# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.20324 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.001 0.009 0.696 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.004 0.176 0.029 0.033 0.031 2 T 0.002 0.015 0.321 0.019 0.140 0.024 0.001 0.001 0.006 0.149 0.269 0.010 0.043 3 E 0.005 0.016 0.194 0.017 0.093 0.023 0.001 0.001 0.010 0.169 0.412 0.043 0.018 4 L 0.020 0.017 0.381 0.018 0.105 0.019 0.004 0.002 0.017 0.138 0.121 0.015 0.143 5 G 0.048 0.030 0.247 0.020 0.028 0.026 0.015 0.003 0.031 0.129 0.090 0.282 0.052 6 L 0.188 0.033 0.148 0.015 0.010 0.024 0.050 0.012 0.050 0.038 0.034 0.052 0.346 7 Y 0.275 0.035 0.124 0.030 0.006 0.020 0.042 0.019 0.045 0.047 0.012 0.240 0.105 8 K 0.177 0.011 0.176 0.012 0.005 0.012 0.016 0.010 0.049 0.038 0.007 0.216 0.271 9 V 0.053 0.018 0.155 0.069 0.054 0.072 0.026 0.008 0.052 0.041 0.078 0.046 0.329 10 N 0.033 0.006 0.179 0.145 0.095 0.060 0.009 0.004 0.033 0.089 0.189 0.117 0.040 11 E 0.046 0.007 0.216 0.021 0.128 0.090 0.008 0.004 0.037 0.129 0.114 0.038 0.162 12 Y 0.087 0.031 0.170 0.015 0.069 0.139 0.032 0.016 0.061 0.071 0.070 0.127 0.113 13 V 0.113 0.062 0.176 0.019 0.023 0.112 0.040 0.033 0.078 0.070 0.050 0.097 0.127 14 D 0.045 0.014 0.478 0.016 0.022 0.054 0.011 0.010 0.035 0.067 0.029 0.144 0.077 15 A 0.018 0.023 0.179 0.017 0.128 0.189 0.007 0.005 0.018 0.077 0.195 0.014 0.133 16 R 0.013 0.014 0.133 0.031 0.126 0.141 0.005 0.004 0.016 0.104 0.313 0.076 0.025 17 D 0.011 0.025 0.272 0.006 0.220 0.078 0.002 0.002 0.011 0.142 0.146 0.018 0.068 18 T 0.004 0.021 0.382 0.008 0.097 0.070 0.001 0.001 0.005 0.175 0.176 0.023 0.037 19 N 0.004 0.017 0.218 0.010 0.039 0.053 0.001 0.001 0.005 0.232 0.368 0.035 0.017 20 M 0.005 0.009 0.094 0.006 0.039 0.029 0.001 0.001 0.001 0.250 0.542 0.007 0.017 21 G 0.017 0.009 0.237 0.025 0.011 0.035 0.001 0.001 0.003 0.185 0.426 0.022 0.029 22 A 0.121 0.018 0.286 0.012 0.016 0.076 0.004 0.001 0.010 0.104 0.043 0.148 0.161 23 W 0.280 0.011 0.037 0.008 0.003 0.029 0.016 0.002 0.007 0.007 0.005 0.054 0.541 24 F 0.370 0.003 0.006 0.024 0.001 0.021 0.014 0.001 0.004 0.002 0.002 0.499 0.052 25 E 0.540 0.001 0.004 0.014 0.001 0.013 0.016 0.001 0.002 0.001 0.002 0.044 0.360 26 A 0.683 0.001 0.005 0.024 0.001 0.010 0.008 0.001 0.003 0.002 0.002 0.143 0.117 27 Q 0.646 0.001 0.003 0.012 0.001 0.016 0.010 0.001 0.004 0.001 0.003 0.211 0.091 28 V 0.599 0.001 0.006 0.018 0.003 0.014 0.009 0.001 0.003 0.001 0.007 0.029 0.310 29 V 0.340 0.001 0.023 0.076 0.005 0.029 0.010 0.001 0.004 0.007 0.013 0.422 0.070 30 R 0.291 0.004 0.036 0.014 0.010 0.035 0.012 0.001 0.014 0.014 0.017 0.133 0.418 31 V 0.143 0.014 0.144 0.028 0.015 0.063 0.014 0.001 0.018 0.039 0.056 0.138 0.327 32 T 0.046 0.010 0.361 0.027 0.016 0.021 0.004 0.001 0.019 0.057 0.039 0.277 0.122 33 R 0.010 0.015 0.304 0.008 0.050 0.041 0.002 0.001 0.009 0.119 0.182 0.047 0.213 34 K 0.005 0.030 0.417 0.010 0.034 0.020 0.001 0.001 0.009 0.170 0.183 0.064 0.056 35 A 0.002 0.026 0.592 0.004 0.034 0.008 0.001 0.001 0.004 0.192 0.052 0.045 0.042 36 P 0.001 0.025 0.401 0.003 0.057 0.016 0.001 0.001 0.002 0.143 0.314 0.009 0.030 37 S 0.001 0.039 0.266 0.003 0.083 0.015 0.001 0.001 0.002 0.183 0.378 0.020 0.010 38 R 0.001 0.033 0.291 0.003 0.058 0.014 0.001 0.001 0.002 0.216 0.354 0.009 0.018 39 D 0.001 0.062 0.365 0.004 0.023 0.008 0.001 0.001 0.003 0.288 0.213 0.016 0.016 40 E 0.001 0.058 0.513 