# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.20324 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.364 0.029 0.006 0.018 0.021 0.029 0.078 0.017 0.003 0.086 0.348 2 T 0.152 0.036 0.001 0.016 0.019 0.018 0.132 0.004 0.001 0.031 0.590 3 E 0.018 0.059 0.001 0.034 0.020 0.052 0.102 0.002 0.001 0.028 0.681 4 L 0.019 0.137 0.003 0.044 0.064 0.092 0.119 0.005 0.001 0.042 0.475 5 G 0.048 0.255 0.003 0.052 0.109 0.206 0.051 0.012 0.001 0.055 0.206 6 L 0.047 0.175 0.003 0.042 0.147 0.113 0.075 0.006 0.001 0.107 0.285 7 Y 0.028 0.177 0.009 0.074 0.166 0.149 0.053 0.006 0.003 0.110 0.225 8 K 0.065 0.326 0.016 0.032 0.072 0.072 0.050 0.011 0.007 0.061 0.288 9 V 0.171 0.292 0.010 0.019 0.047 0.067 0.043 0.023 0.005 0.068 0.253 10 N 0.109 0.200 0.008 0.023 0.045 0.061 0.078 0.013 0.003 0.101 0.359 11 E 0.037 0.247 0.008 0.045 0.061 0.088 0.072 0.008 0.003 0.056 0.374 12 Y 0.043 0.155 0.011 0.046 0.051 0.081 0.097 0.012 0.004 0.097 0.404 13 V 0.044 0.151 0.019 0.054 0.081 0.071 0.087 0.015 0.005 0.067 0.407 14 D 0.116 0.051 0.005 0.066 0.051 0.092 0.094 0.015 0.003 0.159 0.348 15 A 0.046 0.028 0.008 0.070 0.057 0.055 0.098 0.006 0.003 0.136 0.493 16 R 0.031 0.026 0.011 0.078 0.039 0.033 0.125 0.005 0.004 0.078 0.570 17 D 0.150 0.015 0.025 0.057 0.023 0.058 0.088 0.017 0.010 0.111 0.446 18 T 0.139 0.011 0.004 0.024 0.024 0.023 0.134 0.007 0.001 0.028 0.605 19 N 0.055 0.021 0.002 0.050 0.022 0.047 0.142 0.005 0.001 0.035 0.620 20 M 0.013 0.036 0.002 0.098 0.074 0.069 0.179 0.002 0.001 0.023 0.503 21 G 0.013 0.040 0.003 0.115 0.096 0.313 0.088 0.004 0.001 0.052 0.275 22 A 0.014 0.068 0.006 0.088 0.234 0.174 0.098 0.003 0.001 0.065 0.249 23 W 0.017 0.041 0.004 0.133 0.271 0.277 0.045 0.003 0.001 0.079 0.130 24 F 0.031 0.036 0.002 0.109 0.222 0.340 0.044 0.003 0.001 0.063 0.150 25 E 0.007 0.019 0.001 0.085 0.260 0.366 0.033 0.001 0.001 0.034 0.194 26 A 0.003 0.007 0.001 0.050 0.315 0.486 0.016 0.001 0.001 0.025 0.096 27 Q 0.005 0.005 0.001 0.036 0.287 0.550 0.014 0.001 0.001 0.020 0.081 28 V 0.006 0.005 0.001 0.030 0.358 0.348 0.032 0.001 0.001 0.045 0.175 29 V 0.004 0.004 0.001 0.044 0.374 0.361 0.035 0.001 0.001 0.035 0.141 30 R 0.009 0.009 0.001 0.036 0.209 0.360 0.059 0.001 0.001 0.050 0.266 31 V 0.033 0.011 0.001 0.022 0.199 0.266 0.057 0.002 0.001 0.053 0.355 32 T 0.114 0.010 0.001 0.034 0.094 0.158 0.092 0.002 0.001 0.091 0.403 33 R 0.045 0.008 0.001 0.028 0.034 0.066 0.125 0.001 0.001 0.055 0.636 34 K 0.026 0.005 0.001 0.015 0.017 0.022 0.121 0.001 0.001 0.041 0.751 35 A 0.141 0.016 0.001 0.012 0.015 0.021 0.144 0.004 0.001 0.054 0.591 36 P 0.116 0.014 0.001 0.007 0.010 0.015 0.092 0.002 0.001 0.033 0.712 37 S 0.127 0.015 0.001 0.012 0.017 0.030 0.098 0.002 0.001 0.061 0.637 38 R 0.047 0.013 0.001 0.018 0.025 0.057 0.099 0.002 0.001 0.039 0.699 39 D 0.029 0.009 0.001 0.016 0.035 0.042 0.124 0.001 0.001 0.090 0.654 40 E 0.045 0.010 0.001 