# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.325 0.225 0.056 0.160 0.049 0.033 0.010 0.036 0.009 0.001 2 I 0.106 0.441 0.320 0.054 0.026 0.032 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 3 G 0.156 0.178 0.227 0.046 0.212 0.050 0.034 0.035 0.020 0.042 0.001 4 T 0.335 0.266 0.203 0.075 0.069 0.028 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 5 Q 0.379 0.223 0.151 0.071 0.101 0.037 0.014 0.002 0.020 0.002 0.001 6 I 0.515 0.225 0.145 0.030 0.034 0.032 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 7 V 0.691 0.092 0.118 0.030 0.021 0.040 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 8 T 0.940 0.019 0.015 0.011 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 E 0.987 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.982 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.945 0.002 0.002 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.928 0.008 0.016 0.038 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 16 E 0.825 0.033 0.026 0.086 0.005 0.006 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 17 S 0.257 0.028 0.152 0.458 0.011 0.011 0.069 0.003 0.009 0.002 0.001 18 G 0.021 0.004 0.024 0.020 0.017 0.006 0.093 0.661 0.002 0.153 0.001 19 T 0.167 0.143 0.395 0.171 0.036 0.031 0.029 0.007 0.016 0.007 0.001 20 E 0.141 0.187 0.327 0.180 0.055 0.026 0.051 0.008 0.013 0.010 0.002 21 K 0.045 0.361 0.193 0.125 0.159 0.046 0.038 0.004 0.025 0.003 0.001 22 V 0.007 0.788 0.128 0.010 0.042 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 23 L 0.002 0.868 0.093 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 24 L 0.004 0.552 0.262 0.004 0.013 0.154 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 25 I 0.006 0.882 0.048 0.006 0.031 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 26 D 0.009 0.195 0.377 0.016 0.098 0.143 0.088 0.001 0.068 0.005 0.001 27 S 0.333 0.136 0.212 0.160 0.075 0.021 0.010 0.003 0.020 0.005 0.024 28 R 0.063 0.420 0.316 0.012 0.051 0.013 0.005 0.002 0.113 0.005 0.001 29 P 0.077 0.007 0.827 0.006 0.003 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 30 F 0.434 0.161 0.279 0.055 0.022 0.027 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 31 V 0.539 0.154 0.205 0.037 0.029 0.022 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 32 E 0.633 0.114 0.090 0.088 0.029 0.023 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 33 Y 0.545 0.143 0.087 0.122 0.048 0.017 0.009 0.002 0.026 0.002 0.001 34 N 0.428 0.120 0.183 0.120 0.042 0.042 0.032 0.003 0.025 0.004 0.001 35 T 0.630 0.071 0.070 0.161 0.023 0.010 0.020 0.003 0.008 0.003 0.001 36 S 0.525 0.051 0.085 0.178 0.067 0.015 0.036 0.017 0.011 0.015 0.001 37 H 0.340 0.153 0.134 0.229 0.060 0.027 0.022 0.006 0.023 0.006 0.001 38 I 0.418 0.161 0.255 0.060 0.020 0.042 0.011 0.001 0.030 0.002 0.001 39 L 0.550 0.063 0.231 0.107 0.009 0.018 0.010 0.001 0.009 0.001 0.003 40 E 0.323 0.041 0.115 0.171 0.074 0.031 0.110 0.085 0.012 0.038 0.001 41 A 0.249 0.176 0.229 0.167 0.069 0.030 0.036 0.012 0.026 0.005 0.001 42 I 0.222 0.404 0.169 0.124 0.025 0.020 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 43 N 0.102 0.209 0.258 0.127 0.096 0.113 0.054 0.005 0.030 0.004 0.001 44 I 0.103 0.548 0.159 0.082 0.040 0.033 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 45 N 0.057 0.121 0.430 0.070 0.042 0.207 0.026 0.001 0.039 0.005 0.002 46 C 0.459 0.081 0.241 0.065 0.038 0.042 0.009 0.002 0.050 0.009 0.004 47 S 0.937 0.003 0.030 0.021 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.906 