# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.023 0.050 0.052 0.089 0.127 0.075 0.550 2 I 0.027 0.075 0.074 0.086 0.090 0.111 0.068 0.470 3 G 0.054 0.137 0.046 0.032 0.060 0.092 0.122 0.456 4 T 0.048 0.125 0.067 0.042 0.051 0.091 0.234 0.342 5 Q 0.023 0.310 0.072 0.032 0.057 0.084 0.119 0.304 6 I 0.012 0.670 0.028 0.016 0.018 0.036 0.052 0.168 7 V 0.009 0.920 0.006 0.002 0.003 0.007 0.020 0.033 8 T 0.017 0.931 0.002 0.001 0.001 0.004 0.027 0.017 9 E 0.006 0.932 0.003 0.001 0.002 0.005 0.030 0.021 10 R 0.006 0.959 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 0.015 11 L 0.017 0.949 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 0.014 12 V 0.034 0.904 0.003 0.001 0.002 0.005 0.024 0.028 13 A 0.077 0.401 0.024 0.006 0.008 0.041 0.304 0.140 14 L 0.120 0.141 0.074 0.009 0.011 0.059 0.412 0.173 15 L 0.471 0.015 0.026 0.009 0.010 0.064 0.134 0.271 16 E 0.064 0.002 0.005 0.003 0.006 0.080 0.019 0.822 17 S 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.123 0.007 0.855 18 G 0.055 0.003 0.013 0.002 0.005 0.173 0.062 0.686 19 T 0.038 0.002 0.018 0.004 0.006 0.195 0.046 0.690 20 E 0.003 0.002 0.238 0.014 0.027 0.110 0.053 0.553 21 K 0.001 0.001 0.682 0.014 0.057 0.037 0.067 0.142 22 V 0.001 0.001 0.885 0.016 0.024 0.010 0.024 0.040 23 L 0.001 0.001 0.918 0.034 0.021 0.003 0.013 0.010 24 L 0.002 0.001 0.884 0.018 0.023 0.008 0.029 0.036 25 I 0.009 0.001 0.783 0.028 0.040 0.031 0.026 0.083 26 D 0.013 0.004 0.453 0.060 0.089 0.096 0.041 0.244 27 S 0.023 0.014 0.137 0.057 0.067 0.178 0.044 0.481 28 R 0.041 0.061 0.086 0.067 0.060 0.178 0.086 0.422 29 P 0.095 0.202 0.028 0.019 0.036 0.134 0.097 0.389 30 F 0.217 0.087 0.020 0.014 0.026 0.098 0.260 0.278 31 V 0.102 0.046 0.036 0.032 0.040 0.095 0.372 0.277 32 E 0.073 0.042 0.036 0.018 0.039 0.124 0.165 0.504 33 Y 0.132 0.056 0.052 0.032 0.030 0.105 0.141 0.453 34 N 0.131 0.133 0.027 0.023 0.044 0.094 0.086 0.462 35 T 0.075 0.085 0.022 0.020 0.031 0.109 0.048 0.610 36 S 0.028 0.082 0.103 0.064 0.081 0.124 0.058 0.460 37 H 0.065 0.131 0.059 0.037 0.060 0.100 0.046 0.502 38 I 0.218 0.078 0.048 0.024 0.037 0.093 0.090 0.410 39 L 0.079 0.033 0.077 0.019 0.033 0.133 0.138 0.488 40 E 0.057 0.035 0.068 0.022 0.051 0.153 0.076 0.537 41 A 0.047 0.017 0.119 0.038 0.064 0.162 0.070 0.483 42 I 0.024 0.015 0.188 0.076 0.074 0.131 0.063 0.429 43 N 0.027 0.015 0.138 0.028 0.068 0.132 0.067 0.525 44 I 0.013 0.018 0.117 0.039 0.044 0.191 0.051 