# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.065 0.006 0.079 0.083 0.120 0.100 0.003 0.001 0.129 0.391 2 I 0.053 0.169 0.003 0.087 0.076 0.110 0.085 0.008 0.001 0.072 0.336 3 G 0.047 0.152 0.003 0.039 0.046 0.079 0.084 0.010 0.001 0.088 0.449 4 T 0.020 0.132 0.003 0.075 0.069 0.084 0.072 0.003 0.001 0.209 0.332 5 Q 0.012 0.391 0.003 0.071 0.048 0.071 0.055 0.004 0.001 0.080 0.266 6 I 0.018 0.667 0.002 0.021 0.020 0.018 0.033 0.006 0.001 0.072 0.143 7 V 0.010 0.928 0.002 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 0.001 0.016 0.027 8 T 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.011 9 E 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 0.010 10 R 0.008 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 0.008 11 L 0.018 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.009 0.011 12 V 0.069 0.826 0.006 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.002 0.036 0.044 13 A 0.063 0.351 0.030 0.002 0.008 0.014 0.041 0.009 0.013 0.235 0.235 14 L 0.102 0.128 0.069 0.004 0.010 0.012 0.069 0.016 0.029 0.246 0.317 15 L 0.252 0.044 0.039 0.005 0.013 0.009 0.077 0.011 0.012 0.129 0.410 16 E 0.048 0.006 0.008 0.002 0.004 0.006 0.087 0.002 0.004 0.041 0.792 17 S 0.045 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.087 0.001 0.001 0.027 0.823 18 G 0.049 0.004 0.002 0.008 0.002 0.004 0.116 0.002 0.001 0.025 0.788 19 T 0.018 0.002 0.001 0.019 0.003 0.008 0.140 0.001 0.001 0.042 0.767 20 E 0.004 0.002 0.001 0.147 0.017 0.039 0.146 0.001 0.001 0.034 0.612 21 K 0.001 0.001 0.001 0.550 0.036 0.113 0.053 0.001 0.001 0.047 0.200 22 V 0.001 0.001 0.001 0.753 0.051 0.062 0.016 0.001 0.001 0.024 0.093 23 L 0.001 0.001 0.001 0.812 0.078 0.064 0.005 0.001 0.001 0.014 0.024 24 L 0.002 0.001 0.001 0.581 0.142 0.112 0.016 0.001 0.001 0.025 0.120 25 I 0.018 0.001 0.001 0.498 0.149 0.126 0.039 0.001 0.001 0.041 0.126 26 D 0.008 0.003 0.001 0.130 0.072 0.151 0.135 0.001 0.001 0.029 0.472 27 S 0.005 0.006 0.001 0.059 0.027 0.051 0.172 0.001 0.001 0.033 0.644 28 R 0.027 0.069 0.003 0.065 0.047 0.052 0.131 0.005 0.001 0.094 0.507 29 P 0.092 0.575 0.001 0.009 0.006 0.010 0.045 0.013 0.001 0.031 0.217 30 F 0.170 0.411 0.003 0.006 0.005 0.011 0.042 0.017 0.001 0.139 0.195 31 V 0.057 0.179 0.011 0.014 0.011 0.031 0.078 0.006 0.002 0.331 0.281 32 E 0.052 0.126 0.016 0.028 0.014 0.035 0.075 0.006 0.004 0.379 0.266 33 Y 0.087 0.145 0.030 0.030 0.025 0.026 0.096 0.020 0.006 0.210 0.325 34 N 0.201 0.225 0.007 0.015 0.013 0.027 0.073 0.023 0.003 0.050 0.364 35 T 0.070 0.117 0.004 0.010 0.007 0.016 0.080 0.008 0.002 0.044 0.643 36 S 0.016 0.099 0.008 0.045 0.028 0.036 0.138 0.003 0.001 0.070 0.555 37 H 0.042 0.347 0.006 0.033 0.032 0.055 0.091 0.006 0.001 0.047 0.339 38 I 0.200 0.403 0.003 0.023 0.010 0.015 0.058 0.015 0.002 0.041 0.230 39 L 0.156 0.169 0.015 0.038 0.026 0.063 0.078 0.015 0.006 0.117 0.317 40 E 0.088 0.067 0.006 0.133 0.036 0.138 0.096 0.008 0.002 0.079 0.345 41 A 0.089 0.013 0.006 0.120 0.037 0.064 0.097 0.005 0.002 0.111 0.456 42 I 0.022 0.016 0.001 0.205 0.139 0.112 0.097 0.003 0.001 0.028 0.376 43 N 0.027 0.019 0.003 0.069 0.028 0.040 0.082 0.002 0.001 0.092 0.637 44 I 0.003 0.012 0.001 0.041 0.076 0.057 0.205 0.001 0.001 0.028 0.575 45 N 0.052 0.579 0.001 0.014 0.006 0.008 0.038 0.011 