# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.26435 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.597 0.213 0.111 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 T 0.428 0.204 0.135 0.095 0.065 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 3 E 0.373 0.226 0.140 0.088 0.080 0.042 0.025 0.013 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 4 L 0.073 0.052 0.066 0.115 0.173 0.160 0.127 0.089 0.059 0.045 0.024 0.010 0.005 0.002 5 G 0.081 0.055 0.065 0.109 0.133 0.139 0.139 0.100 0.072 0.042 0.034 0.019 0.007 0.005 6 L 0.037 0.024 0.030 0.052 0.082 0.107 0.101 0.121 0.127 0.121 0.093 0.064 0.030 0.012 7 Y 0.048 0.029 0.036 0.064 0.071 0.096 0.117 0.123 0.128 0.104 0.078 0.066 0.030 0.011 8 K 0.041 0.041 0.059 0.095 0.113 0.122 0.127 0.114 0.106 0.076 0.056 0.031 0.011 0.007 9 V 0.032 0.026 0.038 0.059 0.095 0.135 0.126 0.123 0.120 0.103 0.079 0.041 0.016 0.007 10 N 0.074 0.077 0.097 0.122 0.128 0.120 0.117 0.098 0.070 0.043 0.027 0.015 0.007 0.004 11 E 0.061 0.062 0.089 0.120 0.163 0.125 0.114 0.088 0.073 0.056 0.026 0.014 0.005 0.005 12 Y 0.029 0.027 0.035 0.062 0.111 0.130 0.132 0.155 0.123 0.091 0.055 0.028 0.016 0.006 13 V 0.057 0.037 0.052 0.092 0.092 0.123 0.155 0.115 0.097 0.069 0.050 0.031 0.019 0.011 14 D 0.050 0.042 0.065 0.103 0.151 0.138 0.133 0.114 0.089 0.055 0.030 0.018 0.007 0.006 15 A 0.061 0.022 0.027 0.038 0.063 0.095 0.093 0.138 0.128 0.118 0.098 0.067 0.043 0.008 16 R 0.096 0.094 0.103 0.196 0.156 0.122 0.101 0.051 0.035 0.021 0.013 0.007 0.003 0.002 17 D 0.117 0.082 0.089 0.127 0.145 0.127 0.095 0.064 0.073 0.039 0.024 0.012 0.003 0.002 18 T 0.097 0.071 0.091 0.119 0.127 0.140 0.118 0.107 0.062 0.033 0.019 0.009 0.005 0.002 19 N 0.165 0.137 0.110 0.115 0.119 0.103 0.089 0.069 0.042 0.023 0.015 0.006 0.003 0.002 20 M 0.062 0.038 0.063 0.091 0.141 0.156 0.132 0.084 0.083 0.068 0.043 0.024 0.011 0.005 21 G 0.077 0.053 0.065 0.106 0.131 0.133 0.136 0.094 0.085 0.047 0.034 0.021 0.010 0.007 22 A 0.050 0.027 0.033 0.051 0.069 0.094 0.113 0.117 0.132 0.124 0.093 0.054 0.030 0.013 23 W 0.037 0.032 0.036 0.067 0.088 0.110 0.127 0.162 0.125 0.084 0.068 0.035 0.020 0.009 24 F 0.028 0.018 0.028 0.048 0.062 0.094 0.114 0.099 0.133 0.130 0.114 0.078 0.034 0.021 25 E 0.022 0.024 0.038 0.071 0.117 0.121 0.147 0.151 0.127 0.091 0.045 0.028 0.011 0.008 26 A 0.030 0.022 0.030 0.044 0.059 0.089 0.108 0.150 0.140 0.122 0.100 0.054 0.037 0.014 27 Q 0.025 0.032 0.052 0.115 0.144 0.147 0.157 0.125 0.086 0.058 0.028 0.017 0.007 0.007 28 V 0.012 0.009 0.015 0.026 0.053 0.085 0.134 0.163 0.176 0.142 0.090 0.059 0.027 0.008 29 V 0.034 0.039 0.064 0.111 0.132 0.166 0.157 0.136 0.072 0.045 0.024 0.011 0.007 0.003 30 R 0.091 0.095 0.112 0.147 0.185 0.116 0.090 0.058 0.043 0.030 0.019 0.009 0.003 0.003 31 V 0.036 0.025 0.043 0.090 0.141 0.175 0.163 0.140 0.086 0.061 0.022 0.011 0.004 0.002 32 T 0.077 0.079 0.106 0.176 0.184 0.136 0.107 0.062 0.045 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 33 R 0.235 0.145 0.144 0.164 0.122 0.077 0.049 0.032 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 34 K 0.412 0.208 0.141 0.101 0.071 0.035 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.349 0.171 0.154 0.132 0.102 0.046 0.023 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 P 0.426 0.173 0.140 0.117 0.080 0.036 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.602 0.173 0.100 0.061 0.036 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 R 0.412 0.172 0.117 0.124 0.091 0.042 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.465 0.214 0.123 0.090 0.056 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.427 0.197 0.152 0.096 0.063 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 P 0.249 0.120 0.127 0.137 0.143 0.104 0.060 0.031 