# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.426 0.123 0.061 0.091 0.074 0.055 0.072 0.045 0.027 0.017 0.010 2 I 0.139 0.114 0.057 0.143 0.125 0.100 0.129 0.081 0.058 0.032 0.021 3 G 0.166 0.119 0.051 0.098 0.088 0.070 0.114 0.095 0.094 0.065 0.040 4 T 0.089 0.082 0.058 0.145 0.133 0.111 0.147 0.098 0.071 0.043 0.022 5 Q 0.151 0.166 0.155 0.227 0.122 0.068 0.050 0.029 0.017 0.010 0.005 6 I 0.039 0.030 0.028 0.071 0.102 0.126 0.187 0.162 0.119 0.085 0.051 7 V 0.022 0.075 0.050 0.099 0.103 0.099 0.159 0.140 0.121 0.090 0.042 8 T 0.031 0.028 0.052 0.094 0.123 0.145 0.209 0.121 0.104 0.063 0.031 9 E 0.282 0.107 0.263 0.179 0.080 0.035 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 10 R 0.020 0.041 0.078 0.161 0.161 0.146 0.206 0.098 0.051 0.026 0.010 11 L 0.001 0.003 0.007 0.009 0.017 0.038 0.104 0.131 0.241 0.271 0.177 12 V 0.016 0.035 0.207 0.205 0.195 0.139 0.117 0.048 0.023 0.012 0.004 13 A 0.017 0.037 0.508 0.194 0.101 0.062 0.047 0.020 0.008 0.004 0.002 14 L 0.005 0.007 0.025 0.032 0.048 0.124 0.226 0.154 0.172 0.144 0.063 15 L 0.010 0.012 0.020 0.029 0.042 0.086 0.216 0.167 0.192 0.159 0.067 16 E 0.036 0.102 0.388 0.215 0.119 0.063 0.042 0.018 0.009 0.005 0.002 17 S 0.127 0.128 0.203 0.142 0.118 0.094 0.101 0.046 0.021 0.013 0.007 18 G 0.310 0.289 0.051 0.093 0.060 0.052 0.067 0.038 0.020 0.013 0.006 19 T 0.357 0.191 0.038 0.108 0.078 0.064 0.066 0.044 0.027 0.018 0.010 20 E 0.404 0.168 0.086 0.145 0.078 0.044 0.037 0.020 0.009 0.005 0.002 21 K 0.052 0.101 0.091 0.217 0.169 0.144 0.132 0.052 0.025 0.012 0.006 22 V 0.001 0.003 0.007 0.010 0.017 0.046 0.092 0.108 0.240 0.262 0.213 23 L 0.002 0.008 0.017 0.049 0.082 0.160 0.226 0.144 0.153 0.104 0.055 24 L 0.001 0.002 0.013 0.014 0.020 0.032 0.070 0.105 0.214 0.289 0.239 25 I 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.039 0.079 0.111 0.227 0.279 0.238 26 D 0.005 0.008 0.013 0.041 0.079 0.070 0.153 0.224 0.180 0.139 0.088 27 S 0.003 0.005 0.012 0.016 0.027 0.040 0.088 0.127 0.215 0.238 0.228 28 R 0.013 0.018 0.023 0.067 0.122 0.125 0.216 0.172 0.122 0.075 0.047 29 P 0.150 0.190 0.116 0.171 0.087 0.077 0.091 0.049 0.038 0.022 0.009 30 F 0.075 0.061 0.049 0.131 0.140 0.138 0.190 0.099 0.062 0.033 0.022 31 V 0.234 0.114 0.096 0.134 0.096 0.084 0.107 0.062 0.037 0.024 0.012 32 E 0.055 0.119 0.135 0.218 0.154 0.115 0.105 0.048 0.026 0.016 0.009 33 Y 0.014 0.015 0.022 0.030 0.042 0.075 0.137 0.142 0.187 0.201 0.135 34 N 0.077 0.152 0.120 0.191 