# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.120 0.196 0.187 0.048 0.217 0.027 0.021 0.052 0.045 0.056 0.031 2 T 0.041 0.149 0.106 0.027 0.085 0.048 0.091 0.201 0.169 0.062 0.022 3 E 0.121 0.080 0.060 0.023 0.115 0.022 0.084 0.108 0.073 0.217 0.096 4 L 0.086 0.373 0.103 0.022 0.206 0.018 0.023 0.036 0.039 0.055 0.040 5 G 0.080 0.185 0.060 0.068 0.204 0.058 0.083 0.070 0.055 0.080 0.059 6 L 0.371 0.066 0.008 0.005 0.452 0.002 0.006 0.018 0.013 0.019 0.040 7 Y 0.129 0.196 0.036 0.009 0.516 0.022 0.018 0.029 0.013 0.013 0.020 8 K 0.296 0.142 0.059 0.004 0.445 0.003 0.003 0.009 0.003 0.006 0.031 9 V 0.108 0.217 0.052 0.027 0.179 0.031 0.053 0.140 0.094 0.045 0.054 10 N 0.135 0.128 0.064 0.044 0.181 0.042 0.072 0.129 0.063 0.084 0.058 11 E 0.063 0.144 0.039 0.011 0.186 0.018 0.049 0.216 0.139 0.097 0.036 12 Y 0.304 0.069 0.009 0.004 0.453 0.006 0.014 0.070 0.019 0.021 0.030 13 V 0.119 0.293 0.035 0.008 0.434 0.016 0.016 0.028 0.008 0.013 0.028 14 D 0.250 0.157 0.069 0.014 0.326 0.010 0.012 0.026 0.007 0.023 0.106 15 A 0.112 0.102 0.037 0.015 0.144 0.013 0.023 0.288 0.164 0.062 0.043 16 R 0.040 0.144 0.050 0.030 0.093 0.066 0.101 0.278 0.091 0.082 0.026 17 D 0.157 0.097 0.046 0.017 0.319 0.018 0.018 0.118 0.061 0.105 0.043 18 T 0.048 0.072 0.035 0.014 0.066 0.030 0.054 0.392 0.203 0.061 0.023 19 N 0.092 0.047 0.052 0.032 0.086 0.046 0.070 0.205 0.080 0.222 0.068 20 M 0.057 0.406 0.114 0.037 0.162 0.022 0.037 0.069 0.036 0.045 0.016 21 G 0.082 0.059 0.047 0.096 0.062 0.053 0.031 0.159 0.085 0.193 0.133 22 A 0.086 0.246 0.061 0.013 0.295 0.013 0.030 0.154 0.047 0.034 0.021 23 W 0.303 0.096 0.012 0.006 0.323 0.013 0.019 0.126 0.038 0.022 0.043 24 F 0.169 0.108 0.026 0.010 0.350 0.022 0.024 0.196 0.046 0.020 0.030 25 E 0.244 0.069 0.010 0.007 0.306 0.015 0.040 0.203 0.046 0.019 0.042 26 A 0.215 0.171 0.034 0.005 0.429 0.007 0.012 0.061 0.014 0.013 0.038 27 Q 0.175 0.135 0.017 0.006 0.463 0.012 0.047 0.086 0.017 0.014 0.027 28 V 0.524 0.043 0.005 0.004 0.269 0.003 0.004 0.046 0.028 0.008 0.067 29 V 0.075 0.162 0.038 0.021 0.264 0.113 0.123 0.120 0.038 0.017 0.029 30 R 0.315 0.092 0.020 0.004 0.455 0.004 0.016 0.024 0.011 0.017 0.041 31 V 0.258 0.126 0.024 0.012 0.264 0.012 0.017 0.054 0.055 0.053 0.124 32 T 0.137 0.192 0.070 0.022 0.346 0.035 0.049 0.050 0.033 0.025 0.041 33 R 0.123 0.177 0.064 0.021 0.188 0.025 0.073 0.119 0.103 0.058 0.048 34 K 0.074 0.120 0.083 0.044 0.129 0.039 0.089 0.092 0.082 0.185 0.064 35 A 0.083 0.323 0.218 0.024 0.222 0.013 0.015 0.026 0.020 0.031 0.023 36 P 0.063 0.260 0.109 0.035 0.121 0.035 0.060 0.107 0.115 0.058 0.038 37 S 0.077 0.127 0.130 0.048 0.133 0.034 0.059 0.111 0.094 0.132 0.056 38 R 0.065 0.157 0.065 0.026 0.113 0.027 0.079 0.196 0.144 0.087 0.041 39 D 0.055 0.086 0.068 0.045 0.074 0.039 0.058 0.089 0.083 0.326 0.078 40 E 0.069 0.300 0.212 0.033 0.201 0.014 0.018 0.047 