0.024 0.070 0.072 0.153 0.002 0.001 0.110 0.513 41 P 0.051 0.008 0.001 0.018 0.039 0.051 0.133 0.001 0.001 0.095 0.602 42 C 0.092 0.006 0.001 0.024 0.043 0.066 0.108 0.002 0.001 0.087 0.569 43 S 0.106 0.006 0.001 0.020 0.029 0.045 0.107 0.002 0.001 0.037 0.645 44 S 0.082 0.006 0.001 0.022 0.018 0.035 0.087 0.002 0.001 0.037 0.712 45 T 0.026 0.006 0.001 0.017 0.022 0.028 0.176 0.001 0.001 0.022 0.701 46 S 0.031 0.022 0.001 0.015 0.022 0.036 0.122 0.003 0.001 0.021 0.726 47 R 0.196 0.044 0.001 0.014 0.038 0.040 0.095 0.007 0.001 0.038 0.526 48 P 0.091 0.052 0.002 0.020 0.037 0.046 0.116 0.004 0.001 0.053 0.580 49 A 0.049 0.046 0.007 0.025 0.030 0.046 0.153 0.003 0.002 0.066 0.572 50 L 0.160 0.088 0.007 0.020 0.034 0.048 0.101 0.011 0.002 0.066 0.462 51 E 0.239 0.069 0.005 0.022 0.038 0.050 0.106 0.008 0.002 0.090 0.371 52 E 0.020 0.038 0.003 0.042 0.076 0.096 0.133 0.002 0.001 0.058 0.532 53 D 0.014 0.026 0.002 0.073 0.117 0.293 0.086 0.003 0.001 0.054 0.332 54 V 0.015 0.010 0.001 0.075 0.224 0.427 0.055 0.003 0.001 0.040 0.149 55 I 0.004 0.004 0.001 0.096 0.330 0.322 0.034 0.001 0.001 0.029 0.180 56 Y 0.002 0.003 0.001 0.117 0.319 0.414 0.028 0.001 0.001 0.016 0.099 57 H 0.003 0.003 0.001 0.100 0.306 0.352 0.035 0.001 0.001 0.030 0.170 58 V 0.008 0.008 0.002 0.079 0.344 0.297 0.050 0.001 0.001 0.037 0.174 59 K 0.091 0.030 0.002 0.054 0.128 0.249 0.068 0.008 0.001 0.041 0.328 60 Y 0.274 0.030 0.001 0.057 0.070 0.098 0.047 0.008 0.001 0.049 0.365 61 D 0.027 0.021 0.001 0.061 0.053 0.087 0.120 0.001 0.001 0.028 0.600 62 D 0.008 0.037 0.004 0.027 0.022 0.036 0.178 0.001 0.001 0.057 0.630 63 Y 0.273 0.018 0.013 0.017 0.045 0.064 0.090 0.018 0.004 0.202 0.257 64 P 0.578 0.017 0.002 0.007 0.011 0.009 0.063 0.004 0.001 0.031 0.276 65 E 0.060 0.008 0.001 0.012 0.016 0.026 0.060 0.001 0.001 0.015 0.801 66 N 0.005 0.006 0.001 0.012 0.032 0.066 0.121 0.001 0.001 0.018 0.739 67 G 0.017 0.010 0.001 0.035 0.138 0.493 0.044 0.002 0.001 0.038 0.223 68 V 0.006 0.003 0.001 0.021 0.304 0.258 0.065 0.001 0.001 0.033 0.309 69 V 0.006 0.006 0.001 0.048 0.389 0.301 0.046 0.001 0.001 0.029 0.174 70 Q 0.013 0.011 0.001 0.059 0.184 0.267 0.087 0.001 0.001 0.055 0.323 71 M 0.025 0.020 0.003 0.059 0.218 0.252 0.068 0.002 0.001 0.052 0.299 72 N 0.138 0.051 0.002 0.025 0.086 0.239 0.063 0.007 0.001 0.022 0.364 73 S 0.262 0.088 0.001 0.016 0.040 0.065 0.048 0.007 0.001 0.025 0.448 74 R 0.036 0.048 0.001 0.040 0.058 0.069 0.124 0.003 0.001 0.039 0.582 75 D 0.025 0.108 0.002 0.028 0.029 0.094 0.139 0.004 0.001 0.047 0.522 76 V 0.068 0.196 0.006 0.014 0.056 0.029 0.064 0.010 0.001 0.038 0.518 77 R 0.289 0.084 0.008 0.021 0.056 0.069 0.067 0.015 0.003 0.108 0.281 78 A 0.106 0.041 0.004 0.018 0.020 0.044 0.074 0.004 0.002 0.052 0.635 79 R 0.062 0.036 0.004 0.035 0.035 0.039 0.096 0.004 0.001 0.043 0.646 80 A 0.035 0.020 0.003 0.032 0.030 0.049 0.147 0.004 0.001 0.058 0.620