0.126 0.100 0.105 0.057 0.038 0.025 0.009 35 T 0.124 0.125 0.166 0.225 0.134 0.085 0.065 0.037 0.021 0.012 0.006 36 S 0.204 0.077 0.066 0.099 0.090 0.103 0.129 0.093 0.063 0.048 0.027 37 H 0.034 0.053 0.030 0.098 0.114 0.135 0.195 0.140 0.105 0.060 0.034 38 I 0.016 0.020 0.022 0.031 0.045 0.052 0.102 0.129 0.182 0.196 0.204 39 L 0.061 0.074 0.104 0.199 0.186 0.116 0.118 0.068 0.041 0.023 0.012 40 E 0.143 0.142 0.113 0.211 0.123 0.085 0.094 0.043 0.027 0.013 0.007 41 A 0.005 0.006 0.008 0.019 0.031 0.039 0.077 0.125 0.202 0.215 0.273 42 I 0.016 0.028 0.025 0.069 0.090 0.119 0.182 0.148 0.148 0.114 0.060 43 N 0.015 0.028 0.061 0.111 0.124 0.117 0.145 0.114 0.117 0.093 0.075 44 I 0.014 0.008 0.017 0.022 0.042 0.068 0.122 0.138 0.192 0.194 0.184 45 N 0.038 0.093 0.053 0.152 0.151 0.108 0.156 0.101 0.079 0.047 0.023 46 C 0.008 0.013 0.014 0.035 0.059 0.081 0.177 0.173 0.185 0.146 0.110 47 S 0.346 0.177 0.117 0.163 0.082 0.045 0.037 0.015 0.010 0.005 0.002 48 K 0.259 0.165 0.118 0.221 0.107 0.052 0.047 0.018 0.008 0.003 0.002 49 L 0.020 0.022 0.023 0.038 0.056 0.073 0.123 0.130 0.176 0.175 0.163 50 M 0.017 0.039 0.048 0.113 0.148 0.153 0.218 0.121 0.076 0.047 0.019 51 K 0.040 0.057 0.337 0.210 0.130 0.096 0.070 0.032 0.016 0.010 0.003 52 R 0.029 0.039 0.175 0.152 0.130 0.163 0.178 0.073 0.035 0.020 0.007 53 R 0.023 0.040 0.089 0.129 0.111 0.123 0.192 0.129 0.087 0.057 0.019 54 L 0.017 0.017 0.047 0.045 0.061 0.129 0.241 0.151 0.137 0.110 0.044 55 Q 0.046 0.176 0.425 0.206 0.083 0.030 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 56 Q 0.157 0.113 0.136 0.140 0.120 0.095 0.117 0.067 0.028 0.017 0.008 57 D 0.344 0.227 0.096 0.111 0.065 0.048 0.051 0.030 0.015 0.009 0.004 58 K 0.241 0.140 0.103 0.171 0.120 0.080 0.076 0.040 0.017 0.008 0.004 59 V 0.186 0.084 0.126 0.134 0.113 0.103 0.110 0.069 0.035 0.026 0.012 60 L 0.026 0.072 0.085 0.140 0.133 0.162 0.181 0.092 0.060 0.035 0.013 61 I 0.012 0.022 0.035 0.060 0.082 0.123 0.190 0.165 0.143 0.113 0.054 62 T 0.042 0.052 0.123 0.176 0.158 0.136 0.145 0.087 0.047 0.026 0.011 63 E 0.058 0.069 0.161 0.225 0.152 0.111 0.117 0.058 0.027 0.015 0.007 64 L 0.005 0.005 0.010 0.015 0.024 0.056 0.110 0.113 0.218 0.226 0.219 65 I 0.014 0.020 0.028 0.057 0.092 0.098 0.167 0.147 0.162 0.124 0.091 66 Q 0.031 0.050 0.127 0.135 0.142 0.124 0.154 0.093 0.071 0.047 0.025 67 H 0.077 0.086 0.138 0.175 0.148 0.116 0.132 0.063 0.035 0.018 0.010 68 S 0.203 0.135 0.082 0.152 0.107 0.088 0.109 