# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.017 0.212 0.376 0.042 0.071 0.070 0.006 0.008 0.008 0.025 0.015 0.068 0.011 0.004 0.016 2 I 0.034 0.117 0.231 0.378 0.006 0.077 0.005 0.044 0.003 0.003 0.018 0.018 0.043 0.001 0.013 0.009 3 G 0.011 0.043 0.049 0.485 0.037 0.152 0.007 0.006 0.037 0.026 0.050 0.033 0.043 0.005 0.001 0.015 4 T 0.062 0.071 0.077 0.543 0.002 0.046 0.001 0.015 0.004 0.002 0.037 0.063 0.070 0.001 0.004 0.004 5 Q 0.009 0.046 0.123 0.407 0.004 0.163 0.004 0.002 0.008 0.006 0.031 0.051 0.131 0.001 0.001 0.014 6 I 0.022 0.037 0.109 0.441 0.005 0.054 0.002 0.003 0.001 0.001 0.077 0.065 0.179 0.001 0.001 0.003 7 V 0.001 0.012 0.015 0.086 0.003 0.439 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 0.093 0.320 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.006 0.002 0.010 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.063 0.502 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.448 0.485 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.976 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.005 14 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.011 0.001 0.005 15 L 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.005 0.018 0.010 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.898 0.001 0.007 17 S 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.041 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.008 0.895 0.006 18 G 0.002 0.009 0.020 0.002 0.001 0.003 0.012 0.001 0.047 0.015 0.003 0.003 0.030 0.007 0.009 0.839 19 T 0.897 0.010 0.021 0.006 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.003 0.008 0.009 20 E 0.015 0.479 0.389 0.041 0.001 0.019 0.002 0.004 0.004 0.001 0.007 0.006 0.008 0.001 0.007 0.018 21 K 0.030 0.291 0.195 0.450 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 22 V 0.010 0.002 0.672 0.313 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.001 0.003 0.238 0.750 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.003 0.004 0.896 0.065 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.001 0.085 0.003 0.839 0.007 0.039 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.035 0.003 0.476 0.010 0.437 0.001 0.007 0.012 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.032 0.360 0.045 0.467 0.004 0.021 0.001 0.007 0.008 0.002 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 28 R 0.005 0.060 0.141 0.544 0.012 0.177 0.004 0.003 0.004 0.006 0.006 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 29 P 0.002 0.031 0.025 0.069 0.005 0.804 0.001 0.008 0.001 0.001 0.029 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 30 F 0.002 0.092 0.004 0.059 0.003 0.053 0.001 0.002 0.004 0.001 0.704 0.040 0.028 0.001 0.001 0.005 31 V 0.013 0.048 0.008 0.043 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.790 0.050 0.001 0.002 0.002 32 E 0.009 0.043 0.207 0.079 0.008 0.036 0.051 0.003 0.004 0.001 0.017 0.044 0.423 0.020 0.009 0.047 33 Y 0.013 0.023 0.195 0.116 0.011 0.047 0.035 0.016 0.002 0.001 0.033 0.016 0.422 0.007 0.037 0.026 34 N 0.009 0.046 0.049 0.052 0.017 0.289 0.026 0.018 0.010 0.012 0.036 0.065 0.296 0.023 0.011 0.041 35 T 0.042 0.063 0.036 0.070 0.006 0.048 0.012 0.021 0.014 0.004 0.355 0.043 0.202 0.012 0.042 