0.006 0.019 0.041 0.005 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 49 L 0.939 0.012 0.014 0.028 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 M 0.961 0.011 0.008 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.954 0.007 0.005 0.028 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 R 0.906 0.011 0.012 0.057 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 53 R 0.860 0.020 0.034 0.064 0.005 0.004 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 54 L 0.790 0.025 0.055 0.101 0.005 0.009 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 55 Q 0.614 0.056 0.076 0.198 0.009 0.016 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 56 Q 0.506 0.068 0.125 0.196 0.018 0.024 0.042 0.004 0.014 0.003 0.001 57 D 0.368 0.058 0.159 0.245 0.024 0.037 0.079 0.007 0.015 0.006 0.001 58 K 0.521 0.067 0.180 0.130 0.023 0.025 0.031 0.006 0.012 0.004 0.001 59 V 0.456 0.151 0.265 0.052 0.021 0.025 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 60 L 0.410 0.125 0.350 0.039 0.014 0.044 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 61 I 0.568 0.179 0.158 0.042 0.017 0.021 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 62 T 0.569 0.230 0.079 0.045 0.050 0.009 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 63 E 0.505 0.222 0.093 0.056 0.076 0.016 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 64 L 0.412 0.249 0.175 0.063 0.043 0.029 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 65 I 0.363 0.308 0.202 0.046 0.024 0.030 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 66 Q 0.423 0.150 0.251 0.067 0.027 0.051 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 67 H 0.645 0.065 0.103 0.110 0.023 0.020 0.016 0.002 0.013 0.002 0.001 68 S 0.661 0.035 0.080 0.135 0.025 0.017 0.027 0.004 0.010 0.005 0.001 69 A 0.720 0.034 0.068 0.115 0.012 0.014 0.024 0.003 0.007 0.002 0.001 70 K 0.651 0.048 0.073 0.169 0.010 0.012 0.025 0.003 0.007 0.002 0.001 71 H 0.508 0.082 0.102 0.205 0.021 0.017 0.044 0.005 0.013 0.002 0.001 72 K 0.378 0.130 0.204 0.138 0.037 0.029 0.052 0.004 0.025 0.002 0.001 73 V 0.349 0.286 0.195 0.092 0.024 0.020 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 74 D 0.179 0.178 0.363 0.092 0.051 0.079 0.018 0.002 0.034 0.002 0.001 75 I 0.366 0.289 0.188 0.083 0.027 0.019 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 76 D 0.294 0.146 0.233 0.131 0.059 0.063 0.037 0.004 0.028 0.006 0.001 77 C 0.384 0.128 0.129 0.204 0.050 0.025 0.036 0.012 0.023 0.008 0.002 78 S 0.237 0.131 0.166 0.254 0.057 0.024 0.084 0.019 0.018 0.009 0.001 79 Q 0.138 0.250 0.249 0.141 0.091 0.026 0.066 0.011 0.021 0.006 0.001 80 K 0.059 0.502 0.256 0.048 0.076 0.026 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 81 V 0.015 0.812 0.110 0.007 0.032 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 V 0.011 0.656 0.231 0.004 0.019 0.071 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 83 V 0.025 0.718 0.146 0.011 0.025 0.050 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 84 Y 0.055 0.497 0.162 0.037 0.126 0.054 0.011 0.001 0.054 0.002 0.001 85 D 0.112 0.191 0.243 0.117 0.085 0.107 0.074 0.004 0.058 0.008 0.002 86 Q 0.300 0.133 0.148 0.255 0.060 0.027 0.035 0.009 0.020 0.012 0.002 87 S 0.203 0.115 0.197 0.184 0.078 0.063 0.068 0.017 0.044 0.029 0.001 88 S 0.573 0.053 0.188 0.105 0.019 0.023 0.014 0.002 0.013 0.004 0.004 89 Q 0.769 0.033 0.086 0.074 0.010 0.011 0.008 0.002 0.005 0.002 0.001 90 D 0.632 0.050 0.112 0.118 