0.029 0.049 0.027 41 P 0.121 0.183 0.075 0.028 0.182 0.023 0.038 0.111 0.077 0.085 0.076 42 C 0.099 0.174 0.092 0.040 0.178 0.034 0.045 0.111 0.086 0.090 0.049 43 S 0.070 0.131 0.075 0.037 0.120 0.038 0.060 0.197 0.132 0.096 0.044 44 S 0.065 0.096 0.076 0.035 0.108 0.035 0.052 0.175 0.137 0.175 0.046 45 T 0.059 0.178 0.078 0.024 0.132 0.025 0.056 0.172 0.124 0.118 0.034 46 S 0.067 0.118 0.078 0.024 0.109 0.020 0.038 0.113 0.117 0.241 0.074 47 R 0.054 0.372 0.186 0.014 0.188 0.010 0.018 0.054 0.046 0.039 0.020 48 P 0.078 0.268 0.089 0.014 0.158 0.018 0.045 0.128 0.085 0.069 0.047 49 A 0.105 0.202 0.096 0.025 0.163 0.024 0.052 0.117 0.076 0.094 0.045 50 L 0.081 0.282 0.129 0.030 0.130 0.025 0.032 0.142 0.058 0.054 0.036 51 E 0.042 0.048 0.038 0.024 0.068 0.028 0.038 0.364 0.219 0.099 0.031 52 E 0.033 0.086 0.042 0.018 0.055 0.030 0.074 0.413 0.165 0.068 0.015 53 D 0.095 0.080 0.024 0.010 0.131 0.014 0.031 0.216 0.083 0.234 0.081 54 V 0.213 0.095 0.013 0.004 0.367 0.008 0.029 0.161 0.052 0.029 0.030 55 I 0.280 0.090 0.009 0.005 0.416 0.019 0.031 0.081 0.027 0.012 0.031 56 Y 0.174 0.146 0.022 0.008 0.517 0.024 0.040 0.024 0.009 0.014 0.023 57 H 0.381 0.044 0.006 0.004 0.460 0.003 0.008 0.008 0.004 0.011 0.069 58 V 0.197 0.188 0.035 0.004 0.523 0.005 0.004 0.006 0.003 0.007 0.029 59 K 0.257 0.178 0.022 0.005 0.447 0.007 0.013 0.007 0.003 0.007 0.055 60 Y 0.257 0.128 0.037 0.044 0.217 0.021 0.015 0.031 0.033 0.050 0.165 61 D 0.034 0.066 0.050 0.131 0.072 0.133 0.134 0.192 0.114 0.053 0.022 62 D 0.062 0.084 0.072 0.030 0.096 0.020 0.036 0.108 0.140 0.309 0.044 63 Y 0.141 0.259 0.084 0.012 0.340 0.013 0.013 0.054 0.031 0.029 0.023 64 P 0.075 0.209 0.146 0.018 0.105 0.025 0.052 0.179 0.117 0.041 0.033 65 E 0.045 0.026 0.029 0.028 0.036 0.057 0.279 0.228 0.140 0.081 0.051 66 N 0.033 0.408 0.195 0.092 0.079 0.046 0.044 0.019 0.016 0.049 0.019 67 G 0.064 0.059 0.046 0.108 0.061 0.043 0.036 0.032 0.034 0.334 0.183 68 V 0.215 0.162 0.016 0.004 0.541 0.002 0.006 0.014 0.011 0.010 0.020 69 V 0.151 0.129 0.012 0.003 0.639 0.011 0.011 0.016 0.008 0.004 0.016 70 Q 0.378 0.070 0.010 0.004 0.454 0.005 0.010 0.010 0.004 0.007 0.049 71 M 0.183 0.242 0.055 0.021 0.352 0.018 0.015 0.012 0.007 0.028 0.067 72 N 0.132 0.281 0.177 0.053 0.179 0.022 0.015 0.015 0.007 0.047 0.073 73 S 0.096 0.130 0.051 0.022 0.193 0.013 0.017 0.130 0.232 0.070 0.047 74 R 0.019 0.064 0.034 0.027 0.038 0.090 0.136 0.259 0.245 0.075 0.012 75 D 0.066 0.063 0.025 0.012 0.114 0.009 0.037 0.176 0.111 0.333 0.055 76 V 0.158 0.134 0.040 0.009 0.238 0.009 0.018 0.102 0.105 0.125 0.062 77 R 0.090 0.293 0.185 0.015 0.216 0.020 0.018 0.088 0.031 0.020 0.022 78 A 0.082 0.215 0.048 0.011 0.165 0.020 0.051 0.213 0.124 0.045 0.025 79 R 0.076 0.065 0.036 0.020 0.110 0.030 0.098 0.257 0.120 0.146 0.042 80 A 0.114 0.137 0.048 0.015 0.213 0.016 0.029 0.198 0.094 0.089 0.048