# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.245 0.110 0.029 0.010 0.358 0.014 0.024 0.064 0.030 0.053 0.063 2 I 0.163 0.165 0.049 0.022 0.305 0.029 0.040 0.072 0.029 0.060 0.066 3 G 0.177 0.150 0.063 0.036 0.253 0.027 0.026 0.088 0.041 0.070 0.068 4 T 0.076 0.194 0.077 0.024 0.192 0.029 0.042 0.203 0.092 0.045 0.027 5 Q 0.150 0.099 0.023 0.005 0.245 0.008 0.023 0.261 0.072 0.073 0.040 6 I 0.100 0.196 0.023 0.003 0.215 0.007 0.015 0.315 0.051 0.047 0.028 7 V 0.039 0.115 0.020 0.005 0.077 0.006 0.011 0.612 0.068 0.025 0.020 8 T 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.905 0.073 0.003 0.002 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.002 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.007 0.007 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.002 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.035 0.003 0.001 14 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.907 0.065 0.017 0.001 15 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.786 0.177 0.011 0.002 16 E 0.010 0.005 0.005 0.003 0.006 0.007 0.160 0.589 0.151 0.059 0.005 17 S 0.013 0.406 0.182 0.036 0.040 0.039 0.116 0.084 0.034 0.042 0.007 18 G 0.066 0.017 0.029 0.036 0.038 0.014 0.013 0.029 0.037 0.499 0.220 19 T 0.172 0.145 0.064 0.012 0.300 0.010 0.027 0.052 0.083 0.072 0.062 20 E 0.083 0.153 0.063 0.047 0.136 0.092 0.208 0.058 0.048 0.058 0.053 21 K 0.141 0.246 0.071 0.025 0.301 0.027 0.051 0.020 0.015 0.053 0.050 22 V 0.192 0.051 0.002 0.001 0.750 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.159 0.024 0.001 0.001 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 L 0.422 0.018 0.001 0.001 0.509 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 25 I 0.218 0.154 0.027 0.020 0.398 0.032 0.015 0.006 0.006 0.022 0.102 26 D 0.230 0.149 0.052 0.007 0.455 0.005 0.006 0.005 0.005 0.031 0.055 27 S 0.168 0.199 0.057 0.013 0.265 0.014 0.019 0.025 0.056 0.103 0.081 28 R 0.029 0.514 0.253 0.021 0.117 0.013 0.014 0.013 0.008 0.010 0.008 29 P 0.055 0.364 0.116 0.011 0.124 0.009 0.022 0.151 0.105 0.022 0.021 30 F 0.064 0.052 0.013 0.004 0.077 0.007 0.023 0.381 0.278 0.077 0.025 31 V 0.043 0.102 0.019 0.005 0.100 0.013 0.028 0.482 0.135 0.056 0.017 32 E 0.089 0.045 0.011 0.004 0.098 0.008 0.033 0.464 0.095 0.115 0.039 33 Y 0.049 0.118 0.030 0.008 0.096 0.012 0.028 0.482 0.090 0.063 0.024 34 N 0.064 0.047 0.025 0.018 0.075 0.026 0.053 0.438 0.116 0.095 0.044 35 T 0.056 0.059 0.027 0.013 0.067 0.013 0.026 0.458 0.166 0.081 0.035 36 S 0.030 0.080 0.036 0.019 0.058 0.028 0.071 0.495 0.113 0.050 0.020 37 H 0.105 0.090 0.041 0.007 0.116 0.009 0.041 0.309 0.078 0.154 0.050 38 I 0.166 0.070 0.015 0.008 0.139 0.011 0.021 0.307 0.101 0.088 0.075 39 L 0.018 0.088 0.035 0.083 0.040 0.141 0.265 0.251 0.054 0.014 0.010 40 E 0.055 0.025 0.035 0.069 0.044 0.038 0.042 0.162 0.095 0.303 0.132 41 A 0.210 0.125 0.019 0.003 0.287 0.005 0.028 0.132 0.089 0.062 0.040 42 I 0.112 0.169 0.032 0.015 0.366 0.034 0.061 0.119 0.039 0.023 0.029 43 N 0.325 0.046 0.011 0.006 0.339 0.010 0.020 0.059 0.028 0.069 0.087 44 I 0.058 0.259 0.140 0.035 0.184 0.041 0.050 0.104 0.039 0.052 0.038 45 N 0.112 0.194 0.141 0.031 0.190 0.018 0.042 0.100 0.033 0.080 0.060 46 C 0.052 0.185 0.069 0.010 0.092 0.008 0.014 0.318 0.164 0.057 0.031 47 