0.527 45 N 0.084 0.417 0.043 0.010 0.013 0.088 0.078 0.266 46 C 0.105 0.712 0.007 0.002 0.003 0.024 0.041 0.107 47 S 0.043 0.757 0.009 0.003 0.003 0.028 0.050 0.107 48 K 0.045 0.798 0.007 0.003 0.005 0.025 0.041 0.077 49 L 0.057 0.783 0.013 0.004 0.006 0.019 0.057 0.061 50 M 0.072 0.770 0.010 0.006 0.009 0.019 0.032 0.081 51 K 0.100 0.621 0.012 0.005 0.009 0.028 0.048 0.177 52 R 0.125 0.476 0.021 0.007 0.010 0.048 0.070 0.244 53 R 0.122 0.270 0.030 0.010 0.012 0.076 0.114 0.365 54 L 0.109 0.191 0.016 0.005 0.008 0.072 0.052 0.547 55 Q 0.087 0.149 0.010 0.004 0.005 0.068 0.046 0.631 56 Q 0.061 0.204 0.006 0.003 0.004 0.072 0.041 0.609 57 D 0.081 0.388 0.005 0.003 0.004 0.055 0.071 0.393 58 K 0.064 0.174 0.018 0.005 0.008 0.075 0.317 0.339 59 V 0.052 0.259 0.039 0.010 0.017 0.081 0.189 0.353 60 L 0.068 0.405 0.050 0.017 0.025 0.056 0.095 0.283 61 I 0.076 0.286 0.055 0.016 0.032 0.060 0.110 0.365 62 T 0.065 0.254 0.051 0.030 0.059 0.079 0.105 0.357 63 E 0.036 0.253 0.059 0.042 0.069 0.077 0.069 0.394 64 L 0.039 0.154 0.090 0.049 0.057 0.092 0.145 0.374 65 I 0.053 0.199 0.061 0.032 0.043 0.085 0.111 0.415 66 Q 0.116 0.371 0.022 0.013 0.018 0.056 0.069 0.336 67 H 0.124 0.301 0.021 0.010 0.013 0.062 0.095 0.374 68 S 0.104 0.373 0.015 0.008 0.010 0.061 0.072 0.358 69 A 0.123 0.316 0.014 0.009 0.016 0.062 0.073 0.388 70 K 0.076 0.218 0.028 0.015 0.022 0.080 0.102 0.460 71 H 0.082 0.278 0.018 0.023 0.035 0.076 0.051 0.437 72 K 0.082 0.168 0.032 0.025 0.040 0.079 0.091 0.482 73 V 0.066 0.183 0.030 0.033 0.048 0.090 0.068 0.482 74 D 0.116 0.078 0.039 0.031 0.045 0.088 0.157 0.445 75 I 0.083 0.032 0.038 0.023 0.032 0.109 0.094 0.587 76 D 0.226 0.023 0.025 0.021 0.032 0.106 0.069 0.497 77 C 0.071 0.015 0.020 0.012 0.025 0.118 0.057 0.682 78 S 0.026 0.011 0.038 0.016 0.036 0.181 0.055 0.638 79 Q 0.008 0.012 0.096 0.053 0.122 0.130 0.057 0.520 80 K 0.003 0.010 0.224 0.096 0.236 0.070 0.077 0.283 81 V 0.003 0.007 0.394 0.141 0.208 0.031 0.073 0.144 82 V 0.005 0.006 0.394 0.192 0.190 0.027 0.060 0.127 83 V 0.008 0.003 0.501 0.126 0.158 0.029 0.057 0.118 84 Y 0.022 0.003 0.404 0.079 0.120 0.053 0.073 0.246 85 D 0.126 0.011 0.161 0.041 0.046 0.117 0.103 0.396 86 Q 0.034 0.012 0.072 0.023 0.030 0.151 0.054 0.623 87 S 0.062 0.115 0.024 0.012 0.019 0.119 0.060 0.589 88 S 0.162 0.205 0.014 0.012 0.019 0.109 0.088 0.391 89 Q 0.054 0.153 0.023 0.038 0.036 0.116 0.186 0.395 90 D 0.141 0.306 0.012 0.015 0.034 0.082 