# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.20324 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.329 0.034 0.008 0.018 0.015 0.083 0.096 0.418 2 T 0.065 0.028 0.011 0.010 0.015 0.127 0.037 0.708 3 E 0.039 0.030 0.024 0.017 0.041 0.144 0.059 0.646 4 L 0.012 0.028 0.023 0.042 0.067 0.137 0.038 0.654 5 G 0.034 0.142 0.091 0.102 0.215 0.075 0.068 0.274 6 L 0.014 0.041 0.045 0.136 0.136 0.092 0.130 0.406 7 Y 0.008 0.039 0.179 0.270 0.155 0.050 0.103 0.197 8 K 0.346 0.072 0.079 0.061 0.115 0.035 0.120 0.172 9 V 0.214 0.074 0.045 0.061 0.047 0.079 0.060 0.419 10 N 0.043 0.120 0.063 0.035 0.098 0.094 0.075 0.472 11 E 0.026 0.105 0.068 0.075 0.153 0.076 0.058 0.440 12 Y 0.016 0.078 0.088 0.110 0.202 0.093 0.064 0.348 13 V 0.027 0.103 0.176 0.122 0.177 0.072 0.063 0.261 14 D 0.124 0.049 0.051 0.057 0.097 0.075 0.272 0.275 15 A 0.028 0.051 0.183 0.076 0.079 0.109 0.211 0.263 16 R 0.050 0.063 0.086 0.024 0.052 0.102 0.110 0.513 17 D 0.125 0.049 0.068 0.033 0.021 0.128 0.240 0.336 18 T 0.164 0.073 0.014 0.013 0.014 0.109 0.040 0.573 19 N 0.105 0.067 0.014 0.006 0.019 0.121 0.043 0.625 20 M 0.012 0.142 0.034 0.027 0.051 0.144 0.059 0.530 21 G 0.022 0.163 0.038 0.089 0.188 0.080 0.188 0.230 22 A 0.008 0.091 0.070 0.267 0.281 0.053 0.074 0.157 23 W 0.014 0.058 0.136 0.141 0.499 0.021 0.065 0.066 24 F 0.010 0.040 0.116 0.284 0.367 0.026 0.085 0.073 25 E 0.009 0.023 0.092 0.250 0.457 0.032 0.050 0.087 26 A 0.008 0.017 0.081 0.293 0.395 0.035 0.057 0.114 27 Q 0.010 0.018 0.093 0.242 0.423 0.038 0.057 0.118 28 V 0.011 0.011 0.079 0.280 0.248 0.069 0.080 0.222 29 V 0.007 0.009 0.121 0.269 0.321 0.045 0.049 0.179 30 R 0.015 0.010 0.098 0.157 0.245 0.073 0.044 0.358 31 V 0.017 0.008 0.113 0.167 0.176 0.070 0.050 0.399 32 T 0.106 0.011 0.057 0.063 0.130 0.099 0.063 0.471 33 R 0.034 0.006 0.052 0.044 0.078 0.125 0.048 0.613 34 K 0.027 0.004 0.017 0.017 0.030 0.096 0.022 0.786 35 A 0.190 0.015 0.024 0.026 0.035 0.093 0.145 0.471 36 P 0.145 0.007 0.013 0.016 0.016 0.081 0.056 0.666 37 S 0.125 0.005 0.013 0.007 0.023 0.086 0.051 0.691 38 R 0.011 0.005 0.015 0.021 0.032 0.134 0.019 0.762 39 D 0.025 0.004 0.004 0.018 0.034 0.104 0.014 0.797 40 E 0.043 0.011 0.022 0.089 0.105 0.131 0.138 0.460 41 P 0.054 0.005 0.025 0.039 0.064 0.119 0.067 0.628 42 C 0.125 0.007 0.045 0.047 0.063 0.112 0.203 0.398 43 S 0.074 0.007 0.025 0.029 0.029 0.107 0.037 0.692 44 S 0.095 0.007 0.007 0.012 0.020 0.101 0.028 0.731 45 T 0.012 0.010 0.009 0.022 0.021 0.154 0.020 0.751 46 S 0.045 0.047 0.008 0.020 0.033 0.105 0.025 0.717 47 R 0.144 0.108 0.011 0.055 0.037 0.087 0.116 0.442 48 P 0.117 0.060 0.016 0.040 0.051 0.093 0.097 0.526 49 A 0.081 0.044 0.034 0.042 0.087 0.100 0.109 0.503 50 L 0.193 0.047 0.021 0.037 0.058 0.079 0.049 0.517 51 E 0.274 0.063 0.012 0.030 0.060 0.080 0.067 0.414 52 E 0.015 0.043 0.030 0.059 0.126 0.138 0.067 0.523 53 D 0.014 0.031 0.062 0.105 0.364 0.088 0.116 0.222 54 V 0.009 0.021 0.082 0.285 0.352 0.057 0.061 0.133 55 I 0.005 0.010 0.148 0.202 0.367 0.054 0.039 0.175 56 Y 0.002 0.008 0.148 0.315 0.323 0.033 0.057 0.114 57 H 0.003 0.005 0.151 0.340 0.271 0.036 0.042 0.152 58 V 0.010 0.007 0.164 0.320 0.289 0.034 0.050 0.125 59 K 0.077 0.022 0.088 0.166 0.241 0.061 0.061 0.283 60 Y 0.133 0.025 0.028 0.074 0.119 0.109 0.047 0.465 61 D 0.037 0.014 0.021 0.055 0.103 0.125 0.026 0.619 62 D 0.015 0.005 0.022 0.030 0.116 0.155 0.063 0.593 63 Y 0.032 0.014 0.039 0.085 0.077 0.138 0.165 0.450 64 P 0.658 0.012 0.006 0.006 0.014 0.036 0.099 0.167 65 E 0.096 0.022 0.012 0.017 0.025 0.130 0.083 0.615 66 N 0.003 0.006 0.013 0.012 0.055 0.162 0.015 0.734 67 G 0.009 0.026 0.030 0.158 0.327 0.107 0.058 0.284 68 V 0.007 0.014 0.041 0.252 0.197 0.089 0.060 0.341 69 V 0.011 0.019 0.111 0.282 0.274 0.048 0.087 0.167 70 Q 0.020 0.011 0.053 0.153 0.314 0.073 0.067 0.310 71 M 0.025 0.006 0.108 0.191 0.196 0.081 0.052 0.341 72 N 0.187 0.027 0.030 0.095 0.110 0.089 0.078 0.384 73 S 0.223 0.035 0.015 0.026 0.034 0.086 0.067 0.512 74 R 0.030 0.027 0.019 0.034 0.045 0.104 0.035 0.706 75 D 0.025 0.036 0.022 0.057 0.101 0.099 0.049 0.611 76 V 0.024 0.025 0.033 0.089 0.093 0.095 0.034 0.607 77 R 0.170 0.072 0.044 0.101 0.111 0.068 0.115 0.318 78 A 0.143 0.025 0.022 0.037 0.063 0.075 0.056 0.579 79 R 0.088 0.035 0.036 0.045 0.083 0.087 0.053 0.574 80 A 0.092 0.022 0.028 0.037 0.084 0.100 0.049 0.588