# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.013 0.064 0.090 0.290 0.102 0.177 0.004 0.009 0.018 0.024 0.021 0.036 0.069 0.002 0.017 2 I 0.027 0.141 0.106 0.149 0.005 0.025 0.006 0.344 0.003 0.002 0.036 0.020 0.023 0.002 0.105 0.005 3 G 0.008 0.051 0.050 0.261 0.003 0.057 0.004 0.008 0.246 0.120 0.019 0.047 0.032 0.002 0.004 0.089 4 T 0.524 0.033 0.104 0.207 0.002 0.021 0.006 0.002 0.004 0.002 0.024 0.022 0.037 0.001 0.003 0.008 5 Q 0.020 0.035 0.352 0.412 0.003 0.046 0.004 0.002 0.002 0.002 0.023 0.051 0.037 0.001 0.002 0.008 6 I 0.012 0.048 0.089 0.517 0.011 0.201 0.003 0.002 0.002 0.002 0.019 0.021 0.061 0.001 0.001 0.010 7 V 0.007 0.134 0.058 0.418 0.011 0.145 0.005 0.005 0.001 0.003 0.077 0.042 0.088 0.001 0.001 0.003 8 T 0.001 0.006 0.003 0.007 0.001 0.845 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.049 0.059 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.010 0.048 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.095 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.980 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.030 0.005 0.015 15 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.010 0.017 0.015 16 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.886 0.001 0.013 17 S 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.923 0.005 18 G 0.004 0.007 0.023 0.001 0.001 0.004 0.011 0.002 0.029 0.042 0.012 0.002 0.051 0.008 0.008 0.794 19 T 0.864 0.013 0.011 0.004 0.001 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.017 0.019 0.023 0.004 0.008 0.006 20 E 0.026 0.426 0.304 0.040 0.001 0.033 0.006 0.006 0.012 0.002 0.019 0.041 0.028 0.001 0.023 0.031 21 K 0.061 0.206 0.350 0.286 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.002 0.051 22 V 0.015 0.002 0.666 0.313 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.398 0.596 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.001 0.009 0.004 0.965 0.005 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.044 0.004 0.511 0.013 0.406 0.001 0.005 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.008 0.278 0.030 0.566 0.006 0.028 0.001 0.008 0.005 0.001 0.061 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.011 0.119 0.133 0.631 0.005 0.053 0.002 0.003 0.003 0.004 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 29 P 0.003 0.015 0.032 0.103 0.006 0.796 0.001 0.005 0.001 0.003 0.021 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 30 F 0.001 0.048 0.003 0.036 0.003 0.161 0.001 0.005 0.002 0.001 0.700 0.026 0.012 0.001 0.001 0.001 31 V 0.002 0.101 0.006 0.041 0.001 0.011 0.001 0.004 0.004 0.001 0.043 0.750 0.031 0.001 0.002 0.001 32 E 0.009 0.022 0.122 0.117 0.006 0.034 0.023 0.006 0.011 0.002 0.027 0.072 0.476 0.011 0.011 0.051 33 Y 0.011 0.020 0.269 0.091 0.006 0.038 0.034 0.007 0.002 0.001 0.032 0.024 0.419 0.006 0.017 0.023 34 N 0.012 0.063 0.092 0.123 0.011 0.079 0.027 0.018 0.005 0.005 0.037 0.040 0.418 0.019 0.014 0.037 35 T 0.029 0.036 0.067 0.158 0.015 0.055 0.036 0.021 0.014 0.006 0.109 0.033 0.303 0.052 0.028 0.039 36 S 0.032 0.104 0.167 0.137 0.008 0.042 0.027 0.017 0.017 0.005 