# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.013 0.005 0.087 0.033 0.057 0.023 0.002 0.001 0.003 0.750 2 I 0.015 0.008 0.003 0.065 0.053 0.104 0.037 0.001 0.001 0.002 0.712 3 G 0.033 0.016 0.006 0.149 0.081 0.181 0.070 0.001 0.001 0.006 0.458 4 T 0.029 0.020 0.002 0.092 0.080 0.113 0.088 0.001 0.001 0.002 0.573 5 Q 0.038 0.033 0.002 0.095 0.046 0.090 0.153 0.001 0.001 0.006 0.537 6 I 0.074 0.068 0.003 0.067 0.039 0.054 0.168 0.001 0.001 0.004 0.523 7 V 0.037 0.161 0.003 0.038 0.020 0.053 0.219 0.001 0.001 0.004 0.463 8 T 0.020 0.257 0.002 0.017 0.012 0.025 0.084 0.001 0.001 0.002 0.580 9 E 0.010 0.457 0.001 0.003 0.004 0.006 0.094 0.001 0.001 0.001 0.425 10 R 0.023 0.734 0.001 0.001 0.001 0.002 0.114 0.001 0.001 0.001 0.122 11 L 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 12 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 13 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 14 L 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 L 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 16 E 0.045 0.837 0.012 0.001 0.001 0.002 0.008 0.059 0.001 0.001 0.034 17 S 0.203 0.549 0.017 0.002 0.002 0.004 0.006 0.135 0.001 0.002 0.078 18 G 0.375 0.179 0.022 0.004 0.005 0.004 0.020 0.182 0.001 0.005 0.203 19 T 0.174 0.037 0.305 0.009 0.007 0.005 0.067 0.012 0.001 0.008 0.377 20 E 0.044 0.012 0.031 0.033 0.019 0.011 0.168 0.004 0.001 0.009 0.669 21 K 0.103 0.004 0.006 0.108 0.048 0.050 0.311 0.003 0.001 0.022 0.345 22 V 0.055 0.007 0.010 0.330 0.080 0.102 0.134 0.001 0.001 0.007 0.274 23 L 0.003 0.002 0.001 0.607 0.180 0.133 0.034 0.001 0.001 0.002 0.039 24 L 0.003 0.002 0.001 0.589 0.079 0.126 0.044 0.001 0.001 0.002 0.154 25 I 0.001 0.001 0.001 0.778 0.060 0.117 0.010 0.001 0.001 0.001 0.033 26 D 0.001 0.001 0.001 0.548 0.071 0.157 0.033 0.001 0.001 0.003 0.186 27 S 0.004 0.001 0.002 0.401 0.050 0.141 0.059 0.001 0.001 0.004 0.338 28 R 0.006 0.001 0.001 0.147 0.056 0.085 0.388 0.001 0.001 0.005 0.312 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 30 F 0.016 0.001 0.001 0.040 0.023 0.074 0.078 0.001 0.001 0.003 0.764 31 V 0.110 0.022 0.001 0.035 0.034 0.044 0.096 0.001 0.001 0.007 0.650 32 E 0.169 0.086 0.001 0.024 0.024 0.041 0.148 0.002 0.001 0.003 0.501 33 Y 0.222 0.332 0.005 0.030 0.048 0.082 0.039 0.003 0.001 0.005 0.235 34 N 0.108 0.363 0.003 0.020 0.044 0.062 0.060 0.012 0.001 0.005 0.322 35 T 0.146 0.245 0.046 0.026 0.022 0.045 0.074 0.014 0.001 0.007 0.374 36 S 0.148 0.199 0.019 0.044 0.040 0.048 0.133 0.012 0.001 0.010 0.348 37 H 0.196 0.074 0.025 0.037 0.028 0.047 0.139 0.012 0.001 0.018 0.425 38 I 0.094 0.137 0.044 0.082 0.056 0.112 0.066 0.005 0.001 0.006 0.399 39 L 0.026 0.120 0.012 0.091 0.086 0.112 0.085 0.003 0.001 0.005 0.460 40 E 0.059 0.108 0.004 0.123 0.052 0.082 0.152 0.009 0.001 0.007 0.404 41 A 0.251 0.173 0.004 0.083 0.039 0.086 0.050 0.005 0.001 0.006 0.301 42 I 0.100 0.182 0.011 0.274 0.117 0.129 0.038 0.005 0.001 0.006 0.138 43 N 0.050 0.097 0.011 0.133 0.076 0.125 0.033 0.010 0.001 0.006 0.458 44 I 0.048 0.060 0.058 0.319 0.074 0.183 0.052 0.003 0.001 0.004 0.199 45 N 0.009 0.013 0.002 0.040 0.019 0.037 0.182 0.003 0.001 0.003 0.692 46 C 0.020 0.015 0.012 0.034 0.010 0.031 0.072 0.001 0.001 0.007 0.799 47 