# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.258 0.091 0.098 0.109 0.130 0.115 0.079 0.052 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 2 I 0.178 0.096 0.113 0.136 0.143 0.121 0.085 0.058 0.032 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 3 G 0.181 0.088 0.090 0.124 0.142 0.121 0.087 0.072 0.045 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 4 T 0.159 0.093 0.089 0.115 0.142 0.131 0.105 0.068 0.044 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 5 Q 0.298 0.159 0.136 0.119 0.104 0.071 0.049 0.028 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 6 I 0.156 0.066 0.081 0.112 0.151 0.141 0.100 0.082 0.055 0.027 0.016 0.008 0.004 0.001 7 V 0.096 0.061 0.077 0.123 0.160 0.168 0.127 0.094 0.048 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 8 T 0.094 0.076 0.094 0.146 0.188 0.143 0.100 0.072 0.043 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 9 E 0.359 0.206 0.143 0.115 0.074 0.047 0.027 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 10 R 0.161 0.131 0.151 0.174 0.157 0.106 0.060 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 11 L 0.056 0.037 0.060 0.103 0.172 0.187 0.153 0.129 0.057 0.030 0.009 0.004 0.001 0.001 12 V 0.187 0.186 0.175 0.186 0.122 0.076 0.032 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.481 0.209 0.120 0.081 0.048 0.028 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.085 0.082 0.136 0.213 0.209 0.141 0.071 0.036 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.142 0.108 0.145 0.179 0.187 0.122 0.064 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.617 0.211 0.078 0.049 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.473 0.179 0.133 0.101 0.060 0.028 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.388 0.222 0.142 0.116 0.065 0.033 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.259 0.247 0.182 0.165 0.079 0.036 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.141 0.200 0.167 0.206 0.116 0.076 0.055 0.019 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.011 0.018 0.056 0.095 0.212 0.229 0.170 0.114 0.063 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 22 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.045 0.111 0.145 0.178 0.182 0.181 0.085 0.034 0.010 23 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.028 0.069 0.139 0.224 0.210 0.171 0.077 0.056 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.039 0.132 0.210 0.285 0.195 0.122 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.027 0.086 0.163 0.206 0.216 0.218 0.065 26 D 0.002 0.002 0.004 0.013 0.026 0.034 0.062 0.130 0.204 0.161 0.146 0.111 0.056 0.049 27 S 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.044 0.072 0.120 0.216 0.231 0.147 0.061 0.075 28 R 0.005 0.016 0.033 0.068 0.096 0.133 0.146 0.176 0.125 0.084 0.059 0.036 0.015 0.007 29 P 0.021 0.058 0.099 0.126 0.164 0.139 0.124 0.096 0.087 0.049 0.021 0.009 0.005 0.002 30 F 0.037 0.061 0.102 0.146 0.174 0.160 0.110 0.096 0.069 0.029 0.011 0.003 0.002 0.001 31 V 0.179 0.141 0.160 0.167 0.139 0.096 0.054 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 32 E 0.377 0.198 0.139 0.108 0.073 0.045 0.030 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.179 0.094 0.124 0.150 0.164 0.122 0.081 0.045 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 34 N 0.302 0.189 0.141 0.143 0.093 0.057 0.037 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.303 0.159 0.147 0.136 0.098 0.072 0.037 0.021 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 36 S 0.192 0.092 0.099 0.126 0.135 0.131 0.098 0.055 0.035 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 37 H 0.073 0.070 0.103 0.129 0.148 0.149 0.116 0.093 0.050 0.034 0.019 0.009 0.005 0.002 38 I 0.052 0.031 0.038 0.060 0.103 0.130 0.128 0.149 0.119 0.083 0.058 0.029 0.013 0.006 39 L 0.072 0.064 0.073 0.105 0.119 0.125 0.114 0.104 0.084 0.059 0.043 0.023 0.011 0.005 40 E 0.126 0.086 0.100 0.121 0.119 0.108 0.108 0.079 0.065 0.037 0.024 0.014 0.010 0.005 41 A 0.035 0.020 0.028 0.037 0.063 0.102 0.135 0.144 0.141 0.111 0.089 0.058 0.027 0.011 42 I 0.039 0.032 0.040 0.063 0.101 0.132 0.169 0.158 0.105 0.072 0.047 0.024 0.011 0.005 43 N 0.078 0.068 0.086 0.117 0.147 0.122 0.102 0.100 0.072 0.051 0.030 0.015 0.007 0.004 44 I 0.091 0.061 0.072 0.100 0.149 0.131 0.108 0.104 0.082 0.047 0.030 0.016 0.007 0.004 45 N 0.091 0.085 0.121 0.172 0.161 0.142 0.100 0.061 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 