# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.274 0.217 0.055 0.117 0.100 0.059 0.071 0.045 0.029 0.020 0.012 2 T 0.265 0.174 0.045 0.122 0.110 0.089 0.080 0.054 0.031 0.019 0.010 3 E 0.634 0.190 0.041 0.067 0.032 0.014 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 4 L 0.095 0.074 0.031 0.122 0.139 0.146 0.149 0.108 0.071 0.044 0.021 5 G 0.124 0.125 0.048 0.145 0.153 0.105 0.127 0.074 0.056 0.029 0.014 6 L 0.030 0.037 0.044 0.099 0.110 0.108 0.176 0.120 0.133 0.092 0.052 7 Y 0.027 0.030 0.055 0.079 0.075 0.102 0.167 0.115 0.157 0.109 0.084 8 K 0.024 0.049 0.059 0.162 0.153 0.129 0.165 0.092 0.083 0.053 0.031 9 V 0.024 0.038 0.043 0.100 0.101 0.108 0.159 0.133 0.132 0.091 0.069 10 N 0.083 0.079 0.069 0.172 0.185 0.121 0.116 0.064 0.055 0.038 0.019 11 E 0.126 0.127 0.090 0.205 0.148 0.108 0.098 0.044 0.030 0.017 0.007 12 Y 0.031 0.035 0.040 0.103 0.103 0.111 0.157 0.128 0.131 0.096 0.065 13 V 0.007 0.009 0.015 0.024 0.029 0.045 0.121 0.177 0.232 0.194 0.147 14 D 0.020 0.061 0.093 0.183 0.184 0.112 0.134 0.081 0.065 0.044 0.024 15 A 0.009 0.013 0.027 0.029 0.033 0.054 0.122 0.139 0.203 0.199 0.170 16 R 0.062 0.078 0.076 0.210 0.186 0.112 0.120 0.059 0.048 0.031 0.017 17 D 0.030 0.026 0.029 0.053 0.057 0.070 0.144 0.169 0.166 0.137 0.118 18 T 0.070 0.090 0.069 0.171 0.165 0.128 0.124 0.069 0.052 0.040 0.020 19 N 0.205 0.154 0.089 0.163 0.128 0.076 0.080 0.042 0.033 0.019 0.011 20 M 0.024 0.017 0.020 0.036 0.047 0.073 0.146 0.156 0.189 0.169 0.122 21 G 0.057 0.060 0.062 0.097 0.105 0.100 0.142 0.091 0.120 0.101 0.065 22 A 0.007 0.011 0.023 0.030 0.040 0.067 0.151 0.156 0.200 0.174 0.141 23 W 0.012 0.021 0.048 0.074 0.086 0.113 0.166 0.139 0.145 0.120 0.077 24 F 0.003 0.006 0.019 0.018 0.022 0.037 0.107 0.154 0.209 0.221 0.205 25 E 0.009 0.017 0.046 0.092 0.093 0.104 0.155 0.131 0.148 0.112 0.093 26 A 0.008 0.008 0.036 0.031 0.031 0.059 0.126 0.130 0.195 0.217 0.158 27 Q 0.009 0.038 0.081 0.191 0.188 0.151 0.174 0.075 0.051 0.029 0.013 28 V 0.003 0.005 0.013 0.016 0.015 0.033 0.088 0.116 0.236 0.251 0.225 29 V 0.025 0.030 0.066 0.163 0.207 0.165 0.180 0.064 0.047 0.039 0.015 30 R 0.072 0.146 0.206 0.309 0.159 0.050 0.032 0.012 0.007 0.004 0.002 31 V 0.002 0.002 0.005 0.007 0.009 0.022 0.078 0.148 0.226 0.230 0.271 32 T 0.048 0.136 0.108 0.200 0.161 0.070 0.120 0.057 0.046 0.039 0.014 33 R 0.035 0.075 0.149 0.191 0.165 0.115 0.124 0.063 0.042 0.027 0.014 34 K 0.350 0.167 0.142 0.165 0.087 0.042 0.028 0.010 0.005 0.003 0.001 35 A 0.207 0.151 0.044 0.120 0.097 0.098 0.142 0.064 0.041 0.025 0.012 36 P 0.349 0.171 0.044 0.108 0.088 0.062 0.071 0.045 0.031 0.018 0.013 37 S 0.339 0.299 0.096 0.118 0.073 0.031 0.024 0.011 0.006 0.003 0.002 38 R 0.158 0.140 0.072 0.146 0.132 0.102 0.114 0.068 0.037 0.020 0.011 39 D 0.374 0.178 0.053 0.112 0.085 0.061 0.064 0.034 0.021 0.011 0.006 40 E 0.223 0.158 0.077 0.166 0.117 0.092 0.080 0.041 0.024 0.013 