# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.016 0.307 0.023 0.020 0.042 0.010 0.003 0.035 0.088 0.059 0.238 0.098 2 I 0.043 0.012 0.395 0.019 0.020 0.047 0.011 0.002 0.035 0.090 0.115 0.033 0.178 3 G 0.029 0.011 0.345 0.023 0.032 0.115 0.006 0.004 0.022 0.144 0.113 0.096 0.060 4 T 0.038 0.011 0.292 0.016 0.049 0.173 0.012 0.004 0.040 0.096 0.088 0.054 0.128 5 Q 0.048 0.017 0.191 0.010 0.038 0.277 0.014 0.006 0.040 0.078 0.071 0.095 0.114 6 I 0.027 0.027 0.242 0.006 0.019 0.390 0.009 0.004 0.027 0.056 0.035 0.051 0.107 7 V 0.004 0.005 0.320 0.003 0.014 0.529 0.001 0.001 0.014 0.033 0.016 0.030 0.029 8 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.020 0.833 0.001 0.001 0.001 0.007 0.112 0.001 0.001 16 E 0.001 0.002 0.061 0.001 0.061 0.638 0.001 0.001 0.001 0.035 0.195 0.002 0.004 17 S 0.001 0.004 0.117 0.001 0.055 0.213 0.001 0.001 0.001 0.114 0.490 0.003 0.003 18 G 0.001 0.004 0.324 0.001 0.023 0.026 0.001 0.001 0.002 0.147 0.468 0.003 0.003 19 T 0.001 0.005 0.612 0.003 0.035 0.009 0.001 0.001 0.008 0.165 0.153 0.003 0.007 20 E 0.001 0.006 0.323 0.020 0.032 0.002 0.001 0.001 0.034 0.360 0.200 0.008 0.011 21 K 0.006 0.005 0.284 0.029 0.010 0.001 0.008 0.019 0.259 0.262 0.053 0.032 0.032 22 V 0.032 0.003 0.096 0.010 0.001 0.001 0.077 0.216 0.472 0.013 0.001 0.018 0.062 23 L 0.046 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.251 0.442 0.197 0.001 0.001 0.042 0.008 24 L 0.060 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.167 0.679 0.063 0.001 0.001 0.004 0.022 25 I 0.102 0.001 0.011 0.062 0.001 0.001 0.169 0.484 0.110 0.002 0.001 0.046 0.012 26 D 0.039 0.002 0.171 0.007 0.004 0.001 0.050 0.073 0.474 0.031 0.006 0.043 0.100 27 S 0.025 0.014 0.435 0.012 0.010 0.003 0.016 0.007 0.108 0.187 0.046 0.025 0.112 28 R 0.002 0.012 0.563 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.266 0.010 0.109 0.011 29 P 0.002 0.017 0.594 0.002 0.059 0.023 0.002 0.001 0.012 0.110 0.056 0.006 0.118 30 F 0.002 0.014 0.173 0.012 0.286 0.278 0.001 0.001 0.007 0.101 0.082 0.026 0.017 31 V 0.002 0.005 0.060 0.002 0.383 0.409 0.001 0.001 0.010 0.038 0.055 0.012 0.022 32 E 0.006 0.016 0.100 0.004 0.189 0.441 0.004 0.004 0.019 0.037 0.129 0.018 0.035 33 Y 0.007 0.023 0.180 0.005 0.086 0.417 0.003 0.007 0.023 0.080 0.098 0.031 0.040 34 N 0.005 0.010 0.279 0.010 0.071 0.315 0.002 0.002 0.011 0.086 0.180 0.015 0.015 35 T 0.003 0.006 0.114 0.005 0.123 0.348 0.001 0.001 0.004 0.076 0.301 0.006 0.011 36 S 0.006 0.010 0.148 0.003 0.130 0.237 0.002 0.002 0.006 0.137 0.293 0.016 0.013 37 H 0.011 0.033 0.240 0.009 0.108 0.147 0.003 0.004 0.010 0.156 0.234 0.018 0.026 38 I 0.011 0.018 0.453 0.008 0.078 0.120 0.003 0.004 0.016 0.131 0.085 0.034 0.040 39 L 0.006 0.009 