# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.530 0.201 0.108 0.084 0.053 0.021 0.003 2 I 0.397 0.226 0.157 0.124 0.063 0.029 0.005 3 G 0.380 0.206 0.168 0.133 0.070 0.036 0.007 4 T 0.362 0.230 0.184 0.138 0.057 0.026 0.004 5 Q 0.476 0.273 0.127 0.074 0.034 0.014 0.002 6 I 0.167 0.127 0.157 0.218 0.195 0.113 0.024 7 V 0.152 0.143 0.146 0.177 0.191 0.157 0.035 8 T 0.157 0.193 0.228 0.226 0.129 0.057 0.009 9 E 0.312 0.335 0.188 0.104 0.045 0.015 0.002 10 R 0.113 0.198 0.225 0.244 0.150 0.063 0.008 11 L 0.056 0.069 0.111 0.215 0.320 0.206 0.023 12 V 0.128 0.261 0.276 0.204 0.098 0.031 0.002 13 A 0.204 0.307 0.240 0.156 0.072 0.020 0.001 14 L 0.079 0.138 0.226 0.291 0.200 0.063 0.002 15 L 0.088 0.148 0.267 0.267 0.186 0.043 0.001 16 E 0.355 0.373 0.176 0.072 0.021 0.003 0.001 17 S 0.518 0.329 0.097 0.042 0.013 0.002 0.001 18 G 0.451 0.301 0.144 0.075 0.025 0.004 0.001 19 T 0.403 0.340 0.158 0.071 0.023 0.004 0.001 20 E 0.206 0.343 0.248 0.148 0.046 0.009 0.001 21 K 0.028 0.123 0.288 0.344 0.165 0.048 0.003 22 V 0.002 0.005 0.013 0.037 0.237 0.588 0.119 23 L 0.001 0.004 0.012 0.041 0.127 0.461 0.354 24 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.254 0.710 25 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.194 0.779 26 D 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.210 0.750 27 S 0.001 0.003 0.007 0.021 0.069 0.349 0.549 28 R 0.009 0.034 0.078 0.165 0.281 0.314 0.120 29 P 0.040 0.115 0.145 0.199 0.262 0.211 0.028 30 F 0.055 0.144 0.233 0.236 0.224 0.100 0.007 31 V 0.212 0.343 0.189 0.141 0.088 0.026 0.001 32 E 0.187 0.310 0.221 0.158 0.098 0.025 0.001 33 Y 0.081 0.093 0.160 0.308 0.267 0.085 0.005 34 N 0.411 0.376 0.141 0.051 0.018 0.004 0.001 35 T 0.337 0.317 0.217 0.107 0.017 0.004 0.001 36 S 0.269 0.268 0.189 0.157 0.089 0.027 0.002 37 H 0.043 0.090 0.159 0.295 0.252 0.142 0.018 38 I 0.037 0.049 0.070 0.128 0.261 0.344 0.111 39 L 0.066 0.149 0.239 0.252 0.172 0.102 0.021 40 E 0.074 0.161 0.215 0.239 0.162 0.107 0.041 41 A 0.020 0.026 0.051 0.110 0.204 0.373 0.217 42 I 0.018 0.033 0.047 0.086 0.211 0.394 0.211 43 N 0.047 0.105 0.143 0.186 0.201 0.209 0.109 44 I 0.037 0.054 0.083 0.164 0.235 0.301 0.125 45 N 0.085 0.148 0.179 0.208 0.196 0.145 0.039 46 C 0.064 0.089 0.134 0.204 0.261 0.205 0.043 47 S 0.277 0.335 0.188 0.115 0.062 0.021 0.002 48 K 0.279 0.351 0.192 0.115 0.045 0.017 0.002 49 L 0.073 0.090 0.157 0.259 0.281 0.127 0.014 50 M 0.093 0.162 0.225 0.251 0.192 0.072 0.005 51 K 0.221 0.296 0.243 0.152 0.067 0.020 0.001 52 R 0.221 0.273 0.218 0.174 0.092 0.022 0.001 53 R 0.153 0.236 0.238 0.210 0.125 0.036 0.001 54 L 0.140 0.160 0.235 0.260 0.161 0.042 0.002 55 Q 0.418 0.314 0.170 0.071 0.022 0.005 0.001 56 Q 0.453 0.248 0.166 0.100 0.027 0.006 0.001 57 D 0.556 0.250 0.116 0.054 0.019 0.005 0.001 58 K 0.426 0.305 0.153 0.083 0.025 0.007 0.001 59 V 0.273 0.265 0.199 0.143 0.091 0.026 0.002 60 L 0.108 0.217 0.240 0.235 0.142 0.053 0.005 61 I 0.056 0.129 0.182 0.246 0.237 0.134 0.016 62 T 0.043 0.124 0.200 0.275 0.220 0.124 0.014 63 E 0.042 0.121 0.188 0.261 0.239 0.131 0.017 64 L 0.020 0.039 0.065 0.130 0.288 0.380 0.078 65 I 0.028 0.063 0.104 0.215 0.274 0.262 0.055 66 Q 0.059 0.134 0.229 0.271 0.195 0.100 0.013 67 H 0.141 0.236 0.260 0.226 0.102 0.033 0.002 68 S 0.373 0.300 0.158 0.097 