# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.036 0.044 0.028 0.038 0.067 0.007 0.707 2 I 0.055 0.039 0.081 0.056 0.113 0.084 0.007 0.565 3 G 0.064 0.047 0.076 0.051 0.090 0.094 0.008 0.570 4 T 0.055 0.053 0.037 0.029 0.046 0.095 0.007 0.677 5 Q 0.069 0.064 0.049 0.022 0.039 0.120 0.008 0.628 6 I 0.104 0.182 0.052 0.016 0.032 0.102 0.009 0.504 7 V 0.047 0.323 0.046 0.012 0.036 0.153 0.006 0.377 8 T 0.019 0.392 0.024 0.006 0.024 0.081 0.004 0.450 9 E 0.009 0.580 0.008 0.002 0.007 0.068 0.003 0.324 10 R 0.018 0.751 0.004 0.001 0.003 0.101 0.004 0.119 11 L 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.018 12 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 13 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 14 L 0.022 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 15 L 0.043 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 16 E 0.106 0.784 0.010 0.004 0.003 0.004 0.047 0.043 17 S 0.218 0.432 0.027 0.007 0.006 0.011 0.158 0.142 18 G 0.287 0.132 0.060 0.012 0.010 0.031 0.148 0.321 19 T 0.143 0.024 0.187 0.025 0.010 0.116 0.029 0.466 20 E 0.040 0.005 0.154 0.028 0.014 0.077 0.008 0.673 21 K 0.064 0.005 0.274 0.113 0.093 0.112 0.008 0.331 22 V 0.028 0.004 0.473 0.097 0.099 0.086 0.003 0.210 23 L 0.002 0.001 0.858 0.055 0.058 0.009 0.001 0.018 24 L 0.001 0.001 0.896 0.034 0.045 0.007 0.001 0.017 25 I 0.001 0.001 0.913 0.030 0.043 0.004 0.001 0.009 26 D 0.001 0.001 0.769 0.063 0.095 0.016 0.001 0.055 27 S 0.003 0.001 0.416 0.056 0.154 0.103 0.003 0.264 28 R 0.005 0.002 0.249 0.069 0.083 0.240 0.002 0.349 29 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.989 30 F 0.020 0.005 0.027 0.021 0.105 0.106 0.002 0.714 31 V 0.033 0.027 0.009 0.013 0.021 0.075 0.003 0.820 32 E 0.201 0.137 0.011 0.020 0.032 0.098 0.011 0.490 33 Y 0.374 0.355 0.015 0.024 0.038 0.028 0.007 0.160 34 N 0.129 0.540 0.013 0.033 0.041 0.051 0.011 0.183 35 T 0.111 0.375 0.024 0.019 0.056 0.050 0.038 0.326 36 S 0.270 0.197 0.034 0.017 0.022 0.142 0.087 0.231 37 H 0.406 0.060 0.057 0.022 0.019 0.109 0.071 0.256 38 I 0.063 0.120 0.229 0.071 0.070 0.159 0.010 0.279 39 L 0.021 0.084 0.147 0.067 0.103 0.088 0.005 0.486 40 E 0.039 0.094 0.097 0.051 0.114 0.142 0.011 0.452 41 A 0.139 0.113 0.198 0.048 0.105 0.070 0.019 0.307 42 I 0.084 0.090 0.332 0.126 0.119 0.074 0.017 0.159 43 N 0.056 0.046 0.196 0.071 0.108 0.062 0.023 0.439 44 I 0.074 0.026 0.279 0.079 0.105 0.082 0.012 0.343 45 N 0.009 0.013 0.048 