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 42 C 0.179 0.120 0.112 0.159 0.161 0.115 0.072 0.043 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 43 S 0.333 0.184 0.136 0.124 0.087 0.060 0.036 0.019 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 44 S 0.379 0.161 0.145 0.108 0.087 0.055 0.030 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 45 T 0.352 0.155 0.143 0.122 0.094 0.060 0.035 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 46 S 0.424 0.183 0.131 0.098 0.072 0.043 0.024 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.368 0.182 0.160 0.119 0.087 0.041 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 P 0.420 0.177 0.148 0.102 0.072 0.041 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.310 0.164 0.155 0.134 0.117 0.059 0.030 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.253 0.165 0.139 0.171 0.127 0.073 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 E 0.405 0.224 0.139 0.101 0.068 0.033 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.287 0.211 0.162 0.141 0.092 0.053 0.026 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 53 D 0.170 0.151 0.143 0.143 0.143 0.107 0.064 0.035 0.024 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 54 V 0.014 0.018 0.032 0.077 0.135 0.167 0.156 0.158 0.098 0.072 0.046 0.016 0.008 0.003 55 I 0.021 0.027 0.036 0.069 0.103 0.126 0.153 0.152 0.126 0.074 0.056 0.037 0.013 0.007 56 Y 0.013 0.011 0.018 0.037 0.050 0.078 0.093 0.154 0.152 0.163 0.120 0.063 0.033 0.015 57 H 0.011 0.012 0.020 0.036 0.071 0.089 0.120 0.166 0.168 0.121 0.082 0.058 0.025 0.020 58 V 0.025 0.013 0.021 0.033 0.050 0.089 0.089 0.118 0.117 0.149 0.143 0.084 0.053 0.016 59 K 0.071 0.102 0.123 0.194 0.170 0.102 0.095 0.045 0.051 0.020 0.015 0.008 0.002 0.003 60 Y 0.025 0.025 0.037 0.088 0.114 0.192 0.154 0.120 0.124 0.067 0.042 0.008 0.003 0.001 61 D 0.214 0.277 0.197 0.146 0.087 0.040 0.020 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 D 0.469 0.283 0.135 0.061 0.030 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 Y 0.197 0.159 0.172 0.172 0.152 0.082 0.036 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 P 0.419 0.229 0.143 0.096 0.056 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.582 0.226 0.112 0.041 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 N 0.400 0.220 0.155 0.096 0.068 0.032 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.242 0.149 0.142 0.122 0.133 0.091 0.056 0.033 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 68 V 0.052 0.053 0.063 0.116 0.195 0.165 0.128 0.102 0.061 0.038 0.017 0.008 0.003 0.001 69 V 0.134 0.078 0.078 0.133 0.123 0.136 0.112 0.079 0.050 0.035 0.025 0.011 0.005 0.002 70 Q 0.173 0.120 0.151 0.132 0.140 0.095 0.074 0.039 0.035 0.017 0.012 0.007 0.002 0.002 71 M 0.058 0.025 0.043 0.069 0.118 0.152 0.130 0.134 0.100 0.090 0.041 0.023 0.014 0.003 72 N 0.159 0.132 0.159 0.184 0.144 0.088 0.062 0.029 0.020 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 73 S 0.187 0.095 0.104 0.129 0.144 0.116 0.078 0.050 0.042 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 74 R 0.262 0.140 0.112 0.132 0.127 0.088 0.053 0.036 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 75 D 0.170 0.136 0.123 0.154 0.144 0.094 0.066 0.052 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 76 V 0.060 0.026 0.037 0.069 0.119 0.162 0.140 0.157 0.109 0.072 0.027 0.015 0.007 0.002 77 R 0.105 0.093 0.117 0.165 0.161 0.121 0.090 0.064 0.041 0.021 0.011 0.007 0.002 0.001 78 A 0.220 0.080 0.075 0.097 0.102 0.111 0.089 0.072 0.058 0.051 0.026 0.013 0.005 0.002 79 R 0.144 0.118 0.115 0.147 0.153 0.111 0.086 0.054 0.035 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 80 A 0.109 0.060 0.084 0.105 0.120 0.159 0.141 0.079 0.059 0.041 0.024 0.011 0.005 0.002