# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.20324 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.199 0.010 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.084 0.105 0.556 2 T 0.074 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.049 0.123 0.699 3 E 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.050 0.137 0.660 4 L 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.238 0.058 0.134 0.515 5 G 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.007 0.003 0.008 0.006 0.006 0.005 0.614 0.054 0.051 0.200 6 L 0.005 0.010 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.006 0.003 0.005 0.002 0.022 0.016 0.015 0.011 0.381 0.053 0.082 0.375 7 Y 0.003 0.006 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.013 0.005 0.746 0.035 0.026 0.123 8 K 0.200 0.022 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.302 0.139 0.055 0.262 9 V 0.100 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.075 0.082 0.421 10 N 0.024 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.063 0.132 0.602 11 E 0.018 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.489 0.059 0.074 0.330 12 Y 0.029 0.034 0.002 0.001 0.002 0.009 0.009 0.003 0.035 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.186 0.080 0.136 0.448 13 V 0.009 0.022 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.345 0.060 0.081 0.443 14 D 0.208 0.049 0.004 0.002 0.008 0.026 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.004 0.002 0.084 0.218 0.077 0.271 15 A 0.043 0.037 0.007 0.002 0.007 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.057 0.251 0.126 0.448 16 R 0.085 0.039 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.091 0.103 0.623 17 D 0.152 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.074 0.103 0.588 18 T 0.042 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.046 0.133 0.654 19 N 0.060 0.110 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.066 0.116 0.562 20 M 0.021 0.135 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.094 0.064 0.105 0.543 21 G 0.036 0.223 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.004 0.009 0.007 0.009 0.004 0.207 0.071 0.094 0.314 22 A 0.018 0.154 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.004 0.017 0.029 0.019 0.008 0.316 0.084 0.064 0.263 23 W 0.008 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.013 0.004 0.513 0.107 0.041 0.219 24 F 0.033 0.099 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.005 0.605 0.065 0.034 0.136 25 E 0.019 0.091 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.577 0.045 0.037 0.217 26 A 0.015 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.667 0.034 0.042 0.210 27 Q 0.030 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.645 0.060 0.040 0.178 28 V 0.025 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.471 0.053 0.082 0.351 29 V 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.585 0.024 0.053 0.312 30 R 0.024 0.027 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.536 0.061 0.074 0.253 31 V 0.020 0.014 0.002 0.001 0.003 0.006 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.305 0.055 0.082 0.490 32 T 0.150 0.024 0.003 0.002 0.010 0.028 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.115 0.087 0.342 33 R 0.021 0.009 0.001 0.001 0.005 0.008 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.052 0.116 0.694 34 K 0.053 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.051 0.092 0.733 35 A 0.289 0.015 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.117 0.091 0.452 36 P 0.083 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.047 0.104 0.731 37 S 0.150 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.051 0.092 0.682 38 R 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.032 0.137 0.765 39 D 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.040 0.132 0.754 40 E 0.049 0.011 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.003 0.009 0.005 0.019 0.004 0.008 0.009 0.011 0.006 0.048 0.152 0.128 0.521 41 P 0.054 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.002 0.034 0.061 0.108 0.711 42 C 0.082 0.005 0.003 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.002 0.046 0.110 0.111 0.608 43 S 0.063 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.038 0.101 0.723 44 S 0.174 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.043 0.095 0.644 45 T 0.015 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.029 0.149 0.747 46 S 0.038 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.032 0.120 0.740 47 R 0.159 0.077 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.084 0.095 0.518 48 P 0.067 0.056 0.007 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.040 0.065 0.126 0.603 49 A 0.051 0.021 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.041 0.039 0.111 0.695 50 L 0.310 0.040 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.046 0.072 0.071 0.434 51 E 0.162 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.040 0.118 0.574 52 E 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.024 0.155 0.613 53 D 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.526 0.074 0.091 0.267 54 V 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.669 0.060 0.042 0.178 55 I 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 0.003 0.709 0.032 0.030 0.190 56 Y 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.875 0.014 0.013 0.068 57 H 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.716 0.041 0.032 0.183 58 V 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.030 0.036 0.126 59 K 0.046 0.013 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.580 0.071 0.052 0.206 60 Y 0.182 0.016 0.001 0.001 0.003 0.010 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.114 0.081 0.376 61 D 0.015 0.013 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.057 0.120 0.696 62 D 0.018 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.050 0.101 0.765 63 Y 0.113 0.016 0.021 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.172 0.099 0.510 64 P 0.271 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.055 0.068 0.566 65 E 0.079 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.036 0.102 0.732 66 N 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.057 0.038 0.169 0.701 67 G 0.035 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.027 0.007 0.004 0.005 0.007 0.006 0.303 0.144 0.082 0.315 68 V 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.013 0.015 0.006 0.009 0.009 0.010 0.009 0.181 0.132 0.095 0.466 69 V 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.020 0.006 0.647 0.043 0.037 0.191 70 Q 0.016 0.011 0.002 0.001 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.017 0.008 0.415 0.058 0.069 0.347 71 M 0.013 0.003 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.489 0.051 0.080 0.344 72 N 0.202 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.087 0.086 0.374 73 S 0.135 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.060 0.127 0.547 74 R 0.012 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.018 0.125 0.611 75 D 0.017 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.046 0.107 0.477 76 V 0.023 0.030 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.171 0.047 0.108 0.586 77 R 0.173 0.057 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.005 0.005 0.003 0.264 0.092 0.068 0.301 78 A 0.048 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.079 0.048 0.086 0.694 79 R 0.034 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.051 0.099 0.601 80 A 0.041 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.056 0.121 0.608