# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.019 0.711 0.006 0.015 0.033 0.001 0.001 0.018 0.077 0.019 0.058 0.038 2 I 0.002 0.013 0.493 0.014 0.043 0.070 0.001 0.001 0.013 0.111 0.185 0.015 0.040 3 G 0.001 0.014 0.293 0.008 0.036 0.046 0.001 0.001 0.010 0.183 0.380 0.015 0.011 4 T 0.003 0.014 0.654 0.006 0.034 0.048 0.001 0.001 0.019 0.129 0.028 0.018 0.046 5 Q 0.004 0.021 0.560 0.005 0.024 0.074 0.002 0.001 0.050 0.112 0.047 0.057 0.043 6 I 0.006 0.049 0.469 0.005 0.037 0.097 0.004 0.003 0.076 0.058 0.065 0.017 0.114 7 V 0.005 0.029 0.563 0.009 0.016 0.119 0.002 0.002 0.055 0.085 0.016 0.066 0.034 8 T 0.001 0.007 0.608 0.002 0.007 0.250 0.001 0.001 0.012 0.053 0.015 0.006 0.038 9 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.025 0.001 0.065 0.668 0.001 0.001 0.001 0.015 0.225 0.001 0.001 17 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.040 0.104 0.001 0.001 0.001 0.022 0.812 0.001 0.001 18 G 0.001 0.001 0.108 0.001 0.026 0.018 0.001 0.001 0.001 0.096 0.750 0.001 0.001 19 T 0.001 0.003 0.659 0.002 0.030 0.006 0.001 0.001 0.008 0.141 0.147 0.001 0.002 20 E 0.001 0.005 0.426 0.019 0.028 0.003 0.001 0.001 0.054 0.307 0.147 0.006 0.004 21 K 0.003 0.008 0.313 0.030 0.007 0.002 0.005 0.011 0.287 0.232 0.066 0.012 0.022 22 V 0.013 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.064 0.210 0.653 0.009 0.001 0.006 0.019 23 L 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.093 0.743 0.139 0.001 0.001 0.004 0.002 24 L 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.833 0.093 0.001 0.001 0.001 0.002 25 I 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.113 0.769 0.096 0.001 0.001 0.001 0.002 26 D 0.025 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.096 0.335 0.475 0.006 0.002 0.028 0.009 27 S 0.022 0.013 0.288 0.007 0.004 0.003 0.032 0.059 0.375 0.077 0.031 0.009 0.081 28 R 0.003 0.010 0.590 0.005 0.002 0.004 0.002 0.002 0.086 0.214 0.014 0.062 0.006 29 P 0.001 0.012 0.557 0.003 0.024 0.034 0.001 0.001 0.018 0.227 0.074 0.002 0.047 30 F 0.002 0.011 0.223 0.007 0.262 0.284 0.001 0.001 0.002 0.070 0.122 0.007 0.007 31 V 0.004 0.005 0.051 0.004 0.346 0.418 0.001 0.001 0.001 0.028 0.127 0.006 0.010 32 E 0.008 0.010 0.057 0.002 0.203 0.567 0.001 0.001 0.001 0.018 0.105 0.006 0.020 33 Y 0.008 0.010 0.054 0.007 0.157 0.610 0.001 0.001 0.002 0.022 0.105 0.008 0.015 34 N 0.009 0.009 0.111 0.007 0.134 0.415 0.001 0.001 0.004 0.058 0.209 0.015 0.028 35 T 0.008 0.006 0.098 0.010 0.215 0.323 0.001 0.001 0.004 0.068 0.216 0.016 0.035 36 S 0.008 0.011 0.119 0.009 0.155 0.155 0.002 0.001 0.007 0.136 0.332 0.030 0.036 37 H 0.010 0.037 0.233 0.008 0.104 0.156 0.003 0.003 0.020 0.159 0.185 0.030 0.053 38 I 0.006 0.029 0.486 0.011 0.041 0.094 0.003 0.003 0.037 0.149 0.074 0.023 0.046 39 L 0.003 0.009 0.165 0.051 0.210 0.135 0.002 0.002 0.012 0.083 0.306 0.009 0.014 40 E 0.003 0.007 0.070 0.028 0.142 0.088 0.002 0.003 0.015 0.139 0.480 0.014 0.008 41 A 0.024 0.010 0.195 0.017 0.152 0.089 0.016 0.034 0.073 0.175 0.064 0.020 0.130 42 I 0.047 0.014 0.116 0.010 0.042 0.057 0.056 0.073 0.274 0.086 0.056 0.113 0.056 43 N 0.043 0.075 0.192 0.010 0.029 0.043 0.036 0.057 0.207 0.068 0.088 0.029 0.125 44 I 0.008 0.056 0.484 0.006 0.005 0.022 0.005 0.012 0.148 0.134 0.019 0.082 0.019 45 N 0.001 0.009 0.836 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.021 0.080 0.007 0.003 0.023 46 C 0.001 0.002 0.054 0.001 0.039 0.850 0.001 0.001 0.002 0.025 0.024 0.001 0.002 47 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.093 0.859 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.073 0.905 