# TARGET TR429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.20324 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.106 0.177 0.424 0.051 0.040 0.064 0.040 0.004 0.081 0.009 0.003 2 T 0.539 0.033 0.269 0.088 0.021 0.011 0.011 0.004 0.005 0.011 0.008 3 E 0.370 0.092 0.145 0.209 0.034 0.048 0.044 0.024 0.024 0.009 0.002 4 L 0.249 0.154 0.248 0.259 0.021 0.012 0.034 0.001 0.021 0.001 0.001 5 G 0.169 0.056 0.126 0.028 0.222 0.016 0.060 0.166 0.012 0.143 0.002 6 L 0.226 0.346 0.286 0.055 0.015 0.044 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 7 Y 0.110 0.504 0.224 0.019 0.085 0.035 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 8 K 0.065 0.425 0.271 0.008 0.035 0.152 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 9 V 0.217 0.290 0.318 0.033 0.009 0.106 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 10 N 0.525 0.103 0.121 0.094 0.056 0.038 0.019 0.012 0.013 0.015 0.003 11 E 0.590 0.174 0.068 0.076 0.066 0.005 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 12 Y 0.315 0.150 0.110 0.321 0.025 0.049 0.020 0.001 0.006 0.001 0.001 13 V 0.127 0.590 0.119 0.058 0.049 0.013 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 14 D 0.071 0.161 0.473 0.042 0.036 0.114 0.045 0.002 0.048 0.005 0.002 15 A 0.500 0.092 0.188 0.104 0.047 0.036 0.009 0.006 0.010 0.006 0.003 16 R 0.444 0.211 0.115 0.142 0.034 0.019 0.016 0.002 0.015 0.002 0.001 17 D 0.238 0.155 0.196 0.142 0.068 0.088 0.055 0.007 0.044 0.004 0.002 18 T 0.477 0.089 0.138 0.220 0.028 0.013 0.018 0.003 0.010 0.003 0.001 19 N 0.277 0.098 0.151 0.228 0.054 0.060 0.068 0.023 0.025 0.015 0.001 20 M 0.313 0.126 0.168 0.310 0.015 0.013 0.035 0.001 0.017 0.001 0.001 21 G 0.154 0.053 0.074 0.065 0.267 0.010 0.117 0.168 0.007 0.084 0.001 22 A 0.153 0.412 0.252 0.023 0.121 0.018 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 23 W 0.265 0.537 0.098 0.017 0.039 0.024 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 24 F 0.097 0.632 0.108 0.006 0.131 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 25 E 0.264 0.606 0.041 0.022 0.012 0.023 0.013 0.001 0.018 0.001 0.001 26 A 0.026 0.553 0.092 0.007 0.302 0.004 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 27 Q 0.122 0.643 0.105 0.007 0.013 0.066 0.016 0.001 0.027 0.001 0.001 28 V 0.086 0.481 0.299 0.009 0.012 0.094 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.270 0.502 0.091 0.060 0.023 0.036 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 30 R 0.121 0.314 0.235 0.048 0.148 0.069 0.029 0.002 0.031 0.002 0.001 31 V 0.130 0.550 0.149 0.036 0.025 0.077 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 32 T 0.168 0.292 0.258 0.124 0.060 0.039 0.013 0.002 0.040 0.003 0.001 33 R 0.270 0.182 0.261 0.098 0.067 0.034 0.032 0.005 0.036 0.010 0.006 34 K 0.239 0.175 0.258 0.174 0.034 0.046 0.037 0.005 0.023 0.003 0.006 35 A 0.051 0.164 0.479 0.010 0.066 0.020 0.011 0.001 0.184 0.014 0.001 36 P 0.445 0.004 0.469 0.019 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 37 S 0.387 0.101 0.163 0.205 0.030 0.020 0.035 0.030 0.021 0.006 0.002 38 R 0.330 0.104 0.220 0.203 0.041 0.017 0.038 0.015 0.016 0.009 0.005 39 D 0.163 0.106 0.173 0.375 0.031 0.038 0.065 0.022 0.016 0.004 0.006 40 E 