S 0.007 0.027 0.001 0.012 0.006 0.007 0.311 0.001 0.001 0.002 0.628 48 K 0.071 0.031 0.002 0.008 0.002 0.004 0.494 0.001 0.001 0.009 0.379 49 L 0.098 0.664 0.001 0.009 0.005 0.006 0.079 0.001 0.001 0.002 0.135 50 M 0.026 0.871 0.003 0.004 0.005 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.063 51 K 0.030 0.881 0.003 0.004 0.003 0.004 0.015 0.003 0.001 0.001 0.057 52 R 0.042 0.894 0.003 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.042 53 R 0.047 0.883 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.046 54 L 0.049 0.812 0.013 0.002 0.004 0.006 0.011 0.018 0.001 0.001 0.084 55 Q 0.106 0.643 0.013 0.004 0.004 0.009 0.034 0.038 0.001 0.002 0.145 56 Q 0.204 0.476 0.024 0.006 0.005 0.008 0.028 0.034 0.001 0.003 0.213 57 D 0.125 0.318 0.024 0.006 0.007 0.011 0.044 0.027 0.001 0.004 0.434 58 K 0.129 0.149 0.070 0.011 0.006 0.010 0.055 0.009 0.001 0.006 0.555 59 V 0.086 0.170 0.023 0.019 0.015 0.021 0.183 0.007 0.001 0.005 0.471 60 L 0.117 0.183 0.017 0.031 0.022 0.042 0.118 0.005 0.001 0.008 0.457 61 I 0.071 0.401 0.011 0.035 0.030 0.054 0.052 0.004 0.001 0.003 0.338 62 T 0.058 0.464 0.009 0.043 0.057 0.075 0.049 0.005 0.001 0.003 0.237 63 E 0.082 0.529 0.006 0.035 0.032 0.041 0.044 0.006 0.001 0.003 0.221 64 L 0.112 0.540 0.008 0.043 0.049 0.069 0.022 0.005 0.001 0.002 0.151 65 I 0.063 0.517 0.013 0.050 0.057 0.089 0.032 0.009 0.001 0.003 0.166 66 Q 0.056 0.376 0.022 0.042 0.044 0.082 0.046 0.010 0.001 0.003 0.320 67 H 0.057 0.294 0.011 0.030 0.030 0.066 0.067 0.010 0.001 0.004 0.432 68 S 0.091 0.230 0.006 0.013 0.020 0.032 0.101 0.014 0.001 0.009 0.484 69 A 0.127 0.234 0.011 0.010 0.010 0.017 0.079 0.007 0.001 0.005 0.501 70 K 0.114 0.239 0.010 0.012 0.010 0.021 0.192 0.012 0.001 0.006 0.384 71 H 0.318 0.214 0.016 0.017 0.016 0.027 0.087 0.015 0.001 0.009 0.282 72 K 0.206 0.258 0.018 0.018 0.018 0.029 0.037 0.010 0.001 0.005 0.400 73 V 0.116 0.165 0.057 0.038 0.036 0.043 0.049 0.008 0.001 0.003 0.484 74 D 0.080 0.117 0.009 0.028 0.049 0.075 0.071 0.010 0.001 0.006 0.554 75 I 0.140 0.117 0.022 0.049 0.054 0.095 0.058 0.007 0.001 0.005 0.454 76 D 0.054 0.111 0.003 0.025 0.065 0.068 0.192 0.009 0.001 0.007 0.465 77 C 0.192 0.084 0.016 0.039 0.029 0.058 0.130 0.007 0.001 0.017 0.428 78 S 0.111 0.082 0.004 0.039 0.045 0.062 0.259 0.014 0.001 0.013 0.370 79 Q 0.420 0.018 0.037 0.044 0.046 0.046 0.113 0.003 0.001 0.032 0.240 80 K 0.085 0.029 0.014 0.124 0.076 0.073 0.163 0.003 0.001 0.009 0.424 81 V 0.020 0.008 0.006 0.173 0.267 0.329 0.044 0.001 0.001 0.005 0.147 82 V 0.007 0.009 0.001 0.259 0.254 0.295 0.034 0.001 0.001 0.002 0.137 83 V 0.005 0.005 0.001 0.192 0.246 0.415 0.019 0.001 0.001 0.001 0.116 84 Y 0.005 0.004 0.001 0.231 0.186 0.377 0.039 0.001 0.001 0.002 0.156 85 D 0.005 0.005 0.001 0.138 0.191 0.301 0.066 0.001 0.001 0.005 0.288 86 Q 0.015 0.004 0.004 0.093 0.048 0.097 0.203 0.001 0.001 0.013 0.523 87 S 0.030 0.002 0.002 0.024 0.015 0.027 0.545 0.001 0.001 0.021 0.332 88 S 0.153 0.004 0.006 0.019 0.008 0.016 0.153 0.001 0.001 0.036 0.605 89 Q 0.046 0.013 0.005 0.014 0.014 0.014 0.316 0.001 0.001 0.010 0.567 90 D 0.048 0.023 0.006 0.016 0.014 0.023 0.394 0.001 0.001 0.012 0.462 91 V 0.103 0.165 0.003 0.023 0.029 0.074 0.204 0.003 0.001 0.007 