# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.233 0.034 0.020 0.030 0.032 0.086 0.100 0.466 2 T 0.059 0.025 0.014 0.017 0.027 0.123 0.028 0.707 3 E 0.048 0.043 0.022 0.021 0.066 0.111 0.054 0.634 4 L 0.017 0.030 0.032 0.048 0.092 0.113 0.041 0.627 5 G 0.024 0.079 0.113 0.147 0.288 0.067 0.076 0.206 6 L 0.009 0.039 0.092 0.101 0.183 0.055 0.149 0.372 7 Y 0.011 0.036 0.213 0.261 0.176 0.044 0.142 0.116 8 K 0.041 0.097 0.111 0.120 0.154 0.064 0.145 0.269 9 V 0.103 0.097 0.068 0.046 0.079 0.093 0.093 0.421 10 N 0.069 0.115 0.061 0.071 0.086 0.066 0.145 0.387 11 E 0.029 0.148 0.068 0.051 0.084 0.088 0.062 0.471 12 Y 0.022 0.088 0.087 0.062 0.105 0.087 0.094 0.455 13 V 0.047 0.073 0.110 0.140 0.089 0.090 0.114 0.337 14 D 0.187 0.092 0.051 0.032 0.046 0.073 0.239 0.280 15 A 0.065 0.063 0.058 0.037 0.040 0.097 0.143 0.498 16 R 0.083 0.061 0.037 0.025 0.045 0.118 0.064 0.567 17 D 0.096 0.050 0.045 0.024 0.033 0.104 0.090 0.558 18 T 0.095 0.054 0.023 0.024 0.040 0.129 0.040 0.596 19 N 0.128 0.093 0.028 0.018 0.030 0.094 0.078 0.531 20 M 0.034 0.164 0.025 0.035 0.067 0.154 0.040 0.480 21 G 0.024 0.161 0.059 0.048 0.143 0.066 0.060 0.439 22 A 0.022 0.217 0.043 0.205 0.263 0.048 0.073 0.130 23 W 0.011 0.120 0.131 0.120 0.273 0.039 0.167 0.139 24 F 0.014 0.146 0.042 0.360 0.277 0.018 0.069 0.073 25 E 0.028 0.126 0.069 0.161 0.355 0.034 0.072 0.154 26 A 0.014 0.066 0.058 0.227 0.364 0.039 0.070 0.162 27 Q 0.017 0.041 0.050 0.276 0.449 0.027 0.042 0.098 28 V 0.015 0.021 0.061 0.160 0.272 0.050 0.157 0.265 29 V 0.009 0.024 0.055 0.320 0.310 0.042 0.090 0.151 30 R 0.036 0.026 0.063 0.197 0.289 0.053 0.054 0.283 31 V 0.049 0.021 0.042 0.142 0.171 0.076 0.041 0.458 32 T 0.140 0.028 0.046 0.094 0.111 0.072 0.066 0.445 33 R 0.024 0.008 0.025 0.065 0.075 0.106 0.047 0.650 34 K 0.028 0.007 0.014 0.023 0.032 0.111 0.037 0.748 35 A 0.185 0.016 0.021 0.046 0.040 0.123 0.089 0.482 36 P 0.112 0.007 0.008 0.009 0.015 0.097 0.022 0.729 37 S 0.199 0.010 0.009 0.012 0.017 0.085 0.036 0.632 38 R 0.026 0.006 0.008 0.011 0.022 0.140 0.017 0.771 39 D 0.037 0.005 0.011 0.011 0.026 0.113 0.030 0.768 40 E 0.074 0.009 0.021 0.047 0.044 0.162 0.083 0.559 41 P 0.032 0.006 0.019 0.016 0.027 0.131 0.065 0.703 42 C 0.064 0.011 0.026 0.029 0.042 0.135 0.066 0.627 43 S 0.097 0.017 0.018 0.017 0.030 0.112 0.044 0.664 44 S 0.131 0.027 0.011 0.017 0.028 0.110 0.055 0.620 45 T 0.036 0.025 0.017 0.023 0.042 0.135 0.037 0.684 46 S 0.065 0.038 0.014 0.023 0.040 0.123 0.035 0.662 47 R 0.122 0.047 0.021 0.057 0.050 0.103 0.050 0.551 48 P 0.053 0.031 0.017 0.033 0.051 0.120 0.045 0.649 49 A 0.065 0.015 0.025 0.027 0.038 0.109 0.086 0.635 50 L 0.230 0.022 0.013 0.021 0.025 0.090 0.096 0.502 51 E 0.150 0.028 0.010 0.012 0.020 0.080 0.063 0.637 52 E 0.018 0.015 0.036 0.025 0.120 0.154 0.041 0.591 53 D 0.006 0.005 0.066 0.077 0.264 0.088 0.058 0.437 54 V 0.007 0.003 0.104 0.266 0.351 0.055 0.044 0.169 55 I 0.003 0.002 0.132 0.184 0.345 0.036 0.045 0.254 56 Y 0.003 0.001 0.139 0.381 0.351 0.022 0.022 0.081 57 H 0.007 0.002 0.187 0.186 0.284 0.043 0.042 0.248 58 V 0.009 0.002 0.137 0.298 0.263 0.047 0.039 0.205 59 K 0.078 0.009 0.075 0.110 0.170 0.079 0.047 0.432 60 Y 0.137 0.016 0.034 0.067 0.078 0.092 0.050 0.527 61 D 0.031 0.014 0.021 0.049 0.069 0.107 0.021 0.688 62 D 0.022 0.008 0.030 0.035 0.061 0.106 0.066 0.674 63 Y 0.096 0.011 0.038 0.060 0.044 0.144 0.089 0.518 64 P 0.768 0.008 0.007 0.006 0.007 0.027 0.026 0.151 65 E 0.143 0.010 0.005 0.007 0.015 0.082 0.016 0.721 66 N 0.005 0.003 0.013 0.008 0.054 0.079 0.008 0.830 67 G 0.019 0.010 0.044 0.126 0.304 0.091 0.046 0.360 68 V 0.011 0.005 0.047 0.296 0.215 0.060 0.045 0.321 69 V 0.009 0.006 0.095 0.271 0.273 0.041 0.043 0.262 70 Q 0.014 0.007 0.070 0.177 0.286 0.057 0.059 0.329 71 M 0.032 0.006 0.105 0.142 0.121 0.077 0.064 0.451 72 N 0.177 0.040 0.035 0.094 0.107 0.063 0.076 0.409 73 S 0.107 0.040 0.019 0.022 0.046 0.073 0.042 0.652 74 R 0.033 0.034 0.040 0.068 0.111 0.120 0.038 0.556 75 D 0.021 0.031 0.045 0.067 0.113 0.093 0.068 0.561 76 V 0.057 0.042 0.047 0.090 0.096 0.091 0.061 0.516 77 R 0.119 0.032 0.079 0.098 0.101 0.076 0.111 0.385 78 A 0.057 0.025 0.029 0.048 0.063 0.079 0.069 0.630 79 R 0.040 0.021 0.039 0.038 0.065 0.090 0.060 0.648 80 A 0.046 0.020 0.030 0.053 0.076 0.107 0.059 0.609