0.030 0.055 0.211 0.009 0.059 0.081 37 H 0.054 0.100 0.264 0.193 0.005 0.027 0.010 0.006 0.013 0.006 0.014 0.021 0.124 0.003 0.010 0.150 38 I 0.041 0.008 0.081 0.035 0.264 0.190 0.204 0.002 0.001 0.004 0.021 0.015 0.055 0.072 0.001 0.006 39 L 0.004 0.071 0.031 0.033 0.003 0.069 0.003 0.541 0.002 0.001 0.105 0.014 0.038 0.002 0.080 0.002 40 E 0.003 0.120 0.009 0.074 0.001 0.015 0.003 0.003 0.424 0.044 0.026 0.118 0.039 0.003 0.004 0.113 41 A 0.560 0.018 0.128 0.087 0.004 0.011 0.039 0.001 0.005 0.001 0.012 0.033 0.069 0.007 0.007 0.019 42 I 0.008 0.016 0.830 0.064 0.001 0.012 0.009 0.006 0.001 0.001 0.005 0.007 0.022 0.001 0.008 0.009 43 N 0.020 0.084 0.147 0.527 0.008 0.050 0.009 0.002 0.016 0.004 0.007 0.006 0.028 0.003 0.002 0.086 44 I 0.029 0.050 0.133 0.762 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 45 N 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 46 C 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.968 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 47 S 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.968 0.006 0.001 0.001 0.001 48 K 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 0.905 0.001 0.005 0.007 49 L 0.002 0.003 0.029 0.003 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.021 0.033 0.855 0.009 0.003 0.021 50 M 0.002 0.004 0.018 0.008 0.001 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.008 0.026 0.886 0.007 0.012 0.009 51 K 0.003 0.005 0.038 0.018 0.001 0.007 0.018 0.002 0.002 0.001 0.007 0.007 0.776 0.040 0.013 0.063 52 R 0.010 0.008 0.055 0.023 0.002 0.016 0.030 0.004 0.002 0.001 0.015 0.010 0.701 0.030 0.038 0.056 53 R 0.011 0.025 0.104 0.018 0.003 0.030 0.042 0.005 0.002 0.002 0.044 0.021 0.558 0.033 0.028 0.074 54 L 0.030 0.044 0.069 0.026 0.010 0.044 0.076 0.009 0.004 0.003 0.057 0.068 0.423 0.061 0.028 0.048 55 Q 0.021 0.089 0.111 0.032 0.008 0.038 0.046 0.023 0.005 0.003 0.062 0.064 0.325 0.041 0.078 0.053 56 Q 0.024 0.045 0.105 0.041 0.007 0.072 0.054 0.021 0.012 0.011 0.069 0.068 0.297 0.036 0.060 0.078 57 D 0.048 0.072 0.104 0.053 0.002 0.062 0.020 0.018 0.011 0.007 0.099 0.105 0.293 0.007 0.055 0.043 58 K 0.054 0.063 0.127 0.083 0.003 0.046 0.018 0.007 0.016 0.007 0.109 0.113 0.254 0.010 0.012 0.079 59 V 0.067 0.082 0.320 0.184 0.002 0.023 0.012 0.007 0.004 0.002 0.022 0.075 0.152 0.005 0.013 0.031 60 L 0.014 0.027 0.238 0.148 0.005 0.240 0.014 0.004 0.003 0.004 0.017 0.030 0.230 0.002 0.005 0.018 61 I 0.011 0.048 0.074 0.106 0.008 0.187 0.011 0.009 0.001 0.002 0.227 0.038 0.263 0.004 0.003 0.007 62 T 0.006 0.046 0.016 0.060 0.003 0.135 0.003 0.015 0.004 0.002 0.166 0.268 0.261 0.004 0.006 0.005 63 E 0.006 0.029 0.026 0.035 0.002 0.028 0.007 0.004 0.006 0.002 0.139 0.137 0.540 0.010 0.008 0.022 64 L 0.009 0.015 0.053 0.028 0.002 0.022 0.017 0.004 0.001 0.001 0.033 0.128 0.649 0.008 0.013 0.016 65 I 0.004 0.008 0.043 0.015 0.001 0.038 0.010 0.006 0.001 0.001 0.031 0.034 0.775 0.006 0.012 0.017 66 Q 0.005 0.009 0.015 0.014 0.001 0.037 0.005 0.004 0.002 0.001 0.073 0.038 0.768 0.005 0.007 0.016 67 H 0.006 0.012 0.016 0.014 0.001 