.017 0.128 0.784 46 S 0.033 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.027 0.111 0.771 47 R 0.123 0.054 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.008 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.073 0.119 0.542 48 P 0.055 0.037 0.003 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.042 0.058 0.128 0.650 49 A 0.059 0.025 0.005 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.051 0.060 0.120 0.656 50 L 0.256 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.040 0.068 0.086 0.496 51 E 0.181 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.068 0.122 0.538 52 E 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.035 0.148 0.586 53 D 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.385 0.098 0.086 0.404 54 V 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.604 0.100 0.044 0.213 55 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.004 0.641 0.044 0.046 0.240 56 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.895 0.020 0.011 0.056 57 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.731 0.039 0.028 0.182 58 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.037 0.041 0.130 59 K 0.044 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.429 0.079 0.076 0.352 60 Y 0.321 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.124 0.066 0.288 61 D 0.013 0.011 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.029 0.116 0.654 62 D 0.015 0.019 0.002 0.001 0.005 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.053 0.107 0.700 63 Y 0.056 0.012 0.051 0.001 0.064 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.171 0.082 0.491 64 P 0.560 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.072 0.031 0.316 65 E 0.097 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.075 0.801 66 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.119 0.842 67 G 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.372 0.058 0.052 0.435 68 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.071 0.318 0.133 0.003 0.002 0.005 0.004 0.002 0.037 0.039 0.036 0.337 69 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.010 0.007 0.001 0.004 0.008 0.004 0.018 0.052 0.006 0.009 0.543 0.043 0.032 0.242 70 Q 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.069 0.060 0.015 0.200 0.048 0.063 0.448 71 M 0.033 0.013 0.002 0.001 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.011 0.370 0.083 0.066 0.333 72 N 0.180 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.195 0.109 0.072 0.401 73 S 0.186 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.072 0.099 0.492 74 R 0.020 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.027 0.144 0.568 75 D 0.015 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.042 0.124 0.509 76 V 0.051 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.144 0.049 0.109 0.569 77 R 0.127 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.013 0.009 0.006 0.003 0.193 0.087 0.108 0.396 78 A 0.048 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.107 0.045 0.114 0.645 79 R 0.063 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.123 0.048 0.129 0.611 80 A 0.045 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.035 0.127 0.653