0.179 0.028 0.138 0.140 0.003 0.005 0.017 0.142 0.289 0.014 0.030 40 E 0.006 0.005 0.125 0.025 0.073 0.079 0.003 0.003 0.022 0.135 0.490 0.020 0.012 41 A 0.020 0.012 0.288 0.009 0.118 0.131 0.016 0.043 0.103 0.094 0.064 0.021 0.082 42 I 0.028 0.035 0.172 0.027 0.043 0.083 0.040 0.105 0.215 0.092 0.069 0.068 0.025 43 N 0.029 0.036 0.241 0.016 0.022 0.051 0.060 0.091 0.200 0.078 0.082 0.018 0.074 44 I 0.008 0.030 0.562 0.007 0.012 0.043 0.016 0.030 0.083 0.108 0.039 0.039 0.023 45 N 0.001 0.015 0.746 0.003 0.015 0.030 0.002 0.002 0.049 0.075 0.040 0.003 0.018 46 C 0.001 0.008 0.424 0.003 0.095 0.251 0.001 0.001 0.010 0.126 0.070 0.005 0.008 47 S 0.001 0.002 0.074 0.002 0.137 0.662 0.001 0.001 0.003 0.054 0.063 0.001 0.002 48 K 0.001 0.002 0.027 0.001 0.092 0.815 0.001 0.001 0.002 0.021 0.037 0.001 0.002 49 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.038 0.919 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.001 0.002 50 M 0.001 0.001 0.016 0.001 0.034 0.913 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.002 0.003 51 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.031 0.909 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.002 0.004 52 R 0.001 0.002 0.028 0.001 0.029 0.879 0.001 0.001 0.002 0.010 0.035 0.006 0.006 53 R 0.001 0.002 0.060 0.001 0.029 0.813 0.001 0.001 0.004 0.014 0.063 0.004 0.008 54 L 0.002 0.004 0.106 0.002 0.044 0.670 0.001 0.001 0.003 0.033 0.118 0.008 0.009 55 Q 0.002 0.005 0.157 0.001 0.058 0.489 0.001 0.001 0.003 0.056 0.213 0.005 0.010 56 Q 0.001 0.006 0.262 0.002 0.053 0.320 0.001 0.001 0.003 0.133 0.208 0.005 0.007 57 D 0.001 0.005 0.373 0.002 0.039 0.270 0.001 0.001 0.004 0.135 0.161 0.005 0.006 58 K 0.001 0.006 0.210 0.002 0.067 0.421 0.001 0.001 0.005 0.119 0.150 0.005 0.013 59 V 0.003 0.011 0.208 0.006 0.071 0.456 0.001 0.001 0.012 0.102 0.082 0.021 0.025 60 L 0.011 0.012 0.190 0.009 0.085 0.433 0.004 0.003 0.028 0.064 0.053 0.043 0.066 61 I 0.013 0.007 0.146 0.013 0.063 0.512 0.005 0.007 0.061 0.029 0.054 0.024 0.065 62 T 0.029 0.006 0.101 0.022 0.055 0.517 0.010 0.010 0.056 0.031 0.050 0.061 0.051 63 E 0.056 0.007 0.082 0.012 0.056 0.445 0.017 0.012 0.066 0.029 0.050 0.062 0.106 64 L 0.063 0.015 0.122 0.011 0.032 0.364 0.019 0.016 0.058 0.035 0.060 0.094 0.111 65 I 0.041 0.021 0.242 0.014 0.027 0.272 0.009 0.007 0.044 0.056 0.074 0.085 0.109 66 Q 0.014 0.013 0.320 0.006 0.054 0.267 0.003 0.002 0.018 0.070 0.111 0.041 0.081 67 H 0.004 0.010 0.210 0.007 0.088 0.286 0.001 0.001 0.006 0.103 0.235 0.018 0.031 68 S 0.002 0.007 0.249 0.005 0.106 0.248 0.001 0.001 0.004 0.135 0.213 0.014 0.017 69 A 0.002 0.006 0.154 0.003 0.165 0.351 0.001 0.001 0.003 0.092 0.197 0.011 0.016 70 K 0.005 0.013 0.176 0.005 0.156 0.328 