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.290 0.048 0.046 0.021 41 P 0.001 0.068 0.597 0.004 0.018 0.007 0.001 0.001 0.004 0.129 0.080 0.012 0.081 42 C 0.002 0.086 0.484 0.012 0.050 0.012 0.001 0.001 0.006 0.141 0.125 0.051 0.029 43 S 0.002 0.043 0.400 0.006 0.047 0.016 0.001 0.001 0.006 0.206 0.217 0.020 0.037 44 S 0.001 0.043 0.333 0.004 0.050 0.013 0.001 0.001 0.004 0.261 0.245 0.021 0.025 45 T 0.001 0.032 0.295 0.004 0.030 0.014 0.001 0.001 0.003 0.275 0.320 0.012 0.016 46 S 0.001 0.039 0.366 0.004 0.026 0.012 0.001 0.001 0.003 0.328 0.194 0.012 0.015 47 R 0.001 0.059 0.491 0.002 0.025 0.011 0.001 0.001 0.004 0.302 0.057 0.021 0.025 48 P 0.001 0.056 0.582 0.005 0.029 0.030 0.001 0.001 0.006 0.136 0.082 0.015 0.057 49 A 0.003 0.061 0.470 0.011 0.072 0.056 0.001 0.001 0.008 0.120 0.113 0.038 0.047 50 L 0.003 0.019 0.473 0.011 0.087 0.070 0.001 0.001 0.008 0.120 0.107 0.026 0.076 51 E 0.003 0.010 0.261 0.021 0.140 0.130 0.001 0.001 0.006 0.105 0.244 0.026 0.051 52 E 0.011 0.013 0.199 0.040 0.147 0.096 0.001 0.001 0.011 0.142 0.232 0.037 0.070 53 D 0.051 0.015 0.238 0.038 0.069 0.065 0.005 0.002 0.024 0.118 0.100 0.111 0.164 54 V 0.192 0.014 0.155 0.037 0.019 0.035 0.030 0.016 0.086 0.032 0.029 0.114 0.242 55 I 0.353 0.006 0.072 0.041 0.007 0.013 0.068 0.028 0.073 0.010 0.013 0.150 0.166 56 Y 0.459 0.002 0.037 0.047 0.003 0.009 0.087 0.032 0.063 0.009 0.009 0.126 0.116 57 H 0.494 0.003 0.029 0.032 0.001 0.006 0.116 0.040 0.055 0.010 0.005 0.101 0.107 58 V 0.452 0.007 0.039 0.018 0.001 0.004 0.091 0.045 0.066 0.012 0.003 0.090 0.170 59 K 0.249 0.009 0.158 0.014 0.003 0.011 0.030 0.032 0.140 0.022 0.006 0.219 0.108 60 Y 0.091 0.020 0.205 0.025 0.037 0.028 0.028 0.016 0.078 0.048 0.064 0.050 0.310 61 D 0.009 0.007 0.207 0.047 0.046 0.033 0.004 0.002 0.020 0.106 0.413 0.062 0.043 62 D 0.004 0.016 0.156 0.010 0.052 0.029 0.001 0.001 0.008 0.282 0.393 0.015 0.032 63 Y 0.002 0.025 0.534 0.001 0.028 0.010 0.001 0.001 0.005 0.261 0.031 0.051 0.051 64 P 0.001 0.016 0.512 0.008 0.034 0.026 0.001 0.001 0.004 0.116 0.198 0.010 0.073 65 E 0.003 0.008 0.086 0.011 0.066 0.017 0.001 0.001 0.002 0.130 0.637 0.031 0.009 66 N 0.006 0.005 0.104 0.019 0.024 0.007 0.001 0.001 0.002 0.231 0.561 0.006 0.035 67 G 0.023 0.010 0.264 0.015 0.017 0.013 0.004 0.001 0.006 0.186 0.269 0.142 0.052 68 V 0.252 0.016 0.149 0.008 0.006 0.009 0.034 0.010 0.048 0.014 0.009 0.049 0.395 69 V 0.345 0.010 0.030 0.011 0.002 0.007 0.060 0.008 0.020 0.005 0.003 0.377 0.122 70 Q 0.444 0.005 0.025 0.020 0.002 0.006 0.050 0.008 0.020 0.005 0.003 0.127 0.284 71 M 0.240 0.011 0.081 0.040 0.004 0.011 0.038 0.008 0.031 0.026 0.009 0.206 0.295 72 N 0.075 0.006 0.333 0.026 0.005 0.011 0.009 0.002 0.049 0.054 0.021 0.190 0.219 73 S 0.023 0.010 0.284 0.018 0.111 0.045 0.003 0.001 0.013 0.114 0.175 0.047 0.156 74 R 0.014 0.009 0.134 0.032 0.130 0.046 0.002 0.001 0.011 0.133 0.390 0.062 0.037 75 D 0.014 0.029 0.264 0.008 0.113 0.042 0.003 0.001 0.013 0.191 0.154 0.060 0.108 76 V 0.013 0.063 0.531 0.006 0.037 0.045 0.003 0.001 0.026 0.120 0.029 0.031 0.094 77 R 0.005 0.017 0.684 0.005 0.019 0.028 0.001 0.001 0.020 0.077 0.011 0.097 0.035 78 A 0.003 0.018 0.271 0.009 0.218 0.126 0.001 0.001 0.014 0.071 0.173 0.008 0.089 79 R 0.003 0.012 0.381 0.023 0.123 0.104 0.001 0.001 0.014 0.094 0.199 0.026 0.021 80 A 0.003 0.012 0.545 0.005 0.114 0.073 0.001 0.001 0.019 0.128 0.038 0.021 0.041