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.066 0.077 0.765 0.005 0.007 0.011 68 S 0.003 0.005 0.012 0.006 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.054 0.858 0.004 0.005 0.008 69 A 0.001 0.004 0.011 0.004 0.001 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.041 0.022 0.861 0.015 0.005 0.007 70 K 0.002 0.014 0.023 0.011 0.001 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.018 0.049 0.807 0.009 0.031 0.014 71 H 0.004 0.005 0.031 0.016 0.001 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.007 0.017 0.816 0.007 0.016 0.062 72 K 0.025 0.008 0.079 0.018 0.009 0.015 0.093 0.002 0.002 0.001 0.018 0.006 0.394 0.241 0.010 0.079 73 V 0.017 0.048 0.243 0.059 0.001 0.010 0.026 0.044 0.001 0.001 0.022 0.018 0.229 0.007 0.244 0.028 74 D 0.017 0.033 0.115 0.068 0.006 0.100 0.020 0.004 0.033 0.017 0.010 0.014 0.172 0.009 0.007 0.375 75 I 0.286 0.079 0.180 0.134 0.019 0.015 0.049 0.011 0.002 0.002 0.091 0.012 0.074 0.020 0.008 0.020 76 D 0.006 0.032 0.057 0.019 0.012 0.665 0.011 0.039 0.002 0.004 0.015 0.048 0.049 0.005 0.030 0.005 77 C 0.007 0.043 0.020 0.018 0.003 0.038 0.007 0.017 0.015 0.007 0.714 0.008 0.046 0.008 0.009 0.042 78 S 0.087 0.377 0.037 0.065 0.001 0.010 0.006 0.004 0.038 0.002 0.006 0.306 0.015 0.002 0.028 0.017 79 Q 0.090 0.032 0.607 0.074 0.001 0.004 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.004 0.147 80 K 0.041 0.005 0.748 0.195 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 81 V 0.008 0.008 0.247 0.731 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.002 0.006 0.907 0.036 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.051 0.002 0.874 0.011 0.045 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.001 0.036 0.001 0.080 0.009 0.844 0.001 0.003 0.006 0.004 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.005 0.273 0.036 0.090 0.015 0.024 0.004 0.014 0.005 0.003 0.507 0.015 0.005 0.001 0.001 0.003 87 S 0.013 0.120 0.093 0.100 0.011 0.153 0.009 0.018 0.010 0.008 0.021 0.406 0.010 0.007 0.016 0.005 88 S 0.010 0.038 0.094 0.029 0.013 0.278 0.023 0.017 0.005 0.010 0.277 0.023 0.125 0.005 0.032 0.021 89 Q 0.019 0.236 0.027 0.048 0.002 0.019 0.003 0.030 0.016 0.004 0.314 0.182 0.055 0.004 0.011 0.029 90 D 0.038 0.017 0.031 0.019 0.003 0.168 0.011 0.003 0.010 0.007 0.020 0.439 0.208 0.004 0.008 0.013 91 V 0.009 0.010 0.079 0.011 0.004 0.034 0.020 0.005 0.001 0.001 0.308 0.028 0.463 0.007 0.006 0.014 92 A 0.006 0.043 0.030 0.040 0.002 0.019 0.011 0.012 0.004 0.002 0.044 0.411 0.335 0.010 0.017 0.014 93 S 0.012 0.012 0.046 0.031 0.003 0.023 0.022 0.004 0.008 0.003 0.021 0.038 0.661 0.018 0.022 0.077 94 L 0.017 0.020 0.166 0.029 0.002 0.018 0.027 0.004 0.002 0.002 0.051 0.029 0.557 0.007 0.021 0.046 95 S 0.020 0.019 0.086 0.018 0.003 0.091 0.018 0.005 0.002 0.004 0.025 0.082 0.586 0.005 0.010 0.027 96 S 0.014 0.032 0.034 0.020 0.001 0.053 0.003 0.004 0.002 0.002 0.163 0.057 0.589 0.002 0.005 0.019 97 D 0.005 0.019 0.016 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.206 0.653 0.001 0.001 0.007 98 C 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.080 