0.022 0.032 0.018 0.003 0.012 0.002 0.001 91 V 0.761 0.073 0.067 0.069 0.010 0.007 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 92 A 0.776 0.063 0.055 0.062 0.015 0.009 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 93 S 0.561 0.072 0.093 0.168 0.036 0.021 0.023 0.002 0.022 0.002 0.001 94 L 0.485 0.094 0.152 0.187 0.022 0.019 0.018 0.002 0.018 0.002 0.001 95 S 0.337 0.093 0.236 0.148 0.038 0.054 0.047 0.005 0.034 0.009 0.001 96 S 0.749 0.018 0.089 0.093 0.010 0.015 0.015 0.002 0.004 0.004 0.001 97 D 0.782 0.010 0.043 0.098 0.010 0.022 0.023 0.007 0.002 0.003 0.001 98 C 0.894 0.016 0.020 0.052 0.004 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 99 F 0.968 0.009 0.008 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.987 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.992 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.989 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.988 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.955 0.003 0.004 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.890 0.002 0.008 0.050 0.007 0.002 0.018 0.017 0.001 0.005 0.001 106 K 0.777 0.015 0.030 0.158 0.004 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 107 L 0.804 0.022 0.060 0.082 0.005 0.008 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 108 E 0.729 0.034 0.055 0.125 0.010 0.014 0.022 0.001 0.007 0.001 0.001 109 K 0.499 0.050 0.099 0.261 0.022 0.017 0.033 0.004 0.012 0.003 0.001 110 S 0.279 0.079 0.132 0.304 0.038 0.027 0.081 0.027 0.018 0.014 0.001 111 F 0.174 0.137 0.214 0.243 0.037 0.034 0.105 0.017 0.029 0.009 0.001 112 N 0.137 0.209 0.295 0.163 0.062 0.027 0.068 0.010 0.018 0.010 0.002 113 S 0.074 0.287 0.277 0.125 0.112 0.054 0.038 0.005 0.022 0.003 0.002 114 V 0.026 0.729 0.148 0.021 0.047 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 115 H 0.012 0.816 0.109 0.004 0.027 0.024 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 116 L 0.016 0.626 0.249 0.004 0.015 0.076 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 117 L 0.049 0.552 0.239 0.017 0.046 0.049 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 118 A 0.068 0.360 0.297 0.053 0.090 0.037 0.041 0.002 0.049 0.003 0.001 119 G 0.050 0.025 0.097 0.027 0.125 0.010 0.114 0.235 0.004 0.313 0.001 120 G 0.177 0.024 0.125 0.044 0.135 0.029 0.041 0.157 0.005 0.262 0.001 121 F 0.836 0.042 0.069 0.030 0.010 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 122 A 0.967 0.007 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.973 0.004 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.961 0.010 0.005 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 S 0.969 0.008 0.005 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.959 0.004 0.003 0.021 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 127 C 0.691 0.012 0.017 0.270 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 128 F 0.199 0.077 0.222 0.031 0.020 0.013 0.013 0.001 0.421 0.005 0.001 129 P 0.833 0.001 0.127 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 130 G 0.528 0.007 0.030 0.140 0.020 0.012 0.046 0.193 0.002 0.022 0.001 131 L 0.506 0.071 0.164 0.205 0.021 0.016 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 132 C 0.295 0.232 0.226 0.123 0.027 0.028 0.017 0.002 0.046 0.004 0.001 133 E 0.252 0.112 0.326 0.156 0.029 0.031 0.063 0.002 0.018 0.006 0.003 134 G 0.038 0.009 0.040 0.052 0.054 0.009 0.077 0.436 0.003 0.281 0.001 135 K 0.134 0.129 0.293 0.192 0.098 0.030 0.051 0.028 0.021 0.022 0.001