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.026 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 50 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 0.923 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 51 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.045 0.888 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.001 0.002 52 R 0.001 0.002 0.035 0.001 0.034 0.801 0.001 0.001 0.001 0.031 0.088 0.002 0.005 53 R 0.001 0.003 0.102 0.001 0.032 0.661 0.001 0.001 0.001 0.028 0.163 0.003 0.005 54 L 0.001 0.006 0.165 0.001 0.030 0.477 0.001 0.001 0.002 0.060 0.247 0.004 0.006 55 Q 0.001 0.003 0.203 0.001 0.028 0.425 0.001 0.001 0.002 0.094 0.237 0.003 0.003 56 Q 0.001 0.003 0.103 0.002 0.037 0.380 0.001 0.001 0.002 0.095 0.374 0.002 0.003 57 D 0.001 0.007 0.195 0.003 0.063 0.365 0.001 0.001 0.004 0.140 0.208 0.004 0.009 58 K 0.002 0.012 0.174 0.004 0.054 0.528 0.001 0.001 0.010 0.092 0.093 0.015 0.015 59 V 0.005 0.021 0.197 0.004 0.035 0.552 0.002 0.002 0.020 0.053 0.057 0.011 0.042 60 L 0.003 0.013 0.243 0.006 0.024 0.569 0.001 0.001 0.013 0.045 0.042 0.022 0.017 61 I 0.002 0.004 0.088 0.004 0.033 0.787 0.001 0.001 0.004 0.020 0.040 0.004 0.015 62 T 0.001 0.002 0.041 0.003 0.049 0.837 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.005 0.004 63 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.038 0.896 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.002 0.005 64 L 0.001 0.002 0.033 0.001 0.018 0.895 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.002 0.004 65 I 0.001 0.001 0.049 0.001 0.014 0.890 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.002 0.003 66 Q 0.001 0.001 0.022 0.001 0.011 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.002 67 H 0.001 0.001 0.017 0.001 0.012 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.001 0.002 68 S 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.002 69 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.020 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.001 0.002 70 K 0.001 0.002 0.035 0.002 0.034 0.843 0.001 0.001 0.001 0.011 0.063 0.003 0.006 71 H 0.002 0.004 0.068 0.003 0.059 0.683 0.001 0.001 0.002 0.021 0.142 0.007 0.009 72 K 0.006 0.005 0.121 0.003 0.106 0.534 0.001 0.001 0.007 0.039 0.140 0.010 0.029 73 V 0.008 0.009 0.249 0.007 0.098 0.251 0.001 0.001 0.009 0.099 0.207 0.025 0.036 74 D 0.007 0.020 0.357 0.006 0.072 0.089 0.001 0.001 0.012 0.120 0.230 0.044 0.042 75 I 0.004 0.035 0.565 0.003 0.031 0.035 0.001 0.001 0.011 0.146 0.084 0.019 0.067 76 D 0.001 0.007 0.769 0.005 0.020 0.010 0.001 0.001 0.006 0.104 0.048 0.016 0.014 77 C 0.001 0.003 0.126 0.010 0.114 0.013 0.001 0.001 0.005 0.123 0.587 0.008 0.011 78 S 0.001 0.003 0.139 0.016 0.027 0.001 0.001 0.001 0.007 0.144 0.650 0.004 0.008 79 Q 0.004 0.007 0.448 0.030 0.005 0.001 0.002 0.003 0.065 0.338 0.025 0.063 0.010 80 K 0.022 0.008 0.186 0.011 0.001 0.001 0.046 0.078 0.457 0.052 0.006 0.017 0.116 81 V 0.049 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.137 0.568 0.196 0.003 0.001 0.023 0.014 82 V 0.038 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.167 0.707 0.076 0.001 0.001 0.003 0.005 83 V 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.627 0.096 0.001 0.001 0.005 0.005 84 Y 0.054 0.003 0.033 0.007 0.001 0.001 0.113 0.407 0.340 0.004 0.001 0.015 0.022 85 D 0.018 0.007 0.433 0.006 0.002 0.002 0.018 0.031 0.301 0.087 0.014 0.022 0.059 86 Q 0.002 0.007 0.335 0.005 0.020 0.009 0.002 0.005 0.060 0.263 0.268 0.008 0.015 87 S 0.001 0.011 0.240 0.003 0.088 0.016 0.001 0.001 0.008 0.271 0.351 0.003 0.007 88 S 0.001 0.008 