# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.761 0.187 0.033 0.013 0.005 0.001 0.001 2 T 0.749 0.191 0.042 0.014 0.004 0.001 0.001 3 E 0.599 0.250 0.113 0.033 0.005 0.001 0.001 4 L 0.280 0.253 0.274 0.152 0.034 0.007 0.001 5 G 0.255 0.296 0.203 0.147 0.074 0.024 0.001 6 L 0.059 0.091 0.155 0.242 0.228 0.198 0.028 7 Y 0.059 0.067 0.113 0.197 0.261 0.241 0.063 8 K 0.062 0.133 0.224 0.232 0.184 0.125 0.040 9 V 0.050 0.088 0.121 0.182 0.251 0.224 0.083 10 N 0.107 0.216 0.227 0.209 0.142 0.078 0.021 11 E 0.057 0.140 0.162 0.226 0.218 0.157 0.040 12 Y 0.029 0.048 0.089 0.180 0.273 0.285 0.096 13 V 0.049 0.065 0.097 0.181 0.257 0.272 0.080 14 D 0.123 0.222 0.221 0.194 0.128 0.083 0.028 15 A 0.062 0.059 0.083 0.159 0.235 0.294 0.108 16 R 0.137 0.193 0.214 0.209 0.145 0.082 0.020 17 D 0.176 0.183 0.167 0.182 0.149 0.112 0.032 18 T 0.178 0.153 0.170 0.199 0.161 0.106 0.033 19 N 0.268 0.252 0.186 0.138 0.080 0.057 0.020 20 M 0.057 0.066 0.099 0.157 0.229 0.273 0.118 21 G 0.091 0.112 0.130 0.165 0.198 0.194 0.110 22 A 0.014 0.019 0.027 0.056 0.129 0.390 0.365 23 W 0.018 0.030 0.063 0.118 0.179 0.280 0.312 24 F 0.005 0.009 0.014 0.034 0.103 0.368 0.467 25 E 0.014 0.040 0.077 0.147 0.215 0.288 0.219 26 A 0.009 0.021 0.042 0.101 0.213 0.402 0.212 27 Q 0.024 0.099 0.167 0.232 0.259 0.172 0.047 28 V 0.014 0.037 0.065 0.150 0.287 0.365 0.081 29 V 0.039 0.127 0.214 0.252 0.266 0.095 0.007 30 R 0.120 0.331 0.281 0.176 0.069 0.022 0.001 31 V 0.033 0.054 0.135 0.299 0.358 0.115 0.005 32 T 0.180 0.272 0.261 0.183 0.086 0.017 0.001 33 R 0.335 0.315 0.215 0.102 0.030 0.004 0.001 34 K 0.563 0.310 0.088 0.031 0.006 0.001 0.001 35 A 0.513 0.268 0.137 0.064 0.016 0.002 0.001 36 P 0.633 0.230 0.094 0.034 0.008 0.001 0.001 37 S 0.674 0.229 0.071 0.021 0.004 0.001 0.001 38 R 0.483 0.263 0.163 0.073 0.015 0.002 0.001 39 D 0.542 0.283 0.111 0.048 0.014 0.002 0.001 40 E 0.386 0.313 0.166 0.093 0.034 0.008 0.001 41 P 0.251 0.230 0.199 0.178 0.108 0.032 0.002 42 C 0.200 0.211 0.263 0.196 0.098 0.030 0.002 43 S 0.323 0.263 0.226 0.133 0.043 0.012 0.001 44 S 0.410 0.223 0.180 0.117 0.053 0.015 0.001 45 T 0.576 0.228 0.104 0.060 0.024 0.007 0.001 46 S 0.639 0.220 0.077 0.040 0.017 0.006 0.001 47 R 0.470 0.243 0.150 0.092 0.033 0.011 0.001 48 P 0.418 0.260 0.164 0.100 0.042 0.014 0.001 49 A 0.273 0.225 0.223 0.168 0.079 0.030 0.002 50 L 0.299 0.217 0.210 0.159 0.080 0.032 0.002 51 E 0.448 0.258 0.148 0.088 0.040 0.016 0.002 52 E 0.479 0.249 0.137 0.081 0.037 0.014 0.002 53 D 0.274 0.286 0.200 0.131 0.070 0.033 0.007 54 V 0.036 0.066 0.118 0.233 0.297 0.218 0.032 55 I 0.048 0.119 0.196 0.238 0.202 0.169 0.027 56 Y 0.030 0.065 0.098 0.168 0.280 0.305 0.053 57 H 0.037 0.088 0.166 0.227 0.245 0.197 0.041 58 V 0.030 0.047 0.102 0.213 0.290 0.267 0.050 59 K 0.198 0.370 0.231 0.122 0.059 0.018 0.002 60 Y 0.076 0.111 0.186 0.314 0.224 0.083 0.005 61 D 0.465 0.370 0.104 0.039 0.019 0.004 0.001 62 D 0.420 0.364 0.140 0.060 0.012 0.003 0.001 63 Y 0.145 0.121 0.244 0.265 0.187 0.036 0.002 64 P 0.425 0.321 0.147 0.074 0.026 0.007 0.001 65 E 0.479 0.280 0.137 0.071 0.025 0.007 0.001 66 N 0.497 0.299 0.129 0.056 0.014 0.004 0.001 67 G 0.204 0.221 0.207 0.193 0.126 0.044 0.005 68 V 0.130 0.122 0.166 0.217 0.222 0.123 0.019 69 V 0.110 0.196 0.241 0.224 0.158 0.066 0.006 70 Q 0.163 0.314 0.265 0.162 0.070 0.023 0.002 71 M 0.060 0.072 0.144 0.291 0.278 0.140 0.015 72 N 0.276 0.329 0.193 0.118 0.063 0.019 0.002 73 S 0.284 0.260 0.206 0.160 0.063 0.024 0.002 74 R 0.487 0.294 0.130 0.062 0.021 0.005 0.001 75 D 0.289 0.323 0.203 0.125 0.042 0.016 0.002 76 V 0.118 0.071 0.112 0.212 0.286 0.170 0.030 77 R 0.198 0.235 0.220 0.175 0.108 0.057 0.007 78 A 0.336 0.240 0.147 0.117 0.092 0.057 0.011 79 R 0.280 0.202 0.183 0.165 0.095 0.060 0.015 80 A 0.384 0.170 0.124 0.124 0.103 0.072 0.021