0.055 0.017 0.001 69 A 0.340 0.265 0.180 0.132 0.060 0.020 0.002 70 K 0.352 0.277 0.195 0.115 0.045 0.015 0.001 71 H 0.245 0.262 0.224 0.170 0.074 0.025 0.002 72 K 0.199 0.259 0.225 0.187 0.095 0.033 0.003 73 V 0.117 0.141 0.182 0.242 0.211 0.099 0.007 74 D 0.183 0.282 0.221 0.165 0.099 0.047 0.004 75 I 0.097 0.144 0.228 0.249 0.186 0.088 0.009 76 D 0.178 0.262 0.215 0.177 0.115 0.047 0.005 77 C 0.086 0.176 0.263 0.235 0.165 0.067 0.008 78 S 0.092 0.198 0.225 0.224 0.175 0.075 0.011 79 Q 0.048 0.171 0.188 0.229 0.232 0.119 0.014 80 K 0.005 0.032 0.084 0.255 0.337 0.258 0.029 81 V 0.001 0.006 0.017 0.055 0.214 0.587 0.121 82 V 0.001 0.002 0.006 0.017 0.083 0.490 0.401 83 V 0.001 0.003 0.011 0.034 0.108 0.379 0.464 84 Y 0.002 0.007 0.023 0.062 0.178 0.413 0.315 85 D 0.006 0.028 0.084 0.174 0.299 0.324 0.086 86 Q 0.056 0.166 0.227 0.233 0.206 0.099 0.013 87 S 0.119 0.227 0.213 0.202 0.151 0.080 0.008 88 S 0.161 0.194 0.213 0.208 0.147 0.069 0.007 89 Q 0.171 0.223 0.254 0.202 0.096 0.048 0.005 90 D 0.191 0.246 0.200 0.181 0.119 0.057 0.007 91 V 0.130 0.141 0.168 0.216 0.216 0.117 0.012 92 A 0.214 0.271 0.228 0.165 0.085 0.035 0.003 93 S 0.223 0.293 0.228 0.148 0.076 0.029 0.004 94 L 0.089 0.106 0.159 0.262 0.252 0.118 0.014 95 S 0.164 0.244 0.237 0.194 0.105 0.051 0.005 96 S 0.256 0.297 0.226 0.138 0.054 0.025 0.004 97 D 0.172 0.274 0.238 0.183 0.091 0.036 0.006 98 C 0.021 0.057 0.096 0.211 0.338 0.240 0.037 99 F 0.012 0.050 0.096 0.199 0.266 0.314 0.063 100 L 0.008 0.025 0.050 0.112 0.229 0.439 0.137 101 T 0.012 0.045 0.116 0.215 0.268 0.255 0.089 102 V 0.006 0.017 0.032 0.078 0.220 0.423 0.224 103 L 0.008 0.031 0.064 0.133 0.276 0.374 0.114 104 L 0.020 0.079 0.172 0.268 0.268 0.169 0.024 105 G 0.070 0.208 0.266 0.238 0.154 0.061 0.004 106 K 0.086 0.181 0.240 0.250 0.176 0.063 0.004 107 L 0.071 0.118 0.208 0.276 0.239 0.083 0.004 108 E 0.387 0.319 0.178 0.082 0.027 0.006 0.001 109 K 0.447 0.323 0.145 0.065 0.017 0.004 0.001 110 S 0.326 0.327 0.170 0.113 0.050 0.013 0.001 111 F 0.065 0.113 0.225 0.319 0.203 0.071 0.004 112 N 0.206 0.339 0.236 0.139 0.060 0.019 0.001 113 S 0.063 0.191 0.272 0.273 0.136 0.058 0.008 114 V 0.011 0.022 0.041 0.108 0.319 0.420 0.080 115 H 0.011 0.071 0.183 0.298 0.262 0.157 0.019 116 L 0.010 0.036 0.085 0.183 0.280 0.300 0.106 117 L 0.005 0.016 0.035 0.090 0.249 0.468 0.137 118 A 0.027 0.118 0.237 0.327 0.201 0.081 0.009 119 G 0.069 0.218 0.249 0.231 0.153 0.070 0.009 120 G 0.019 0.060 0.108 0.211 0.295 0.270 0.037 121 F 0.015 0.039 0.099 0.215 0.364 0.246 0.022 122 A 0.147 0.388 0.298 0.122 0.035 0.010 0.001 123 E 0.108 0.255 0.320 0.226 0.076 0.015 0.001 124 F 0.031 0.037 0.060 0.159 0.367 0.316 0.030 125 S 0.067 0.194 0.270 0.295 0.137 0.038 0.001 126 R 0.344 0.431 0.154 0.052 0.014 0.004 0.001 127 C 0.088 0.187 0.271 0.312 0.117 0.025 0.001 128 F 0.054 0.072 0.119 0.220 0.357 0.171 0.007 129 P 0.254 0.351 0.240 0.109 0.038 0.007 0.001 130 G 0.501 0.397 0.078 0.019 0.004 0.001 0.001 131 L 0.095 0.138 0.255 0.327 0.148 0.036 0.001 132 C 0.149 0.144 0.275 0.280 0.133 0.019 0.001 133 E 0.771 0.204 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 134 G 0.867 0.121 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 135 K 0.786 0.171 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001