0.063 0.033 0.018 0.009 69 A 0.165 0.123 0.078 0.154 0.117 0.092 0.111 0.075 0.043 0.027 0.014 70 K 0.105 0.087 0.090 0.154 0.135 0.119 0.133 0.083 0.047 0.033 0.014 71 H 0.068 0.087 0.132 0.155 0.118 0.131 0.136 0.077 0.050 0.033 0.013 72 K 0.062 0.112 0.150 0.207 0.149 0.108 0.095 0.057 0.031 0.019 0.009 73 V 0.035 0.027 0.042 0.064 0.077 0.115 0.175 0.149 0.139 0.111 0.068 74 D 0.083 0.113 0.122 0.192 0.151 0.098 0.102 0.065 0.038 0.025 0.012 75 I 0.031 0.025 0.046 0.074 0.093 0.141 0.185 0.133 0.123 0.092 0.057 76 D 0.146 0.116 0.095 0.156 0.130 0.095 0.109 0.065 0.043 0.028 0.017 77 C 0.029 0.038 0.032 0.074 0.087 0.117 0.189 0.137 0.132 0.098 0.067 78 S 0.085 0.083 0.052 0.131 0.140 0.107 0.136 0.100 0.073 0.055 0.039 79 Q 0.109 0.100 0.069 0.172 0.145 0.106 0.116 0.081 0.051 0.033 0.017 80 K 0.029 0.037 0.031 0.097 0.110 0.145 0.185 0.132 0.114 0.080 0.042 81 V 0.009 0.015 0.015 0.047 0.061 0.097 0.166 0.151 0.183 0.149 0.107 82 V 0.006 0.010 0.017 0.038 0.054 0.095 0.139 0.121 0.188 0.182 0.151 83 V 0.003 0.005 0.013 0.020 0.032 0.052 0.085 0.095 0.211 0.246 0.239 84 Y 0.005 0.007 0.011 0.031 0.056 0.091 0.157 0.141 0.208 0.176 0.118 85 D 0.026 0.036 0.040 0.095 0.107 0.123 0.186 0.128 0.124 0.083 0.053 86 Q 0.105 0.106 0.074 0.173 0.139 0.117 0.123 0.074 0.046 0.026 0.017 87 S 0.162 0.140 0.047 0.122 0.095 0.096 0.130 0.087 0.059 0.039 0.024 88 S 0.176 0.128 0.039 0.118 0.103 0.095 0.116 0.084 0.065 0.045 0.031 89 Q 0.362 0.157 0.061 0.127 0.091 0.061 0.057 0.038 0.022 0.014 0.009 90 D 0.131 0.134 0.077 0.174 0.124 0.104 0.104 0.064 0.044 0.029 0.015 91 V 0.018 0.021 0.017 0.048 0.065 0.110 0.171 0.152 0.168 0.135 0.093 92 A 0.114 0.102 0.103 0.187 0.155 0.102 0.103 0.066 0.037 0.021 0.010 93 S 0.068 0.074 0.116 0.189 0.149 0.121 0.119 0.072 0.046 0.030 0.016 94 L 0.020 0.024 0.021 0.041 0.051 0.080 0.143 0.132 0.176 0.174 0.139 95 S 0.116 0.155 0.060 0.159 0.142 0.098 0.110 0.070 0.046 0.029 0.015 96 S 0.318 0.162 0.098 0.160 0.093 0.055 0.050 0.031 0.018 0.010 0.006 97 D 0.265 0.112 0.059 0.145 0.114 0.087 0.097 0.054 0.033 0.021 0.013 98 C 0.032 0.038 0.023 0.066 0.079 0.109 0.171 0.148 0.148 0.114 0.072 99 F 0.016 0.032 0.030 0.092 0.124 0.154 0.173 0.132 0.115 0.084 0.048 100 L 0.008 0.011 0.023 0.038 0.055 0.097 0.173 0.154 0.188 0.157 0.096 101 T 0.019 0.034 0.067 0.155 0.165 0.141 0.167 0.104 0.076 0.045 0.028 102 V 0.006 0.006 0.015 0.026 0.042 0.061 0.121 0.136 0.200 0.204 0.183 103 L 0.004 