S 0.005 0.034 0.015 0.007 0.013 0.013 0.031 0.680 0.179 0.018 0.005 48 K 0.010 0.019 0.005 0.001 0.013 0.002 0.011 0.735 0.149 0.050 0.005 49 L 0.006 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.813 0.121 0.031 0.003 50 M 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.832 0.122 0.015 0.003 51 K 0.007 0.007 0.002 0.001 0.007 0.002 0.024 0.812 0.107 0.029 0.003 52 R 0.014 0.054 0.016 0.002 0.026 0.004 0.027 0.675 0.115 0.060 0.007 53 R 0.027 0.034 0.012 0.002 0.036 0.004 0.025 0.554 0.219 0.072 0.015 54 L 0.023 0.033 0.010 0.002 0.032 0.005 0.047 0.551 0.218 0.066 0.013 55 Q 0.041 0.045 0.027 0.007 0.051 0.011 0.104 0.422 0.120 0.147 0.025 56 Q 0.051 0.167 0.087 0.024 0.098 0.027 0.049 0.261 0.088 0.117 0.031 57 D 0.064 0.148 0.090 0.024 0.116 0.020 0.032 0.266 0.106 0.098 0.037 58 K 0.037 0.053 0.025 0.009 0.055 0.011 0.027 0.425 0.221 0.105 0.031 59 V 0.070 0.122 0.027 0.005 0.139 0.010 0.034 0.397 0.094 0.076 0.025 60 L 0.095 0.114 0.021 0.005 0.157 0.009 0.027 0.389 0.090 0.058 0.035 61 I 0.121 0.051 0.009 0.004 0.134 0.009 0.031 0.430 0.117 0.056 0.038 62 T 0.063 0.088 0.022 0.008 0.129 0.020 0.041 0.456 0.119 0.033 0.019 63 E 0.097 0.081 0.017 0.003 0.161 0.008 0.039 0.411 0.093 0.061 0.028 64 L 0.148 0.121 0.016 0.002 0.237 0.005 0.027 0.271 0.070 0.068 0.034 65 I 0.107 0.201 0.047 0.010 0.227 0.017 0.036 0.224 0.047 0.045 0.040 66 Q 0.097 0.129 0.052 0.017 0.137 0.020 0.039 0.330 0.075 0.066 0.038 67 H 0.032 0.118 0.054 0.025 0.064 0.027 0.061 0.382 0.136 0.080 0.021 68 S 0.034 0.066 0.048 0.022 0.054 0.016 0.035 0.365 0.202 0.130 0.029 69 A 0.027 0.038 0.014 0.005 0.039 0.007 0.040 0.460 0.264 0.086 0.020 70 K 0.040 0.067 0.026 0.012 0.056 0.019 0.091 0.390 0.156 0.116 0.027 71 H 0.069 0.168 0.067 0.019 0.125 0.022 0.042 0.243 0.085 0.116 0.045 72 K 0.151 0.092 0.034 0.011 0.191 0.013 0.028 0.231 0.083 0.109 0.058 73 V 0.101 0.190 0.052 0.013 0.215 0.019 0.037 0.215 0.068 0.058 0.032 74 D 0.185 0.108 0.044 0.015 0.241 0.015 0.031 0.137 0.058 0.097 0.069 75 I 0.122 0.167 0.055 0.015 0.190 0.023 0.041 0.187 0.098 0.067 0.037 76 D 0.129 0.102 0.064 0.036 0.157 0.036 0.071 0.160 0.088 0.102 0.054 77 C 0.124 0.115 0.058 0.022 0.172 0.023 0.050 0.137 0.117 0.128 0.053 78 S 0.106 0.126 0.066 0.042 0.188 0.044 0.073 0.082 0.061 0.142 0.072 79 Q 0.143 0.250 0.088 0.024 0.274 0.023 0.037 0.033 0.024 0.057 0.047 80 K 0.203 0.166 0.016 0.004 0.560 0.006 0.011 0.008 0.005 0.009 0.013 81 V 0.216 0.052 0.002 0.001 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 V 0.269 0.035 0.002 0.001 0.678 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 83 V 0.324 0.080 0.013 0.004 0.455 0.005 0.004 0.005 0.003 0.011 0.098 84 Y 0.222 0.133 0.037 0.027 0.307 0.027 0.022 0.024 0.018 0.066 0.117 85 D 0.172 0.155 0.084 0.026 0.273 0.015 0.022 0.051 0.043 0.093 0.066 86 Q 0.049 0.113 0.065 0.053 0.084 0.053 0.083 0.185 0.149 0.127 0.041 87 S 0.076 0.277 0.146 0.030 0.167 0.022 0.033 0.080 0.039 0.096 0.034 88 S 0.090 0.140 0.065 0.016 0.131 0.013 0.018 0.243 0.150 0.081 0.052 89 Q 0.023 0.078 0.032 0.014 0.047 0.024 0.050 0.494 0.171 0.052 0.015 90 D 0.080 0.090 0.032 0.007 0.111 0.009 0.032 0.375 0.111 0.123 0.031 91 V 0.047 0.046 0.013 0.003 0.061 0.007 0.021 0.488 0.218 0.073 0.023 92 A 0.025 0.049 0.019 