# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.355 0.017 0.007 0.016 0.016 0.024 0.094 0.012 0.005 0.085 0.371 2 T 0.083 0.010 0.001 0.025 0.017 0.037 0.143 0.003 0.001 0.033 0.646 3 E 0.022 0.011 0.001 0.036 0.020 0.085 0.114 0.002 0.001 0.036 0.674 4 L 0.011 0.013 0.001 0.066 0.113 0.103 0.126 0.001 0.001 0.045 0.522 5 G 0.013 0.035 0.001 0.124 0.128 0.295 0.065 0.002 0.001 0.078 0.259 6 L 0.020 0.031 0.001 0.065 0.223 0.215 0.055 0.002 0.001 0.078 0.309 7 Y 0.007 0.039 0.002 0.244 0.193 0.261 0.039 0.001 0.001 0.044 0.167 8 K 0.050 0.140 0.004 0.086 0.116 0.180 0.054 0.005 0.001 0.073 0.291 9 V 0.097 0.162 0.006 0.062 0.073 0.095 0.079 0.018 0.002 0.074 0.331 10 N 0.109 0.160 0.007 0.033 0.050 0.062 0.091 0.011 0.004 0.070 0.403 11 E 0.105 0.172 0.003 0.068 0.029 0.129 0.088 0.005 0.001 0.042 0.358 12 Y 0.056 0.132 0.007 0.041 0.047 0.055 0.088 0.009 0.001 0.067 0.498 13 V 0.055 0.113 0.010 0.085 0.093 0.110 0.083 0.011 0.002 0.065 0.374 14 D 0.090 0.086 0.004 0.030 0.037 0.066 0.067 0.006 0.001 0.283 0.331 15 A 0.031 0.055 0.009 0.036 0.039 0.041 0.124 0.005 0.002 0.249 0.409 16 R 0.091 0.107 0.006 0.037 0.026 0.031 0.091 0.014 0.003 0.047 0.549 17 D 0.283 0.091 0.012 0.019 0.012 0.022 0.071 0.018 0.006 0.077 0.388 18 T 0.109 0.051 0.003 0.034 0.027 0.039 0.102 0.006 0.001 0.053 0.576 19 N 0.069 0.051 0.003 0.031 0.023 0.062 0.103 0.004 0.001 0.059 0.595 20 M 0.017 0.053 0.002 0.047 0.067 0.093 0.137 0.003 0.001 0.043 0.537 21 G 0.023 0.077 0.002 0.046 0.081 0.185 0.116 0.004 0.001 0.070 0.395 22 A 0.007 0.037 0.001 0.034 0.296 0.417 0.037 0.002 0.001 0.030 0.138 23 W 0.014 0.037 0.003 0.051 0.184 0.341 0.051 0.002 0.001 0.070 0.245 24 F 0.011 0.032 0.003 0.043 0.282 0.393 0.031 0.002 0.001 0.044 0.158 25 E 0.012 0.022 0.002 0.042 0.249 0.444 0.032 0.003 0.001 0.036 0.158 26 A 0.006 0.015 0.003 0.045 0.324 0.382 0.027 0.001 0.001 0.038 0.159 27 Q 0.011 0.021 0.002 0.055 0.318 0.411 0.024 0.002 0.001 0.047 0.109 28 V 0.027 0.017 0.002 0.042 0.207 0.279 0.052 0.006 0.001 0.124 0.244 29 V 0.008 0.010 0.002 0.096 0.346 0.315 0.038 0.002 0.001 0.046 0.136 30 R 0.034 0.019 0.003 0.054 0.152 0.296 0.058 0.004 0.001 0.058 0.321 31 V 0.034 0.014 0.004 0.069 0.123 0.168 0.094 0.010 0.002 0.069 0.413 32 T 0.111 0.007 0.003 0.057 0.107 0.143 0.080 0.005 0.002 0.110 0.375 33 R 0.014 0.004 0.001 0.022 0.023 0.076 0.122 0.002 0.001 0.048 0.689 34 K 0.013 0.004 0.001 0.022 0.019 0.032 0.114 0.002 0.001 0.032 0.760 35 A 0.203 0.007 0.005 0.012 0.025 0.025 0.118 0.009 0.003 0.100 0.495 36 P 0.087 0.004 0.001 0.009 0.006 0.013 0.109 0.004 0.001 0.032 0.738 37 S 0.167 0.003 0.001 0.006 0.006 0.012 0.081 0.002 0.001 0.047 0.676 38 R 0.005 0.002 0.001 0.013 0.010 0.015 0.116 0.001 0.001 0.020 0.818 39 D 0.022 0.004 0.001 0.009 0.010 0.017 0.114 0.002 0.001 0.058 0.764 40 E 0.028 0.005 0.001 0.012 0.071 0.036 0.152 0.003 