0.030 36 S 0.030 0.136 0.155 0.125 0.002 0.019 0.010 0.006 0.019 0.004 0.031 0.191 0.179 0.004 0.018 0.070 37 H 0.075 0.035 0.288 0.126 0.006 0.047 0.023 0.003 0.005 0.002 0.018 0.024 0.278 0.003 0.004 0.063 38 I 0.019 0.011 0.162 0.076 0.129 0.132 0.088 0.008 0.001 0.003 0.074 0.020 0.202 0.067 0.004 0.004 39 L 0.004 0.121 0.029 0.142 0.009 0.041 0.004 0.232 0.005 0.002 0.051 0.101 0.162 0.005 0.089 0.003 40 E 0.006 0.038 0.016 0.203 0.003 0.034 0.005 0.004 0.120 0.034 0.025 0.039 0.231 0.001 0.003 0.237 41 A 0.246 0.027 0.271 0.123 0.009 0.020 0.037 0.002 0.004 0.002 0.018 0.017 0.176 0.013 0.005 0.030 42 I 0.015 0.066 0.449 0.263 0.002 0.042 0.007 0.019 0.002 0.001 0.007 0.011 0.075 0.001 0.025 0.013 43 N 0.017 0.051 0.180 0.439 0.025 0.099 0.016 0.002 0.017 0.008 0.007 0.008 0.046 0.006 0.001 0.078 44 I 0.064 0.043 0.243 0.510 0.010 0.024 0.007 0.013 0.001 0.002 0.034 0.008 0.028 0.002 0.004 0.007 45 N 0.001 0.014 0.015 0.023 0.001 0.905 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.013 0.001 0.001 0.002 46 C 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 47 S 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.930 0.016 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.011 0.009 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.194 0.710 0.001 0.003 0.005 49 L 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 0.923 0.001 0.001 0.005 50 M 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.972 0.001 0.001 0.002 51 K 0.001 0.002 0.007 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.952 0.004 0.001 0.011 52 R 0.002 0.003 0.010 0.008 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.920 0.009 0.005 0.015 53 R 0.004 0.008 0.027 0.008 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.824 0.030 0.014 0.028 54 L 0.014 0.018 0.033 0.015 0.003 0.012 0.022 0.004 0.001 0.001 0.024 0.033 0.693 0.045 0.035 0.049 55 Q 0.014 0.031 0.070 0.018 0.007 0.029 0.055 0.007 0.003 0.002 0.018 0.030 0.505 0.073 0.038 0.101 56 Q 0.024 0.038 0.133 0.031 0.005 0.039 0.051 0.018 0.005 0.004 0.060 0.033 0.355 0.035 0.087 0.081 57 D 0.026 0.046 0.065 0.026 0.002 0.180 0.012 0.011 0.014 0.005 0.050 0.094 0.360 0.006 0.039 0.064 58 K 0.071 0.081 0.077 0.045 0.001 0.026 0.007 0.003 0.008 0.003 0.231 0.071 0.293 0.003 0.007 0.075 59 V 0.061 0.088 0.228 0.104 0.001 0.034 0.008 0.003 0.003 0.001 0.019 0.236 0.191 0.003 0.006 0.015 60 L 0.009 0.028 0.257 0.128 0.002 0.113 0.011 0.002 0.001 0.001 0.020 0.021 0.386 0.002 0.004 0.016 61 I 0.008 0.062 0.076 0.194 0.005 0.109 0.007 0.004 0.002 0.001 0.061 0.044 0.410 0.004 0.003 0.011 62 T 0.010 0.048 0.047 0.317 0.002 0.038 0.004 0.005 0.003 0.001 0.044 0.092 0.376 0.002 0.004 0.007 63 E 0.008 0.030 0.098 0.307 0.002 0.035 0.003 0.002 0.003 0.001 0.016 0.041 0.427 0.002 0.003 0.023 64 L 0.012 0.025 0.147 0.352 0.009 0.041 0.011 0.002 0.002 0.001 0.014 0.020 0.339 0.007 0.002 0.018 65 I 0.008 0.037 0.137 0.342 0.009 0.077 0.019 0.006 0.001 0.001 0.013 0.015 0.314 0.005 0.005 0.010 66 Q 0.004 0.058 0.051 0.183 0.014 0.257 0.012 0.013 0.003 0.003 0.034 0.021 0.316 0.007 0.005 0.019 67 H 0.009 0.089 0.028 0.105 0.017 0.102 0.011 0.017 0.007 0.005 0.228 0.080 0.252 0.017 0.010 0.024 