# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.045 0.007 0.024 0.028 0.046 0.104 0.007 0.739 2 T 0.004 0.003 0.005 0.011 0.011 0.023 0.002 0.941 3 E 0.027 0.006 0.021 0.030 0.050 0.085 0.011 0.768 4 L 0.104 0.007 0.038 0.045 0.057 0.100 0.009 0.642 5 G 0.124 0.007 0.075 0.225 0.204 0.103 0.013 0.250 6 L 0.035 0.003 0.044 0.073 0.134 0.043 0.002 0.665 7 Y 0.009 0.003 0.130 0.364 0.379 0.029 0.002 0.084 8 K 0.013 0.006 0.032 0.210 0.264 0.065 0.002 0.407 9 V 0.007 0.009 0.167 0.169 0.475 0.031 0.003 0.139 10 N 0.007 0.030 0.062 0.257 0.244 0.079 0.004 0.316 11 E 0.071 0.025 0.082 0.095 0.198 0.142 0.035 0.351 12 Y 0.147 0.024 0.130 0.086 0.167 0.171 0.012 0.265 13 V 0.040 0.036 0.140 0.275 0.242 0.074 0.008 0.185 14 D 0.014 0.038 0.075 0.154 0.222 0.071 0.008 0.418 15 A 0.033 0.031 0.168 0.124 0.263 0.039 0.007 0.334 16 R 0.022 0.013 0.028 0.048 0.086 0.633 0.007 0.164 17 D 0.153 0.023 0.022 0.025 0.060 0.423 0.023 0.271 18 T 0.090 0.282 0.072 0.051 0.048 0.114 0.014 0.330 19 N 0.036 0.059 0.036 0.026 0.044 0.530 0.031 0.239 20 M 0.236 0.065 0.039 0.046 0.076 0.208 0.041 0.288 21 G 0.207 0.116 0.041 0.082 0.113 0.153 0.031 0.258 22 A 0.092 0.077 0.113 0.146 0.189 0.146 0.019 0.217 23 W 0.065 0.058 0.048 0.183 0.358 0.110 0.011 0.166 24 F 0.043 0.047 0.031 0.274 0.447 0.054 0.007 0.097 25 E 0.022 0.045 0.049 0.286 0.400 0.049 0.006 0.143 26 A 0.014 0.086 0.035 0.434 0.337 0.020 0.006 0.068 27 Q 0.040 0.031 0.036 0.256 0.487 0.042 0.011 0.096 28 V 0.023 0.023 0.028 0.288 0.451 0.043 0.005 0.139 29 V 0.012 0.028 0.036 0.381 0.449 0.020 0.003 0.071 30 R 0.010 0.020 0.025 0.265 0.332 0.032 0.004 0.312 31 V 0.026 0.035 0.048 0.241 0.392 0.041 0.005 0.213 32 T 0.027 0.076 0.052 0.286 0.324 0.054 0.008 0.173 33 R 0.055 0.046 0.037 0.119 0.210 0.050 0.017 0.464 34 K 0.074 0.052 0.041 0.052 0.125 0.190 0.034 0.433 35 A 0.138 0.034 0.026 0.041 0.055 0.150 0.019 0.537 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 S 0.011 0.005 0.007 0.018 0.034 0.119 0.005 0.800 38 R 0.268 0.006 0.014 0.009 0.016 0.086 0.016 0.586 39 D 0.222 0.025 0.018 0.017 0.033 0.172 0.019 0.494 40 E 0.316 0.016 0.043 0.038 0.042 0.180 0.009 0.355 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 C 0.024 0.007 0.047 0.055 0.148 0.186 0.005 0.528 43 S 0.138 0.014 0.026 0.025 0.038 0.172 0.007 0.580 44 S 0.076 0.020 0.013 0.019 0.048 0.070 0.006 0.748 45 T 0.148 0.017 0.016 0.013 0.030 0.199 0.009 0.568 46 S 0.183 0.019 0.016 0.010 0.017 0.321 0.028 0.405 47 R 0.235 0.024 0.016 0.025 0.033 0.217 0.012 0.438 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 49 A 0.017 0.012 0.012 0.033 0.098 0.214 0.004 0.610 50 L 0.176 0.027 0.010 0.023 0.050 0.137 0.011 0.566 51 E 0.135 0.046 0.012 0.035 0.087 0.103 0.013 0.568 52 E 0.128 0.031 0.019 0.030 0.040 0.130 0.016 0.607 53 D 0.139 0.029 0.028 0.054 0.039 0.116 0.031 0.564 54 V 0.166 0.015 0.135 0.139 0.179 0.107 0.029 0.230 55 I 0.044 0.007 0.151 0.200 0.355 0.077 0.004 0.161 56 Y 0.005 0.002 0.190 0.361 0.382 0.013 0.002 0.044 57 H 0.005 0.002 0.125 0.271 0.386 0.015 0.002 0.193 58 V 0.002 0.001 0.283 0.307 0.323 0.011 0.001 0.072 59 K 0.003 0.002 0.079 0.242 0.359 0.049 0.001 0.266 60 Y 0.007 0.002 0.067 0.130 0.443 0.047 0.002 0.301 61 D 0.012 0.003 0.027 0.061 0.132 0.149 0.004 0.613 62 D 0.053 0.004 0.010 0.021 0.036 0.090 0.020 0.766 63 Y 0.380 0.008 0.018 0.036 0.041 0.132 0.016 0.370 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 65 E 0.007 0.005 0.016 0.042 0.118 0.150 0.007 0.656 66 N 0.183 0.014 0.028 0.042 0.040 0.115 0.026 0.552 67 G 0.494 0.010 0.053 0.068 0.064 0.084 0.029 0.198 68 V 0.143 0.004 0.128 0.078 0.146 0.117 0.003 0.381 69 V 0.007 0.003 0.148 0.413 0.339 0.023 0.002 0.066 70 Q 0.010 0.004 0.051 0.160 0.381 0.028 0.001 0.364 71 M 0.005 0.004 0.185 0.284 0.433 0.015 0.002 0.071 72 N 0.008 0.009 0.050 0.183 0.269 0.095 0.003 0.384 73 S 0.023 0.008 0.043 0.055 0.256 0.058 0.006 0.550 74 R 0.044 0.011 0.026 0.028 0.050 0.326 0.008 0.507 75 D 0.177 0.012 0.013 0.016 0.020 0.340 0.027 0.395 76 V 0.203 0.082 0.051 0.026 0.035 0.096 0.013 0.493 77 R 0.033 0.160 0.118 0.073 0.111 0.129 0.009 0.367 78 A 0.011 0.047 0.021 0.018 0.036 0.059 0.005 0.804 79 R 0.052 0.279 0.054 0.047 0.095 0.116 0.013 0.344 80 A 0.079 0.361 0.054 0.041 0.064 0.079 0.015 0.308