46 C 0.062 0.057 0.088 0.132 0.178 0.160 0.128 0.088 0.057 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 47 S 0.362 0.226 0.153 0.111 0.066 0.042 0.021 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.476 0.262 0.123 0.063 0.038 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.093 0.079 0.138 0.188 0.208 0.147 0.071 0.043 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 50 M 0.132 0.102 0.150 0.203 0.177 0.121 0.064 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 51 K 0.581 0.202 0.095 0.058 0.029 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.475 0.219 0.126 0.083 0.051 0.024 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.236 0.191 0.166 0.157 0.117 0.067 0.041 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.186 0.105 0.158 0.192 0.170 0.103 0.051 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.700 0.134 0.063 0.051 0.027 0.012 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.549 0.155 0.115 0.089 0.048 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.552 0.183 0.106 0.074 0.043 0.020 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.355 0.199 0.156 0.114 0.083 0.047 0.026 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.265 0.131 0.130 0.142 0.126 0.092 0.060 0.027 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 60 L 0.136 0.098 0.123 0.150 0.165 0.122 0.090 0.055 0.032 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 61 I 0.084 0.064 0.080 0.115 0.157 0.148 0.117 0.093 0.063 0.037 0.023 0.010 0.005 0.002 62 T 0.093 0.077 0.086 0.106 0.128 0.125 0.114 0.100 0.072 0.046 0.028 0.015 0.007 0.003 63 E 0.101 0.074 0.080 0.114 0.134 0.113 0.105 0.101 0.079 0.048 0.028 0.014 0.007 0.003 64 L 0.039 0.028 0.042 0.063 0.098 0.118 0.124 0.143 0.115 0.103 0.068 0.038 0.015 0.006 65 I 0.047 0.050 0.079 0.124 0.151 0.152 0.127 0.112 0.068 0.048 0.025 0.011 0.005 0.002 66 Q 0.084 0.086 0.115 0.143 0.150 0.135 0.112 0.074 0.049 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 67 H 0.199 0.157 0.149 0.147 0.124 0.089 0.068 0.031 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 68 S 0.426 0.246 0.131 0.081 0.051 0.027 0.021 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.428 0.212 0.128 0.092 0.066 0.034 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.374 0.211 0.139 0.112 0.077 0.040 0.027 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.352 0.175 0.135 0.123 0.095 0.055 0.034 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.284 0.187 0.145 0.135 0.107 0.063 0.042 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 V 0.114 0.090 0.133 0.155 0.165 0.137 0.093 0.057 0.030 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 74 D 0.225 0.173 0.137 0.134 0.130 0.080 0.059 0.031 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 75 I 0.137 0.095 0.116 0.137 0.153 0.132 0.084 0.063 0.041 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 76 D 0.193 0.163 0.136 0.148 0.124 0.087 0.072 0.036 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 77 C 0.069 0.077 0.109 0.145 0.161 0.145 0.106 0.081 0.050 0.028 0.015 0.008 0.004 0.002 78 S 0.074 0.100 0.108 0.157 0.149 0.128 0.113 0.072 0.048 0.023 0.015 0.006 0.003 0.002 79 Q 0.049 0.070 0.088 0.125 0.137 0.131 0.125 0.105 0.084 0.040 0.023 0.011 0.007 0.004 80 K 0.012 0.014 0.026 0.051 0.087 0.122 0.151 0.157 0.154 0.087 0.066 0.040 0.021 0.010 81 V 0.004 0.004 0.007 0.012 0.024 0.043 0.084 0.116 0.146 0.187 0.172 0.121 0.055 0.026 82 V 0.003 0.004 0.005 0.008 0.015 0.025 0.044 0.085 0.128 0.202 0.199 0.162 0.078 0.041 83 V 0.003 0.004 0.006 0.008 0.014 0.020 0.030 0.062 0.123 0.209 0.208 0.161 0.101 0.051 84 Y 0.006 0.010 0.015 0.025 0.043 0.060 0.084 0.124 0.151 0.169 0.137 0.088 0.056 0.030 85 D 0.018 0.029 0.040 0.065 0.089 0.109 0.124 0.135 0.123 0.116 0.076 0.040 0.022 0.017 86 Q 0.062 0.092 0.099 0.120 0.123 0.110 0.103 0.085 0.088 0.055 0.034 0.015 0.007 0.006 87 S 0.128 0.145 0.131 0.137 0.124 0.100 0.079 0.053 0.053 0.025 0.014 0.007 0.003 0.002 88 S 0.137 0.123 0.134 0.139 0.129 0.113 0.096 0.053 0.044 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 89 Q 0.190 0.145 0.152 0.145 0.122 0.089 0.067 0.040 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 90 D 0.218 0.155 0.136 0.145 0.127 0.085 0.057 0.035 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 91 V 0.100 0.069 0.105 0.121 0.146 0.152 0.120 0.082 0.049 0.029 0.015 0.007 