0.018 0.030 0.339 0.004 0.539 46 C 0.023 0.013 0.073 0.010 0.063 0.099 0.005 0.715 47 S 0.004 0.010 0.005 0.002 0.004 0.437 0.002 0.535 48 K 0.069 0.025 0.005 0.002 0.005 0.528 0.013 0.352 49 L 0.049 0.721 0.002 0.002 0.003 0.077 0.002 0.145 50 M 0.016 0.874 0.002 0.002 0.006 0.046 0.001 0.052 51 K 0.015 0.927 0.002 0.001 0.004 0.010 0.003 0.039 52 R 0.035 0.924 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.023 53 R 0.045 0.899 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 0.034 54 L 0.044 0.822 0.015 0.004 0.004 0.013 0.020 0.079 55 Q 0.108 0.638 0.039 0.009 0.010 0.031 0.030 0.136 56 Q 0.152 0.424 0.040 0.011 0.012 0.055 0.037 0.269 57 D 0.099 0.268 0.031 0.010 0.012 0.055 0.023 0.501 58 K 0.070 0.134 0.034 0.008 0.012 0.062 0.016 0.663 59 V 0.101 0.150 0.058 0.019 0.019 0.254 0.017 0.381 60 L 0.102 0.139 0.059 0.031 0.034 0.204 0.015 0.416 61 I 0.047 0.320 0.057 0.040 0.076 0.070 0.007 0.382 62 T 0.028 0.385 0.065 0.046 0.080 0.082 0.008 0.307 63 E 0.063 0.446 0.042 0.041 0.059 0.075 0.017 0.257 64 L 0.076 0.578 0.036 0.037 0.055 0.032 0.014 0.173 65 I 0.052 0.473 0.062 0.059 0.095 0.047 0.013 0.200 66 Q 0.040 0.353 0.042 0.039 0.072 0.060 0.016 0.379 67 H 0.051 0.256 0.038 0.026 0.060 0.063 0.017 0.490 68 S 0.056 0.214 0.023 0.018 0.030 0.131 0.020 0.508 69 A 0.132 0.229 0.029 0.013 0.024 0.108 0.028 0.437 70 K 0.168 0.259 0.025 0.016 0.023 0.153 0.030 0.327 71 H 0.269 0.178 0.029 0.025 0.027 0.110 0.039 0.324 72 K 0.177 0.192 0.032 0.029 0.040 0.070 0.023 0.437 73 V 0.092 0.124 0.045 0.053 0.074 0.058 0.016 0.538 74 D 0.068 0.080 0.057 0.096 0.143 0.095 0.017 0.444 75 I 0.074 0.060 0.057 0.081 0.092 0.086 0.014 0.536 76 D 0.047 0.058 0.046 0.082 0.097 0.227 0.014 0.429 77 C 0.100 0.043 0.059 0.046 0.078 0.118 0.026 0.530 78 S 0.088 0.037 0.068 0.051 0.057 0.351 0.030 0.317 79 Q 0.250 0.012 0.063 0.062 0.053 0.111 0.054 0.395 80 K 0.094 0.016 0.141 0.101 0.110 0.150 0.015 0.374 81 V 0.020 0.004 0.254 0.176 0.178 0.121 0.004 0.243 82 V 0.005 0.001 0.343 0.218 0.304 0.037 0.001 0.091 83 V 0.002 0.001 0.303 0.204 0.339 0.019 0.001 0.132 84 Y 0.001 0.001 0.353 0.207 0.293 0.026 0.001 0.118 85 D 0.002 0.002 0.209 0.118 0.207 0.139 0.002 0.322 86 Q 0.007 0.002 0.116 0.033 0.081 0.216 0.006 0.539 87 S 0.016 0.002 0.028 0.011 0.023 0.601 0.014 0.304 88 S 0.140 0.005 0.033 0.010 0.026 0.167 0.028 0.590 89 Q 0.030 0.016 0.011 0.009 0.012 0.350 0.005 0.566 90 D 0.034 0.019 0.006 0.011 0.016 