0.148 0.263 91 V 0.195 0.100 0.026 0.014 0.018 0.066 0.380 0.202 92 A 0.059 0.063 0.044 0.024 0.041 0.123 0.218 0.427 93 S 0.043 0.074 0.031 0.016 0.028 0.119 0.093 0.595 94 L 0.109 0.174 0.045 0.016 0.016 0.108 0.084 0.447 95 S 0.161 0.451 0.008 0.007 0.007 0.060 0.082 0.225 96 S 0.053 0.511 0.003 0.002 0.005 0.050 0.047 0.330 97 D 0.030 0.328 0.013 0.007 0.010 0.056 0.398 0.157 98 C 0.014 0.754 0.011 0.006 0.011 0.030 0.104 0.069 99 F 0.008 0.918 0.004 0.003 0.007 0.006 0.018 0.035 100 L 0.010 0.890 0.008 0.006 0.009 0.006 0.039 0.032 101 T 0.020 0.768 0.020 0.010 0.017 0.012 0.111 0.042 102 V 0.024 0.813 0.021 0.011 0.014 0.011 0.059 0.047 103 L 0.043 0.811 0.015 0.010 0.014 0.014 0.026 0.067 104 L 0.046 0.702 0.016 0.008 0.011 0.023 0.045 0.150 105 G 0.070 0.624 0.015 0.010 0.016 0.033 0.054 0.179 106 K 0.131 0.143 0.060 0.017 0.020 0.075 0.294 0.259 107 L 0.313 0.059 0.031 0.014 0.018 0.075 0.119 0.373 108 E 0.260 0.010 0.008 0.005 0.009 0.067 0.045 0.597 109 K 0.018 0.003 0.008 0.003 0.005 0.109 0.020 0.833 110 S 0.024 0.008 0.018 0.007 0.017 0.148 0.040 0.739 111 F 0.044 0.008 0.020 0.015 0.018 0.138 0.045 0.712 112 N 0.007 0.019 0.145 0.048 0.064 0.132 0.064 0.522 113 S 0.005 0.021 0.295 0.024 0.136 0.060 0.096 0.362 114 V 0.005 0.021 0.469 0.081 0.108 0.047 0.045 0.224 115 H 0.004 0.006 0.783 0.056 0.061 0.010 0.041 0.038 116 L 0.010 0.015 0.400 0.065 0.073 0.034 0.185 0.218 117 L 0.045 0.066 0.394 0.051 0.095 0.056 0.082 0.211 118 A 0.071 0.115 0.127 0.039 0.040 0.102 0.125 0.381 119 G 0.022 0.254 0.076 0.049 0.058 0.095 0.114 0.332 120 G 0.019 0.759 0.012 0.008 0.013 0.033 0.036 0.120 121 F 0.074 0.629 0.011 0.005 0.007 0.022 0.193 0.060 122 A 0.032 0.689 0.007 0.003 0.005 0.022 0.180 0.062 123 E 0.039 0.714 0.013 0.005 0.008 0.028 0.097 0.096 124 F 0.135 0.513 0.038 0.006 0.009 0.023 0.175 0.102 125 S 0.250 0.294 0.012 0.008 0.011 0.045 0.111 0.269 126 R 0.020 0.089 0.016 0.008 0.011 0.102 0.033 0.720 127 C 0.029 0.190 0.019 0.009 0.015 0.091 0.029 0.618 128 F 0.342 0.200 0.008 0.010 0.011 0.046 0.143 0.239 129 P 0.081 0.091 0.010 0.008 0.011 0.083 0.056 0.660 130 G 0.051 0.021 0.040 0.033 0.048 0.094 0.067 0.645 131 L 0.154 0.005 0.055 0.020 0.032 0.087 0.074 0.572 132 C 0.376 0.001 0.017 0.021 0.019 0.072 0.032 0.462 133 E 0.019 0.001 0.004 0.003 0.009 0.057 0.008 0.900 134 G 0.037 0.001 0.009 0.005 0.008 0.125 0.019 0.796 135 K 0.011 0.001 0.042 0.033 0.068 0.109 0.020 0.716