0.821 0.001 0.001 0.001 99 F 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.115 0.827 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.967 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.003 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.015 0.002 0.011 107 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.931 0.027 0.014 0.009 108 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.784 0.085 0.042 0.036 109 K 0.013 0.012 0.030 0.006 0.001 0.003 0.023 0.005 0.003 0.001 0.011 0.006 0.553 0.037 0.135 0.162 110 S 0.046 0.035 0.098 0.006 0.001 0.005 0.045 0.001 0.005 0.001 0.007 0.009 0.179 0.050 0.034 0.478 111 F 0.090 0.013 0.251 0.011 0.003 0.143 0.133 0.004 0.001 0.001 0.023 0.016 0.239 0.014 0.030 0.027 112 N 0.008 0.779 0.102 0.027 0.001 0.006 0.002 0.005 0.003 0.001 0.009 0.011 0.019 0.001 0.007 0.021 113 S 0.060 0.040 0.144 0.650 0.001 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.011 0.021 0.001 0.002 0.031 114 V 0.014 0.004 0.884 0.081 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 115 H 0.001 0.009 0.071 0.900 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 116 L 0.001 0.006 0.013 0.657 0.103 0.197 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.040 0.012 0.214 0.522 0.082 0.012 0.027 0.001 0.001 0.055 0.005 0.021 0.006 0.001 0.001 118 A 0.002 0.067 0.006 0.101 0.167 0.128 0.017 0.302 0.017 0.015 0.053 0.045 0.023 0.027 0.025 0.004 119 G 0.011 0.034 0.019 0.063 0.001 0.023 0.001 0.360 0.057 0.105 0.138 0.033 0.065 0.001 0.066 0.023 120 G 0.074 0.016 0.009 0.021 0.001 0.117 0.002 0.003 0.048 0.082 0.090 0.295 0.191 0.001 0.001 0.049 121 F 0.032 0.002 0.007 0.004 0.001 0.076 0.002 0.002 0.001 0.001 0.230 0.155 0.487 0.001 0.001 0.001 122 A 0.001 0.018 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.346 0.561 0.001 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.932 0.002 0.001 0.004 124 F 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.966 0.002 0.002 0.003 125 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.975 0.002 0.001 0.002 126 R 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.837 0.090 0.005 0.022 127 C 0.003 0.020 0.049 0.015 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.627 0.015 0.145 0.093 128 F 0.006 0.003 0.171 0.007 0.005 0.017 0.179 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.440 0.038 0.009 0.117 129 P 0.061 0.055 0.098 0.028 0.002 0.059 0.025 0.044 0.001 0.001 0.094 0.017 0.429 0.014 0.055 0.015 130 G 0.012 0.133 0.034 0.072 0.003 0.050 0.011 0.009 0.049 0.014 0.119 0.103 0.262 0.022 0.011 0.095 131 L 0.094 0.076 0.139 0.133 0.005 0.018 0.030 0.003 0.007 0.001 0.030 0.094 0.309 0.007 0.020 0.035 132 C 0.009 0.014 0.212 0.054 0.123 0.037 0.296 0.003 0.002 0.002 0.010 0.018 0.089 0.108 0.004 0.018 133 E 0.009 0.107 0.155 0.227 0.009 0.020 0.010 0.213 0.004 0.002 0.014 0.009 0.053 0.004 0.153 0.012 134 G 0.009 0.016 0.033 0.110 0.082 0.113 0.043 0.007 0.126 0.268 0.033 0.019 0.050 0.018 0.002 0.071 135 K 0.251 0.123 0.072 0.111 0.032 0.033 0.025 0.076 0.005 0.003 0.131 0.046 0.048 0.010 0.028 0.007