0.001 0.124 0.568 41 P 0.027 0.003 0.001 0.012 0.011 0.020 0.142 0.002 0.001 0.077 0.705 42 C 0.050 0.005 0.001 0.011 0.020 0.029 0.148 0.003 0.001 0.102 0.629 43 S 0.069 0.006 0.001 0.013 0.011 0.019 0.132 0.003 0.001 0.044 0.703 44 S 0.153 0.006 0.001 0.009 0.012 0.019 0.111 0.003 0.001 0.072 0.615 45 T 0.005 0.005 0.001 0.009 0.013 0.019 0.125 0.001 0.001 0.019 0.803 46 S 0.022 0.025 0.001 0.009 0.020 0.025 0.107 0.003 0.001 0.028 0.760 47 R 0.158 0.057 0.002 0.011 0.068 0.034 0.112 0.010 0.001 0.087 0.460 48 P 0.063 0.042 0.002 0.013 0.021 0.033 0.132 0.004 0.001 0.042 0.647 49 A 0.079 0.037 0.008 0.019 0.035 0.054 0.106 0.004 0.003 0.050 0.604 50 L 0.320 0.047 0.003 0.015 0.031 0.037 0.090 0.011 0.001 0.050 0.396 51 E 0.165 0.042 0.002 0.013 0.018 0.030 0.102 0.008 0.001 0.039 0.581 52 E 0.019 0.028 0.002 0.033 0.062 0.118 0.113 0.002 0.001 0.031 0.592 53 D 0.014 0.017 0.002 0.061 0.077 0.211 0.099 0.002 0.001 0.059 0.459 54 V 0.010 0.009 0.001 0.061 0.255 0.339 0.053 0.003 0.001 0.050 0.219 55 I 0.010 0.008 0.001 0.092 0.178 0.243 0.047 0.002 0.001 0.060 0.360 56 Y 0.003 0.003 0.001 0.103 0.270 0.422 0.023 0.001 0.001 0.034 0.139 57 H 0.010 0.003 0.001 0.081 0.217 0.354 0.034 0.002 0.001 0.060 0.238 58 V 0.005 0.002 0.003 0.059 0.346 0.335 0.036 0.002 0.001 0.031 0.180 59 K 0.042 0.007 0.001 0.080 0.188 0.368 0.045 0.004 0.001 0.039 0.225 60 Y 0.305 0.006 0.001 0.024 0.070 0.117 0.061 0.006 0.001 0.096 0.315 61 D 0.008 0.005 0.001 0.042 0.088 0.145 0.111 0.002 0.001 0.030 0.568 62 D 0.024 0.014 0.001 0.029 0.041 0.135 0.097 0.002 0.001 0.062 0.594 63 Y 0.073 0.008 0.024 0.020 0.135 0.077 0.093 0.008 0.019 0.252 0.292 64 P 0.381 0.005 0.001 0.011 0.010 0.018 0.060 0.005 0.001 0.042 0.466 65 E 0.124 0.005 0.001 0.010 0.011 0.037 0.084 0.003 0.001 0.027 0.699 66 N 0.003 0.002 0.001 0.018 0.013 0.039 0.118 0.001 0.001 0.011 0.794 67 G 0.003 0.007 0.001 0.043 0.112 0.530 0.046 0.001 0.001 0.036 0.220 68 V 0.007 0.004 0.001 0.024 0.406 0.214 0.036 0.001 0.001 0.052 0.257 69 V 0.003 0.002 0.001 0.107 0.328 0.349 0.023 0.001 0.001 0.031 0.156 70 Q 0.010 0.005 0.001 0.057 0.206 0.294 0.045 0.001 0.001 0.053 0.327 71 M 0.016 0.005 0.003 0.088 0.234 0.194 0.061 0.002 0.002 0.042 0.354 72 N 0.139 0.031 0.002 0.038 0.097 0.137 0.070 0.009 0.001 0.063 0.412 73 S 0.139 0.033 0.001 0.016 0.035 0.067 0.081 0.011 0.001 0.053 0.565 74 R 0.038 0.022 0.002 0.025 0.112 0.085 0.096 0.002 0.001 0.049 0.568 75 D 0.032 0.027 0.002 0.032 0.062 0.122 0.100 0.003 0.001 0.043 0.576 76 V 0.035 0.027 0.004 0.050 0.089 0.082 0.110 0.006 0.002 0.044 0.553 77 R 0.153 0.023 0.012 0.062 0.090 0.097 0.076 0.007 0.006 0.077 0.397 78 A 0.099 0.009 0.002 0.031 0.018 0.040 0.091 0.003 0.001 0.042 0.664 79 R 0.067 0.012 0.002 0.047 0.013 0.025 0.105 0.004 0.001 0.037 0.688 80 A 0.043 0.011 0.001 0.035 0.017 0.023 0.130 0.003 0.001 0.036 0.701