0.248 0.001 0.063 0.022 0.001 0.001 0.003 0.412 0.232 0.005 0.003 89 Q 0.002 0.021 0.260 0.001 0.095 0.080 0.001 0.001 0.001 0.288 0.239 0.004 0.009 90 D 0.003 0.036 0.332 0.003 0.118 0.199 0.001 0.001 0.001 0.157 0.135 0.006 0.011 91 V 0.003 0.014 0.176 0.004 0.187 0.434 0.001 0.001 0.001 0.067 0.094 0.006 0.013 92 A 0.003 0.010 0.106 0.006 0.224 0.402 0.001 0.001 0.001 0.051 0.180 0.007 0.009 93 S 0.002 0.009 0.085 0.002 0.192 0.471 0.001 0.001 0.001 0.046 0.175 0.006 0.010 94 L 0.001 0.009 0.080 0.001 0.071 0.667 0.001 0.001 0.001 0.048 0.108 0.004 0.008 95 S 0.001 0.010 0.150 0.001 0.032 0.643 0.001 0.001 0.002 0.066 0.081 0.008 0.007 96 S 0.001 0.005 0.074 0.001 0.015 0.802 0.001 0.001 0.001 0.037 0.058 0.002 0.004 97 D 0.001 0.001 0.029 0.001 0.006 0.935 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 98 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.853 0.001 0.001 0.001 0.005 0.126 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.028 0.828 0.001 0.001 0.001 0.010 0.119 0.001 0.001 107 L 0.001 0.002 0.105 0.001 0.041 0.728 0.001 0.001 0.001 0.065 0.057 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.062 0.001 0.175 0.475 0.001 0.001 0.001 0.034 0.250 0.001 0.001 109 K 0.001 0.002 0.013 0.001 0.162 0.167 0.001 0.001 0.001 0.021 0.634 0.001 0.001 110 S 0.001 0.008 0.119 0.001 0.092 0.083 0.001 0.001 0.002 0.192 0.500 0.001 0.002 111 F 0.001 0.013 0.652 0.004 0.063 0.032 0.001 0.001 0.016 0.142 0.062 0.006 0.008 112 N 0.001 0.015 0.322 0.036 0.070 0.024 0.001 0.002 0.064 0.204 0.240 0.008 0.013 113 S 0.005 0.011 0.194 0.045 0.029 0.016 0.006 0.018 0.178 0.281 0.181 0.020 0.017 114 V 0.024 0.003 0.053 0.009 0.004 0.007 0.064 0.272 0.451 0.036 0.008 0.010 0.059 115 H 0.022 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.081 0.689 0.168 0.003 0.001 0.019 0.005 116 L 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.763 0.119 0.001 0.001 0.002 0.010 117 L 0.028 0.003 0.027 0.015 0.002 0.006 0.074 0.548 0.254 0.012 0.005 0.017 0.008 118 A 0.015 0.009 0.313 0.011 0.009 0.041 0.020 0.046 0.270 0.157 0.052 0.014 0.044 119 G 0.004 0.009 0.347 0.007 0.015 0.081 0.004 0.006 0.071 0.301 0.126 0.013 0.017 120 G 0.003 0.011 0.448 0.004 0.040 0.251 0.001 0.002 0.015 0.141 0.060 0.006 0.018 121 F 0.001 0.002 0.048 0.001 0.055 0.851 0.001 0.001 0.002 0.021 0.017 0.001 0.002 122 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 0.928 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.075 0.879 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.103 0.843 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.003 125 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.093 0.791 0.001 0.001 0.001 0.007 0.092 0.001 0.001 126 R 0.001 0.003 0.031 0.001 0.104 0.467 0.001 0.001 0.001 0.018 0.369 0.002 0.003 127 C 0.002 0.012 0.069 0.001 0.118 0.377 0.001 0.001 0.001 0.076 0.331 0.002 0.010 128 F 0.001 0.008 0.589 0.001 0.009 0.046 0.001 0.001 0.004 0.275 0.056 0.007 0.004 129 P 0.001 0.008 0.570 0.004 0.087 0.043 0.001 0.001 0.005 0.089 0.180 0.004 0.010 130 G 0.001 0.009 0.159 0.006 0.206 0.065 0.001 0.001 0.005 0.092 0.447 0.006 0.005 131 L 0.003 0.018 0.289 0.003 0.262 0.105 0.001 0.002 0.021 0.127 0.139 0.007 0.022 132 C 0.006 0.036 0.407 0.006 0.108 0.084 0.003 0.005 0.046 0.110 0.125 0.027 0.036 133 E 0.003 0.045 0.409 0.006 0.040 0.037 0.002 0.003 0.034 0.162 0.194 0.029 0.036 134 G 0.001 0.023 0.362 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.014 0.342 0.209 0.014 0.013 135 K 0.001 0.019 0.739 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.010 0.160 0.027 0.012 0.016