0.006 41 P 0.140 0.088 0.056 0.112 0.104 0.113 0.149 0.093 0.071 0.048 0.026 42 C 0.049 0.051 0.037 0.092 0.105 0.138 0.184 0.132 0.099 0.071 0.041 43 S 0.200 0.179 0.114 0.167 0.116 0.074 0.065 0.035 0.024 0.016 0.008 44 S 0.252 0.148 0.073 0.123 0.106 0.076 0.087 0.054 0.037 0.027 0.017 45 T 0.299 0.167 0.053 0.130 0.106 0.071 0.071 0.044 0.029 0.019 0.010 46 S 0.350 0.166 0.056 0.130 0.087 0.064 0.067 0.035 0.024 0.015 0.007 47 R 0.155 0.128 0.060 0.155 0.125 0.119 0.120 0.060 0.043 0.024 0.011 48 P 0.390 0.145 0.059 0.109 0.076 0.066 0.071 0.035 0.026 0.015 0.008 49 A 0.206 0.159 0.062 0.138 0.114 0.092 0.099 0.050 0.036 0.027 0.015 50 L 0.083 0.112 0.049 0.111 0.106 0.122 0.155 0.101 0.076 0.050 0.037 51 E 0.381 0.246 0.087 0.130 0.077 0.032 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 52 E 0.560 0.127 0.071 0.101 0.055 0.036 0.026 0.013 0.006 0.004 0.002 53 D 0.133 0.107 0.067 0.178 0.162 0.140 0.101 0.046 0.035 0.022 0.009 54 V 0.011 0.013 0.020 0.043 0.054 0.104 0.201 0.184 0.169 0.124 0.077 55 I 0.026 0.058 0.157 0.195 0.171 0.143 0.110 0.055 0.042 0.032 0.010 56 Y 0.009 0.024 0.084 0.067 0.086 0.100 0.168 0.168 0.138 0.103 0.054 57 H 0.022 0.042 0.077 0.140 0.133 0.106 0.161 0.101 0.097 0.080 0.040 58 V 0.011 0.010 0.029 0.030 0.035 0.060 0.135 0.140 0.206 0.202 0.143 59 K 0.048 0.175 0.182 0.279 0.182 0.057 0.042 0.016 0.010 0.006 0.002 60 Y 0.012 0.019 0.019 0.052 0.062 0.131 0.247 0.169 0.147 0.089 0.054 61 D 0.376 0.158 0.107 0.170 0.089 0.035 0.029 0.015 0.011 0.008 0.003 62 D 0.332 0.219 0.095 0.166 0.096 0.042 0.031 0.010 0.005 0.003 0.001 63 Y 0.036 0.038 0.028 0.054 0.055 0.080 0.149 0.141 0.159 0.142 0.118 64 P 0.076 0.168 0.073 0.180 0.157 0.131 0.120 0.048 0.028 0.014 0.006 65 E 0.348 0.259 0.161 0.128 0.056 0.021 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 66 N 0.433 0.142 0.065 0.106 0.086 0.068 0.052 0.024 0.013 0.008 0.003 67 G 0.139 0.129 0.041 0.179 0.147 0.123 0.128 0.053 0.035 0.018 0.009 68 V 0.011 0.018 0.024 0.056 0.061 0.085 0.159 0.146 0.192 0.146 0.102 69 V 0.022 0.047 0.088 0.132 0.155 0.175 0.181 0.090 0.059 0.035 0.016 70 Q 0.041 0.107 0.152 0.290 0.177 0.091 0.072 0.028 0.022 0.014 0.007 71 M 0.006 0.005 0.007 0.013 0.018 0.031 0.086 0.167 0.216 0.212 0.239 72 N 0.087 0.295 0.104 0.222 0.144 0.052 0.045 0.020 0.014 0.011 0.004 73 S 0.081 0.094 0.075 0.173 0.133 0.119 0.121 0.071 0.060 0.045 0.028 74 R 0.335 0.154 0.096 0.177 0.119 0.050 0.036 0.014 0.009 0.006 0.002 75 D 0.196 0.193 0.067 0.215 0.143 0.074 0.062 0.027 0.015 0.007 0.003 76 V 0.011 0.012 0.014 0.023 0.024 0.044 0.108 0.134 0.211 0.223 0.196 77 R 0.046 0.076 0.092 0.219 0.198 0.137 0.123 0.053 0.032 0.017 0.008 78 A 0.089 0.110 0.240 0.162 0.107 0.073 0.078 0.047 0.044 0.034 0.015 79 R 0.077 0.072 0.072 0.151 0.149 0.148 0.152 0.070 0.055 0.035 0.019 80 A 0.079 0.049 0.046 0.072 0.069 0.105 0.169 0.131 0.128 0.093 0.059