68 S 0.009 0.044 0.019 0.026 0.009 0.144 0.014 0.010 0.005 0.003 0.110 0.233 0.307 0.029 0.024 0.015 69 A 0.011 0.056 0.030 0.015 0.003 0.019 0.013 0.009 0.003 0.002 0.221 0.093 0.421 0.018 0.043 0.041 70 K 0.029 0.086 0.074 0.035 0.002 0.014 0.024 0.006 0.009 0.003 0.021 0.144 0.375 0.033 0.049 0.095 71 H 0.046 0.022 0.222 0.046 0.001 0.025 0.019 0.004 0.005 0.002 0.011 0.019 0.435 0.004 0.033 0.108 72 K 0.041 0.051 0.322 0.086 0.012 0.069 0.052 0.003 0.005 0.002 0.023 0.018 0.219 0.028 0.007 0.063 73 V 0.059 0.071 0.190 0.353 0.004 0.045 0.009 0.024 0.003 0.001 0.044 0.036 0.120 0.003 0.024 0.012 74 D 0.011 0.075 0.131 0.221 0.030 0.230 0.024 0.006 0.021 0.007 0.018 0.045 0.119 0.015 0.004 0.044 75 I 0.069 0.055 0.109 0.292 0.023 0.044 0.022 0.032 0.003 0.002 0.179 0.024 0.107 0.009 0.014 0.014 76 D 0.009 0.117 0.093 0.107 0.035 0.303 0.028 0.033 0.021 0.006 0.023 0.111 0.068 0.015 0.013 0.020 77 C 0.043 0.097 0.088 0.177 0.022 0.066 0.032 0.030 0.016 0.007 0.249 0.019 0.069 0.009 0.026 0.051 78 S 0.041 0.293 0.139 0.176 0.005 0.089 0.013 0.021 0.029 0.006 0.014 0.090 0.024 0.007 0.021 0.031 79 Q 0.066 0.251 0.241 0.335 0.001 0.013 0.003 0.002 0.014 0.001 0.006 0.003 0.010 0.001 0.007 0.048 80 K 0.034 0.047 0.442 0.461 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 V 0.007 0.003 0.401 0.585 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.002 0.056 0.924 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.010 0.003 0.900 0.046 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.067 0.003 0.752 0.031 0.106 0.001 0.031 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.002 0.060 0.005 0.160 0.036 0.625 0.002 0.035 0.017 0.010 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.013 0.358 0.028 0.138 0.026 0.044 0.006 0.029 0.018 0.011 0.280 0.033 0.004 0.001 0.002 0.008 87 S 0.022 0.086 0.054 0.105 0.008 0.317 0.008 0.027 0.024 0.013 0.032 0.265 0.018 0.002 0.012 0.008 88 S 0.026 0.082 0.128 0.044 0.009 0.159 0.013 0.009 0.013 0.007 0.297 0.042 0.113 0.005 0.015 0.036 89 Q 0.046 0.208 0.060 0.105 0.002 0.024 0.002 0.015 0.005 0.003 0.120 0.295 0.085 0.003 0.012 0.017 90 D 0.019 0.046 0.086 0.070 0.004 0.274 0.011 0.003 0.009 0.003 0.020 0.146 0.273 0.005 0.005 0.027 91 V 0.015 0.028 0.115 0.056 0.006 0.046 0.019 0.003 0.001 0.001 0.264 0.017 0.396 0.007 0.010 0.016 92 A 0.009 0.140 0.071 0.117 0.004 0.033 0.007 0.018 0.005 0.002 0.025 0.296 0.236 0.007 0.015 0.015 93 S 0.014 0.031 0.079 0.120 0.008 0.098 0.038 0.004 0.010 0.003 0.026 0.020 0.412 0.014 0.010 0.112 94 L 0.026 0.062 0.286 0.068 0.014 0.039 0.047 0.014 0.004 0.002 0.082 0.024 0.245 0.015 0.024 0.048 95 S 0.012 0.031 0.051 0.028 0.014 0.387 0.035 0.015 0.006 0.006 0.040 0.080 0.248 0.016 0.018 0.015 96 S 0.010 0.038 0.024 0.011 0.004 0.037 0.006 0.016 0.003 0.004 0.517 0.036 0.248 0.007 0.017 0.022 97 D 0.014 0.079 0.025 0.017 0.001 0.028 0.003 0.006 0.012 0.004 0.053 0.473 0.238 0.003 0.012 0.030 98 C 0.015 0.008 0.074 0.011 0.001 0.038 0.007 0.001 0.002 0.001 0.058 0.069 0.693 0.001 0.004 0.018 99 F 0.006 0.015 0.038 0.010 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.118 0.692 0.001 0.002 0.004 100 L 0.001 0.008 0.010 0.016 