0.001 0.001 0.005 0.083 0.181 0.012 0.034 71 H 0.008 0.014 0.233 0.009 0.104 0.290 0.002 0.001 0.010 0.135 0.103 0.052 0.039 72 K 0.012 0.016 0.365 0.009 0.067 0.195 0.002 0.001 0.017 0.079 0.098 0.042 0.097 73 V 0.018 0.023 0.348 0.009 0.053 0.182 0.003 0.001 0.020 0.088 0.087 0.064 0.103 74 D 0.021 0.020 0.374 0.013 0.051 0.142 0.004 0.002 0.020 0.094 0.076 0.085 0.097 75 I 0.016 0.017 0.280 0.007 0.113 0.196 0.002 0.003 0.020 0.087 0.098 0.046 0.116 76 D 0.010 0.016 0.406 0.013 0.070 0.109 0.004 0.002 0.022 0.107 0.146 0.048 0.049 77 C 0.010 0.011 0.258 0.018 0.100 0.082 0.003 0.003 0.021 0.160 0.219 0.040 0.076 78 S 0.012 0.008 0.333 0.040 0.049 0.021 0.003 0.002 0.031 0.171 0.239 0.038 0.054 79 Q 0.027 0.007 0.310 0.050 0.026 0.008 0.006 0.003 0.055 0.237 0.117 0.073 0.080 80 K 0.128 0.009 0.230 0.029 0.010 0.003 0.032 0.015 0.139 0.081 0.023 0.103 0.198 81 V 0.310 0.005 0.040 0.018 0.002 0.001 0.115 0.067 0.109 0.011 0.002 0.191 0.130 82 V 0.380 0.003 0.009 0.015 0.001 0.001 0.187 0.112 0.074 0.002 0.001 0.105 0.111 83 V 0.411 0.004 0.012 0.016 0.001 0.001 0.130 0.138 0.063 0.002 0.001 0.096 0.125 84 Y 0.171 0.009 0.117 0.036 0.003 0.005 0.066 0.068 0.162 0.018 0.010 0.130 0.204 85 D 0.039 0.009 0.349 0.020 0.012 0.012 0.012 0.006 0.098 0.125 0.080 0.079 0.159 86 Q 0.007 0.012 0.218 0.015 0.027 0.021 0.002 0.001 0.016 0.292 0.328 0.023 0.038 87 S 0.003 0.013 0.317 0.006 0.026 0.020 0.001 0.001 0.006 0.309 0.264 0.023 0.012 88 S 0.005 0.026 0.377 0.003 0.066 0.082 0.001 0.001 0.005 0.201 0.173 0.012 0.047 89 Q 0.007 0.029 0.180 0.011 0.092 0.302 0.001 0.001 0.005 0.140 0.152 0.044 0.036 90 D 0.017 0.025 0.171 0.009 0.144 0.320 0.002 0.001 0.008 0.059 0.092 0.049 0.101 91 V 0.011 0.008 0.073 0.004 0.179 0.556 0.001 0.001 0.005 0.032 0.048 0.023 0.058 92 A 0.014 0.009 0.077 0.013 0.151 0.504 0.001 0.001 0.009 0.039 0.110 0.046 0.025 93 S 0.017 0.015 0.113 0.002 0.129 0.396 0.002 0.001 0.008 0.046 0.199 0.019 0.053 94 L 0.005 0.017 0.229 0.003 0.048 0.322 0.001 0.001 0.006 0.141 0.190 0.018 0.018 95 S 0.001 0.009 0.446 0.002 0.028 0.203 0.001 0.001 0.003 0.132 0.163 0.006 0.006 96 S 0.001 0.003 0.121 0.001 0.050 0.447 0.001 0.001 0.001 0.119 0.254 0.001 0.003 97 D 0.001 0.002 0.070 0.001 0.026 0.600 0.001 0.001 0.001 0.109 0.187 0.002 0.002 98 C 0.001 0.003 0.064 0.001 0.034 0.816 0.001 0.001 0.002 0.041 0.027 0.003 0.008 99 F 0.001 0.001 0.021 0.001 0.015 0.934 0.001 0.001 0.003 0.007 0.009 0.002 0.005 100 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 101 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 102 V 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 103 L 0.004 0.001 0.004 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.002 0.003 