0.001 0.038 0.251 46 C 0.104 0.759 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.022 0.001 0.023 0.071 47 S 0.019 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.016 0.039 48 K 0.031 0.903 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.001 0.012 0.032 49 L 0.064 0.815 0.008 0.002 0.001 0.002 0.010 0.017 0.004 0.027 0.050 50 M 0.076 0.764 0.012 0.002 0.003 0.005 0.011 0.015 0.005 0.021 0.085 51 K 0.094 0.571 0.013 0.002 0.004 0.008 0.024 0.012 0.005 0.052 0.216 52 R 0.109 0.447 0.015 0.003 0.006 0.009 0.050 0.017 0.007 0.055 0.281 53 R 0.132 0.291 0.022 0.004 0.006 0.009 0.065 0.020 0.012 0.084 0.354 54 L 0.104 0.268 0.018 0.007 0.010 0.011 0.066 0.013 0.007 0.049 0.448 55 Q 0.091 0.358 0.005 0.005 0.004 0.008 0.046 0.009 0.002 0.026 0.446 56 Q 0.088 0.447 0.003 0.005 0.003 0.005 0.037 0.008 0.001 0.021 0.380 57 D 0.068 0.470 0.003 0.005 0.004 0.008 0.043 0.009 0.001 0.026 0.363 58 K 0.036 0.119 0.009 0.019 0.012 0.022 0.072 0.003 0.001 0.374 0.333 59 V 0.041 0.268 0.012 0.070 0.018 0.025 0.074 0.005 0.003 0.157 0.326 60 L 0.080 0.588 0.004 0.030 0.017 0.022 0.031 0.011 0.001 0.046 0.169 61 I 0.068 0.486 0.006 0.028 0.011 0.032 0.037 0.019 0.003 0.043 0.267 62 T 0.045 0.328 0.005 0.036 0.032 0.069 0.047 0.003 0.001 0.082 0.351 63 E 0.033 0.234 0.004 0.096 0.056 0.097 0.051 0.006 0.001 0.085 0.338 64 L 0.037 0.092 0.008 0.062 0.082 0.074 0.105 0.005 0.002 0.246 0.285 65 I 0.038 0.122 0.008 0.059 0.066 0.063 0.096 0.007 0.003 0.112 0.426 66 Q 0.131 0.327 0.005 0.019 0.013 0.019 0.049 0.013 0.002 0.051 0.372 67 H 0.155 0.245 0.011 0.013 0.009 0.014 0.071 0.022 0.005 0.077 0.379 68 S 0.177 0.270 0.015 0.007 0.007 0.013 0.058 0.017 0.005 0.039 0.390 69 A 0.166 0.253 0.006 0.010 0.011 0.018 0.055 0.011 0.002 0.030 0.438 70 K 0.070 0.140 0.009 0.011 0.011 0.020 0.079 0.008 0.003 0.050 0.599 71 H 0.077 0.207 0.004 0.017 0.026 0.043 0.084 0.006 0.001 0.036 0.498 72 K 0.086 0.180 0.004 0.015 0.012 0.027 0.065 0.008 0.002 0.045 0.557 73 V 0.065 0.090 0.004 0.020 0.040 0.051 0.111 0.006 0.002 0.048 0.564 74 D 0.094 0.043 0.010 0.022 0.038 0.070 0.085 0.005 0.003 0.113 0.517 75 I 0.057 0.013 0.007 0.036 0.048 0.059 0.122 0.003 0.003 0.090 0.562 76 D 0.141 0.013 0.010 0.031 0.030 0.045 0.103 0.005 0.003 0.070 0.548 77 C 0.099 0.006 0.004 0.025 0.026 0.048 0.112 0.004 0.001 0.041 0.634 78 S 0.022 0.004 0.002 0.050 0.022 0.056 0.122 0.001 0.001 0.033 0.687 79 Q 0.003 0.001 0.001 0.086 0.068 0.168 0.136 0.001 0.001 0.027 0.510 80 K 0.001 0.001 0.001 0.210 0.132 0.263 0.093 0.001 0.001 0.026 0.273 81 V 0.001 0.001 0.001 0.337 0.191 0.234 0.038 0.001 0.001 0.034 0.163 82 V 0.002 0.001 0.001 0.554 0.139 0.143 0.021 0.001 0.001 0.027 0.113 83 V 0.004 0.001 0.001 0.510 0.129 0.149 0.031 0.001 0.001 0.042 0.132 84 Y 0.017 0.002 0.001 0.454 0.086 0.092 0.052 0.001 0.001 0.065 0.230 85 D 0.063 0.008 0.002 0.248 0.047 0.051 0.100 0.003 0.001 0.089 0.389 86 Q 0.024 0.021 0.002 0.056 0.022 0.025 0.129 0.004 0.001 0.048 0.669 87 S 0.090 0.159 0.003 0.029 0.018 0.028 0.102 0.017 0.001 0.050 0.504 88 S 0.165 0.261 0.003 0.013 0.012 0.021 0.071 0.018 0.001 0.080 0.355 89 Q 0.041 0.132 0.008 0.024 0.029 0.049 0.099 0.007 0.002 0.193 0.415 90 D 0.091 0.221 0.008 0.023 0.026 0.066 0.079 0.015 0.003 0.106 0.362 91 V 0.287 