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.133 0.801 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.969 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.943 0.024 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.963 0.002 0.014 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.893 0.004 0.001 0.085 106 K 0.013 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.928 0.011 0.004 0.018 107 L 0.002 0.009 0.042 0.004 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.843 0.021 0.013 0.019 108 E 0.005 0.017 0.017 0.009 0.005 0.018 0.020 0.006 0.001 0.001 0.013 0.035 0.699 0.094 0.032 0.027 109 K 0.013 0.023 0.040 0.016 0.003 0.013 0.022 0.009 0.004 0.002 0.054 0.026 0.493 0.033 0.107 0.143 110 S 0.036 0.051 0.123 0.018 0.007 0.025 0.069 0.005 0.013 0.004 0.021 0.048 0.262 0.050 0.043 0.224 111 F 0.115 0.033 0.231 0.043 0.005 0.059 0.102 0.009 0.004 0.003 0.044 0.020 0.208 0.026 0.054 0.045 112 N 0.038 0.339 0.216 0.109 0.001 0.049 0.007 0.018 0.011 0.003 0.019 0.025 0.088 0.002 0.024 0.052 113 S 0.086 0.144 0.176 0.415 0.001 0.022 0.005 0.001 0.021 0.002 0.008 0.014 0.031 0.001 0.002 0.073 114 V 0.034 0.008 0.678 0.252 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.002 115 H 0.002 0.013 0.241 0.690 0.007 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 116 L 0.001 0.010 0.012 0.888 0.029 0.040 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.032 0.009 0.350 0.407 0.109 0.020 0.020 0.003 0.003 0.013 0.008 0.020 0.005 0.001 0.001 118 A 0.007 0.043 0.013 0.312 0.108 0.070 0.043 0.273 0.011 0.009 0.050 0.013 0.032 0.004 0.008 0.003 119 G 0.007 0.034 0.021 0.095 0.010 0.166 0.005 0.102 0.070 0.199 0.141 0.056 0.053 0.001 0.016 0.023 120 G 0.025 0.026 0.008 0.030 0.006 0.086 0.001 0.005 0.030 0.048 0.180 0.425 0.110 0.002 0.002 0.016 121 F 0.013 0.005 0.005 0.005 0.002 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.224 0.328 0.353 0.002 0.002 0.001 122 A 0.001 0.023 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.090 0.240 0.624 0.001 0.002 0.002 123 E 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.073 0.891 0.001 0.001 0.009 124 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 126 R 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.966 0.004 0.001 0.012 127 C 0.005 0.013 0.029 0.019 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.822 0.010 0.015 0.061 128 F 0.003 0.002 0.085 0.008 0.004 0.020 0.134 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.676 0.042 0.007 0.012 129 P 0.010 0.014 0.042 0.019 0.003 0.016 0.008 0.032 0.001 0.001 0.055 0.007 0.702 0.019 0.063 0.009 130 G 0.008 0.049 0.013 0.077 0.006 0.030 0.013 0.011 0.029 0.015 0.050 0.146 0.391 0.071 0.022 0.069 131 L 0.048 0.038 0.074 0.064 0.010 0.015 0.052 0.006 0.008 0.002 0.028 0.026 0.470 0.025 0.044 0.090 132 C 0.008 0.012 0.113 0.029 0.105 0.020 0.425 0.007 0.002 0.004 0.012 0.010 0.143 0.084 0.010 0.016 133 E 0.028 0.027 0.055 0.052 0.058 0.039 0.100 0.288 0.005 0.009 0.036 0.014 0.103 0.050 0.124 0.013 134 G 0.012 0.036 0.022 0.043 0.041 0.039 0.030 0.081 0.176 0.159 0.080 0.043 0.055 0.029 0.055 0.100 135 K 0.239 0.042 0.038 0.060 0.021 0.029 0.030 0.034 0.071 0.036 0.080 0.124 0.075 0.025 0.038 0.057