0.004 0.001 92 A 0.246 0.160 0.134 0.132 0.114 0.079 0.054 0.034 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 93 S 0.237 0.151 0.132 0.128 0.115 0.084 0.056 0.039 0.032 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 94 L 0.094 0.075 0.107 0.140 0.162 0.148 0.117 0.071 0.040 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 95 S 0.178 0.160 0.146 0.139 0.126 0.090 0.070 0.041 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 96 S 0.249 0.167 0.128 0.116 0.110 0.080 0.056 0.038 0.030 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 97 D 0.162 0.132 0.118 0.136 0.132 0.106 0.082 0.056 0.039 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 98 C 0.055 0.043 0.066 0.095 0.140 0.150 0.141 0.119 0.080 0.053 0.030 0.017 0.008 0.003 99 F 0.049 0.043 0.057 0.096 0.143 0.146 0.130 0.126 0.086 0.059 0.038 0.016 0.008 0.004 100 L 0.042 0.033 0.038 0.055 0.092 0.107 0.116 0.137 0.129 0.109 0.077 0.041 0.018 0.009 101 T 0.077 0.063 0.076 0.115 0.142 0.123 0.105 0.104 0.080 0.051 0.034 0.017 0.008 0.004 102 V 0.056 0.032 0.043 0.057 0.083 0.104 0.106 0.120 0.131 0.111 0.081 0.047 0.021 0.008 103 L 0.043 0.042 0.062 0.107 0.146 0.160 0.144 0.130 0.074 0.048 0.024 0.011 0.005 0.002 104 L 0.070 0.078 0.102 0.138 0.151 0.141 0.108 0.081 0.060 0.040 0.018 0.008 0.003 0.002 105 G 0.270 0.212 0.161 0.124 0.092 0.059 0.040 0.019 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 106 K 0.212 0.200 0.172 0.155 0.119 0.067 0.039 0.017 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 107 L 0.119 0.093 0.141 0.179 0.195 0.135 0.072 0.037 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 108 E 0.497 0.227 0.112 0.075 0.045 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.443 0.221 0.129 0.093 0.054 0.029 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.243 0.177 0.157 0.148 0.118 0.073 0.048 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 F 0.095 0.081 0.116 0.162 0.184 0.151 0.101 0.058 0.028 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 112 N 0.160 0.146 0.126 0.153 0.126 0.099 0.077 0.049 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 113 S 0.085 0.083 0.102 0.142 0.171 0.131 0.097 0.080 0.057 0.025 0.014 0.007 0.005 0.002 114 V 0.020 0.014 0.024 0.031 0.058 0.097 0.131 0.146 0.143 0.123 0.102 0.069 0.032 0.010 115 H 0.040 0.033 0.044 0.073 0.103 0.111 0.127 0.143 0.121 0.089 0.061 0.031 0.017 0.008 116 L 0.037 0.022 0.028 0.049 0.066 0.082 0.088 0.124 0.131 0.129 0.111 0.077 0.034 0.022 117 L 0.018 0.018 0.022 0.027 0.048 0.072 0.102 0.123 0.132 0.155 0.126 0.084 0.044 0.026 118 A 0.059 0.062 0.083 0.123 0.122 0.125 0.103 0.104 0.085 0.058 0.039 0.022 0.010 0.005 119 G 0.057 0.039 0.044 0.071 0.118 0.119 0.115 0.112 0.128 0.088 0.054 0.033 0.014 0.008 120 G 0.061 0.069 0.093 0.130 0.141 0.153 0.138 0.093 0.050 0.033 0.021 0.011 0.004 0.003 121 F 0.035 0.036 0.059 0.096 0.152 0.147 0.143 0.125 0.089 0.056 0.034 0.017 0.007 0.003 122 A 0.319 0.179 0.134 0.110 0.092 0.060 0.045 0.025 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 123 E 0.206 0.140 0.151 0.174 0.138 0.083 0.046 0.027 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 124 F 0.048 0.036 0.063 0.099 0.161 0.184 0.165 0.117 0.067 0.039 0.013 0.005 0.002 0.001 125 S 0.145 0.168 0.184 0.188 0.134 0.095 0.039 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 126 R 0.522 0.227 0.106 0.054 0.033 0.022 0.019 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 C 0.097 0.088 0.123 0.170 0.198 0.137 0.083 0.055 0.028 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 128 F 0.076 0.059 0.084 0.134 0.184 0.162 0.135 0.088 0.042 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 129 P 0.235 0.176 0.144 0.132 0.116 0.079 0.054 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 130 G 0.423 0.206 0.119 0.092 0.067 0.036 0.023 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 131 L 0.121 0.060 0.089 0.141 0.163 0.157 0.109 0.077 0.042 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 132 C 0.088 0.056 0.084 0.134 0.192 0.163 0.123 0.084 0.040 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 133 E 0.249 0.145 0.138 0.150 0.119 0.082 0.061 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 134 G 0.412 0.167 0.129 0.110 0.070 0.045 0.039 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 135 K 0.502 0.177 0.111 0.080 0.057 0.031 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001