0.012 0.297 0.397 0.005 0.104 0.011 0.005 0.001 0.164 0.005 0.001 41 P 0.158 0.006 0.721 0.011 0.002 0.029 0.001 0.001 0.002 0.002 0.067 42 C 0.250 0.212 0.297 0.115 0.049 0.026 0.014 0.009 0.025 0.003 0.001 43 S 0.326 0.152 0.282 0.094 0.050 0.028 0.017 0.012 0.021 0.014 0.004 44 S 0.301 0.134 0.153 0.261 0.051 0.028 0.030 0.013 0.019 0.007 0.004 45 T 0.246 0.168 0.170 0.230 0.063 0.023 0.056 0.014 0.019 0.007 0.003 46 S 0.157 0.163 0.214 0.277 0.045 0.038 0.065 0.013 0.020 0.004 0.003 47 R 0.027 0.331 0.438 0.013 0.070 0.015 0.010 0.001 0.091 0.004 0.001 48 P 0.179 0.017 0.718 0.016 0.005 0.028 0.003 0.001 0.003 0.004 0.026 49 A 0.324 0.166 0.345 0.066 0.029 0.029 0.011 0.004 0.023 0.002 0.002 50 L 0.425 0.118 0.332 0.055 0.014 0.027 0.008 0.001 0.016 0.002 0.002 51 E 0.605 0.094 0.174 0.071 0.011 0.019 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 52 E 0.731 0.060 0.101 0.081 0.008 0.006 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 53 D 0.336 0.099 0.104 0.343 0.026 0.044 0.036 0.005 0.008 0.001 0.001 54 V 0.171 0.429 0.242 0.077 0.031 0.029 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 55 I 0.257 0.442 0.202 0.044 0.014 0.026 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 56 Y 0.064 0.569 0.097 0.064 0.166 0.014 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 57 H 0.032 0.598 0.140 0.017 0.141 0.032 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 58 V 0.024 0.809 0.100 0.004 0.032 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 59 K 0.051 0.404 0.359 0.013 0.028 0.111 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 60 Y 0.153 0.355 0.224 0.104 0.069 0.044 0.010 0.002 0.035 0.003 0.002 61 D 0.374 0.167 0.164 0.116 0.043 0.030 0.060 0.010 0.019 0.011 0.005 62 D 0.180 0.085 0.078 0.546 0.037 0.022 0.032 0.004 0.011 0.002 0.002 63 Y 0.021 0.219 0.366 0.010 0.053 0.024 0.013 0.001 0.288 0.005 0.001 64 P 0.195 0.006 0.729 0.008 0.003 0.013 0.001 0.001 0.004 0.006 0.035 65 E 0.851 0.019 0.061 0.056 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 66 N 0.024 0.006 0.015 0.871 0.007 0.003 0.065 0.005 0.002 0.001 0.001 67 G 0.006 0.006 0.021 0.006 0.060 0.003 0.152 0.682 0.002 0.062 0.001 68 V 0.036 0.442 0.445 0.027 0.011 0.029 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 69 V 0.032 0.666 0.219 0.024 0.023 0.025 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 70 Q 0.021 0.635 0.166 0.015 0.089 0.046 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 71 M 0.026 0.704 0.142 0.016 0.072 0.018 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 72 N 0.049 0.205 0.401 0.028 0.075 0.126 0.033 0.005 0.058 0.015 0.004 73 S 0.329 0.160 0.263 0.090 0.074 0.025 0.020 0.005 0.023 0.008 0.004 74 R 0.381 0.200 0.150 0.174 0.040 0.011 0.023 0.004 0.012 0.003 0.001 75 D 0.123 0.132 0.182 0.254 0.084 0.069 0.112 0.018 0.020 0.004 0.002 76 V 0.095 0.456 0.290 0.067 0.025 0.028 0.014 0.001 0.023 0.001 0.001 77 R 0.025 0.347 0.449 0.004 0.029 0.040 0.005 0.001 0.098 0.003 0.001 78 A 0.201 0.013 0.677 0.018 0.006 0.047 0.002 0.001 0.003 0.004 0.029 79 R 0.234 0.207 0.170 0.195 0.064 0.033 0.042 0.020 0.029 0.004 0.001 80 A 0.172 0.248 0.340 0.058 0.094 0.025 0.016 0.008 0.028 0.010 0.002