# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.20324 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.076 0.010 0.025 0.033 0.052 0.087 0.010 0.708 2 T 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.988 3 E 0.035 0.004 0.027 0.032 0.054 0.281 0.007 0.559 4 L 0.227 0.006 0.045 0.031 0.046 0.071 0.012 0.562 5 G 0.104 0.016 0.161 0.118 0.194 0.107 0.009 0.291 6 L 0.027 0.007 0.131 0.122 0.153 0.042 0.002 0.516 7 Y 0.011 0.007 0.148 0.319 0.325 0.044 0.001 0.146 8 K 0.011 0.005 0.052 0.139 0.291 0.040 0.001 0.460 9 V 0.014 0.019 0.085 0.206 0.452 0.051 0.002 0.171 10 N 0.023 0.027 0.055 0.129 0.265 0.085 0.008 0.408 11 E 0.096 0.023 0.025 0.032 0.076 0.085 0.014 0.649 12 Y 0.108 0.054 0.076 0.058 0.149 0.066 0.023 0.467 13 V 0.114 0.052 0.158 0.148 0.180 0.127 0.010 0.212 14 D 0.037 0.058 0.114 0.157 0.147 0.082 0.007 0.399 15 A 0.043 0.080 0.169 0.108 0.199 0.065 0.006 0.329 16 R 0.024 0.060 0.040 0.033 0.050 0.512 0.009 0.273 17 D 0.178 0.098 0.044 0.043 0.062 0.194 0.045 0.337 18 T 0.172 0.166 0.140 0.024 0.033 0.085 0.027 0.354 19 N 0.027 0.080 0.036 0.019 0.019 0.574 0.012 0.232 20 M 0.145 0.181 0.057 0.026 0.057 0.121 0.037 0.376 21 G 0.103 0.217 0.063 0.019 0.050 0.133 0.034 0.381 22 A 0.108 0.143 0.133 0.146 0.084 0.114 0.009 0.263 23 W 0.021 0.269 0.060 0.062 0.098 0.071 0.007 0.412 24 F 0.024 0.237 0.024 0.204 0.372 0.031 0.004 0.104 25 E 0.021 0.588 0.036 0.072 0.162 0.016 0.005 0.099 26 A 0.033 0.563 0.024 0.108 0.137 0.014 0.010 0.111 27 Q 0.047 0.507 0.030 0.089 0.159 0.018 0.017 0.133 28 V 0.040 0.452 0.046 0.119 0.216 0.006 0.012 0.109 29 V 0.011 0.135 0.090 0.286 0.409 0.007 0.005 0.058 30 R 0.031 0.098 0.063 0.114 0.185 0.015 0.008 0.485 31 V 0.029 0.067 0.095 0.174 0.279 0.017 0.006 0.333 32 T 0.046 0.070 0.079 0.196 0.261 0.079 0.013 0.255 33 R 0.055 0.026 0.062 0.140 0.187 0.040 0.010 0.480 34 K 0.045 0.026 0.048 0.055 0.158 0.148 0.014 0.506 35 A 0.095 0.009 0.014 0.026 0.041 0.184 0.014 0.617 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 S 0.034 0.005 0.013 0.016 0.029 0.275 0.009 0.619 38 R 0.422 0.004 0.007 0.012 0.011 0.062 0.013 0.470 39 D 0.192 0.021 0.018 0.019 0.049 0.114 0.021 0.566 40 E 0.271 0.010 0.031 0.037 0.042 0.211 0.013 0.384 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 C 0.017 0.004 0.018 0.047 0.130 0.105 0.002 0.676 43 S 0.132 0.009 0.017 0.041 0.052 0.150 0.005 0.594 44 S 0.166 0.016 0.013 0.021 0.028 0.107 0.013 0.637 45 T 0.182 0.014 0.024 0.016 0.023 0.152 0.020 0.570 46 S 0.149 0.013 0.020 0.011 0.018 0.300 0.023 0.466 47 R 0.159 0.016 0.022 0.020 0.025 0.214 0.013 0.531 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 49 A 0.033 0.013 0.019 0.034 0.081 0.265 0.004 0.551 50 L 0.197 0.047 0.018 0.024 0.053 0.148 0.007 0.505 51 E 0.113 0.127 0.014 0.021 0.047 0.131 0.012 0.533 52 E 0.154 0.128 0.028 0.023 0.037 0.081 0.028 0.522 53 D 0.231 0.084 0.048 0.029 0.038 0.067 0.044 0.459 54 V 0.124 0.117 0.149 0.197 0.146 0.052 0.016 0.199 55 I 0.023 0.088 0.170 0.239 0.278 0.046 0.006 0.151 56 Y 0.020 0.036 0.119 0.320 0.408 0.018 0.003 0.076 57 H 0.019 0.032 0.190 0.173 0.362 0.018 0.005 0.200 58 V 0.014 0.012 0.205 0.322 0.335 0.020 0.002 0.089 59 K 0.006 0.006 0.098 0.223 0.373 0.029 0.002 0.264 60 Y 0.010 0.005 0.086 0.202 0.378 0.037 0.003 0.277 61 D 0.021 0.006 0.065 0.165 0.245 0.117 0.007 0.375 62 D 0.064 0.005 0.033 0.059 0.125 0.152 0.012 0.549 63 Y 0.095 0.006 0.038 0.041 0.072 0.265 0.013 0.470 64 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.001 0.971 65 E 0.032 0.011 0.022 0.024 0.054 0.278 0.007 0.571 66 N 0.208 0.029 0.038 0.021 0.037 0.128 0.063 0.477 67 G 0.701 0.009 0.017 0.021 0.035 0.029 0.088 0.100 68 V 0.127 0.023 0.219 0.160 0.119 0.120 0.009 0.223 69 V 0.004 0.003 0.040 0.437 0.384 0.025 0.001 0.106 70 Q 0.010 0.004 0.032 0.198 0.457 0.025 0.001 0.272 71 M 0.008 0.006 0.052 0.303 0.450 0.036 0.001 0.144 72 N 0.010 0.009 0.042 0.200 0.347 0.065 0.004 0.325 73 S 0.028 0.010 0.036 0.092 0.173 0.066 0.006 0.590 74 R 0.034 0.011 0.027 0.060 0.112 0.295 0.011 0.450 75 D 0.109 0.011 0.020 0.030 0.054 0.308 0.015 0.454 76 V 0.113 0.047 0.078 0.088 0.119 0.106 0.012 0.438 77 R 0.028 0.071 0.075 0.102 0.153 0.218 0.004 0.348 78 A 0.026 0.048 0.023 0.033 0.082 0.156 0.004 0.629 79 R 0.068 0.167 0.061 0.066 0.215 0.065 0.011 0.347 80 A 0.113 0.164 0.076 0.049 0.080 0.051 0.014 0.452