104 L 0.006 0.001 0.009 0.001 0.011 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.003 0.005 105 G 0.009 0.002 0.032 0.002 0.016 0.767 0.001 0.001 0.002 0.017 0.136 0.007 0.009 106 K 0.006 0.005 0.122 0.002 0.028 0.641 0.001 0.001 0.003 0.037 0.123 0.013 0.017 107 L 0.004 0.006 0.183 0.003 0.062 0.510 0.001 0.001 0.005 0.041 0.153 0.010 0.021 108 E 0.003 0.005 0.137 0.004 0.106 0.410 0.001 0.001 0.004 0.057 0.252 0.008 0.013 109 K 0.003 0.006 0.138 0.006 0.105 0.206 0.001 0.001 0.004 0.126 0.385 0.008 0.011 110 S 0.004 0.009 0.291 0.007 0.064 0.076 0.001 0.001 0.009 0.184 0.328 0.011 0.015 111 F 0.003 0.011 0.566 0.006 0.031 0.034 0.001 0.001 0.023 0.188 0.102 0.011 0.023 112 N 0.003 0.008 0.445 0.014 0.019 0.021 0.002 0.002 0.043 0.310 0.098 0.015 0.020 113 S 0.009 0.008 0.361 0.023 0.013 0.016 0.009 0.022 0.152 0.221 0.083 0.047 0.036 114 V 0.031 0.006 0.155 0.012 0.007 0.016 0.062 0.149 0.370 0.031 0.009 0.025 0.126 115 H 0.069 0.007 0.020 0.023 0.003 0.010 0.111 0.357 0.286 0.006 0.002 0.078 0.028 116 L 0.042 0.005 0.017 0.007 0.004 0.021 0.068 0.469 0.301 0.003 0.006 0.015 0.044 117 L 0.022 0.004 0.080 0.015 0.005 0.058 0.049 0.362 0.333 0.012 0.020 0.015 0.025 118 A 0.018 0.009 0.208 0.031 0.029 0.180 0.017 0.071 0.188 0.110 0.091 0.023 0.026 119 G 0.006 0.008 0.172 0.008 0.038 0.240 0.004 0.003 0.018 0.171 0.307 0.010 0.015 120 G 0.003 0.011 0.208 0.003 0.031 0.344 0.001 0.001 0.004 0.137 0.241 0.008 0.007 121 F 0.001 0.004 0.117 0.001 0.034 0.755 0.001 0.001 0.002 0.042 0.037 0.002 0.006 122 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.035 0.921 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.001 0.002 123 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 124 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.059 0.871 0.001 0.001 0.002 0.005 0.048 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.084 0.690 0.001 0.001 0.001 0.009 0.204 0.001 0.001 127 C 0.001 0.007 0.046 0.001 0.044 0.560 0.001 0.001 0.002 0.081 0.250 0.002 0.005 128 F 0.001 0.009 0.479 0.002 0.017 0.126 0.001 0.001 0.002 0.293 0.053 0.017 0.002 129 P 0.001 0.005 0.171 0.002 0.137 0.252 0.001 0.001 0.002 0.091 0.329 0.001 0.009 130 G 0.001 0.005 0.059 0.003 0.191 0.163 0.001 0.001 0.002 0.053 0.517 0.005 0.002 131 L 0.001 0.028 0.162 0.002 0.368 0.136 0.001 0.001 0.012 0.083 0.176 0.005 0.025 132 C 0.003 0.057 0.458 0.009 0.082 0.059 0.002 0.002 0.027 0.164 0.075 0.032 0.030 133 E 0.002 0.030 0.214 0.004 0.053 0.049 0.002 0.001 0.015 0.179 0.413 0.015 0.024 134 G 0.001 0.022 0.276 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.005 0.311 0.322 0.008 0.017 135 K 0.001 0.009 0.731 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.192 0.028 0.019 0.005