0.100 0.005 0.011 0.016 0.022 0.080 0.015 0.003 0.141 0.320 92 A 0.061 0.049 0.010 0.016 0.025 0.035 0.123 0.006 0.004 0.145 0.526 93 S 0.040 0.080 0.012 0.021 0.015 0.032 0.125 0.004 0.002 0.093 0.576 94 L 0.127 0.159 0.006 0.014 0.010 0.013 0.112 0.011 0.002 0.045 0.501 95 S 0.225 0.363 0.002 0.006 0.004 0.007 0.054 0.009 0.001 0.034 0.295 96 S 0.035 0.478 0.001 0.004 0.002 0.007 0.054 0.005 0.001 0.026 0.386 97 D 0.015 0.180 0.004 0.017 0.008 0.016 0.076 0.002 0.001 0.432 0.250 98 C 0.010 0.707 0.003 0.029 0.017 0.021 0.030 0.002 0.001 0.091 0.088 99 F 0.006 0.945 0.001 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.013 0.023 100 L 0.009 0.951 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.011 0.015 101 T 0.018 0.862 0.004 0.004 0.005 0.015 0.006 0.003 0.001 0.053 0.031 102 V 0.029 0.776 0.009 0.008 0.010 0.016 0.013 0.008 0.002 0.052 0.077 103 L 0.076 0.785 0.007 0.003 0.008 0.008 0.015 0.010 0.002 0.034 0.051 104 L 0.077 0.655 0.009 0.002 0.006 0.010 0.023 0.009 0.004 0.036 0.168 105 G 0.100 0.346 0.014 0.004 0.004 0.011 0.052 0.009 0.006 0.062 0.392 106 K 0.122 0.114 0.036 0.007 0.011 0.016 0.089 0.013 0.015 0.130 0.446 107 L 0.194 0.049 0.023 0.007 0.011 0.013 0.086 0.013 0.011 0.067 0.528 108 E 0.162 0.014 0.006 0.004 0.006 0.008 0.085 0.003 0.002 0.046 0.664 109 K 0.030 0.005 0.003 0.008 0.003 0.006 0.095 0.001 0.001 0.030 0.817 110 S 0.018 0.011 0.002 0.027 0.005 0.014 0.126 0.002 0.001 0.027 0.767 111 F 0.018 0.008 0.001 0.031 0.007 0.017 0.134 0.001 0.001 0.049 0.732 112 N 0.009 0.020 0.001 0.219 0.059 0.078 0.114 0.001 0.001 0.047 0.452 113 S 0.006 0.047 0.001 0.361 0.032 0.130 0.057 0.002 0.001 0.049 0.314 114 V 0.008 0.025 0.001 0.493 0.060 0.109 0.048 0.001 0.001 0.041 0.215 115 H 0.004 0.010 0.001 0.757 0.060 0.086 0.011 0.001 0.001 0.026 0.045 116 L 0.006 0.012 0.002 0.550 0.081 0.107 0.026 0.001 0.001 0.061 0.154 117 L 0.165 0.120 0.002 0.309 0.072 0.062 0.050 0.010 0.001 0.058 0.152 118 A 0.072 0.184 0.002 0.070 0.043 0.050 0.074 0.005 0.001 0.125 0.374 119 G 0.009 0.294 0.002 0.058 0.014 0.038 0.084 0.005 0.001 0.114 0.382 120 G 0.015 0.763 0.002 0.006 0.008 0.013 0.023 0.010 0.001 0.060 0.099 121 F 0.042 0.616 0.003 0.002 0.008 0.007 0.015 0.018 0.001 0.238 0.051 122 A 0.031 0.557 0.008 0.002 0.005 0.008 0.016 0.004 0.002 0.303 0.064 123 E 0.029 0.768 0.014 0.003 0.001 0.003 0.013 0.014 0.005 0.080 0.069 124 F 0.190 0.446 0.034 0.003 0.001 0.003 0.019 0.166 0.020 0.048 0.068 125 S 0.585 0.062 0.011 0.003 0.002 0.003 0.028 0.013 0.009 0.087 0.199 126 R 0.007 0.026 0.006 0.006 0.003 0.005 0.079 0.001 0.001 0.031 0.835 127 C 0.014 0.081 0.007 0.005 0.004 0.007 0.144 0.003 0.001 0.061 0.673 128 F 0.493 0.173 0.005 0.003 0.002 0.002 0.074 0.032 0.006 0.040 0.169 129 P 0.196 0.140 0.003 0.002 0.002 0.004 0.074 0.008 0.004 0.032 0.536 130 G 0.088 0.044 0.010 0.013 0.005 0.024 0.074 0.010 0.006 0.046 0.679 131 L 0.121 0.006 0.014 0.012 0.023 0.055 0.116 0.004 0.004 0.071 0.573 132 C 0.197 0.002 0.002 0.018 0.022 0.028 0.080 0.002 0.001 0.031 0.616 133 E 0.041 0.001 0.001 0.006 0.015 0.019 0.072 0.001 0.001 0.015 0.829 134 G 0.020 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.087 0.001 0.001 0.010 0.859 135 K 0.021 0.002 0.001 0.012 0.032 0.024 0.107 0.001 0.001 0.016 0.785