0.013 0.047 0.025 0.072 0.492 0.185 0.055 0.017 93 S 0.073 0.061 0.036 0.009 0.089 0.010 0.052 0.371 0.117 0.148 0.035 94 L 0.056 0.141 0.059 0.010 0.099 0.015 0.049 0.304 0.087 0.145 0.036 95 S 0.066 0.184 0.114 0.036 0.114 0.025 0.032 0.244 0.072 0.076 0.038 96 S 0.019 0.045 0.024 0.016 0.028 0.016 0.035 0.561 0.181 0.058 0.016 97 D 0.013 0.020 0.015 0.011 0.018 0.009 0.023 0.633 0.149 0.092 0.016 98 C 0.017 0.037 0.010 0.002 0.028 0.003 0.009 0.750 0.093 0.041 0.011 99 F 0.010 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.005 0.880 0.051 0.019 0.006 100 L 0.009 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.907 0.052 0.006 0.003 101 T 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.948 0.033 0.004 0.001 102 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.969 0.018 0.006 0.001 103 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.942 0.036 0.010 0.001 104 L 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.918 0.049 0.008 0.001 105 G 0.004 0.007 0.005 0.003 0.005 0.004 0.014 0.789 0.135 0.030 0.004 106 K 0.008 0.016 0.004 0.001 0.011 0.001 0.010 0.768 0.130 0.047 0.003 107 L 0.009 0.016 0.004 0.001 0.010 0.002 0.033 0.698 0.187 0.034 0.005 108 E 0.020 0.019 0.012 0.009 0.019 0.018 0.135 0.507 0.193 0.056 0.013 109 K 0.032 0.148 0.081 0.032 0.051 0.041 0.140 0.258 0.102 0.094 0.021 110 S 0.078 0.054 0.058 0.041 0.076 0.022 0.040 0.076 0.060 0.383 0.112 111 F 0.151 0.143 0.074 0.029 0.235 0.017 0.028 0.075 0.061 0.117 0.070 112 N 0.056 0.171 0.112 0.083 0.121 0.084 0.093 0.109 0.053 0.079 0.038 113 S 0.209 0.172 0.052 0.013 0.337 0.012 0.027 0.038 0.025 0.061 0.053 114 V 0.303 0.062 0.005 0.001 0.597 0.002 0.005 0.006 0.005 0.003 0.011 115 H 0.159 0.086 0.007 0.001 0.727 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.009 116 L 0.359 0.063 0.006 0.001 0.487 0.002 0.003 0.008 0.002 0.010 0.061 117 L 0.219 0.144 0.053 0.030 0.273 0.032 0.024 0.033 0.013 0.041 0.138 118 A 0.063 0.079 0.056 0.221 0.066 0.127 0.098 0.114 0.041 0.069 0.067 119 G 0.018 0.079 0.105 0.291 0.030 0.082 0.056 0.123 0.046 0.141 0.028 120 G 0.038 0.164 0.107 0.035 0.079 0.015 0.022 0.200 0.127 0.169 0.043 121 F 0.016 0.020 0.005 0.002 0.017 0.002 0.006 0.649 0.244 0.023 0.014 122 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.881 0.090 0.003 0.001 123 E 0.005 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.908 0.035 0.034 0.002 124 F 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.887 0.066 0.028 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.762 0.215 0.006 0.001 126 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.780 0.161 0.011 0.001 127 C 0.009 0.050 0.043 0.003 0.017 0.005 0.163 0.441 0.088 0.168 0.011 128 F 0.099 0.220 0.128 0.011 0.135 0.012 0.014 0.155 0.058 0.114 0.054 129 P 0.020 0.160 0.049 0.014 0.041 0.022 0.073 0.371 0.200 0.033 0.017 130 G 0.020 0.031 0.028 0.017 0.031 0.012 0.069 0.290 0.297 0.169 0.035 131 L 0.103 0.152 0.035 0.002 0.173 0.004 0.050 0.215 0.084 0.146 0.036 132 C 0.076 0.210 0.218 0.053 0.127 0.035 0.039 0.109 0.032 0.052 0.050 133 E 0.041 0.126 0.075 0.163 0.058 0.145 0.164 0.119 0.052 0.037 0.021 134 G 0.035 0.069 0.109 0.210 0.050 0.050 0.032 0.064 0.049 0.277 0.056 135 K 0.051 0.106 0.097 0.076 0.095 0.033 0.036 0.091 0.123 0.221 0.070