0.010 0.019 0.042 0.067 0.092 0.150 0.136 0.188 0.172 0.118 104 L 0.008 0.012 0.029 0.056 0.088 0.134 0.215 0.143 0.151 0.106 0.059 105 G 0.073 0.073 0.175 0.200 0.146 0.103 0.109 0.055 0.034 0.019 0.012 106 K 0.032 0.046 0.071 0.123 0.124 0.137 0.195 0.111 0.080 0.051 0.029 107 L 0.021 0.024 0.026 0.045 0.056 0.083 0.162 0.145 0.173 0.158 0.107 108 E 0.081 0.146 0.155 0.215 0.147 0.092 0.079 0.041 0.023 0.014 0.007 109 K 0.151 0.136 0.175 0.177 0.120 0.085 0.072 0.041 0.022 0.015 0.008 110 S 0.166 0.170 0.073 0.138 0.110 0.096 0.112 0.064 0.037 0.023 0.012 111 F 0.089 0.071 0.035 0.088 0.092 0.108 0.151 0.125 0.108 0.084 0.050 112 N 0.184 0.131 0.089 0.162 0.122 0.095 0.093 0.060 0.034 0.021 0.010 113 S 0.090 0.148 0.101 0.246 0.153 0.093 0.086 0.043 0.022 0.012 0.005 114 V 0.006 0.004 0.006 0.012 0.020 0.043 0.085 0.109 0.215 0.252 0.247 115 H 0.021 0.043 0.049 0.157 0.177 0.170 0.165 0.098 0.063 0.038 0.019 116 L 0.004 0.010 0.026 0.045 0.060 0.088 0.131 0.134 0.188 0.186 0.128 117 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.037 0.082 0.090 0.229 0.259 0.278 118 A 0.055 0.067 0.064 0.195 0.198 0.127 0.134 0.073 0.048 0.024 0.014 119 G 0.126 0.049 0.064 0.118 0.122 0.118 0.157 0.104 0.066 0.047 0.030 120 G 0.016 0.043 0.023 0.068 0.084 0.111 0.183 0.136 0.145 0.120 0.071 121 F 0.003 0.004 0.004 0.014 0.028 0.066 0.147 0.151 0.224 0.209 0.152 122 A 0.192 0.131 0.259 0.221 0.106 0.042 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 123 E 0.044 0.059 0.099 0.208 0.182 0.150 0.152 0.061 0.026 0.012 0.007 124 F 0.002 0.003 0.004 0.006 0.009 0.016 0.044 0.072 0.209 0.298 0.337 125 S 0.021 0.032 0.043 0.119 0.181 0.174 0.211 0.103 0.061 0.039 0.017 126 R 0.051 0.086 0.525 0.196 0.073 0.034 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 127 C 0.033 0.039 0.046 0.091 0.112 0.187 0.245 0.117 0.071 0.040 0.019 128 F 0.011 0.019 0.011 0.023 0.028 0.049 0.129 0.162 0.220 0.204 0.144 129 P 0.158 0.134 0.150 0.210 0.148 0.078 0.061 0.032 0.016 0.008 0.004 130 G 0.365 0.145 0.173 0.157 0.074 0.034 0.029 0.013 0.005 0.003 0.001 131 L 0.060 0.038 0.029 0.068 0.086 0.102 0.184 0.151 0.132 0.086 0.063 132 C 0.052 0.047 0.025 0.060 0.077 0.083 0.161 0.157 0.147 0.109 0.082 133 E 0.074 0.146 0.172 0.206 0.152 0.085 0.077 0.043 0.024 0.014 0.007 134 G 0.292 0.223 0.133 0.146 0.082 0.043 0.043 0.020 0.010 0.005 0.002 135 K 0.557 0.171 0.044 0.098 0.049 0.026 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002