0.388 92 A 0.087 0.314 0.002 0.015 0.027 0.048 0.185 0.007 0.001 0.005 0.310 93 S 0.239 0.268 0.004 0.011 0.012 0.021 0.133 0.022 0.001 0.007 0.283 94 L 0.310 0.353 0.017 0.015 0.011 0.022 0.036 0.022 0.001 0.006 0.208 95 S 0.131 0.223 0.020 0.015 0.014 0.025 0.162 0.025 0.001 0.006 0.378 96 S 0.059 0.093 0.035 0.013 0.007 0.015 0.084 0.006 0.001 0.005 0.682 97 D 0.067 0.110 0.007 0.011 0.007 0.013 0.156 0.006 0.001 0.009 0.614 98 C 0.191 0.101 0.026 0.014 0.007 0.010 0.258 0.004 0.001 0.011 0.378 99 F 0.059 0.297 0.019 0.028 0.012 0.027 0.168 0.002 0.001 0.005 0.383 100 L 0.048 0.422 0.018 0.037 0.031 0.054 0.108 0.002 0.001 0.004 0.275 101 T 0.024 0.699 0.004 0.016 0.013 0.017 0.046 0.001 0.001 0.002 0.179 102 V 0.021 0.859 0.002 0.007 0.009 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.074 103 L 0.017 0.931 0.001 0.003 0.003 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.029 104 L 0.013 0.957 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 105 G 0.024 0.923 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.032 106 K 0.069 0.846 0.009 0.002 0.003 0.004 0.008 0.017 0.001 0.001 0.041 107 L 0.043 0.841 0.010 0.002 0.005 0.007 0.010 0.016 0.001 0.001 0.065 108 E 0.118 0.616 0.014 0.005 0.008 0.015 0.039 0.037 0.001 0.002 0.146 109 K 0.154 0.564 0.029 0.009 0.008 0.011 0.025 0.032 0.001 0.004 0.166 110 S 0.278 0.229 0.012 0.012 0.013 0.021 0.058 0.078 0.001 0.007 0.292 111 F 0.283 0.073 0.123 0.031 0.013 0.015 0.034 0.012 0.001 0.008 0.408 112 N 0.045 0.038 0.046 0.064 0.083 0.041 0.152 0.005 0.001 0.006 0.520 113 S 0.064 0.008 0.009 0.179 0.047 0.058 0.144 0.003 0.001 0.011 0.476 114 V 0.062 0.017 0.003 0.247 0.071 0.092 0.089 0.001 0.001 0.003 0.416 115 H 0.004 0.007 0.002 0.643 0.121 0.125 0.034 0.001 0.001 0.005 0.059 116 L 0.007 0.013 0.002 0.295 0.067 0.103 0.081 0.001 0.001 0.003 0.428 117 L 0.006 0.009 0.001 0.586 0.054 0.233 0.031 0.001 0.001 0.001 0.078 118 A 0.005 0.018 0.001 0.143 0.031 0.077 0.097 0.001 0.001 0.004 0.623 119 G 0.017 0.011 0.001 0.079 0.023 0.038 0.162 0.001 0.001 0.010 0.658 120 G 0.151 0.015 0.008 0.035 0.006 0.013 0.311 0.001 0.001 0.009 0.451 121 F 0.050 0.083 0.006 0.024 0.013 0.034 0.190 0.001 0.001 0.006 0.593 122 A 0.018 0.163 0.001 0.007 0.010 0.017 0.123 0.001 0.001 0.002 0.658 123 E 0.024 0.421 0.001 0.003 0.002 0.003 0.197 0.003 0.001 0.001 0.345 124 F 0.063 0.854 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.065 125 S 0.033 0.929 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.022 126 R 0.017 0.940 0.008 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.023 127 C 0.083 0.822 0.018 0.002 0.002 0.003 0.006 0.024 0.001 0.001 0.039 128 F 0.202 0.646 0.013 0.003 0.003 0.005 0.012 0.045 0.001 0.001 0.071 129 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 130 G 0.039 0.063 0.010 0.011 0.017 0.033 0.061 0.018 0.001 0.003 0.744 131 L 0.681 0.064 0.016 0.014 0.010 0.013 0.023 0.008 0.001 0.003 0.168 132 C 0.165 0.233 0.012 0.040 0.073 0.070 0.079 0.006 0.001 0.003 0.319 133 E 0.059 0.094 0.015 0.040 0.046 0.073 0.075 0.003 0.001 0.005 0.590 134 G 0.086 0.060 0.004 0.040 0.046 0.054 0.106 0.007 0.001 0.013 0.585 135 K 0.340 0.013 0.018 0.019 0.012 0.013 0.095 0.002 0.001 0.021 0.468