0.576 0.006 0.331 91 V 0.126 0.268 0.015 0.019 0.072 0.119 0.006 0.374 92 A 0.075 0.377 0.012 0.029 0.054 0.182 0.010 0.260 93 S 0.278 0.276 0.009 0.017 0.027 0.083 0.050 0.260 94 L 0.296 0.442 0.024 0.013 0.025 0.022 0.035 0.143 95 S 0.132 0.364 0.028 0.026 0.029 0.120 0.035 0.267 96 S 0.055 0.089 0.029 0.006 0.011 0.082 0.020 0.708 97 D 0.059 0.104 0.025 0.005 0.009 0.185 0.018 0.595 98 C 0.208 0.103 0.034 0.006 0.010 0.318 0.023 0.298 99 F 0.061 0.344 0.053 0.006 0.012 0.240 0.008 0.275 100 L 0.023 0.640 0.030 0.008 0.021 0.070 0.003 0.205 101 T 0.010 0.843 0.007 0.002 0.009 0.022 0.002 0.106 102 V 0.010 0.926 0.004 0.001 0.004 0.010 0.002 0.043 103 L 0.009 0.959 0.003 0.001 0.003 0.005 0.002 0.018 104 L 0.015 0.948 0.003 0.001 0.003 0.005 0.006 0.019 105 G 0.045 0.887 0.003 0.002 0.003 0.007 0.019 0.035 106 K 0.088 0.807 0.007 0.003 0.003 0.010 0.023 0.059 107 L 0.078 0.762 0.011 0.005 0.005 0.016 0.021 0.101 108 E 0.104 0.638 0.026 0.010 0.012 0.028 0.028 0.154 109 K 0.209 0.425 0.026 0.012 0.012 0.035 0.050 0.231 110 S 0.295 0.209 0.033 0.018 0.018 0.058 0.078 0.291 111 F 0.192 0.097 0.116 0.028 0.026 0.080 0.033 0.428 112 N 0.037 0.031 0.085 0.039 0.028 0.141 0.015 0.623 113 S 0.098 0.017 0.081 0.034 0.043 0.154 0.017 0.554 114 V 0.063 0.048 0.180 0.083 0.111 0.090 0.006 0.418 115 H 0.010 0.021 0.372 0.242 0.206 0.052 0.002 0.094 116 L 0.018 0.096 0.209 0.110 0.170 0.057 0.006 0.335 117 L 0.030 0.074 0.390 0.099 0.271 0.022 0.005 0.109 118 A 0.032 0.131 0.138 0.073 0.138 0.073 0.015 0.400 119 G 0.081 0.043 0.110 0.034 0.074 0.085 0.028 0.544 120 G 0.127 0.048 0.072 0.025 0.053 0.114 0.027 0.533 121 F 0.049 0.091 0.057 0.019 0.065 0.248 0.007 0.465 122 A 0.012 0.125 0.014 0.010 0.036 0.108 0.002 0.694 123 E 0.029 0.338 0.006 0.005 0.016 0.107 0.004 0.496 124 F 0.081 0.679 0.005 0.008 0.018 0.079 0.006 0.124 125 S 0.050 0.882 0.003 0.006 0.008 0.007 0.004 0.040 126 R 0.039 0.902 0.001 0.004 0.006 0.002 0.009 0.038 127 C 0.175 0.634 0.007 0.007 0.012 0.009 0.074 0.081 128 F 0.210 0.447 0.026 0.028 0.022 0.031 0.048 0.189 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 130 G 0.018 0.027 0.023 0.014 0.025 0.161 0.010 0.721 131 L 0.651 0.032 0.028 0.010 0.014 0.028 0.025 0.212 132 C 0.186 0.110 0.121 0.083 0.093 0.066 0.012 0.329 133 E 0.058 0.054 0.065 0.050 0.057 0.073 0.009 0.634 134 G 0.083 0.030 0.044 0.036 0.073 0.062 0.016 0.656 135 K 0.151 0.021 0.046 0.040 0.062 0.076 0.026 0.577